達(dá)賴汗倉惶引兵抗拒，他是固始汗子孫中軍事能力最爲(wèi)傑出的一人，其自康區(qū)千里行軍、跨越艱難，爲(wèi)父報(bào)仇的一戰(zhàn)，堪稱經(jīng)典。
可是此時(shí)和碩特蒙古軍隊(duì)雖然表現(xiàn)出了驍勇頑強(qiáng)的戰(zhàn)鬥意志，而大順軍也由於長途跋涉的行軍以及不適應(yīng)青藏高原氣候，表現(xiàn)並不盡如人意。
但是。
在兩軍交戰(zhàn)的關(guān)鍵時(shí)刻，達(dá)賴汗的後方卻又爆發(fā)了大批雪區(qū)僧俗貴族的叛亂行動(dòng)。
和碩特汗國大軍受此影響，軍心大亂，在白天剛剛被蒙古軍隊(duì)擊退的順軍，經(jīng)過商議以後，決定由米剌印、馬科兩人親自率軍，在當(dāng)晚便趁著夜色，全力猛撲蒙古軍營地。
馬科的副將果毅將軍張國武引兵急戰(zhàn)，黑暗中連續(xù)踹破和碩特軍數(shù)個(gè)營盤，造成了敵軍的蜂擁逃竄。
米剌印故技重施，用打敗固始汗的戰(zhàn)術(shù)，再次重創(chuàng)了達(dá)賴汗，和碩特蒙古軍在黑夜中遭到襲擊，頓時(shí)大潰，餘衆(zhòng)多遭到藏軍沿途截?fù)粢u擾，基本上全軍覆沒。
只有達(dá)賴汗率領(lǐng)十餘騎出逃西域，投奔了準(zhǔn)噶爾部的首領(lǐng)僧格臺吉，繼續(xù)同大順軍爲(wèi)敵。
和碩特汗國滅亡以後，順朝即在雪區(qū)恢復(fù)了達(dá)賴系統(tǒng)的統(tǒng)治權(quán)力，但同時(shí)爲(wèi)了達(dá)賴系統(tǒng)的力量和保持順軍的軍事幹涉力量，李來亨又提升了第巴系統(tǒng)衆(zhòng)雪區(qū)地方貴族的權(quán)力。
第巴本是達(dá)賴的管家，其由雪區(qū)宗教首領(lǐng)的日常生活總管，逐漸演變爲(wèi)雪區(qū)事實(shí)上的行政系統(tǒng)首腦。
此時(shí)得到順朝軍事力量的支持以後，甚至有了稱王的打算。
可李來亨絕無支持第巴取代達(dá)賴的打算，大順在雪區(qū)除了另外借軍事威壓力量扶持起數(shù)個(gè)宗教領(lǐng)袖以外。即在第巴系統(tǒng)內(nèi)部，也廣建諸侯，使得雪區(qū)各地的地方貴族都可以進(jìn)入拉薩第巴執(zhí)政，實(shí)際上將第巴變成了類似順朝政事堂羣相制的體制，杜絕了一人掌握大權(quán)的獨(dú)斷可能性。
此外李來亨又以米剌印爲(wèi)西藏都督府都督，留順軍精兵三千人暫駐雪區(qū)，以維繫大順的軍事存在。
不過米剌印系回教教徒，不受雪區(qū)僧俗各界貴族的支持，後來大順發(fā)兵討伐準(zhǔn)噶爾時(shí)，準(zhǔn)噶爾部首領(lǐng)僧格臺吉便秘密授意他那個(gè)在雪區(qū)學(xué)佛的弟弟葛爾丹，聯(lián)絡(luò)雪區(qū)僧俗各界起兵驅(qū)逐順軍。將米剌印刺殺後，又坑殺了順軍將士兩千多人。
這以後，直到制將軍李懋亨、張國武率軍入藏俘殺葛爾丹爲(wèi)止，青藏地區(qū)都落入了準(zhǔn)噶爾部的手中，一度成爲(wèi)順朝的心腹大患。
李來亨也吸取了西藏都督府設(shè)置失敗的教訓(xùn)，改爲(wèi)採取了剝離雪區(qū)的方式以弱藏，除將青海全境併入甘肅省外，又將康區(qū)全部併入四川省中。
大順滅亡和碩特汗國的戰(zhàn)爭，也震動(dòng)了天山南北。原本被固始汗留在天山南北的和碩特舊部，聞此噩耗，無不爲(wèi)之震驚非常。
準(zhǔn)噶爾部的首領(lǐng)僧格臺吉也抓住這個(gè)機(jī)會(huì)，以共同對抗順軍擴(kuò)張爲(wèi)由，強(qiáng)化了衛(wèi)拉特聯(lián)盟之間的關(guān)係，而準(zhǔn)噶爾部和留在天山一帶的和碩特殘部，爲(wèi)了爭奪衛(wèi)拉特聯(lián)盟的最高領(lǐng)導(dǎo)權(quán)，其鬥爭也達(dá)到了白熱化程度。
