固始汗此時(shí)獲悉西寧守軍兵力薄弱，於是帶領(lǐng)一萬部衆(zhòng)突擊西寧，軍至城下，成功包圍了郭君鎮(zhèn)。
但郭君鎮(zhèn)鎮(zhèn)定自若，組織百姓?qǐng)?jiān)守城池，並親自領(lǐng)兵夜襲敵營(yíng)，大獲成功。
不久米剌印率軍趕到，順軍對(duì)西寧附近地區(qū)的和碩特軍展開了猛烈的攻擊，同時(shí)開始了招降活動(dòng)。在大順軍的攻擊下，固始汗佔(zhàn)據(jù)的據(jù)點(diǎn)和寺院逐個(gè)喪失。
青海地區(qū)最重要的喇嘛教寺廟塔爾寺也被米剌印攻破，衆(zhòng)多很有威望的大喇嘛被迫投降，結(jié)果被郭君鎮(zhèn)下令一概處死，參加叛亂的喇嘛僧衆(zhòng)也遭到嚴(yán)厲鎮(zhèn)壓。
在和碩特軍節(jié)節(jié)敗退、一部分參加叛亂的蒙古王公紛紛投降的情況下，固始汗於十二月將扣壓的順朝使者送還大順軍，並附疏上奏朝廷，爲(wèi)自己開脫罪責(zé)，請(qǐng)求議和。李來亨對(duì)此置之不理，下令大順軍平叛到底，必取固始汗首級(jí)方能回師。
順軍繼續(xù)清除西寧附近的叛軍，很快收復(fù)了鎮(zhèn)海、申中、南川、西川、北川等地。固始汗被迫率領(lǐng)殘部向西潰逃。當(dāng)米剌印等率領(lǐng)三千順軍進(jìn)攻郭隆寺時(shí)，遭到這裡萬餘名喇嘛僧衆(zhòng)的頑強(qiáng)抵抗，戰(zhàn)鬥異常激烈，可僧衆(zhòng)沒有正式軍事訓(xùn)練，死亡慘重。
衆(zhòng)多黃教喇嘛逃跑後被順軍俘獲，押解入京，李來亨親自下令，對(duì)其一律處以死罪，傳首青海、西藏等地。
郭隆寺之戰(zhàn)是平定青海和西藏之役中最激烈的戰(zhàn)役，用郭君鎮(zhèn)的話說：“自滅清以來未有如此大戰(zhàn)者。”
固始汗在西寧附近戰(zhàn)敗後，率部退逃到離西寧千里之遙的柴達(dá)木河一帶。在這種形勢(shì)下，郭君鎮(zhèn)提出於四月草青時(shí)，四路並進(jìn)合攻青海的作戰(zhàn)方案，而米剌印則提出乘春草未生，以精兵五千、馬萬匹，乘敵不備、遠(yuǎn)程奇襲的作戰(zhàn)方案。
郭君鎮(zhèn)將兩種方案一併上報(bào)朝廷，李來亨最終採納了米剌印的作戰(zhàn)方案。這樣，大順軍便分三路向柴達(dá)木進(jìn)剿。
米剌印率兵自西寧出南路西進(jìn)，沿途捕殺叛軍的偵騎並消滅其留守部隊(duì)，神不知鬼不覺地進(jìn)入柴達(dá)木河上游地區(qū)。很快順軍探知固始汗大營(yíng)在烏蘭穆和爾，米剌印便率軍連夜拔營(yíng)疾行，直搗和碩特軍大營(yíng)。
當(dāng)順軍抵達(dá)蒙軍營(yíng)帳時(shí)，固始汗部屬尚未起牀，人不及衣，馬未銜勒。順軍分四路發(fā)起突然襲擊，蒙軍猝不及防，倉皇逃散，潰不成軍。
固始汗見大勢(shì)已去，便服下毒藥試圖自殺，但被周圍侍從搶救了下來。很快順軍攻破和碩特軍營(yíng)帳，順軍先鋒趙自牢殺入帳中，由於一些蒙古兵極力抵抗，亂戰(zhàn)之中，趙自牢即命令所部衛(wèi)兵放排槍將固始汗等和碩特部的重要王公一併打死。
此役順軍徹底擊潰和碩特部，俘獲其王公不可計(jì)數(shù)，很快肅清了青海地區(qū)的一切敵對(duì)力量。米剌印率所部五千精兵，僅用十五天，奔襲千餘里，直搗敵穴，擒斬固始汗，創(chuàng)下殊功，因此封侯。
