儘管心有不甘，在暫時喪失航空戰力這種相當不利的境遇下，慄田健男只好率領艦隊主動退出戰鬥。藉著雨幕的掩護，日本南方面艦隊殘存艦隻最終得以擺脫美軍太平洋第1特混艦隊強勢的空中打擊，而3艘巡洋艦、3艘驅逐艦連同兩百餘架艦載機、三千多名官兵則就此消隕在了菲律賓東南海域……
菲律賓海一戰，實力強大的美國太平洋第1特混艦隊以微不足道的代價換來了一場酣暢淋漓的大勝，彰顯海軍航空兵技術革命性發展帶來的豐厚回報。海戰結束後，哈爾西率領艦隊再次逼近呂宋島，對日本駐軍部隊實施了第三輪空襲。由於技戰術層面的劣勢，日軍駐防部隊在這一輪打擊中損失慘重，部署在呂宋島及周邊島嶼的陸基雷達站大多被摧毀，大量軍事據點在遭美軍轟炸後被菲律賓抵抗聯盟武裝攻破，日軍在菲律賓培植的傀儡武裝陷於崩潰，日軍部隊的傷亡也急劇攀升。如若美軍艦隊繼續保持這種壓迫性的攻勢，只消一個月時間，日軍將被逐出菲律賓的大部分地區。
在此期間，重新組建的日本聯合艦隊終於完成了兵力集結，一支以四艘戰列艦、七艘航母以及六艘新式重巡洋艦爲主力的龐大艦隊浩浩蕩蕩殺向菲律賓海域，日本陸軍和海軍皆從東南亞各地抽調了航空兵派往菲律賓羣島，而持續的作戰行動已使得哈爾西艦隊消耗了三分之一的艦載機和相當一部分燃料彈藥。對於這樣的局面，無論參戰者還是旁觀者當中都存在兩種論點：一種認爲美國艦隊一鼓作氣地打垮日本海軍主力，使戰爭的波及範圍儘可能小、時間跨度儘可能短，以利於美國戰後艱難復興的經濟保持向上的趨勢；一種認爲美國艦隊應當避敵鋒芒，返回夏威夷或新幾內亞稍作休整，待日本艦隊遠離己方基地再尋找克敵制勝的決戰機會。
將在外，軍令有所不受。這句中國古語不但爲中國的軍事指揮官所推崇，在日本軍隊也時常成爲軍官們所引用的依據。聯合艦隊駛離本土海域之後，日軍大本營和海軍本部的各種見解、指示便只對艦隊指揮者的決策起參考作用，面對實際狀況採取何種抉擇，艦隊指揮官擁有絕對的決策權。
一戰時期，航母艦載機開始威脅到戰列艦、戰列巡洋艦的核心地位，而到了二戰，鉅艦大炮的時代無疑已是日薄西山，戰爭結束後，海軍航空流開始大行其道，各國競相設計建造大型航母和研發製造新型艦載機。在這種背景下，山本五十六作爲日本海軍航空流的代表人物，在日本海軍的地位和影響力逐漸達到了頂峰。1942年聯合艦隊重新組建，他當仁不讓地執掌起統御聯合艦隊的重任，並在日蘇戰爭期間成功壓制了蘇俄太平洋艦隊。戰爭結束後，山本憑藉對海軍建設做出的重要貢獻和戰爭時期的卓著戰功而得到擢升，此後長期擔任海軍軍令部長，再無機會馳騁疆場。此次聯合艦隊重新組建，資歷、聲譽以及威望都較爲突出的古賀蜂一成爲了新一任的聯合艦隊司令長官。相比於特點鮮明的山本五十六，古賀蜂一既不是海軍航空流的搖旗吶喊者，也不是對大炮或魚雷心懷執念的守舊派，他擔任過各級艦隊和各種艦艇的指揮官職務，又在艦政本部當過監督官，是爲數不多熟悉艦艇建造同時精通指揮的海軍將領之一，以開明而務實的性格受到僚屬人員尤其是青年軍官們的推崇。東京大爆炸發生時，他正率領第2艦隊巡航於北部海域，不但幸運地躲過了一劫，還因積極組織人員進行搜救善後而受到了褒獎。
