和碩特汗國的覆滅和葉爾羌汗國的覆滅，雖然都是大順軍出了主要力量，但結果卻是讓衛拉特四部之一的小小準噶爾部，收取漁翁之利，獲得了大部分利益。
固始汗被擊滅，盤踞西藏的和碩特汗國被順朝遠征軍徹底滅國後，準噶爾部趁機擊破了同樣在天山一帶遊牧的和碩特殘部，得以徹底統一衛拉特諸部。
原本準噶爾部的僧格臺吉，借這次對外戰爭的勝利，消弭了內部矛盾。他在打敗和碩特部、成爲衛拉特四部盟主以後，改稱渾臺吉，同僧格渾臺吉本來有許多矛盾的兩個弟弟，則被放出各領一部，前往伊犁一帶遊牧。
葉爾羌汗國在哈密被順軍打敗以後，原本就開始遊牧至伊犁河谷流域的準噶爾部，立即召集衛拉特各部聯軍，大舉攻伐葉爾羌汗國，給了這個在順軍攻打下已經垂死的回教政權以最後的致命一擊。
葉爾羌汗國亡國後，哈密及塔里木盆地東部的一部分綠洲城市被順軍控制。但更加富庶的伊犁河谷及塔里木盆地西部的喀什等城市，則落入了衛拉特諸部聯軍的手中。
僧格渾臺吉放任大軍劫掠了這些以綠洲農業和絲綢之路商業爲主的城市居民，滿足了衛拉特各部的需求，藉此又強化了準噶爾部的盟主地位。
僧格渾臺吉手握分配這些城市布匹、鐵器、火藥、糧食等資源的大權，便能夠在衛拉特諸部中拉一派打一派，很快便在各部落中扶持起了大量擁護其盟主地位的鐵桿盟友。
準噶爾部對整個西蒙古衛拉特各部的支配力量，得以大大增強了。
在這樣的形勢下，僧格渾臺吉又引兵西向，過伊塞克湖，翻過蔥嶺，進入費爾幹納盆地大肆劫掠，滿載而歸。
回國途中，準噶爾人又遭到哈薩克部落的襲擊，他們憑藉駝城反擊，大獲全勝，等到返回天山草原時，僧格渾臺吉控制的總兵力，已經達到了五萬餘騎之盛，兵力之強還超過了和碩特汗國的全盛時期。
在這樣的情況下，僧格渾臺吉一面授意他那個正在拉薩學佛的弟弟葛爾丹於西藏製造叛亂，一面則準備引兵東進攻打哈密，張狂猖獗非常，即便李來亨沒有主動對準噶爾部實施打擊，順朝和西蒙古各部聯軍的戰爭也是不可避免的。
然而僧格渾臺吉的軍事才幹尚不及他那個弟弟葛爾丹強勢，幾次重大勝利，靠的不過是在順軍身後撿漏而已，準噶爾依舊只是一個部落，對於西蒙古諸部只是建立起了類似和碩特汗國那樣的盟友和半附庸關係。
僧格渾臺吉亦只是稱渾臺吉，而尚未稱汗，他還沒有足夠的力量和威望將準噶爾部爲盟主的西蒙古聯軍，凝聚爲一個準噶爾汗國政權。
這樣的敵人，當然不可能是順軍的對手。
順、準之間的首次衝突，即發生在哈密附近。
僧格渾臺吉派遣與他關係不睦的哥哥車臣率軍侵攻哈密，並許諾其攻陷哈密以後，便允許其自領一部在哈密和青海附近遊牧。
在這樣的許諾下，車臣召集了親信部下二千餘騎，又四處從其他部落中搜集了大量願意跟隨其前往哈密和青海一帶遊牧的蒙古人，聚集起了上萬兵力，加上沿途一起東進的婦孺老弱，形成了一支多達萬帳的大軍。
爲了應對準部東侵，劉芳亮便離開興京長安府，親自前往甘肅蘭州坐鎮指揮。
當時順軍以張國武領兵一千多人駐守沙州，康大眼領兵二千多人駐守哈密。由於嘉峪關以外，沙漠廣佈，道路難尋，城市依靠綠洲維繫生存，相互之間僅有可供小規模商旅通行的商路，大軍互相難以聯繫。
準部侵入哈密後，柴達木盆地西北的各綠洲小鎮迅速淪陷。車臣率領萬帳部落的遷徙大軍，沿著金山北麓直接挺進向嘉峪關方向。
負責駐守嘉峪關外順軍最大據點瓜州城的守軍將領，由於強行推行編戶齊民的政策，同當地回回、蒙古土著不和。當獲悉準部逼近瓜州的時候，順軍守將又強迫城外百姓放棄田宅撤入城中，對於不願撤走者，則強行放火焚燬其房屋。
這樣的做法導致了車臣繞行金山北麓，突然抵至瓜州城下的時候，城內的回回、蒙古土著便趁機發起反叛，殺害順軍守將及全城漢人將士、官佐以後，開城迎接準噶爾軍入城。
瓜州是大順在關西最大的駐防城市，守軍有四千人之多，竟然這樣輕而易舉地被準部攻佔。
而且瓜州處在沙州和哈密城的後方，是前線順軍聯繫嘉峪關的必經要點，瓜州淪陷以後，還駐留在哈密最前線的張國武、康大眼兩部，便成爲了孤懸於外的海外偏師，陷入孤立無援、彈盡糧絕的困境。
劉芳亮聞訊以後，首先向朝廷上書請罪，李來亨不許，反而繼續授予劉芳亮便宜行事的專任大權。
劉芳亮隨即下令免除處置不力的甘肅省觀察使、營田使和都捕盜使等人職務，重新請求朝廷委派得力官員赴任，同時將頓兵不前、增援瓜州不力的嘉峪關守將逮京下獄，啓用了一大批出身講武堂的少壯派軍官任事。
完成內部整頓的同時，劉芳亮又派遣李懋亨督軍出關，負責起收復瓜州和救援沙州、哈密兩城的重任。
其時準軍調集大兵，正在圍攻彈盡糧絕的沙州城。
沙州守軍本就只有一千多人而已，城中居民又皆非漢人，難以進行有效動員，一旦居民叛變，內外夾攻之下，勢必全軍覆沒。
守將張國武系前明宣大邊軍出身的軍將，參加過國初抗清戰爭的數場大規模會戰，又長期在東北、西北邊疆地帶任事，極富膽識。
他根據當地土著的習俗傳統，先是向百姓解釋了順朝的治理政策，又向他們渲染了準部破城以後勢必劫掠定居百姓財產的習慣，最後同城中土著大戶豪族，於神前禮拜結義，安定了沙州城的內部局勢。