毛澤東說：
向南作戰具有各種有利條件，我軍愈向敵人後方前進，愈能使敵人孤懸在我側後之據點被迫減弱或撤退，這個真理已被整個南線作戰所證明。攻擊長春既然沒有把握，當然可以和應當停止這個計劃，改爲提早向南作戰的計劃。
南下，是一個行動方向。在這個大的方向之下，具體的戰役目標如何確定就成了十分重要的問題。在這一問題上，毛澤東和林彪又有了分歧。
用不少過去與林彪共過事的老同志的回憶錄中的話說，林彪的腦袋是一個老天生來專門用於打仗的腦袋，他成天幾乎就只想作戰這一件事。對於現在大軍要南下這一決策，他是想了好久才下了決心的。南下之後如何打，他也是想好了的。他不是要去打錦州，而是要去打更弱的義縣、錦西、興城、山海關，然後去打承德。爲什麼呢？因爲這些城市兵力不強，他腦海中一直有著那個長期難以抹去的四平攻堅戰的陰影，不願意在無把握的攻堅戰中消耗力量，也不願意在雖然有把握但是代價太大的攻堅戰中去讓部隊受到太大的損失。更爲重要的是，錦州本身有範漢傑的15萬人，附近的華北傅作義有近60萬人，加上瀋陽的衛立煌也壓出來（打錦州是封鎖東北的大門，衛立煌集團要奪路逃生，必救錦州），我軍就可能被夾擊，被包圍。作爲統帥，他十分小心。這種小心是林彪指揮作戰的一個重要特點。即是說，在打響之後，他會不顧一切地搶時間，拼速度，將敵人咬死、撕爛。但是在打響之前，要他下決心，他卻極度地小心翼翼，思之再三。可以說，這是他所倡導的“四快一慢”戰術的“慢”字在他自己身上的具體體現。
毛澤東與林彪想的不同。在西柏坡村中的毛澤東綜觀全局，天馬行空，有著林彪所遠遠不及的豪情壯志和雄偉氣魄，他心中對於東北戰場所主要考慮的是必須把幾十萬國民黨軍隊在東北消滅，不能讓這幾十萬軍隊入關增大華北與中原的壓力，延緩解放戰爭的進程。毛澤東認爲，100萬東北大軍完全有能力把55萬敵軍吃掉。這55萬敵軍不由東北野戰軍來消滅，又交給誰來消滅？所以，一方面，毛澤東給林彪多次去電，要求他安排打錦州；另一方面，毛澤東也部署華北野戰軍在關內給予配合，要楊成武和楊得志兩兵團準備發起察綏戰役，拖住傅作義，不讓傅作義的力量有支援關外的可能，不要讓林彪的壓力太大。這叫“東北打，華北牽”。爲了完成這一任務，毛澤東等中央的五大書記，在8月3日專門接見了聶榮臻和楊成武，做了具體佈置。
爲什麼毛澤東和中央軍委一直堅持要林彪打錦州？這一點只要我們打開地圖就會明白。
遼寧西部和華北的聯繫有兩條道，一條是通過朝陽到承德，這一片地區多數都是荒野和沙漠，不僅沒有鐵路，當時連公路也沒有，何況又已完全被我軍控制。國民黨軍隊要想以大部隊從這裡通過是不可能的。
另一條就是傳統的聯繫關內與關外的通道遼西走廊，北寧線從此而過，不僅有鐵路，還有公路，有海港（這時秦皇島和葫蘆島都還在國民黨軍隊手中），是國民黨軍隊特別是機械化部隊進出的必經之道，也是當時取得補充給養的陸上唯一通道。錦州就正在遼西走廊的關鍵部位。從杜聿明、陳誠到衛立煌，都看清了這一點，都把控制錦州作爲控制東北的關鍵來對待。如果我軍能攻佔錦州地區，遼西走廊就會被我軍切斷，東北的幾十萬國民黨軍隊就沒有了外逃之路，華北的國民黨軍隊也不可能出關去支援。這樣我軍就可以在東北“關門打狗”。所以，對於整個東北戰局來說，錦州就成了戰略樞紐，具有牽一髮而動全身的作用。當然，敵方也明白這一點，我們想要“關門打狗”，敵方就要盡力把門撐開，或者開門出逃，或者對我加以反包圍。打錦州，是一著妙棋，也是一著險棋，既要有關住大門的力量，在關上大門之後還要有讓敵人打不開大門的力量。林彪絕不是不懂，而是怕力量不夠，怕被兩面夾擊的敵軍反包圍。
