其實在進化論思想史上，應該提到兩個達爾文，其中老達爾文(ErasmusDarwin)正是我們熟知的達爾文的祖父。老達爾文有兩個值得驕傲的孫輩，一個是自家孫子達爾文，另一個是外孫高爾頓(FrancisGalton)，高爾頓是生物統計學創始人。但老達爾文並不是只靠這兩個孫子給他留名科學史的。老達爾文的個人生活雖然很風華，不過在生物學方面也仍然取得了一定的成績。他所寫的《動物學》、《植物學》等科學著作儘管現在看來已沒有什麼科學價值，但在這些書中，老達爾文卻零散地表達了物種變化的思想！他認爲現存的所有生物都是從原始的細絲狀的生物繁衍而來的。就憑這一點，足以讓他拿到教會的警告和禁令了。
達爾文承認讀過他祖父的書，而且讀了不止一遍。但是他拒絕承認受過祖父觀點的影響，大概這樣可以更好地確立自己進化論創始人的地位吧。不過有意思的是，達爾文一方面卻攻擊拉馬克抄襲了他祖父的觀點。也就是說，他無意中承認祖父確實提出了物種變化思想。但這種思想隻影響了他學術上的對手拉馬克，而沒有影響到自己，儘管他們的理論中都有物種變化這一核心內容。
據後來研究者認爲，達爾文在《物種起源》中所表達的思想，在他祖父的那些被淹沒的著作中都已得到表達。好在這都是他們達爾文自家的事情，沒有人出來爲他們爭奪署名權。如果這個事情發生在拉馬克和華萊士的身上，大概達爾文的地位早就被他們的後人們晃動得風雨飄搖了。
還是來談我們正宗的主角吧。
達爾文1809年2月12日出生於英國的一個小鎮什魯斯伯裡，父親是個醫生，母親也是名門之後，家庭條件相當不錯，這爲確保達爾文受到良好的教育打下了基礎。儘管達爾文在兄妹八個當中排名老六，而且看起來並不是太聰明，老師對他的印象非常一般，認爲達爾文的智力低於平均水平。父親對他也很不滿意，有事沒事的時候，總會罵他幾句。達爾文對此耿耿於懷，到老了仍抱怨老爸對自己不是很疼愛。
但達爾文仍然被這個家庭寄於厚望，被送去愛丁堡學習醫學，好在達爾文實在是沒有醫生的天賦，所以學習成績一直很差。父親對此很失望，這才決定送他去教會學校，以後能混個牧師的職業。1827年，達爾文就這樣進了劍橋基督學院學習。他可能是這個神學院培養出來的一個最偉大的叛徒了。
在劍橋，達爾文一如既往地不喜歡學習和研究工作，他最感興趣的事情，就如他的父親罵他的那樣，是過一種“無所事事的遊蕩生活”。
對於這樣一種性格的男人來說，在英國皇家軍艦“貝格爾號”混一段時間，作一次環球航行，大概是打發時光的有效途徑。
此次航行的目的是改進英國海軍的航海圖，所以需要花很長的時間走很遠的路，爲了提高船的利用率，政府要求沿途考察大量海岸和港灣，爲此，他們需要一個博物學家同行。
但達爾文卻不是作爲這個博物學家的身份上船的。據當今最具聲望的進化論學者之一的古爾德(StephenGould)研究認爲，達爾文當時的工作只不過是陪陪那個年輕的、只有二十六歲的船長羅伊(RobertFitzRoy)在餐桌上說說話聊聊天，用以打發漫長難熬的船上時光而已。那時的船長就是一個船的國王，爲了保持其權威性和神秘性，一般不與船上其他人見面。爲了不被悶死，加上不許帶女人上船，所以船長需要一個來自上流社會的有一定知識的紳士一般的看著順眼說話投機的男人做伴侶，達爾文就是用來充當這個角色的。船長的這一要求被認爲是合理的，因爲“貝格爾”號的前任船長就是在出航三年後因寂寞而自殺的。至於船上的博物學家的工作，自然另有他人承擔，這個人叫邁考密克(RobertMckormick)，後來因爲受不了達爾文的欺負，再加上一些其他原因，不得不中途下了船。
當達爾文的導師亨斯羅(JohnHenslow)得到這個消息後，直接給達爾文寫信說：“羅伊船長需要一名男子做伴侶。”
這樣的好事並不是容易得來的，正當達爾文收拾行李打算開路的時候，老爸卻又跳出來加以阻止，他非常不滿地對達爾文說：“只要有任何一個有普通常識的人支持你隨船航行，我就同意你去。”達爾文被說得非常自卑，所以也準備放棄這次機會。好在達爾文的舅舅比較支持達爾文，勸服了他老爸後，家人終於同意放行了。
不妙的是，船長羅伊對顱相學感興趣，他面試達爾文時，覺得達爾文智力平平，精力也一般，所以對達爾文興趣缺缺。好在另外的兩個笨蛋候選人拒絕了這個機會，羅伊船長沒有更好的選擇，這才捎上了這個至關重要的乘客。
