屯田促進(jìn)了西域的農(nóng)業(yè)開(kāi)發(fā)，推動(dòng)了民治機(jī)構(gòu)的建立。西域東西七千餘里，南北六千餘里，周兩萬(wàn)餘里，大順統(tǒng)一西域之後，戶政府就提出移民開(kāi)發(fā)的計(jì)劃。
戶政府方面主張遷移“甘肅等處無(wú)業(yè)貧民前赴營(yíng)生耕作”，認(rèn)爲(wèi)這樣既有利於開(kāi)發(fā)西域，又可以緩和內(nèi)地人口矛盾，可以一舉兩利。
李來(lái)亨多次指示西北經(jīng)略使周祚鼎和安西大都督李懋亨招募甘肅百姓到西域種地。
世祖朝中期，甘肅省連年受旱災(zāi)之苦，李來(lái)亨不能不考慮解決西北龍興之地的窮困問(wèn)題。
他注意到“邊陲生計(jì)艱難，尤當(dāng)急爲(wèi)籌畫(huà)以裕久長(zhǎng)”，使甘肅災(zāi)區(qū)人民改善困境。李來(lái)亨認(rèn)爲(wèi)，西域統(tǒng)一以後，大興屯田已成樂(lè)土，“商民輻輳，風(fēng)景不殊內(nèi)地”，但沒(méi)有出現(xiàn)內(nèi)地百姓踴躍前往的局面，是因爲(wèi)他們?nèi)狈?duì)西域開(kāi)發(fā)情況的具體瞭解，所以裹足不前。
他要求地方官員設(shè)法勸導(dǎo)甘肅百姓商戶出嘉峪關(guān)種地，“將來(lái)關(guān)外生聚滋蕃，兼可酌添郡縣，而此等待食之民向外多移一人，即少耗內(nèi)地一日之粟，可使蓋藏漸裕，化瘠爲(wèi)腴”。半年後，甘肅又遇大旱，到處都是流民，朝廷撥銀二百萬(wàn)元、糧二十萬(wàn)石賑濟(jì)災(zāi)民，並指示長(zhǎng)安方面，令其設(shè)法勸諭流民赴西域種地，“使共知邊外謀生之實(shí)利，自必熙攘趨赴，不特目前之嗷嗷者，不至漂泊無(wú)依；即將來(lái)或遇欠收，而瘠土貧民，亦可免坐守睏乏，實(shí)爲(wèi)籌備邊氓生計(jì)之長(zhǎng)策”。
甘肅百姓商戶不斷進(jìn)入西域，爲(wèi)加強(qiáng)對(duì)他們的管理，朝廷又逐漸設(shè)立起民治機(jī)構(gòu)，在巴里坤設(shè)鎮(zhèn)西府，烏魯木齊設(shè)迪化州，其他地方分別設(shè)阜康、昌吉、綏來(lái)、宜禾、奇臺(tái)等縣。這些州縣機(jī)構(gòu)都設(shè)在北疆，是屯田制的進(jìn)一步發(fā)展。
儘管李來(lái)亨把西域屯田視爲(wèi)造福於子孫後代之舉，但此舉並非是朝廷全體成員的共識(shí)，朝野內(nèi)外分歧較大。
在平定準(zhǔn)噶爾後的第三年進(jìn)行廷試時(shí)，新科進(jìn)士的條奏中有人就說(shuō)“古之屯田爲(wèi)勞民”的不同看法，變相地指責(zé)伊犁屯田與西漢輪臺(tái)屯田同樣勞民傷財(cái)。
李來(lái)亨抓住這個(gè)機(jī)會(huì)宣傳西域屯田的深遠(yuǎn)用意，他說(shuō)，現(xiàn)在伊犁屯田，完全是依靠回部土著種地，回部本以種地爲(wèi)業(yè)，準(zhǔn)噶爾部控制西域時(shí)就是如此。伊犁地區(qū)原有大面積耕地，朝廷統(tǒng)一西域後，令回人照舊種地，“不過(guò)是還其所固有，而都督等循行勸墾，亦惟用其人以墾其地。曾有一內(nèi)地百姓抑之負(fù)耒而往者乎”。
針對(duì)遣犯種地一事解釋說(shuō)，這些罪犯都是惡貫滿盈、本該處死之人，現(xiàn)在讓他們前往西域種地，“以減死之人而予以謀生之路，伊等即不得謂之民，又安得謂之勞也”。他特別強(qiáng)調(diào)西域屯田，不單單爲(wèi)守土軍隊(duì)解決糧食問(wèn)題，“國(guó)家生齒繁庶，滋生民數(shù)，歲不下億萬(wàn)，而提封止有此數(shù)，餘利頗艱。沿邊內(nèi)地民人前往種植，成家室而長(zhǎng)子孫，其利甚溥。設(shè)從而禁之，是厲民矣。今烏魯木齊、闢展各處，知屯政方興，客民已源源前往貿(mào)易，茆檐土銼，各成聚落。將來(lái)阡陌日增，樹(shù)藝日廣，則甘肅等處無(wú)業(yè)貧民前赴營(yíng)生耕作，汙萊闢而就食多，於國(guó)家牧民本圖，大有裨益”。