而佔(zhàn)領(lǐng)西藏地區(qū)的和碩特汗國(guó)經(jīng)此一役，損失慘重，特別是固始汗遭到順軍俘殺，直接造成了和碩特汗國(guó)的大規(guī)模內(nèi)部紛爭(zhēng)。
固始汗當(dāng)初將八個(gè)兒子留在青海，護(hù)衛(wèi)汗國(guó)，建立了八臺(tái)吉的軍隊(duì)，將青海劃分爲(wèi)左右兩翼。
如今左右兩翼的兵力都遭到了大順軍的毀滅性打擊，基本上被盡數(shù)殲滅，和碩特蒙古的勢(shì)力從青海地區(qū)全盤退出。
和碩特汗國(guó)的勢(shì)力範(fàn)圍就此退縮到了西藏一隅之地，可是西藏的政教大權(quán)都握於達(dá)賴系統(tǒng)和第巴系統(tǒng)的手中，汗廷系統(tǒng)主要掌握軍事力量而已。
如今和碩特汗廷的軍事力量瓦解，原本達(dá)賴掌宗教和財(cái)經(jīng)，第巴掌行政，汗廷掌軍事的平衡結(jié)構(gòu)就被破壞了。
和碩特汗國(guó)本就是蒙藏二元維持的統(tǒng)治體系，汗國(guó)是蒙古貴族領(lǐng)導(dǎo)的，但是裡面有格魯派領(lǐng)袖爲(wèi)宗教領(lǐng)導(dǎo)，形成二元關(guān)係。本來，固始汗汗國(guó)打敗藏巴汗，救了格魯派，把他們獲得在西藏政治領(lǐng)導(dǎo)層地位，但是五世達(dá)賴?yán)锵到y(tǒng)不安於翻身，而且要獲得最高權(quán)力。
如今固始汗被順軍俘殺，和碩特汗廷的軍事力量和威望都遭到了沉重打擊。達(dá)賴系統(tǒng)爲(wèi)了奪取西藏的政教大權(quán)，立即起兵作亂，攻殺了固始汗的長(zhǎng)子達(dá)延鄂齊爾，不久達(dá)延鄂齊爾之子丹增達(dá)賴又從西康殺回西藏。
丹增達(dá)賴間道疾馳，跨越了荒無人煙的山區(qū)，任馱馬凍餓而死，艱苦耐勞的蒙古將士們還是挺過了這段艱難的路程，以神兵天降的姿態(tài)突然出現(xiàn)在了五世達(dá)賴的面前。
藏軍猝不及防，雖然佔(zhàn)有兵力優(yōu)勢(shì)，可是驍勇善戰(zhàn)的蒙古兵行軍千里，拋棄了一切輜重，人人都知道一旦戰(zhàn)敗，絕無回家之路，因此士氣高昂，死戰(zhàn)不止，竟然一舉將人數(shù)倍於本方的藏軍徹底擊潰。
丹增達(dá)賴隨即攻佔(zhàn)了日喀則和拉薩，繼位爲(wèi)和碩特汗國(guó)的第二代大汗達(dá)賴汗。
他爲(wèi)了報(bào)父親被五世達(dá)賴攻殺之仇，即以五世達(dá)賴行爲(wèi)不端爲(wèi)理由，將其廢除，另外從前藏地方貴族中挑選了合適人選作爲(wèi)六世達(dá)賴。
但這也造成了雪區(qū)僧俗各界有力貴族對(duì)達(dá)賴汗政權(quán)的抵制，地方上因此叛亂不斷，達(dá)賴汗忙於四面彈壓地方貴族的叛變，無力整合從青海敗退下來的和碩特餘部殘兵。
四川方面順軍趁機(jī)大舉西進(jìn)，由經(jīng)略使苗裡琛指揮部將賀珍、白文選、武大定等人興兵攻伐西康，消滅了當(dāng)?shù)貧堭N的和碩特餘部，軍至巴塘後刻碑紀(jì)石後方返回四川。
在青海一帶，坐鎮(zhèn)西寧的徵虜大將軍郭君鎮(zhèn)聽聞了西藏內(nèi)亂的情況後，便立即派遣米剌印和熟悉青海道路的前明總兵馬科，一起率領(lǐng)精兵八千人，自青海急速入藏。
大順軍沿途招徠雪區(qū)貴族，熟悉西藏政教內(nèi)情的米剌印趁機(jī)提議打出了復(fù)立五世達(dá)賴的口號(hào)。馬科同意他的意見後，順軍便獲得了雪區(qū)貴族的大力支持，沿途行軍毫無顧忌，星夜南下，穿越了冰天雪地的青藏高原以後，飛抵日喀則。