中共中央在經過深思熟慮之後，由還在病休中的毛澤東在12月28日起草了給東北局的指示，這就是著名的《建立鞏固的東北根據地》。指示說：我黨現時在東北的任務，是建立根據地，是在東滿、北滿、西滿建立鞏固的軍事政治的根據地。建立這種根據地必須艱苦奮鬥。在國民黨已佔或將佔東北的大城市和交通幹線的情況下，這種根據地應建立在“距離國民黨佔領中心較遠的城市和廣大鄉村”，而在靠近國民黨佔領區的游擊區內，“應當做充分的工作，在軍事上建立第一道防線，決不可輕易放棄”。指示強調，適應東北的實際情況，必須在工作上有一個大的轉變，“必須人人下決心，從事最艱苦的工作，迅速發動羣衆，建立根據地”，“將正規軍的相當一部分，分散到各軍分區去，從事發動羣衆，消滅土匪，建立政權，組織游擊隊、民兵和自衛軍，以便穩固地方，配合野戰軍，粉碎國民黨軍的進攻”。
根據中共中央的指示，我東北地區的工作全面轉入了建立和鞏固根據地的鬥爭。
這仍然是一場鬥爭，不亞於作戰的艱苦，也不亞於作戰的重要。正是通過這一場鬥爭，使我黨在東北轉危爲安，站穩了腳跟，而且很快走上了勝利之途。
四、建立根據地
爲了適應新的形勢，根據中央關於“迅速在西滿、東滿、北滿劃分軍區和軍分區，將軍隊劃分爲野戰軍和地方軍”的指示，爲了便於“分散安家”，也爲了對各部隊進關以來編制、番號較爲混亂的局面加以整編，東北局首先將部隊做了重新編制。
1946年1月4日，經中央軍委批準，東北人民自治軍改稱爲東北民主聯軍。總司令林彪，副總司令呂正操、周保中、蕭勁光，第一政委彭真，第二政委羅榮桓，第一參謀長蕭勁光（兼），第二參謀長伍修權，政治部主任陳正人，總後勤部部長葉季壯、政委楊至誠。這時候，東北民主聯軍的總兵力已有27萬人。爲了作戰的需要，東北民主聯軍總部又分設前方總部（簡稱前總）和後方總部（簡稱後總），這時後總設於本溪，前總則隨林彪赴遼西前線。
在東北民主聯軍總部之下，成立四大軍區：
北滿軍區（也稱吉黑軍區）司令員高崗，政委陳雲，參謀長李天佑。北滿軍區之下又設五個軍區，即合江、牡丹江、松江、嫩江、龍江軍區。軍區直屬部隊是第七師（由山東來的第七、八兩師和冀熱遼來的第十九旅合編），師長楊國夫，政委劉其人。
西滿軍區（也稱遼熱軍區）司令員呂正操，政委李富春、黃克誠（不久改任司令員）。西滿軍區之下又設兩個軍區，即遼西、嫩南軍區。軍區直屬部隊是第三師（原新四軍第三師），師長兼政委黃克誠（兼），副師長劉震、洪學智。
南滿軍區（也稱遼東軍區）司令程世才，政委蕭華、江華，副司令員羅舜初、曾克林，副政委莫文驊、唐凱，參謀長羅舜初（兼）。南滿軍區之下又設安東軍區。軍區直屬部隊是三縱和四縱，三縱（以山東來的第三師和另外三個旅組成）司令員程世才（兼），政委羅舜初（兼）；四縱（由山東來的第六師和第五師組成，初期稱爲二縱和三縱，不久合編爲四縱）司令員吳克華，政委彭嘉應，副司令員胡奇才、韓先楚。
東滿軍區（也稱吉遼軍區）司令員周保中、政委林楓，副司令員陳光，副政委張啓龍，參謀長陳光（兼）。東滿軍區之下又設三個軍區，即通化、吉東、遼北軍區。軍區直屬部隊是七縱和吉黑縱隊，七縱（由山東來的東北挺進縱隊改編）司令員萬毅，政委周赤萍；吉黑縱隊司令員曹裡懷，政委郭峰。
東北民主聯軍總部直屬部隊是由山東過來的樑興初任司令員、樑必業任政委的第一師，是林彪很熟悉的當年八路軍一一五師的老部隊。此外總部之下還有賈陶任旅長的炮兵旅、三個軍事學校（軍政大學、航空學校、炮兵學校）。
各部隊在東北局各分局和各軍區的安排下，都避開了與敵人的正面作戰，分散到鄉村去發動羣衆，消滅土匪，懲辦漢奸，開展清算鬥爭（清算漢奸和僞軍的罪行，收回被他們霸佔的土地和糧食，分給貧苦農民），減租減息，建立政權，組織游擊隊和民兵。