不過，古賀首次擔任聯合艦隊司令長官就陷入了非常尷尬的處境。聯合艦隊此次集結被指責是史上效率最低的一次作戰集結，從大本營發佈命令到開拔居然歷時152個小時，導致慄田健男的南方面艦隊不得不在菲律賓海域獨自對抗美國的主力艦隊。一貫講究高效率的日本海軍倒不是因爲驕縱自大而荒廢了武功，這純粹是東京大爆炸帶來的後遺癥——海軍參謀本部和艦政本部原屬的將領、官員多半在那次慶典中殞命，後補的軍官和官員們都是臨危受命，許多人根本不熟悉新崗位的運作方式，很多受徵召的退休人員也是久疏戰陣。在聯合艦隊重建集結命令下達後，駐紮在本土南部的第3艦隊便由於補給物資遲遲不到位而無法開拔，第1和第2艦隊則因東京大爆炸後投入一線救援而導致了大面積的人員傷病減員，直到艦隊開拔，部分艦艇還有10%的缺員，而大批後備人員和海軍學員的加入迫使聯合艦隊不得不在航行途中開展各種訓練，也由此發生了多次非技術性的事故，有幾次都影響到了艦隊的航程。面對以上諸多困難，古賀和他的助手們想盡了一切可想之辦法，使出渾身解數才使得聯合艦隊得以儘早出發，所以從聯合艦隊指揮官的角度出發，古賀是不希望一抵達菲律賓就跟美國人面對面打一場硬仗的，如若美國艦隊知難而退，那麼他只會讓聯合艦隊裝模作樣地進行追擊。
聯合艦隊抵達菲律賓海域之時，駐紮在菲律賓的日軍航空部隊已持續48個小時未能監偵到美軍艦隊的蹤跡，另有情報現實夏威夷美軍似乎在爲艦艇入港補充休整做大規模的準備工作。即便如此，古賀蜂一還是慎重地擺開了迎戰架勢，他令狀況最好的兩艘輕型航母連同部分輕艦艇編成偵察分艦隊前往菲律賓東部海域進行戰鬥警戒，自己率領聯合艦隊主力在偵察分艦隊後方兩百海里處跟進，一旦偵察分艦隊發現美軍艦隊蹤跡，或是突然遭到敵人攻擊，聯合艦隊主力立即以餘下五艘航空母艦所載艦載機發動反擊。
接下來的三天，日軍出動艦載機三百多架次、陸基飛機兩百多架次，對菲律賓以東海域進行了大範圍、遠距離的偵察，結果未能捕獲美軍艦隊的蹤跡，反而是夏威夷的諜報人員傳回一條內容模糊的情報：望見美國艦隊駛入珍珠港，有戰列艦、航空母艦多艘。
古賀以爲美國主力艦隊真的返航夏威夷進行休整補充去了，他沒有料到，美國人爲這場局部戰爭醞釀和準備了很長時間，一開戰便迅速動員起整個國家的力量來，甚至極盡所能地藉助外部力量協助作戰。哈爾西指揮的美國太平洋第1特混艦隊看似孤軍深入，實際上並不缺乏後援，斯普魯恩斯指揮的第2特混艦隊便在其身後悄悄扮演著補給船隊的角色，第1特混艦隊消耗的艦載機和飛行員、因傷返航的輕艦艇及傷亡艦員均由第2特混艦隊及時補充。除此之外，美軍還將百分之九十的潛艇部隊投入到了太平洋戰場，爲艦隊作戰提供警戒、偵察、掩護，對菲律賓日軍的海上航線實施破壞，並且建立起了一條隱秘水下航運線，爲菲律賓抵抗聯盟武裝運送各種裝備、彈藥、器械、人員，使菲律賓日軍顧此失彼……
基於手裡掌握的各種情報信息，古賀決定率領艦隊主力前往馬尼拉，一方面讓那些精神緊張的新手們稍稍放鬆一些，另一方面，他準備分派艦艇加強對菲律賓各島嶼的封鎖，派遣陸戰隊協同陸軍部隊奪回被佔領的城鎮據點，絞殺菲律賓抵抗力量。適逢連日陰雨，擔負偵察警戒任務的兩艘輕型航母遂被召回，轉由陸基航空部隊和大型水上飛機進行遠程偵察，那些裝備雷達設備的輕巡洋艦和大型驅逐艦則負責機動警戒巡邏。結果，聯合艦隊主力剛剛駛入馬尼拉灣，哈爾西便指揮著美國太平洋第1艦隊殺回菲律賓海域，前一次美軍夜襲馬尼拉所造成的慘況讓古賀蜂一的參謀幕僚們甚是驚惶，一貫淡定的古賀這下也大爲緊張，他連夜率領主力艦艇駛離馬尼拉，卻遭美軍潛艇部隊埋伏。按照以往的作戰經驗，聯合艦隊那些加強了反潛能力的驅逐艦足以趕走那幾艘藉著月黑風高前來摸魚的美軍潛艇，然而美國人已經用上了聲響自導魚雷、磁性自導魚雷等技術日趨成熟的新式裝備，他們的潛艇連續在遠距離突施冷箭，於當晚接連擊沉日軍巡洋艦兩艘、驅逐艦五艘，創傷日軍經過現代化改裝的戰列艦“近江”號，重創日軍輕型航母“海鷹”號。