蜀軍撤退過程中，依照諸葛亮的遺計，成功騙過司馬懿，安然退軍。但是，自己內部，卻出了大問題。
諸葛亮在軍中最爲依賴的有兩個人，一個是前軍師魏延，一個是長史楊儀。
之前就說過，魏延此人勇猛過人，年輕的時候就深得劉備器重。當時，剛拿下漢中，就被劉備任命爲漢中太守。而且，魏延善於帶兵，深得士兵擁戴，麾下將士在戰場上無不效死命。
但是，魏延幾次請命出奇兵襲長安，都被諸葛亮否定，導致魏延對諸葛亮頗有怨言。經常對人說，自己的才華無處施展。
楊儀此人，爲人幹練聰敏。諸葛亮每次出軍，都是楊儀幫忙處理後勤，規劃分派物資，調度、籌劃糧草。楊儀腦子好使到什麼程度呢，就是無論多少物資，根本不用算籌，只需口算、心算，轉眼便能分派好。
諸葛亮最爲依仗二人，但是，此二人卻頗爲合不來。
魏延爲人高傲，自矜功伐，當時軍中諸將都讓著他。
楊儀這人呢，也是有才。這人有了才華呢，他就傲。從來不把魏延放在眼裡。
兩個高傲的人碰在一起，誰也不讓著誰。本來沒什麼仇，沒什麼怨，卻因爲性格搞得水火不容。諸葛亮愛惜兩人的才華，一直想讓兩人尿到一個壺裡，可是沒成功，深以爲憾。
曾經有一次，費禕奉命出使東吳。孫權喝醉了，問費禕：“聽說楊儀、魏延二人不和，不知是真是假呀？”
費禕突然聽孫權這麼問，心裡懵逼了一下。但孫權好歹也是皇帝，自己還是要給面子的。只當是回答他的醉話：“此二人一文一武，性格上有一些不同，這也是常見情況，哪兒都有嘛。”
孫權說：“不然，這兩個人不過是漢主用來看門的。雖然有防盜、看家的本事，但是，久在外面鎮守邊關，手中握有大權，一旦諸葛丞相出現點兒什麼問題，誰能制伏得了呢？”
費禕說：“不至於，不至於。這倆人雖然不和，不過是性格不和，私下裡的小問題，還牽扯不到政治上。不會像黥布、韓信一樣，危及到國家安危。”
孫權則抓著不放，繼續說：“你們吶，太過昏聵，不知道早作打算，難道將難題留給子孫嗎？”
費禕也解釋了：“現在多事之秋，正值國家用人之際。應該廣納賢才，用好他們的長處。怎麼能因爲一些問題，就把他們全都廢黜了呢？”
事實證明，孫權作爲帝王，眼光還是很獨到的。諸葛亮病危以後，果然二人矛盾爆發，幾乎傾危社稷。
諸葛亮病危時，給諸將分派任務。令魏延斷後，姜維次之。如果魏延聽從命令最好，如果魏延違抗，那就不理他了，衆軍只管出發。
等諸葛亮病逝，楊儀秘不發喪，命費禕前去見魏延，打探魏延的想法。
費禕見了魏延，問道：“現在丞相仙逝，軍中唯有魏將軍最有威望，不知將軍有何打算？”
魏延沒有直接回答，而是反問費禕：“丞相生前可有什麼遺言？”
費禕不敢隱瞞：“丞相恐司馬懿趁機來襲，大軍崩潰。故令將軍您斷後，姜維次之，楊儀都督大軍緩緩而退。”
魏延不滿地問：“丞相雖然故去了，我不是還在呢嘛？難道因爲一個人去世，就置天下大事於不顧？”
費禕看出來了，還是丞相有先見之明，這魏延根本沒打算退軍。於是，與魏延虛與委蛇：“但憑將軍吩咐！”