在“貝格爾號”上的航行從1831年12月開始，到1836年10月結束。達爾文在這條無聊的船上整整度過了五年痛苦的時光，暈船和疾病幾乎無時不在折磨著他，且落下的後遺癥纏了他一輩子。用中國話來說，大概這就叫“天將降大任於斯人也”了，先折騰他一番再讓他享受光榮吧。
達爾文自己，當然也包括後來的研究者，無不把這次航行當作一次偉大的探索和思考過程，並認爲正是這次上相當痛苦的航行，給我們人類帶來了系統和完整的生物進化論。而有趣的是，據另一些達爾文追隨者客觀的研究認爲，事實似乎完全不是這樣。“貝格爾”號的意義被毫無必要地誇大了。
有一點是肯定的，達爾文雖然和羅伊船長經常因爲一些不同的觀點而吵架，但他畢竟是船長的座上客，加上身上還有一大筆錢，所以也有僕人驅使，除了身體不適以外，其他各方面都可謂是順風順水。船每到一地，他都可以上岸作一番舒適的遊歷，並花錢僱用當地的民工爲他採集資料，就這樣得到了大批的可供研究的一手資料。而那個可憐的以博物學家頭銜隨船航行的邁考密克就慘多了，因爲手頭沒錢，船長也不爲他提供便利，達爾文也瞧不起他，大部分時間只好待在船上生悶氣，到1832年4月的時候，船開出只幾個月，這個貧窮的知識分子終於受夠了，在里約熱內盧託病離船，隨另一艘英國海軍船回家了。
此事達爾文曾在寫給導師享斯羅的信中提到過，並用極其刻薄的文字表達了他對這位博物學家的輕蔑之情，達爾文稱邁考密克是一頭“蠢驢”，是一個沒有任何科學思想的可憐蟲。
達爾文和船長羅伊的關係也很一般，他甚至曾因爲爭吵而被船長趕出餐廳。所以達爾文後來在回憶錄中不願提及這個船長，實在是必須提及時，也往往以“一位船長”來指代羅伊。
但事實上羅伊船長對達爾文的啓迪作用不容輕視，因爲他們在海上漫長的時間裡幾乎都是在閒聊。羅伊船長也是一位有思想的人，起碼他自己以爲是。所以，兩個人談論的內容相當廣泛，可能把當時能夠談起的很多話題都談了一遍，其中包括唯物論和無神論。因此，古爾德推測，羅伊船長對達爾文的重要性不亞於鳴雀。
但羅伊船長是個不折不扣的教徒，他對上帝的信仰從沒有改變過。後來，當達爾文終於發表了《物種起源》以後，羅伊船長曾經悔恨不已，他以爲是自己啓發了達爾文的異端思想，因此陷進了一種深深的自責當中，併產生了強烈的贖罪。1860年的一次會議上，在勇敢的赫胥黎(ThomasHuxley)爲捍衛達爾文的理論而舌戰羣雄時，羅伊船長不顧一切地大步走上臺去，手裡高舉著《聖經》，一邊大聲叫著：“這本書！這本書！”
如他的前任船長一樣，羅伊船長也死於自殺，那是在達爾文出版《物種起源》之後的第六年。羅伊船長割斷了自己的喉管，他想以這種方式請上帝原諒他把達爾文帶上了“貝格爾”號。
那麼，達爾文在“貝格爾”號上究竟做了哪些工作呢？
因爲身體原因，達爾文每天只能工作兩個小時左右，所以，他更願意把時間花在陸地上，或者島上。當船行到太平洋的加拉帕戈斯羣島時，船員們需要對羣島進行測量，達爾文不必參與這種體力活，他開始在島上巡視。加拉帕戈斯是西班牙語海龜的意思，這個名稱因爲達爾文的原因，現在主要用於生物學領域，在政治或地理上，往往稱爲科隆羣島。
加拉帕戈斯羣島是火山島，島上地形險要，怪石嶙峋，因爲人跡罕至，加上氣候適宜，所以佈滿了未知的動物和植物，仙人掌和灌木叢分佈在其沿海地區；高大的樹木生長在較高的山坡，樹下鋪滿羊齒類植物。動物則有海獅、海豹、海獺、鵜鶘、信天翁、企鵝和火烈鳥等，當時最爲大家所熟知的，只有無數的海龜。
現在該島現被稱爲“世界最大的自然博物館”，已列入“人類文化與自然遺產”。爲了紀念達爾文給本島帶來的巨大名聲，島上立有達爾文半身銅像。
在加拉帕戈斯羣島，達爾文收集了大量動植物標本。在收集標本的過程中，達爾文驚異於島上物種的獨特性，他們雖與不遠處南美大陸的物種有相同之處，但處處又總透著那麼點不同。更嚴重的是，因爲是羣島，所以島與島之間有一定的間隔，而每個小島上原本應是同一種的動物，似乎也存在著或多或少的差異。比如每個島上的海龜殼上的花紋都不相同，而且都有自己明顯的特徵，有經驗的人只要看到海龜的殼，就知道是來自哪個島上的。這個事實把達爾文搞暈掉了，因爲造物主實在沒有必要在每個島上都製造不同的生物，那樣做工作量未免太大了。但這個事實的背後隱藏著什麼，達爾文沒有搞明白。因爲他的主要注意力其實是集中在地質考察方面的。