1986年5月5日，美國聯邦最高法院宣佈將受理這個案子，這才讓科學界和反對創世論的人們認識到了問題的嚴重性。如果科學創世論在聯邦最高法院中勝訴，後果將不堪設想，因爲最終的判決結果是不允許更改的。
美國科學促進會爲此開展了一場聲勢浩大的聲援活動，由全國的七十二位諾貝爾獎獲得者和十七個州的科學院及其他七個科學團體向美國聯邦最高法院遞交了聯合請願書。請願書指出，所謂“創世科學”的實質，只不過是戴著科學麪具的宗教。最終，雙方律師在法庭上繼續就“科學創世論”是不是科學展開了辯論。美國公民自由聯合的律師拋開其他細節性的糾纏，以不容懷疑的論據向聯邦最高法院的法官證明了“創世科學”的宗教本質，這就足夠了。因爲這樣，如果在學校中講授“創世科學”，那就違反了美國第一修正案中禁止支持任何一種宗教派別的禁令。1987年6月19日，聯邦最高法院以七票對二票的比例判處路易斯安娜州“平衡法案”爲非法。進化論這才取得了驚險的勝利。
不過這場戰爭並沒有就此徹底結束。1991年，一本非專業人士寫的全面批評進化論的《審判達爾文》出版，標誌著“智慧設計論”也加入了反進化論的行列。而科學創世論者也始終沒有放棄與進化論對抗的努力。也就是說，進化論已經是面對著多線作戰的局面了。
智慧設計論是一種比科學創世論更具有迷惑性的新形式的神創論。與科學創世論者的不同點在於，智慧設計論並不強求別人承認智慧設計論是科學，而是轉而掉轉槍口；攻擊進化論只是一種意識形態和自然主義的哲學，而不是一種科學。因爲進化論不是建立堅實的經驗事實基礎上的，而是建立哲學假設之上。與其他宗教一樣，進化論也形成了一個宗教，相信進化論的科學家則是科學傳教士。
智慧設計論需要和科學創世論劃清界限，因爲科學創世論已經被聯邦法院判定不是科學了，跟他們扯沒什麼好處。但他們當然也不必和科學創世論把關係搞僵，畢竟大家實質上都是統一在造物主的勢力範圍內的。智慧設計論提出了這樣一種理念：只要相信超自然的造物主引發了創造的過程，並且按一定的計劃和目的不斷控制這個過程，那麼大家就都是創世論者。
智慧設計論與進化論鬥爭的策略與科學創世論相同，也是爭取在學校受到平等對待。他們從法律角度還提出了一種新的藉口，指責法院如果禁止學校給智慧設計論和進化論相同的教學地位，那就是“觀點歧視”，是不符合法律精神的。
智慧設計論有許多較有影響的學者參加，其中需要一提的是貝希(MichaelBehe)，他與其他非專業人士不同，這個人是美國一家大學的生物化學教授，並擁有生物化學博士學位，他的代表作《達爾文的黑匣子：生化理論對進化論的挑戰》經過一版再版，在普通大衆中造成了很大的混亂。
貝希利用普通讀者對生物化學和分子及細胞生物學的生疏，從生物化學角度揭示了分子水平上的精確的剪裁過程和細胞世界的複雜結構，那確實是一種奇蹟，但是經典生物學可以解釋奇蹟。不過貝希不管這些，他硬是把那些精確和複雜的結構說成是進化論不可解釋的存在，並給這些結構製造了一個術語，即“不可降低的複雜性”，比如植物的光系統，或血液凝集系統，或者細菌的鞭毛等，都具有這樣的特點。這些系統中的每一個成分都是有用的，而且互相配合得很好，相互作用，組成了一個有機的整體，其間任何一個部分的缺失，都會使系統失效。爲此，貝希舉了一個著名的例子，把一些細胞結構比喻爲捕鼠的鼠夾，鼠夾的每一個部分都不可能起到捕鼠的作用，只有把它們有機地結合起來纔會行使特定的功能。是誰設計了鼠夾的各個部分並把它們一次性地組裝起來的呢？只能假定有一個智慧的設計者才能解釋這一切。這個智慧的設計者當然只能是上帝了。
其實智慧設計論者並沒有提出什麼新的見解，不過是以往神創論所用技巧的翻新回爐佈局。不過這些人都擁有博士頭銜或教授職位，在撰寫論著時也儘量使用科學術語，在引文規範和論證方式上也與主流學術的寫作方式保持一致。這給普通讀者造成了很多假象，嚴重影響了對知識本質的判斷。
這夥人最近很活躍，到處舉辦大型研討會，努力通過各種手段擴大對社會公衆的影響力，結果在社會上掀起了一陣陣反對進化論的浪潮。他們爲了提升公衆的信任度，甚至搞了一個《對達爾文學說的科學異議》公開聲明，其中寫道：對於隨機轉變和自然選擇論解釋生命複雜性的能力，我們表示懷疑。經過活動，大約有三百五十名科學家在這份聲明上籤了字。其實美國科學促進會的科學家人數達到十幾萬人，這幾百個人並不能表明什麼東西。但美國國家科學教育中心也跟著搞了一份針鋒相對的聲明，強調對於進化的發生以及自然選擇是主要的進化過程，科學界沒有嚴重的懷疑。在這份聲明上簽字的科學家有五百名左右，因爲他們只接受名爲史蒂夫的學者簽名，以此表達對去世的堅定的進化論大師史蒂夫！古爾德的尊敬之情。