魏延跟費禕說：“我欲命丞相府中的官員帶領丞相遺體回去安葬，我來統帥衆軍繼續北伐，文偉以爲如何？”
費禕趕緊表態：“現在丞相殯天，唯有將軍能擎起這北伐的大旗了。”
於是，魏延將費禕留下，與自己一同規劃如何統領軍隊。爲了使衆軍能夠聽從自己指揮，魏延邀請費禕與自己一起，聯名寫下文告，傳達諸軍。
費禕趁機對魏延說：“楊長史不過是一介文吏，不諳軍事。這樣，我親自去跟他說，肯定讓他聽從命令，率領諸軍前來拜謁將軍。”
魏延心中大喜：“哼！我魏延是什麼身份，堂堂徵西大將軍，怎麼可能去受他楊儀的節制，給他斷後。”
費禕保證說：“將軍放心，憑末將這張口，定讓楊儀來親自拜謁將軍。我倒要看看，就算他楊儀不來，軍中諸將是跟他還是跟將軍您！”
魏延聽費禕這麼吹捧自己，老懷大慰，哈哈笑道“哈哈哈。。。國家大事就全拜託文偉了！”
費禕得了機會，飛馬而去。不久，魏延後悔了，擔心費禕一去不返。趕緊命人前去追費禕，卻哪裡還追得上。
魏延總覺得心中不自安，派人前往大營打探楊儀等人的東向。不久，心腹回報，稱楊儀等人準備一切按照諸葛亮定好的策略進行，諸營依次退軍。
魏延大怒，趁楊儀還沒出發，先率領麾下直接向南返回。不僅如此，還將沿途棧道全部燒燬。
魏延、楊儀二人分別給後主劉禪上表，稱對方謀反。一日之間，羽檄交馳。
劉禪看著二人的奏章，一臉蒙逼，根本無法判斷誰是誰非。然後請侍中董允、留府長史蔣琬前來，請二人幫忙判斷。二人不知爲何，都向劉禪保證楊儀不會謀反，懷疑是魏延叛亂。
楊儀命士卒趕緊打通棧道，晝夜兼程，緊跟著魏延往漢中撤退。
魏延佔據南谷口，派兵攻打楊儀等軍。楊儀不得已，派將軍何平爲先鋒，抵擋魏延。
何平率軍來到南谷口下，也不發兵攻打，而是怒斥魏延麾下士卒：“諸葛公剛剛仙逝，屍骨未寒，你們想幹什麼？造反嗎？”
將士們雖然平時擁戴魏延，但是，現在諸葛亮剛死，魏延就派他們攻打自己人。將士們都認爲魏延理虧，不應該如此。於是，紛紛放下兵器，自行散去。
魏延看自己成了光桿司令，知道大勢已去，便帶著兒子魏和率麾下數人逃亡，直奔漢中。
楊儀當即命馬岱率軍追趕，將魏延父子當場格殺。馬岱將魏延的人頭帶回來覆命，楊儀拿腳踩在魏延的頭上。恨恨地說：“庸奴，還能再作惡嗎？”於是，下令將魏延夷滅三族。
魏延曾經做過一個奇怪的夢，夢見自己頭上長角。覺得奇怪，便讓叫一個趙直的神棍來給自己解夢。
趙直騙對魏延說：“頭上長角的，那是麒麟呀！並且，麒麟作爲瑞獸，從來不用自己的角去戰鬥。這說明將軍您將立大功，不戰而屈人之兵！”
魏延非常高興，大大獎賞了趙直。
誰知，趙直私下裡卻對別人說：“角字分開，就是刀下面一個用字。也就是頭上用刀的意思，大兇之兆呀！”
趙直這麼說，如果讓魏延聽到了會怎麼想。作爲武將，有胸肌應該正常，但是，男人有兇兆就不正常了吧。
其實，當時魏延根本就沒有謀反的意思。他一直想著，返回漢中後殺掉楊儀，然後能夠繼承諸葛亮的位置，成爲輔政大臣。所以，在士卒離散後，魏延依然是朝南逃回漢中，而不是朝北投奔曹魏。