就在8月3日毛澤東與聶榮臻、楊成武談話，部署“東北打，華北牽”的任務時，楊成武曾有過一段很深的感慨，楊成武說：
毛主席日理萬機，全國各個戰場都需要他嘔心瀝血，真所謂運籌帷幄之中，決勝千里之外。他既向部下交代任務，又爲部下把執行任務的困難想透。他是那樣瞭解情況，全國的各個戰場就如同一盤棋，全在他的指掌之中。
四、毛澤東嚴厲批評林彪
當毛澤東從看大局、謀大事的全局觀出發看準了打錦州這一著棋之後，不再改變自己的決心，他在命令華北兵團配合東北作戰之後，不斷給林彪壓擔子，堅決要林彪“關門打狗”，把東北的55萬國民黨軍隊全部吃掉。在7月22日給林彪、羅榮桓的電報中，毛澤東就已經批評說：
“不要將南進作戰的困難條件說得太多太死，以致在精神上將自己限制起來，失去主動性。”在7月30日的電報中，毛澤東更加明確地指出：
“關於你們新的作戰計劃，我覺得應當首先考慮對錦州、唐山作戰，只要有可能，就應攻取錦州、唐山，全部或大部消滅範漢傑集團。”
在毛澤東如此明確的指示下，林彪無法反對中央的正確決策，無法拒絕中央的正確部署，但仍然是疑慮重重。在8月1日給中央的電報中再次表明了他對打錦州沒有信心，他說：“錦州經常駐有六七個師的兵力，城市工事業已完成，故我們不擬攻錦州。但該敵萬一出來增援，在增援中殲滅其大部時，那時當然可以乘勝攻錦州。但根據去年冬季在瀋陽附近作戰的經驗，敵人是不敢出來增援的。”這種疑慮在受到了毛澤東的否定之後，林彪在8月8日的電報中表示，說要等待華北的楊成武兵團行動之後再動；在8月11日的電報中，他又說要等待交通的恢復和糧食的南運，總之，他要把準備工作做得相當完滿。故而，“目前對出動時間，仍是無法肯定”。在這種情況下，毛澤東在12日清晨6時，擬出一封電報，加上了“AAAA”，即是以“特急”加速發出，對林彪進行了十分嚴厲的批評：
關於敵人從東北撤運華中之可能，我們在你們尚未結束冬季作戰時即告訴了你們，希望你們務必抓住這批敵人，如敵從東北大量向華中轉移，則對華中作戰極爲不利。關於你們南下必須先期準備糧食一事，兩個月前亦已指示你們努力準備。兩個月以來你們是否執行了我們這一指示一字不提，現據來電則似乎此項準備工作過去兩月全未進行，以致現在軍隊無糧不能前進。而你們所以不能決定出動日期的原因，最近數日你們一連幾次來電都放在敵情上面。你們六日十九時電，雖曾提到糧食問題，但是你們說“如楊成武部出動時間能提早，則我們出動時間亦能提早”。你們八日十七時電，則全未提到糧食問題，但說敵情嚴重，並作出結論說：“東北主力行動時間，須視楊成武部行動的遲早才能確定。”當我們向你們指出不應當將南面敵情看得過於嚴重，尤其不應當以楊成武部之行動作爲你們行動的標準，並且同時即確定了楊成武的行動時間以後（按：毛澤東在８月９日的電報中告訴林彪，楊成武部確定在8月21日出動），你們卻說（相距不到三天）“決不以楊成武部行動之遲早爲標準”，而歸結到了糧食問題。對於你們自己，則敵情、糧食、雨具樣樣必須顧慮周到，對於楊成武部則似乎一切都不成問題。