崇禎十年二月，即位不到一個月的太子朱慈烺主動禪位給弟弟定王，年號依然是夏天南定下的永曆，自己則變成了一個普通的皇子，而且終身沒有踏出慈慶宮方圓一里的範圍。楊嗣昌和吳三桂則以“矯詔”並且擅自殘害同僚的罪名被處斬，幫助朱慈烺頂了罪，兩萬關寧鐵騎被收編，與山東的騎兵合併，組成了一支三萬人左右的精銳騎兵。
遼東軍閥集團的話事人祖大壽則接到了京城的命令，讓他進京面聖，並“高升”爲五軍都督府左都督，同時協理京營戎政。放在以往，這種“杯酒釋兵權”的套路絕不會讓祖大壽上鉤，可是當吳三桂被處斬的消息傳回來後，加上瓊海軍宣稱即將北上寧遠“演習”，面對重重壓力，祖大壽終於在夏天南派出的秘使威逼利誘下放棄了軍權，去京城養老。接替遼東總兵官和徵遼前鋒將軍的人選則是在遼南立下赫赫戰功的孛日帖赤那，也就是前瓊海軍陸戰隊指揮官慕容龍城。接替陸戰隊指揮權的則是副手博爾忽。
永曆皇帝繼承大統後，頒佈聖旨，在京城修建“徵虜大將軍府”，規定全國軍事和重大政治決定都要通過大將軍的決定才能施行。永曆元年之後，大將軍府成了明王朝實際上的權力中心，與日本的幕府有異曲同工之妙。夏天南通過這種“和平演變”的方式掌握了大權，卻沒有引起全國太大的反彈。
瓊海軍成了將軍府直屬部隊，將駐地移到了天津衛，並且繼續擴充，達到了八萬人，並保持了將近五萬人的預備役部隊。由於大將軍府決定今後的對外戰爭都交給瓊海軍承擔，所以幾大邊鎮的軍隊，除了關寧軍是按照瓊海軍的方式改編外，其餘邊鎮都進行了兵員清理，裁撤冗員、削減空餉名額，縮減了軍隊規模，據實撥付糧餉，一定程度上減輕了中央財政負擔。
因爲荷蘭東印度公司的屈服、西班牙勢力的衰退，南面海疆沒有了強大的對手，海軍僅在瓊州保持了一支常備艦隊守住南海門戶，其餘戰艦都調到了渤海灣，配合擴編後的陸戰隊，以旅順口、皮島爲據點，以登萊爲後方基地，掌握了遼南半島的控制權，保持對滿清的壓力。面對遼南能夠威脅後方腹心之地的“釘子”，以及重新改編後更具攻擊性的關寧軍，皇太極不敢輕舉妄動，接下來的兩三年都不敢發動大規模的軍事攻擊，幾次對寧錦防線和遼南的試探性進攻都被輕而易舉化解。以往那種繞過長城，在內陸如入無人之境的現象一去不復返。
遏制住滿清的南下後，夏天南騰出手來收拾國內局面。擴編後的第二軍和第三軍共計五萬多人挺進西北，第一軍則留在北直隸作爲守衛京城的衛戍部隊。五省總督洪承疇成了剿寇總顧問，負責調度原有的官兵協助瓊海軍作戰。
爲了支撐全國的軍事行動，在臺灣開發立下大功的朱大典被調回，任命爲兩江總督，負責整個江南地區及江西、河南的軍政事務，兼理糧餉和兩淮鹽政。跟隨他返回內陸的，還有臺灣墾荒歷練出來的一萬多屯丁。朱大典接到的指令，是對江南這個富庶之地進行清丈隱田，一勞永逸地解決明末財政問題，實現賦役均平。
轟轟烈烈的清丈隱田全面鋪開，觸犯了很多勳貴、豪紳、官宦的利益，明裡暗裡的抵制層出不窮。宗室勳貴公開抵抗清丈，官員、豪紳暗中賄賂辦事人員，並將餘糧隱藏，並串聯溝通，喊出了“不納粒米與朝廷”的口號，企圖以整個江南拒絕繳納糧賦的辦法施加壓力，讓清丈流產。
大將軍府的應對辦法是從臺灣、瓊州調集數十萬石糧食海運入京，彌補江南沒有及時繳納上解糧賦的虧空，並針對性發出了“寧遠不徵江南一粒米，也要清丈到底”的強音。有了這樣的底氣，朱大典在夏天南的授意下對江南的特權階層進行了“史上最嚴酷的打擊”。參與抵制的勳貴們被永曆皇帝下旨或貶爲庶人，或被削奪宗祿；涉及到的官員一律免職；豪紳則抄查家產，“鎖拿治罪”。
