根據進化理論，滅絕是必然的結果，自然選擇就是靠這種方式在運行，大量不適者就是這樣被幹掉的。自然界存在一個正常的物種滅絕率，大致是一百萬年滅掉八個科，遇到大滅絕時動作就大一點，一百萬年間可能會幹掉二十個科。《科學》雜誌1986年載文指出，生物大滅絕的週期一般在二千六百萬年左右，並且動物的滅絕與體重有很大的關聯，體形越大的物種，滅絕得越快。食肉動物平均一個屬的生存期是八百萬年。小小的螞蟻和蟑螂可以生存到如今，而橫行地球的恐龍與猛獁象則早已化爲塵煙了。
換句話說，如果它們都不滅絕，我們人類又到哪裡蹲著去呢？
難以解釋的不是滅絕，而是大滅絕。很多物種同時消失，這是達爾文不願意看到的現象。他不願意看到並不表明大滅絕就不存在，現在得到確認的至少有五次物種大滅絕。受到關注最多的當屬二疊紀和白堊紀大滅絕，它們分別排名第三次和第五。一般估計，經過這幾次折騰以後，生存過的物種有99%以上都已經徹底消失了。
二億二千萬年前，二疊紀末期，發生了六億年來最嚴重的一次物種大滅絕。大約有一半的海洋生物在幾百萬年內接連死去，90%以上的物種成隊消失。縱橫四海的三葉蟲就是此次大滅絕的犧牲者之一。此後，大約在六千五百萬年前，又發生了一次以恐龍滅絕爲標誌件的著名大滅絕，稱爲白堊紀滅絕。死去的不僅僅是恐龍，大量的海洋浮游生物再次殉葬。此次事件約有四分之一的動物綱被徹底從地球上抹掉了，物種的滅絕率也達到了85%。哺乳動物就是從那以後漸漸在地球上站穩腳跟的。
物種的滅絕和物種的發生一樣，是個非常具有吸引力的話題。物種的死亡最終是個體死亡的集中表現。如果不是有忍無可忍之事發生，大概誰也不願無故死去。是什麼事情造成了這種慘劇呢？無數的智者都在考慮這個問題，可惜大多遭到了慘重的失敗，沒有人能提出一個可以被普遍接受的假說，有些人不得不繼續相信那是上帝在用大洪水來重整世界秩序。
儘管如此，仍然有一些理論顯示出了相當的水平。比如造山運動、行星撞擊、火山噴發或者流行病肆虐等等。
先說二疊紀大滅絕。這次滅絕比較奇怪，從化石分析得知，當時受到影響的主要是淺海生物。對此，有理論認爲，這主要是因爲大陸板塊的漂移，一些本來分開的零散的小板塊得以結合成了巨大的整體大陸。這種結合的後果就是，海岸線大爲縮短，加上陸塊互相擠壓，淺海區域因此而急劇減少。本來地盤很大的淺海生物一下子被擠得受不了了，只好死翹翹。這個理論之所以具有說服力，是因爲對淺海範圍減少幅度的計算結果正好與物種減少幅度相一致，說明這兩者之間呈正相關性。二疊紀大滅絕似乎就是這麼簡單的事情，通俗地說，地盤變小了，住不了那麼多生物了。
而1996年，《自然》雜誌刊文指出，全球性海平面的大幅上升，造成海洋缺氧，從而導致海洋生物缺氧而死，形成大滅絕。這個理論得到了地層巖石證據的支持，聽起來也很有道理。可是也有人提出相反觀點，認爲其實海平面下降纔是真正的殺手。至於究竟哪種理論更正確，只能留給時間和事實來檢驗和淘汰了。
關於白堊紀大滅絕的說法就更是花樣繁多。這裡面涉及恐龍的命運，大家都比較關心這些大個子的死活，自然也就更是衆說紛紜。