不過智慧設計論還是在美國掀起了不小的風浪，以至於幾乎在各州都有了反對進化論教學的提案，並且這種風頭有愈演愈烈的跡象。以下是兩個代表性的案例。
1999年8月11日，美國堪薩斯州教育委員會以6票對4票的多數，拒絕了在考試標準中列入“中小學學生必須瞭解達爾文進化論”的提案，也就是在教學大綱中刪除進化論內容。這雖然不是禁止學校教授達爾文進化論，但明顯也不鼓勵。消息傳出，在全國又一次引起熱議。特別是科學界反響強烈，那些文筆諷刺的進化論支持者們更是對堪薩斯州竭盡嘲笑之能事。各大媒體紛紛對此加以報道和評論，《時代》雜誌則專門請古爾德撰文對州教育委員會的決定作出批駁。令人尷尬的是，在美國頗有影響的蓋洛普民意調查顯示，只有不過百分之十的羣衆相信進化論是真的，其他人則選擇不相信達爾文的進化論。爲了拉選票，當時正在競選總統的小布什竟然表態說，他同意地方學校有權決定自己的課程，有權教授不同的理論。其他總統候選人則一律採取了含糊其辭的說法來矇混過關。他們既不想得罪選民，也不想落下一個無知的名聲，真是難爲了這些精英。
好在堪薩斯州長比較有科學素養，他以憤怒的語調批評了州教育委員會的這一愚蠢舉動，並準備通過法案解散該州的教育委員會以挽回影響。
時隔不久，賓夕法尼亞州多佛地區學校委員會又擅自公開發表聲明，決定從2004年1月開始，該地區學校九年級學生會被告知，自然選擇的進化論並不是完善的理論，智慧設計論完全有資格被當成另一種科學理論用來解釋生命的起源和進化。這一聲明以後，引發了多佛學區的11名學生家長和美國公民自由聯合的聯合訴訟，把學區委員會告上了法庭。多位科學界專家前往作證，指證該聲明違法。美國科學教師組織也出面指責這一舉動是“美國科學教育的悲劇”。
賓夕法尼亞州聯邦地區法院2005年12月20日作出裁決，認爲智慧設計論從根本上來說仍是宗教理念，僅僅是創世論的翻版，而不是一個科學理論。判決書以嚴厲的語調指責道：在公立學校講授智慧設計論不但違反憲法，而且還是一種“驚人的瘋狂”行爲，是極端無知的表現。
學區委員會也很委屈，他們堅稱那個聲明純粹是出於教育目的，而絕非宗教目的。這種辯解是沒有意義的，那幫做出這個決定的傢伙們後來在改選中全部被清除出了學區委員會。
多佛只是個小地方，這個審判也沒有費多大週摺，但其意義是不容忽視的。因爲在2005年，美國有大約25個州立或學區委員會曾經考慮過要在學校講授智慧設計論。以至於道金斯哀嘆說，美國正處於空前的科學黑暗期。
智慧設計論和科學創世論者的所作所爲終於讓科學界忍無可忍。2006年6月23日，多國科學家聯合簽署一份聲明，對其發動了一輪最爲猛烈的抨擊，指責這些人正在混淆關於生命起源的知識，並試圖隱瞞和否認在這一問題上取得的科學成就。
道金斯抨擊智慧設計論就好像地球是平的理論一樣，是不值一駁的胡扯。但這些人瞎折騰一氣，會給民衆造成一種假象，似乎有兩種學派：一派是智慧設計論，一派是自然選擇的進化論。這種錯覺是一種嚴重的誤導。
然後道金斯還諷刺地責問智慧設計論者：是誰設計了設計者呢？
看了智慧設計論對美國造成的影響，英國的《自然》雜誌也不能袖手旁觀了。2005年4月28日，《自然》雜誌專門就這一問題刊發了一篇社論。社論認爲，許多科學家對智慧設計論的態度是不屑理睬。他們認爲，把超自然的教義和科學混合在一起，是倒退到了自然哲學家們尋求鍊金術之類的僞科學時代。然而，由於智慧設計論在美國大學校園裡正日益流行，科學家們不應對此漠不關心。
許多上過基礎生物學課程的大學生是有宗教信仰的，而宗教信仰至少在表面上是和達爾文進化論不相容的。但教授們上課時卻很少講信仰與科學之間的衝突，這就使學生們把智慧設計論當作了調和宗教與科學的一條出路。社論認爲，這不是一個好現象。因爲智慧設計論正在用科學的方法尋找上帝存在的證據，它威脅到了科學的理性的核心。社論建議教授們應該引導學生去正確看待這個問題，不要被智慧設計論一時的表面所迷倒，而應該有自己的思考和判斷，這也是教授的責任之一。
《科學》雜誌當然也積極關注科學與智慧設計論之間的論戰進展，並把進化論研究取得的新成就列爲2005年十大科學突破之首。這一研究成果就是證明了單一的基因突變足以造成生物大的飛躍，可以把一個物種變成好幾個物種。這一研究解決了物種生成的問題，也是對神創論者的一個重要還擊。
真正的科學研究當然不會因爲噪音而停止前進，現在還是讓我們回過頭去，看一看標誌著進化論走向成熟的現代綜合進化論的前因後果，那也是對神創論作戰的有力武器之一。