試問你們出動遙遙無期，而令該部孤軍早出，傅作義東面顧慮甚少，使用大力援綏（按：指原綏遠省，在今內蒙古自治區的西部地區），將楊成武趕走，又回到東邊來對付楊羅（按：指楊得志和羅瑞卿的華北野戰軍第二兵團）和你們，如像今年四月那樣，對於戰局有何利益？你們對楊成武部採取這樣輕率的態度，是很不對的。對於北寧線上敵情的判斷，根據最近你們幾次電報來看，亦顯得甚爲輕率。爲使你們謹慎從事起見，特向你們指出如上。你們如果不同意這些指出，則望你們提出反駁。
據對我軍軍史資料相當熟悉的同志講，毛澤東在整個解放戰爭中，批評下級的電報以這封電報的態度最嚴，語氣最重。特別是對於林彪、羅榮桓、劉亞樓（當時毛澤東給東北野戰軍的電報，一般都是署以“林、羅、劉”之名，因爲他三人時任司令員、政委、參謀長）這樣的高級幹部，如此態度的電報在現存的所有電報中可以說是“空前絕後”
的。可以認爲，毛澤東是真正生氣了，實在忍無可忍了。另一方面，從這封電報也可以看出毛澤東此時的決心之大、氣魄之宏，對於東北戰局的關切之深，寄託之重，否則不可能如此。
林彪、羅榮桓、劉亞樓都是毛澤東的老部下，都是當年紅四軍出身，他們當然很明白毛澤東這封電報的分量。第二天，他們就給毛澤東發出一封很長的電報，承認對於北寧線的敵情是輕信了一些不確實的消息（如從敵軍的口供中和美國合衆社的廣播中聽到關於敵九十四軍和新八軍增援的消息），做出了錯誤的判斷，表示一定要南下，並“盡力爭取早日出動”。他們在電報中也實事求是地對情況作了說明，由於這個夏季東北出現了50年未遇的洪水，沖垮了鐵路和橋樑，鐵路要8月25日才能修到阜新。現在要大部隊快速南下，必須依靠鐵路，所以，部隊將在8月底開始南下。
毛澤東看到這封電報之後，總算舒了一口長氣。
東北野戰軍南下北寧線，一直到現在才最後決定下來。
五、下定決心打錦州
毛澤東和林彪的意見統一了，中央軍委和東北局的意見統一了，東北野戰軍的主力將南下北寧線，尖刀直指錦州。
決心一下，幾十萬人馬要迅速開動。當時東北野戰軍的大多主力部隊都不在南滿，大量軍糧更是必須要在北滿的糧食產地去運。在決定南下北寧線之前，爲了不被敵人發覺我軍的戰略意圖，我軍一直未能大動。現在要想快速開進，又要儘可能不讓敵人發覺，最佳的運輸方式只能是鐵路。這樣，人和軍用物資運輸的重擔就落在了東北鐵路總局局長呂正操的身上。
呂正操領導下的東北鐵路總局和東北野戰軍鐵道縱隊立即日夜行動。在東北軍區後勤部長李富春的總協調下，首先是由鐵道縱隊組織了2600多人搶修鐵路，包括哈爾濱到長春之間的松花江大橋和阜新以南幾十公里連枕木都被燒燬了的完全被毀的鐵路。就在一個多月的時間中，從哈爾濱到清河門（清河門已經距義縣不遠，義縣以南就是錦州，這時義縣還在敵人手中）的鐵路全部修復通車。與此同時，調集了1244個車皮、車廂和一批機車，進行了必要的準備。從1948年9月10日開始，東北大地上大規模的軍事運輸行動全面啓動。而這時，由軍工部長何長工負責準備的武器彈藥，由後勤部參謀長李聚奎負責準備的油料、軍糧、軍衣等大批物資已經裝滿了無數車皮。據當時的統計資料，在大決戰開始之前，東北各地爲前線準備和運送了糧食3500萬公斤、油料1萬多噸、子彈1000萬發、炮彈20萬發、炸藥2.5萬公斤、手榴彈15萬顆、冬裝軍衣近100萬套。