1954年，德國古生物學家欣德沃爾夫(OttoSchindewolf)提出了極具代表性的“新災變論”，這一理論是對居維葉“災變論”的更新。居維葉的老理論認爲，地球經過了很多次週期性的巨大災變，且給生物帶來了嚴重的打擊。他認爲這些災變是由非常力量引起的，大概也就是上帝吧。當非常規力量消失，地球恢復平靜，可以過一段好日子，此間可以產生一些與從前不同的生物。
居維葉對化石的觀察並無大錯，他錯在把造物主牽扯了進來。所以當達爾文理論提出以後，“災變論”受到了猛烈抨擊，最後被趕出學術圈。
欣德沃爾夫比居維葉高就高在，他當然不能再請上帝出手了。他請出來的是一顆白堊紀的小行星，也可能是彗星或者隕石，反正是天外來客，在太空遨遊的時候出了交通事故，一頭撞到地球上。結果就如大家反覆聽到的故事一樣，地球籠罩在一片悽風苦雨之中。長時間的暗無天日，生活太痛苦了，大批生物紛紛滅絕，其中包括恐龍。
人們對此假說興趣多多，並一直在追蹤研究，提出了很多證據對其加以完善，甚至找出了當年大碰撞的遺蹟，它正埋在墨西哥的熱帶森林底下，撞擊形成的大坑直徑約有180公里。猛烈的撞擊造成沖天大火，整個地球燒成一團，加之無人救火，結果可想而知：絕大部分生物被做成了原味燒烤，75%的動植物因此滅絕。
災難過後，地球經歷了長期的恢復過程。漫漫長路，風雨交加，愁雲慘淡，經過憂傷洗禮的殘存生物不屈不撓地繼續繁衍。千萬年後，地球又是一片欣欣向榮的景象。
“新災變論”的結論就是，大災變導致大滅絕，然後是恢復和擴張期，其中就有物種大爆發存在，接下來，可能就是提心吊膽地等著下一次大滅絕。
這個理論乍看起來似乎與古爾德提出的“間斷平衡”有點類似，但其本質是不同的。古爾德的理論不需要外界因素的干涉，進化的“間斷”與“平衡”都是生物自身的事情，而“新災變論”則不然，其決定力量來自於外界。當然，這種力量是可以理解的。
“間斷平衡”提示滅絕的過程要緩和得多，更符合達爾文的原意。“新災變論”的滅絕過程是慘無人道的，不講道理，也沒有通融的餘地，幾乎所有的生物都在一時之間被逼上了死亡的征途。
不過，“新災變論”也面臨很多挑戰，其中最不利的證據就是，白堊紀後期的化石記錄表明，大多數物種滅絕的速度其實是很緩慢的。它們往往都經過了數千年的衰落才減少到最低點，直到滅絕。這與激烈的大碰撞所提示的短期滅絕快速滅絕不太一致。
當然，沒有哪一種理論可以解釋所有滅絕現象。物種大滅絕也不可能是單一因素造成的。隨著科學的發展，我們或許會接近物種大滅絕的真相，但那其實已經不是最重要的事情了。最重要的是，我們已經相信，完全可以在科學範圍內來解釋這些離奇的故事。
當然，大可不必對物種大滅絕哀悼不已。舊的不去，新的不來，這個地球也不是離了誰就不轉了。生物圈的本質就是不斷地代謝更新，死了一些動植物實在是沒有什麼好傷心的。唯一讓人可惜的是，很多外形異常怪異的物種被刪除以後，再也不可能重新出現在地球上。我們永遠失去了在動物園中對著他們發出大聲驚歎的機會。
人類真正需要關注的，是應對自己的行爲適當控制，不要超出自然界許可的幅度，更不要越職越權，代替自然的力量人爲地製造物種大滅絕。那麼根據自然的原理，我們仍然有很長一段時間好活。
所以，人類需要不斷糾正自己出現的偏差，努力把這個世界變得更加和諧美麗，只有這樣，才更符合人類在這個星球上所處的特殊地位。
社會達爾文主義的提出和由此而展開的相關論戰，正是人類糾偏行爲的一個漂亮證明。