很明顯，林彪此時完全贊同了毛澤東的部署，而且認爲打錦州也是“完全有把握”了。林彪能有如此變化是很不容易的，是毛澤東和中央軍委反覆耐心做工作的積極成果。在這段時間，毛澤東給林彪的電報，有的資料說是“70多封”，有的資料說是“83封”；林彪給毛澤東的電報，大體相當。
林彪對東北野戰軍的主力部隊做了決戰初期的部署：三縱、四縱、七縱、八縱、九縱、十一縱、二縱五師、炮縱、冀察熱遼軍區的幾個獨立師和騎兵師，共同向北寧線的錦州至唐山段出擊，斬斷東北和華北敵人之間的聯繫；一縱、十縱、二縱主力在瀋陽西邊的彰武、新立屯地區佈防，準備打擊沈陽可能出來援救錦州方向的敵人；五縱、六縱佈置在瀋陽和長春之間，阻止瀋陽之敵出援長春，同時準備阻止長春之敵可能的突圍。十二縱和5個獨立師在第一兵團司令員蕭勁光和政委蕭華的指揮下繼續圍困長春。
11948年9月12日，東北野戰軍的二縱、三縱、六縱、炮縱等部隊在四平、梅河口等車站秘密登車，向西南開去。他們是東北野戰軍從北邊南下的第一批大部隊。9天之內，連續有64次全部由加鎖的棚車組成的軍列秘密開出，將我軍10萬主力部隊送到阜新等地。由於我軍的精心組織，保密工作相當出色，連沿途的鐵路員工都不知道車中裝的是什麼，國民黨的情報機構當然未能察覺。當我軍突然有大量主力出現在北寧線戰場上時，敵人竟然一無所知。
六、蔣介石在兩難之中
毛澤東和林彪在反覆爭論東北該怎麼打，最後統一了意見，形成了方案，戰役即將打響。
蔣介石和衛立煌也在反覆爭論，不過他們爭論與上述的爭論不同，他們爭論的是東北該怎麼守。最後是爭論無法統一，永遠處於兩難之中。
我東北野戰軍的力量日益強大，必將對在東北的國民黨軍隊發起更爲強大的進攻，這一點在國民黨的軍政人員中，是誰也不會懷疑的。在這一問題上，蔣介石集團沒有分歧。但是，如何對付目前的局面，他們的分歧很大，一些人主張守，一些人主張撤。主張守的，當然是在以“爲黨國效忠”之類的言辭來爲可能打敗的後果作掩護，這類言論很容易聽到。主張撤的，則因可能受到膽小怕死之類的指責，所以很少有人敢於公開說出來。不過也有人敢說，但不是國民黨的大員，而是比國民黨的大員更有權威的美軍駐華顧問團團長巴大維，他在1948年3月正式向蔣介石提出建議，應當放棄東北，主力部隊從東北撤出來。他說：
“深信繼續固守被孤立的滿洲城市是徒勞無益的。瀋陽和長春兩座孤城不能永無止境地由空運供給。”
對於這種意見，蔣介石當然是經過了認真考慮的，他也明白這種意見的充分合理性。不過對蔣介石來說，這個在軍事家眼中完全正確的意見，在政治策略上卻是難以接受的。因爲在當時有幾種政治因素在強烈地影響著蔣介石的決策：
（一）蔣介石正在忙於召開“國民大會”，忙於“行憲”，他要實現他的“中華民國總統”夢。無論是在中國人面前，還是在他看來更爲重要的美國人面前，他都要保持一個有權威、有能力、有把握、有信心的形象。這時美國已經出現了中國“需要有感召力的領袖，而這似乎是蔣委員長所不能做到的”的議論。在這種情況下，他要想繼續在中國保持獨裁者的地位，要能順利當上總統，就一定不能放棄東北。
（二）美國的大選即將開始，這對蔣介石也有很大影響。幾年來美國的杜魯門政府雖然給了蔣介石不少援助，但是杜魯門政府對蔣介石有很多不滿，經常對蔣介石有所指責併發出了若干讓蔣介石感到難堪的指令。爲此，蔣介石派出以陳立夫爲首的“道德重整委員會”到美國花了很大力氣在各界展開活動，希望民主黨的杜魯門政府下臺，共和黨的候選人杜威能夠上臺。他如果在這時放棄東北，無論是杜魯門留任還是杜威上臺，對他都沒有任何好處。
（三）從軍事上看，如果放棄東北，東北野戰軍的幾十萬大軍必然入關，這對關內戰場就是一個極大的壓力，讓華北和中原告急。而如果東北只要瀋陽、長春能守住，就可以拖住幾十萬東北野戰軍入關。
正是從上述考慮出發，蔣介石是無論如何也得在一段時期內守住瀋陽和長春，能拖多久就拖多久。但是他也很清楚，東北野戰軍真要大打起來，東北是守不住的，他已陷在東北的若干精銳遲早是要完蛋的，所以他又時時在設法要保住他在軍事力量上的這一點本錢。因此，在對東北戰局的指揮上，只要有可能，他就想法把他的主力部隊往華北靠，往華北調。總而言之，蔣介石在對東北戰局的考慮上已經陷入欲守不能，欲撤不可的兩難境地。
作爲國民黨政府在東北的最高軍政長官，衛立煌的考慮與蔣介石相同又不相同。相同者，是從總體考慮上說，都認爲東北不能撤，要守。