8月29日，東北野戰軍總部向各縱隊和各獨立師下達了戰鬥動員令。在動員令中，對於大戰的佈置是：
以部分兵力圍困長春，而以最大主力南下，向北寧線前進，以奔襲的動作，堅決殲滅分散於北寧線上守備的各處敵人，切斷與摧毀東北敵人與華北的聯繫，使兩處敵人彼此完全陷於絕望的孤立中，並求引出長春之敵突圍，而在突圍中殲滅該敵，由此求得加速全東北解放之早日到來。
在向各縱隊進行動員的同時，林彪曾在8月24日電告中央軍委：
“我部隊大約可於本月底或9月初出動，在9月6日前後，即可在北寧線各城打響。”這以後，林彪幾次將在北寧線如何打的方案電告中央，毛澤東也幾次覆電進行指點或補充。1948年9月7日，也就是中共中央政治局擴大會議在西柏坡召開的頭一天，由於東北的林彪等人不能來西柏坡參加會議，所以毛澤東給東北野戰軍總部又發出了一封電報，在這封電報中，毛澤東首先表示，林彪等能與中央的意見取得一致，他很高興，“甚好甚慰”。然後把中央會議所要討論的主要精神告訴了林彪、羅榮桓和劉亞樓：“今年7月至明年6月，我們希望能殲敵正規軍115個旅左右。此數分配於各野戰軍和各兵團。”最後，對東北野戰軍提出了具體要求：
要求你們配合羅瑞卿、楊成武兩兵團擔負殲滅衛立煌、傅作義兩軍35個旅左右，並攻佔北寧、平綏、平承、平保各線除北平、天津、瀋陽三點以外的一切城市。欲達此目的，戰役部署指揮的適當，作戰休息調節的適當，是決定性關鍵。如果你們能在九、十兩月或再多一點時間內殲滅錦州至唐山一線之敵，並攻克錦州、榆關（按：即山海關）、唐山諸點，就可以達到殲敵18個旅之目的。爲了殲滅這些敵人，你們現在就應該準備使用主力於該線，而置長春、瀋陽兩敵於不顧，並準備打錦州時殲滅可能由長、沈援錦之敵。因爲錦、榆、唐諸點及其附近之敵互相孤立，攻殲取勝比較確實可靠。……如果在你們進行錦、榆、唐戰役期間，長、沈之敵傾巢援錦，則你們便可以不離開錦、榆、唐線連續大舉殲滅援敵，爭取將衛立煌全軍就地殲滅。這是最理想的情況。於此你們應當注意：（一）確立攻佔錦、榆、唐三點並全部控制該線的決心。（二）確立打你們前所未有的大殲滅戰的決心，即在衛立煌全軍來援的時候敢於同他作戰。（三）爲適應上述兩項決心，重新考慮作戰計劃並籌辦全軍軍需（糧食、彈藥、新兵等）和處理俘虜事宜。
這是中央軍委對東北戰局的要求，也是東北戰場這一場大戰的總的藍圖。這封電報，現在已收入《毛澤東選集》之中，就是那篇著名的《關於遼瀋戰役的作戰方針》。
林彪這時完全同意中央軍委的部署。9月10日，林彪和羅榮桓、劉亞樓在給中央的電報中說：
東北主力南下，誠如來電所指出的前途與任務，我們可能與應當爭取東北與華北戰局的根本變化。在東北方面，敵人不得不放棄長春，又由於我們在北寧線與華北大打的關係和敵感華中戰場與關內各戰場的空虛，與瀋陽陷於被封鎖的飢餓狀況，故結果亦不得不放棄瀋陽，以挽救關內局勢。在北寧全線方面（包括錦州、唐山、天津三處在內），只要現時的敵位置無根本變化（小變無關，只要無大變），在此線上任何一個目標我軍皆能有把握地殲滅與奪取。此線只有錦州的敵人略多，但該敵主力不多，新的部隊較多，只要我軍此次奔襲能將錦州南下之敵堵住，特別是堵住錦州以南之五十四軍，則錦州便成爲完全有把握奪取之目標。