在清算鬥爭的基礎上，各地逐步開始分配開拓地和滿拓地（即日本拓務省和僞滿拓政司組織的各種開拓團所奪佔的土地，這在東北農村數量不少，很多縣都在三分之一以上，最高的在80％左右）給農民。1946年3月20日，東北局發出《關於處理日僞土地的指示》，決定“所有東北境內一切日僞地產、開拓地、滿拓地，以及日本人和大漢奸所有地產，應立即無代價地分配給無地和少地的農民、貧民所有”。於是東北全境開展了分田運動。1946年5月，中共中央下達《關於清算減租及土地問題的指示》。不久，東北局“七七決議”傳達到整個東北，凡是我黨控制的地區都掀起了大規模的土地改革運動，截至1947年2月，東北地區（南滿除外）共有400萬農民分得土地3160萬畝，平均每個農民分得8畝左右。
東北局在不斷總結各地經驗教訓的基礎上，隨著解放區的擴大，不斷把土地改革運動推向深入。1947年秋天，彭真專門回西柏坡村參加了中共中央召開的全國土地會議，將《中國土地法大綱》帶回東北，進一步檢查了各地在土地改革中的不良傾向，糾正了一些地方出現的“左”
傾錯誤，並在土地改革的基礎上開展生產運動。東北各解放區的土地改革一直到1948年春天基本結束，所有貧苦農民人均都分到了7～12畝土地（當時東北還處在地廣人稀的時期，老百姓還習慣於廣種薄收，有的地方還是輪作式的耕作，所以佔有的土地都比較多），每40～70畝土地有一頭耕地的牲畜。東北農村這一場暴風驟雨式的運動，保證了東北解放戰爭的勝利。正如後來陳雲同志所說：
由於東北進行了土地改革，貧苦農民翻了身，我們黨才能在東北站住腳，紮下根，我們的部隊纔可能有那麼充足的兵源，那麼充足的糧草來和美式裝備的國民黨軍隊較量。
剿匪是東北農村中另一個重要任務。東北歷來就以土匪多而名聞全國，過去的土匪是以佔山爲王、打家劫舍的“鬍子”爲主，現在的土匪則是以國民黨派遣人員聯繫的僞滿軍警、地主惡霸和鬍子合流的政治土匪爲主。據統計，當時東北的土匪分爲16個系統，都屬於政治土匪，其中有國民黨以各種名義所委任的正副“總司令”、“總指揮”32名，“軍長”33名，“師長”158名。他們趁日軍投降、蘇軍只在大城市、我軍初到東北不熟悉環境的機會，大肆發展，爲所欲爲，不僅殺害我軍和我黨幹部，竟連一個整排的蘇軍也敢殺害。我東北局成員、中央政治局委員張聞天和我黨新委任的合江軍區司令方強於1945年12月在蘇軍的護送下，乘汽車從牡丹江到佳木斯途中，就曾被土匪伏擊，差點犧牲。
我東北部隊以三分之一的兵力投入剿匪，用追剿、堵剿、駐剿相結合的辦法窮追猛打，力求斬草除根。1946年6月，東北局又專門下達了《剿匪工作指示》，進行了新的部署，全東北的剿匪工作由民主聯軍總部統一指揮進行，重點是在北滿。著名的偵察英雄楊子榮活捉“座山雕”的事蹟，就是在北滿發生的。
從1945年底開始，一直到1947年春，我軍與各路土匪作戰1300多次，共殲滅匪徒7.9萬多人，繳獲各種槍支5萬多支，使我軍在東北農村中解除了後顧之憂。
五、東北局改組和《七七決議》
在建設和鞏固根據地的過程中，這一時期的東北勢態中，還有兩件大事，就是東北局的改組和《七七決議》。
自從我10萬大軍進東北以來，處境一直比較困難，面對著國民黨軍隊不斷進入東北，蘇軍退出後國民黨政府對東北各地的接收，中共中央密切關注著東北勢態的發展。中央在與東北各位領導幹部的電報往來中，感到東北領導幹部內部意見不夠統一，權威性不強，這對迅速改變東北面貌、準備和國民黨軍隊打大仗的設想是不利的。中共中央在經過慎重考慮後，做出了調整東北領導幹部的重要決定。1946年6月16日，中共中央下達瞭如下決定：
東北局：目前東北形勢嚴重，爲了統一領導，決定以林彪爲東北局書記、東北民主聯軍總司令兼政治委員；以彭真、羅榮桓、高崗、陳雲四同志爲東北局副書記兼副政委，並以林、彭、羅、高、陳五人組成東北局常委。中央認爲這種分工在目前情況下，不但有必要而且有可能，中央相信諸同志必能和衷共濟，在重新分工下團結一致，爲克服困難、爭取勝利而奮鬥。
中共中央的這個決定，一直執行到東北解放戰爭結束，東北局的領導班子一直是如此，期間未再有變動。
這個時候，東北局剛從長春搬到哈爾濱（東北局機關撤出瀋陽之後，先在本溪，後到撫順，再到長春，5月21日才遷到哈爾濱），而林彪還在前線部隊中。得到中共中央指示後，東北局委託高崗和譚政到黑龍江南部的五常縣，把林彪接回哈爾濱。從此，林彪全面主持了東北地區的黨政軍工作。