鐵腕政策讓清丈隱田得以順利進行，比張居正時代的改革更爲成功，根據新編的魚鱗圖冊，江南地區新增的田畝達到了三萬萬畝（3億畝），大明捉襟見肘的賦稅囧境一夜之間就解決了。
有了充足的糧餉作爲支持，西北的軍事行動異常順利。面對先後擊敗過兩任“闖王”的瓊海軍，無論是張獻忠、羅汝才還是老回回，大小流寇勢力都是望風而逃，不敢正面決戰。大將軍府制定的剿寇策略是“步步爲營”，每打下一個地方，就建立屯堡，收攏流民恢復耕種，同時用軍事化手段管理流民，形成了類似衛所的屯丁。這樣既避免了流民因爲食不果腹重新被裹挾作亂，又鞏固了當地的防務。即使流寇殺個回馬槍，重新流竄回來，在武裝起來的屯丁面前也佔不到便宜，而且很快會遭到聞訊而來的正規軍打擊。
在這樣的策略面前，流寇的空間被一步步壓縮，最終於永曆三年初，知名的頭目全部被剿殺乾淨，餘下的零星勢力則選擇了招安，困擾大明王朝十幾年的難題被化解。
成功“安內”之後，“攘外”也進入了實質性階段。大將軍府調集八萬瓊海軍、五萬預備役部隊、整編後的剿寇官兵和九邊精兵共計二十餘萬人，集全國之力，正式拉開了北伐的序幕。
戰場選擇的主動權掌握在夏天南手中，在過了山海關一路推進並擊敗了滿清的幾支偏師之後，皇太極率領八旗精銳，加上蒙古、朝鮮等僕從軍共計三十餘萬人，與北伐大軍進行決戰。決戰的地點很微妙，正是大淩河——這個曾讓明朝徹底走向衰亡的轉折性戰役的所在地。
雙方投入的軍隊加上輜重等輔助部隊已經超過了百萬，投入大大小小的火炮總數超過了兩千門，達到了古代戰爭火炮使用數量的頂峰——當然絕大部分火炮都掌握在瓊海軍手中，由於“三順王”的覆滅，滿清並沒有像另外一個時空一樣獲得相對完整的鑄炮技術，裝備的火炮比例低的可憐，多數爲繳獲或者仿製的粗劣貨色。
北伐大軍有佔據壓倒優勢的火器化部隊，作戰方式之先進遠勝傳統的明軍和騎射步戰爲主的滿清軍隊，加上數量可觀的騎兵部隊輔助，火力強度和機動性兼具，經過幾日的慘烈戰鬥後，付出了傷亡近兩萬人的代價，殲滅滿清十餘萬精銳，逼得皇太極帶領滿清貴族倉皇逃回盛京，取得決定性的勝利。
作爲最高主帥的夏天南並沒有滿足這樣的戰績，而是繼續北上，直接打到了盛京城下。數千門火炮開始了不分晝夜的轟擊，威力巨大的臼炮更是讓滿清焦頭爛額。
滿清統治階層的矛盾在強敵的步步緊逼下爆發了，原本對皇太極的強勢本就不滿的旗主們開始了內訌，戰還是和的選擇讓貴族們分成了兩派。內憂外患之下，皇太極身體垮了，重病不起，在大軍圍城的第十五天死在病榻上。多爾袞臨危受命，成了暫時的領袖。
經過令人窒息的討論後，最終滿清統治者選擇了求和，並且答應了夏天南提出的屈辱性的條件：1、向大明投降，滿清的地盤迴歸大明版圖，2、解除旗丁武裝，包括打獵的工具在內，鐵器要統一登記備案，隱瞞武器者重罪，並實行連坐；3、每年篩選身體健康的年輕女子遷入關內，關外各旗各牛錄，每戶不管幾兄弟，只能有一人有資格娶妻。
這種另類版本的減丁政策讓滿清人口逐年減少，加上嚴格的鐵器管制，三五年之後徹底失去了對大明的威脅，從此海清河晏，再無外患。
夏天南依靠大將軍府掌握政權，讓皇帝徹底成了傀儡，終其一生，沒有當皇帝。六十歲時，把大將軍之位傳給了長子夏華，從此開創了大明版的幕府時代。
————————————————完——————————————————