最終準(zhǔn)噶爾部與和碩特殘部兵刃相見，大戰(zhàn)一場後，和碩特殘部被完全擊敗，準(zhǔn)噶爾部順利實(shí)現(xiàn)了對西蒙古諸部的統(tǒng)一整合，實(shí)力大爲(wèi)上升。
然而一部分被僧格臺吉擊敗的和碩特餘部，經(jīng)由葉爾羌汗國佔(zhàn)領(lǐng)的哈密地區(qū)，逃奔嘉峪關(guān)投奔順朝。
其時(shí)徵虜大將軍郭君鎮(zhèn)已經(jīng)因病回京，時(shí)任西北經(jīng)略使的周祚鼎即決定收納這些和碩特部敗兵，於是命制將軍馬科、趙自牢領(lǐng)兵出嘉峪關(guān)迎接和碩特部敗兵。
結(jié)果順軍剛出嘉峪關(guān)，進(jìn)入哈密地界不久，即遭到葉爾羌汗國兵馬的襲擊。此前和碩特?cái)”┻^塔里木盆地東奔時(shí)，已經(jīng)和葉爾羌汗國發(fā)生了許多衝突。
現(xiàn)在葉爾羌汗國準(zhǔn)備興兵擊滅這些和碩特部殘兵，竟然連同順朝軍隊(duì)一起攻擊。
馬科、趙自牢隨即奮兵反擊，晝夜苦戰(zhàn)，由於不熟悉西域的地理環(huán)境，順軍損失很大，沿途因飢餓乾渴而死的人，竟然有上千人之多，付出很大代價(jià)才順利帶著和碩特餘衆(zhòng)撤入關(guān)內(nèi)。
哈密之?dāng)。俅我槼弥系妮浾摖幾h。
許多大臣都認(rèn)爲(wèi)西域得失，於中原無關(guān)，不應(yīng)該白白耗費(fèi)這樣多的力量去同準(zhǔn)噶爾部、和碩特部爭奪西域，還上書稱哈密之?dāng)∈且驙?wèi)天心厭戰(zhàn)，是上天在警示大順不能再繼續(xù)窮兵黷武下去了。
但也有不少關(guān)心陝西安危的元?jiǎng)旃Τ迹麄兌颊J(rèn)爲(wèi)哈密的得失關(guān)係著西北的安定，西北的安定則關(guān)係著這些元?jiǎng)旃Τ紓兗亦l(xiāng)桑梓的安全。
勳臣們的政治能量可比那些科道言官強(qiáng)大太懂了，李來亨得到衆(zhòng)多陝西籍的勳臣背書支持，底氣十足，立即便詔令以劉芳亮爲(wèi)徵虜大將軍，代替因爲(wèi)傷兵回京的郭君鎮(zhèn)出鎮(zhèn)甘肅，開始部署收復(fù)哈密的作戰(zhàn)。
葉爾羌汗國此時(shí)已經(jīng)陷入嚴(yán)重的教派鬥爭，早在阿布都克里木汗時(shí)期，天方回教的“和卓”一派即開始進(jìn)入葉爾羌汗國。
阿布都克里木汗之子馬黑麻汗繼位以後，黑山派和卓受到汗王的大力支持，這一教派在葉爾羌汗國內(nèi)迅速發(fā)展。稍後，白山派也進(jìn)入該國，要求分享黑山派的權(quán)力。兩派之間的矛盾越來越尖銳，甚至發(fā)生血腥廝殺。
後來黑山派擁立伊思瑪業(yè)勒爲(wèi)葉爾羌汗。伊思瑪業(yè)勒汗鎮(zhèn)壓白山派，白山派首領(lǐng)阿帕克和卓經(jīng)克什米爾逃往西藏，達(dá)賴隨即將阿帕克和卓獻(xiàn)於順朝。
徵虜大將軍劉芳亮得此奇貨可居以後，便命令制將軍趙自牢、康大眼率軍護(hù)衛(wèi)阿帕克和卓進(jìn)軍葉爾羌汗國，而準(zhǔn)噶爾方面，也趁著葉爾羌汗國集中兵力對抗順軍西征的機(jī)會(huì)，大舉攻伐，奪取了全部的伊犁河谷一帶。
由於順軍以護(hù)衛(wèi)阿帕克和卓建政爲(wèi)口號，葉爾羌汗國內(nèi)部不少信奉白山派的教徒紛紛起兵響應(yīng)，汗王大軍兵敗如山倒，數(shù)月以後即遭到趙自牢俘虜，獻(xiàn)俘宮闕於東京。
葉爾羌滅亡以後，西域出現(xiàn)了大面積的權(quán)力真空情況，準(zhǔn)噶爾部趁機(jī)四面擴(kuò)張，同暫時(shí)駐留在哈密附近的順軍接連發(fā)生衝突。
本就有意徹底擊滅準(zhǔn)噶爾部，完全收取西域的李來亨，隨即便授意劉芳亮伐準(zhǔn)全權(quán)，展開了一場規(guī)模浩大的新戰(zhàn)事。