爲了貫徹執行中央的指示精神，東北局在7月初在哈爾濱召開了東北局擴大會議，這是我軍進東北以來領導幹部到得最多的一次重要會議。東北地區的中共中央委員林彪、彭真、羅榮桓、陳雲、高崗、李富春、李立三、張聞天、蔡暢、林楓，候補中央委員黃克誠、王首道、譚政、陳鬱、雲澤（烏蘭夫）、蕭勁光、萬毅、呂正操、古大存等參加了會議。
會議經過充分討論之後，在統一認識的基礎上，由陳雲起草，反覆討論，並報中央由毛澤東修改，最後形成了《關於東北形勢及任務的決議》。因爲是在7月7日的會上通過的，所以又簡稱爲《七七決議》。決議明確了必須樹立長期艱苦奮鬥的思想準備，必須承認目前自己的弱點，必須依靠羣衆、自力更生，建立鞏固的根據地。決議強調，能否真正把農民發動起來，是我黨在東北成敗的關鍵。因此，凡是可能下鄉的共產黨員，不分文武，不分男女，不分資格，統統都應當到農村去。
羅榮桓曾就《七七決議》說過這樣的話：“這一決定對東北有很大意義，也可以說是轉變的關鍵。”
根據《七七決議》的要求，大量的工作隊下到了農村。據統計，當時東北共有12萬名幹部下農村，包括從張聞天這樣的老革命到剛參加革命的青年學生。這樣就在東北掀起了一個深刻的農村革命新**，前面所介紹的土改、剿匪等熱潮，就是在這種方針之下逐步形成的。
在東北局擴大會議前後，東北民主聯軍總部對東北所有部隊的編制陸續作了一些調整。調整的主要原因是由於去年10萬大軍進東北時，各部隊都還使用原來的番號，對於統一指揮不大方便。一年來根據形勢不斷變化而建立的若干軍區，與現在的實際情況也出現了不少差距。統一調整並重新編制之後的東北民主聯軍系列如下：
總司令兼政治委員林彪。
副總司令周保中、呂正操、蕭勁光。
副政治委員彭真、羅榮桓、高崗、陳雲。
第一參謀長蕭勁光（兼）。
第二參謀長伍修權。
政治部主任譚政。
政治部副主任周桓。
後勤部部長葉季壯。
後勤部政委楊至誠。
總部直轄四個軍區（原北滿軍區撤銷）：
松江軍區司令員李天佑，政委張秀山。
合江軍區司令員方強，政委洛甫（張聞天）。
牡丹江軍區（不久併入合江軍區）司令員李荊璞，政委李大章。
內蒙古人民自衛軍興安軍區司令員阿思根，政委哈豐何。
整個東北地區除原北滿地區由東北局直接領導外，在東北各地設立以下三個軍區：
西滿軍區司令員黃克誠、政委李富春，副司令員洪學智。西滿軍區下轄三個軍區：
嫩江軍區司令員倪志亮，政委劉錫五。
遼吉軍區司令員鄧華，政委陶鑄。
龍江軍區司令員葉長庚，政委王鶴壽。
遼東（南滿）軍區司令員兼政委蕭華，副司令員吳克華、曾克林，副政委江華、莫文驊。遼東軍區下轄兩個軍區：
遼寧軍區司令員張學思，政委白堅。
遼南軍區司令員吳瑞林，政委林一山。
吉林軍區司令員周保中、政委陳正人，副司令員陳光、副政委張啓龍。
東北民主聯軍所屬部隊編制如下：
一縱司令員萬毅，副司令員李作鵬、樑興初，副政委周赤萍。
二縱司令員劉震，政委吳法憲。
三縱司令員程世才，政委羅舜初。
四縱司令員吳克華，政委彭嘉應。
六縱司令員陳光、政委賴傳珠，副司令員楊國夫、副政委劉其人。
炮兵司令部司令員朱瑞，政委邱創成。
騎兵司令部司令員賀晉年，政委張榮。
護路軍司令員蘇進，副司令員王光文。
此外，在北滿還有七個獨立師，南滿還有三個獨立師。在總部之下還有軍政大學、炮兵學校、工兵學校、航空學校。
1946年9月，中央軍委決定將晉察冀軍區的熱遼縱隊和冀東縱隊劃歸東北民主聯軍建制。熱遼縱隊司令員黃永勝，政委朱其文；冀東縱隊司令員詹才芳，政委李楚離（1947年4月20日，中共中央進一步決定，將晉察冀軍區下屬的冀察熱遼軍區劃歸東北民主聯軍建制，由程子華任代司令員兼政委，李運昌、陳奇涵、黃永勝任副司令員，黃火青任副政委。其下又轄三個軍區：熱河軍區、冀東軍區、冀熱察軍區）。
據1946年10月整編之後的統計，東北民主聯軍總人數爲32.4萬人。