如果沒有這點共識，蔣介石也就不會讓他來負此重任。但是在不少的具體問題上，兩人卻有不小的分歧。首先，衛立煌無論如何也不願把軍隊撤入關內。作爲國民黨的爲數不多的二級上將，由於蔣介石長期不讓他帶兵，他當了多年只有高位而沒有實力的光桿司令。現在好不容易在東北有兵有權，他不願意輕易放棄。其次，蔣介石爲了讓東北野戰軍不能入關，也爲了他的主力部隊在危急時能夠退回關內，一直主張把東北的國民黨軍隊主力撤到錦州地區，這樣就可攻可守，既便於海上補給也便於從海上或陸上撤退。而衛立煌不同意這種安排。一來他怕在部隊移動時被東北野戰軍吃掉或者打爛，二來他怕萬一駐在錦州地區的部隊在打不贏時退進關去，他既要喪失手中的一切權力，又要替蔣介石背丟失東北的黑鍋。所以他主張在東北的三個點，即瀋陽、長春、錦州都要守。
寧肯保守、慎重，決不冒什麼風險。而主力必須放在瀋陽，由他掌握，由他調動指揮。
除了對於東北戰局的總體考慮有所分歧之外，蔣介石和衛立煌之間的個人關係也很不正常。蔣介石是在實在找不出更合適的人選的情況下把衛立煌推上去的。衛立煌是在自己賦閒已久而東北的爛攤子又無人敢接的情況下，硬著頭皮去收拾殘局的。蔣對衛並不完全相信，在內心深處是把衛視作嫡系中的非嫡系（此中關鍵在於衛立煌不是黃埔出身），不放心，經常都是越過衛立煌直接指揮有關的兵團甚至直接指揮有關的軍和師，讓衛立煌這個總司令無所適從，形同虛設。衛立煌更不相信蔣介石，知道蔣並不信任他，而且到了必要時就會把他拋出來當替罪羊或者當替死鬼，所以處處都不願按蔣介石的意見辦。衛立煌到東北之後，蔣介石到過瀋陽，蔣介石派顧祝同等人來過瀋陽，幾次命令衛立煌去過南京，可就是談不到一塊。有的事甚至到了要不辦大家都不辦的地步。
例如，衛立煌通過他與美國的關係，使美國同意了把援助東北蔣軍10個師的美式裝備直接運到營口，由東北“剿總”接收。而蔣介石知道後卻認爲是衛立煌越權，堅決不準，要求必須先運到南京，由南京來安排。
這事鬧得很僵，美國顧問團團長巴大維怕這些裝備被南京方面貪污盜賣或移作他用（美國所以願意援助國民黨軍的主要目的，是想用國民黨的兵力來對付蘇聯的擴張），但又不便讓幾方鬧翻，拖來拖去，推來推去，這批裝備結果一直也未能運到中國來。
蔣介石和衛立煌的這種分歧，從衛立煌到東北開始，至他在東北徹底失敗一直存在，兩人處在矛盾摩擦之中。在以後若干事態發展中，我們一直可以明顯地看得出來，正是這種矛盾摩擦，促成了國民黨軍隊在東北的慘敗。
七、大決戰在北寧線打響
根據林彪的命令，駐在冀察熱遼地區的東北野戰軍十一縱和冀察熱遼軍區的部隊，在東北野戰軍第二兵團司令員程子華、政委黃克誠的指揮下於9月12日打響了大決戰的第一槍。他們的任務是切斷從北平到瀋陽的鐵路北寧線，因爲北寧線是聯繫東北與內地的最重要的交通線，是東北敵軍的輸血管。十一縱司令員賀晉年和政委陳仁麒率領著自己的部隊和獨立四師、六師、八師分割並攻佔了北寧線上的昌黎、北戴河、沙後所、綏中等地，完全切斷了北寧線，掃清了灤河以東至北戴河一線各個據點的敵人，爲東北野戰軍關門打狗創造了有利條件。
緊接著，四縱從檯安出發，九縱從北鎮出發，插向錦州和義縣之間，包圍了錦州以北最重要的據點義縣。當火車將南下部隊運抵阜新之後，三縱和二縱五師立即接替了對義縣的包圍。四縱向南攻克了興城，七縱佔領了高橋、西海口和塔山，切斷了錦州和錦西的聯繫。九縱則攻佔了錦州外圍的重要據點白老虎屯、帽兒山、亮甲山和紫荊山，完成了對錦州的包圍和對北寧線各據點的分割。上述戰鬥，總共用了半個月時間。
在各路大軍開進和作戰之中的9月24日，東北野戰軍總部向各縱隊下達了戰鬥命令：
此次攻打錦州和打援戰役帶有全東北的決戰性質。盼鼓勵全軍指戰員以空前的決心和勇氣來進行這一大戰，不顧任何疲勞與傷亡，準備死打硬拼，指揮員認真掌握戰術原則，把全軍士氣動員高漲起來，堅決反對對我軍強大兵力火力估計不足的右傾情緒和看不到全國對我有利的總形勢，反對疲沓散漫，反對不堅決執行命令等，以爭取這一大戰的勝利。
同一天，東北野戰軍總部又給中央軍委發出電報，其中說：
錦州戰役，可能演化成全東北之大決戰，可能造成收復錦州、長春和大量殲滅瀋陽出援之敵的結果。我們將極力爭取這一勝利。已動員軍隊不怕傷亡，不怕疲勞，準備進行大惡戰。
當我軍完成對錦州周圍的包圍之後，林彪將錦州守敵的情況向中央作了報告：錦州總共有8個師，主力是敵九十三軍和四十九軍；錦西有4個師，主力是敵五十四軍。報告說：“我們已決定先攻錦州再打錦西”。
駐守錦州的範漢傑一直不知道我軍主力在向錦州實施包圍。當我軍已經攻佔了錦州周圍的幾個據點之後，範漢傑派軍隊去收復帽兒山、白老虎屯、亮甲山，原來守據點的有一個師，又派去一個師，兩個師都被我軍打得丟盔卸甲，逃回城來。他這才知道我軍主力已經包圍了錦州，才明白我軍的打擊方向是錦州。