他最後表示：“今辦理屯種，亦只因地制宜之舉。而無(wú)識(shí)者又疑勞民，朕實(shí)不解，且付之不必解，而天下後世自有公論耳。”
李來(lái)亨本來(lái)就善於言辭，又是無(wú)人敢於直接反駁的九五至尊，在廷試上將新科進(jìn)士們說(shuō)得啞口無(wú)言，事後又囑咐吏政府，將那些反對(duì)西域屯田政策的士人打入另冊(cè)，全部送去進(jìn)士館多讀個(gè)五六年書(shū)再說(shuō)。
烏魯木齊位於北疆中部，氣候條件適宜農(nóng)耕，土壤肥沃，水源充足。經(jīng)過(guò)大順組織的屯田開(kāi)發(fā)以後，經(jīng)濟(jì)迅速繁榮了起來(lái)，逐步被改製爲(wèi)由大都督府流官直接管轄的迪化州，其人口稠密甚至逐漸超過(guò)了伊犁。
西域地域遼闊，漫長(zhǎng)的邊境線長(zhǎng)達(dá)數(shù)千裡，當(dāng)時(shí)需要防範(fàn)的首先是哈薩克。哈薩克和衛(wèi)拉特蒙古同屬遊牧民族，過(guò)著逐水草而居的生活。準(zhǔn)噶爾政權(quán)控制西域地區(qū)時(shí)，哈薩克人懼怕準(zhǔn)噶爾騎兵的搶掠，曾躲避到很遠(yuǎn)的地方。
大順恢復(fù)西域後，北疆衛(wèi)拉特因戰(zhàn)爭(zhēng)人口銳減，哈薩克乘虛而入，哈薩克人竟派使者向順朝駐軍說(shuō)：“衛(wèi)拉特之地現(xiàn)俱閒曠，我哈薩克人有在塔爾巴哈臺(tái)、庫(kù)克烏蘇、綽爾渾巴爾魯克、阿勒坦額默勒等處遊牧者。我等皆天朝臣僕，懇準(zhǔn)至伊犁遊牧。”
對(duì)於這種無(wú)理要求，安西大都督府方面嚴(yán)詞拒絕，明確要求哈薩克部衆(zhòng)：伊犁絕不允許哈薩克人進(jìn)入，塔爾巴哈臺(tái)等處遊牧之人必須遷出。
李來(lái)亨也明確指示長(zhǎng)期駐節(jié)伊犁的安西大都督李懋亨，不惜動(dòng)用武力，務(wù)將越界遊牧哈薩克驅(qū)逐出境，如其抵抗，則舉兵攻伐，盡數(shù)奪取其牛羊。
順朝對(duì)哈薩克人越界遊牧，始終保持著高度的警惕性後來(lái)哈薩克牧民因貪圖伊犁地區(qū)水草繁茂的自然條件，常在冬季偷越邊界，攜帶大批牲畜在伊犁過(guò)冬。
雙方因此頻頻發(fā)生衝突，只是由於蔥嶺橫絕，順朝又還未消化廣袤的西域土地，大量軍隊(duì)又深陷在南洋和緬甸同已經(jīng)中興的後西明——呆迷兒帝國(guó)進(jìn)行曠日持久的爭(zhēng)霸戰(zhàn)爭(zhēng)，這才稍緩武力政策，直到日後哈薩克三玉茲部落內(nèi)亂時(shí)，方纔出兵平定了哈薩克。
此外，大順在經(jīng)略西域的過(guò)程中，也同沙皇俄國(guó)逐漸建立了外交關(guān)係。到世祖朝中期以後，順俄兩國(guó)的邊境線，已經(jīng)在中亞、漠北一帶貼合，實(shí)際接觸增多。
俄國(guó)人數(shù)次想要越過(guò)貝加爾湖，繼續(xù)向黑龍江一帶佔(zhàn)領(lǐng)土地。然而這時(shí)候的黑龍江邊界一帶，在安東大都督府的管理下，已經(jīng)長(zhǎng)期駐紮有巡視軍隊(duì)三千人之多，俄國(guó)人抵達(dá)黑龍江一帶的數(shù)百哥薩克探險(xiǎn)者，在軍事技術(shù)上對(duì)順軍全無(wú)優(yōu)勢(shì)，人數(shù)更遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如，很快就被驅(qū)逐出境。
此後又經(jīng)過(guò)了幾次試探以後，沙皇俄國(guó)終於確信了大順在邊疆上的實(shí)力，主動(dòng)將其擴(kuò)張停止在了貝加爾湖以西的地帶。
兩國(guó)在哈薩克及漠北草原一帶，偶有衝突，但總體上由於順朝對(duì)沙皇俄國(guó)採(cǎi)取了較爲(wèi)優(yōu)待的貿(mào)易政策，雙方基本上沒(méi)有產(chǎn)生過(guò)千人規(guī)模以上的武裝衝突。