主教發言的詳細內容現在已不得而知，據各方考證及當事者回憶，主要觀點與他此次會議之前在1860年7月《評論季刊》上發表的一篇論文內容相差不大。在這篇很長的文章中，主教列舉了達爾文的主要論點，然後指出達爾文所用的演繹方法是不科學的，他還是相信培根的科學方法論：“我們是歸納哲學的忠實學生，不會因任何荒誕的結論而從中退縮。”主教舉例說，“牛頓是因爲受到蘋果下落而發現了天體運行的規律的話，如果達爾文也能採用這種精確的推理方式向我們證明人類與動物的血緣關係，我們將相信他的理論，並自甘與動物界平起平坐，從心裡摒棄我們的自豪感。甚至，我們可以進一步承認，我們與地上生長的蘑菇也有一定的親緣關係。”

但是，現在達爾文采用的卻是用“異想天開的幻想”來代替“嚴格的邏輯推理”，所以他得出的結論我們堅決反對。

主教還運用自己的生物學知識舉例證明物種是不變的，他非常有信心地告訴在座的聽衆們，野鴿總是野鴿，家雞不會變成鳳凰。達爾文物種進化的理論從根本上是不可理解的，那只是一個以“最大膽的假設爲基礎的純粹假說”。

爲了更有說服力，主教一一列舉了《物種起源》中十處最具猜測性的段落，然後嚴正表明了自己的態度，主教告訴大家：“我們對達爾文理論的反對，是在嚴肅科學的基礎上進行的。達爾文如果要讓我們相信，他的論點就必須接受真僞的檢驗。”

主教還認爲，已有的事實並不能確保這一理論的正確性，所以從根本上來說，這是一個毫無根據的假設。它既違背科學精神又與人類的利益相對立。

令主教大人高興的是，當時的一些最著名的科學家也站在主教的一邊批評達爾文的理論，比如前面提到的開爾文和麥克斯韋等人，還有塞奇威克及達爾文的導師享斯羅。而這次會議正是享斯羅主持的，這讓主教大人的腰桿硬了很多。

威爾福伯斯主教採取了一個聰明的策略，他沒有藉助上帝來打擊達爾文，而是試圖從科學方法論上踩死進化論，這更符合他作爲一個科學協會副會長的身份，也可以給聽衆造成可以信賴的感覺。此後的神創論者不斷拾起他們祖師爺傳下的這一秘製絕招，從科學中尋找力量來打擊科學，奮力要把達爾文推下聖壇。他們天真地認爲，只要進化論被打倒，神創論就可以雄霸天下了。似乎在他們的眼裡，根本視佛教和穆斯林等其他衆神爲無物。

雖然威爾福伯斯的演講引人入勝，但是他做了一件不該做的蠢事。演講快結束的時候，他轉向了在座的赫胥黎，用挑釁的語氣道：“聽說赫胥黎教授曾說過，你不在乎一個人的祖先是不是大猩猩。當然，如果這位博學的教授是在說你自己的話，我們便不反對。”接著，威爾福伯斯主教又加了一句：“那個聲稱人與猴子有血緣關係的人，究竟是他的祖父還是祖母，還是從猴子變過來的呢？”

參加會議的胡克事後回憶說：“赫胥黎勇敢地應戰了，那是一場激烈的爭論。”

據說赫胥黎在迴應以前，先是對身旁的一位朋友說：“感激上帝把他交到了我的手上！接著就冷靜地站起來，大步走向講臺，先從專業角度反駁了主教大人所介紹的膚淺而可憐的生物學知識。赫胥黎堅決反對只把生物進化理論當作一種假設。他指出，達爾文的學說是對事實的解釋，《物種起源》中也列舉了大量事實，雖然這一理論還需要進一步完善，但已是目前爲止對物種問題的最好解釋。他不是完美的科學理論，但確實是科學理論。

赫胥黎堅信，達爾文采用的研究方法不僅嚴格地符合科學邏輯的標準，而且也是唯一合理的方法。那就是，通過觀察和實驗發現大量事實，然後在這些事實基礎上進行推理，並得出結論，最後再把結論和自然界中觀察到的事實進行比較，以檢驗這一理論的正確性。

這一辯論正是針對主教對達爾文研究方法的指責而發，有力地回擊了主教的批評。

赫胥黎最後語氣堅決地總結說：“我聲明，我再次聲明，一個人，沒有理由因爲可能有一個大猩猩祖先而感到羞恥。真正應該羞恥的是，他的祖先是這樣的一個人，他不是利用他的聰明才智在自己的領域去獲得成功，而是利用他口若懸河的言辭、偷樑換柱的雄辯和求助於宗教偏見的嫺熟技巧來分散聽衆的注意力，藉以干涉他自己不懂的科學問題。”