蔣琬率領數營御林軍，向北進發，準備平息叛亂。可是，剛走數十里，魏延的死訊就已經傳來了。於是蔣琬乾脆回了成都。
楊儀等人返回漢中後，一切按照諸葛亮的遺願，將諸葛亮葬在漢中定軍山。依山爲墳，墓穴僅能放下一口棺材，隨葬也就一些四季衣服，不陪葬貴重物品。
後主劉禪下詔弔唁，並派左中郎將杜瓊持節前往漢中，贈給丞相武鄉侯印綬，諡號爲忠武侯。
諸葛亮臨終前曾上書給劉禪，稱自己在成都有八百株桑樹，十五頃田畝子孫衣食能夠自給自足。待自己死後，不能使家裡有多餘的財產。
丞相長史張裔經常稱讚諸葛亮說：“諸葛公爲人最爲公正，賞賜將士的時候，從來不遺漏一個人，哪怕跟自己沒有交情。處罰人的時候，絕不會因爲是自己親近的人就有所偏袒。封賜爵位的時候，絕對不會給無功之人，用刑的時候，絕對不避權貴。這也是國內所有人都願意爲他忘身奉獻的原因。”
陳壽在《三國志》中評價這樣諸葛亮：“諸葛亮之爲相國也，撫百姓，示儀軌，約官職，從權制，開誠心，布公道；盡忠益時者，雖讎必賞，犯治怠慢者，雖親必罰，服罪輸情者，雖重必釋，遊辭巧飾者，雖輕必戮；善無微而不賞，惡無纖而不貶；庶事精練，物理其本，循名責實，虛僞不齒。終於邦域之內，鹹畏而愛之，刑政雖峻而無怨者，以其用心平而勸戒明也。可謂識治之良才，管、蕭之亞匹矣！”稱諸葛亮能與管仲、蕭何相比。
楊儀將軍隊安全帶回漢中，又誅殺了魏延，常常認爲自己功勞最大，應當代替諸葛亮主持朝政。
而諸葛亮認爲楊儀性格狹隘，曾指明由蔣琬代任。朝廷便任命蔣琬爲尚書令、益州刺史。
等楊儀返回成都，被朝廷拜爲中軍師，手下沒有兵將，只是個閒職。於是，楊儀不滿朝廷安排，處處出言不遜。大家都不敢說他，唯有後軍事費禕對其很失望。
後來，有一次，楊儀對費禕說：“當時丞相無常，如果無舉兵向北，投靠魏國，現在肯定是位高權重吧！唉，悔不當初呀！”
之前楊儀出口不遜，誹謗朝廷，費禕也只是對其失望。現在竟然說出如此大逆不道之言，費禕對其痛恨不已，密奏朝廷。
建興十三年，楊儀被廢爲庶民，貶謫到漢嘉郡。楊儀都被貶了，竟然還不知悔改，不斷上書誹謗朝廷。於是，郡守將楊儀收入大牢。
楊儀知道自己沒希望了，便在獄中自殺。楊儀死後，其妻子家眷又返回了蜀中。
當初，長水校尉廖立自負才華，常常口出怨言，誹謗朝廷。被諸葛亮廢爲庶民，貶謫到汶山。諸葛亮死後，廖立哭著說：“吾終爲左衽矣！”意思是說，自己將終老在蠻夷之地，再也沒有回到廟堂之上的機會了。
還有一個李平，常常希望諸葛亮哪一天突然想起他，能夠讓他返回朝廷。當聽到諸葛亮的死訊後，知道之後再也不會有人啓用他了，發病而死。其子李豐倒頗受朝廷重用，官至朱提太守。
蜀漢百姓思念諸葛亮，紛紛請求爲其立廟祭祀，後主劉禪不聽，百姓便逢年過節在路邊祭祀。步兵校尉習隆等人上表，請求在諸葛亮墓旁邊立一座廟，官方主持祭祀，不讓百姓在路邊胡亂祭祀了。於是，後主答應，在沔陽爲諸葛亮立廟。