因爲雙方用詞激烈，唾沫橫飛，臺下觀衆也情緒激昂，會場充滿了暴躁的氣氛。因爲場面過於緊張火爆，一位布勞斯特太太當場被嚇暈了過去，她實在想不到這些平日裡文質彬彬的科學家和素有修養的主教也會如此地刻薄相向。

當時還有一個人，就是貝格爾號船長羅伊也在座。這個性情激動的傢伙因爲把達爾文帶上了船而對上帝懷有深深的懺悔情緒，但又對科學一竅不通，只相信《聖經》上的每一句話都是不折不扣的真理，所以也說不出什麼名堂來，只是大步走向講臺，淚雨紛飛地指控《物種起源》給自己帶來的深切痛苦，並請在座的各位和他一道將達爾文的理論驅出科學論壇，打倒在地，再唾上一口唾沫。不過聽衆們並不買他的賬，一時間臺下噓聲四起，硬是將他轟下了臺。羅伊別無他法，只好臉色赤紅地高舉著《聖經》大喊大叫：“這本書，這本書！”此外再也講不出什麼別的話來。

後來羅伊船長因心情鬱悶而自殺身亡，與此次打擊不無關係。

此次論戰後，達爾文也作出了反應。不知是出於什麼樣的考慮，達爾文竟然認爲赫胥黎對主教的反擊“似乎是一次徹底的失敗”。是不是因爲赫胥黎沒能把主教挑出來的那十個疑問給化解掉呢？達爾文在給胡克的信中承認主教的辯論技巧非常老道，是一個聰明的對手。以至於他不得不抽時間把主教指出的那些推測部分一一找出來重新加以審訂，以確認不再給對手留下把柄。

縱觀整個論戰過程，可以發現一個有趣的表象。人們一貫認爲這是一場科學與宗教的鬥爭，似乎這個理解是所偏差的。因爲威爾福伯斯雖然是主教身份，但他打出的牌卻是科學方法論，他利用的是他另一個身份，也就是英國科學促進會的副會長的身份對達爾文的理論提出挑戰的。而赫胥黎也針對性地進行了回擊。赫胥黎戰勝威爾福伯斯，某種意義上說，貌似是一種科學範式戰勝另一種科學範式的口水故事。科學哲學家拉塞爾(ColinRussell)曾就此總結說：“19世紀末在英國發展起來的科學與宗教的敵對關係，與其說是由科學事實對神學和有組織的宗教的威脅引起的，不如說是由新一代知識分子如何認識文化的領導地位問題引起的。”他們認爲這是一場爭奪科學利益和權力的戰爭。

但在場的胡克的評價卻是：“著名的1860年牛津會議，在赫胥黎的生涯中佔有相當重要的地位。那不只是一個解剖學家反駁另一個解剖學家，也不是關於事實證據和抽象論斷的論戰，而是個人之間的才智之戰，是科學與教會之間的公開衝突。”

實質也正是如此，“牛津大戰”確實是如假包換的科學戰勝宗教的里程碑。因爲威爾福伯斯主教身披的外衣雖然不同，但他想要打倒達爾文理論的本質目的卻正是爲了維護上帝的權威和教義的正統。他雖然沒有把上帝請出來直接參戰，只能說明他的手法是高明的，也是在那種場合下比較合適的方案，因爲那畢竟是一場科學大會。

經過這場論戰，教會在科學界的影響急劇下降。1865年前三十年間，先後有四十一位教士擔任英國科學促進會各五個專業委員會主席；而在1865年後三十多年間，只有區區三人佔有了這些位子。

這種影響還在繼續，到了1996年，羅馬教皇保羅二世(JohnPaulⅡ)致信教廷科學院全體會議，明確表示：“信仰並不反對生物進化論”，“新知識使人們承認，進化論不僅僅是一種假設”。對達爾文來說，這是一個遲到的聲明，一百多年後，戰爭終於在對手那裡分出了勝負。

所以，達爾文研究專家摩爾（JamesMoore）以誇張的筆調稱，這是繼滑鐵盧戰役之後十九世紀最著名的戰爭。

這場論戰雖然以進化論大獲全勝而告終，而且也在普通讀者中造成了這樣一種印象：科學是正確的，宗教是保守的，進化論是可以相信的。人們歡呼科學的勝利，希望科學能滿足他們更多的好奇心。但此次論戰隱約間提出的一個問題卻擺在了所有人面前：既然生物是進化而來的，那麼人是怎麼來的？難道真的也是進化出來的？或者還是上帝情有獨鍾的手工製造產物？

我們萬能的人類，在生物界應該坐第幾把交椅呢？

這一次，輪到進化論內部吵成一團了。