《物種起源》雖然俘獲了一批生物學家的芳心，比如著名植物學家胡克很快就向達爾文投降；而曾與達爾文數度通信交流的哈佛大學教授格雷也立即對達爾文投懷送抱，並用一種極其巧妙的方式在美國引進了生物進化思想；德國、法國也都相繼作出了積極的反應，似乎是一片欣欣向榮的景象。但總的情況卻不容樂觀，大部分生物學家仍持觀望和保留的態度，一些其他領域的科學家，雖然享有盛名，卻因爲對生物學的瞭解不是很深刻，所以對達爾文的理論幾乎是批聲一片，其中就有達爾文的老師塞奇威克和導師享斯羅，甚至是好朋友賴爾也反對他的觀點。
比較有影響的反對來自電磁理論的奠基人麥克斯韋(JamesMaxwell)和英國物理學的開山鼻祖開爾文(LordKelvin)，他們都是鬍子很長頭腦很聰明的重量級人物，因爲在物理科學領域的巨大成就而受盡尊寵，在當時享有無可撼動的權威地位。其中開爾文用地球散熱的速度推算出地球年齡只有兩千多萬年左右，最多不超過一億年，如此短的時間不足以支持生物如蝸牛般慢騰騰的進化。基於開爾文巨大的名聲，達爾文無言以對。他自己由於物理知識的缺乏，對地球年齡的估算基本上都是猜測，看不出有任何科學依據。面對開爾文的這一計算結果，達爾文卻異常堅定地聲稱：“我確信將有一天將會證明地球的年齡比開爾文的古老得多。”同時又暗中咒罵開爾文是一個“討厭的幽靈”。但正是這個幽靈，最終和達爾文一道被安放在威斯敏斯特教堂牛頓墓的旁邊。
現在已經知道偉大的開爾文計算結果是錯誤的，他忽略了地球內部放射性元素的作用，所以低估了地球冷卻的時間，同時也大大低估了地球的年齡。
更嚴酷的批評來自哲學界和宗教界，他們指進化論是“粗野的哲學”和“骯髒的福音”，並把進過教會學校的達爾文比喻爲一個“魔鬼牧師”，甚至當成是“歐洲最危險的人”。重壓之下，以至於劍橋大學圖書館禁止借閱此書。
一時間風蕭蕭兮易水寒。
也有相當一批教會人員站出來支持達爾文，不過他們採取的是和稀泥的調和手法。這種理論在美國特別流行，他們認爲進化論與上帝並不衝突，正是上帝創造了能夠自我發展的原始生命形式，甚至進化的策略也是上帝制定好了的，這樣一來，進化論就成了第二因，與上帝互不侵犯。而且，這樣一搞，上帝反而輕鬆了許多，他不必一個一個費心費神地去製造萬種生靈了，他只需要制定一個生物發生和進化的原則就行了。可能有的時候還插手修改一下進化過程中出現的小錯誤，比如搞死一大批恐龍之類的小事情。
而在保守的英國，受過正統教育的牧師們仍然出離憤怒，因爲《物種起源》是對《聖經》中描述的過程的全盤否定。這樣一搞大家就不相信上帝了，而一旦人們開始懷疑《聖經》，那人生的一切都將失去意義。在虔誠的教士們看來，生物進化理論將顛覆整個世界的倫理與道德。
在這種氣氛下，科學與宗教的衝突已不可避免。
《物種起源》剛一出版，赫胥黎就寫論文宣傳和支持達爾文，並利用在皇家研究院演講的機會公開支持進化論。而此時另一批人，比如威爾福伯斯（SamuelWilberforce）已經開始和很多人一道寫文章攻擊達爾文了，動物學家歐文(RichardOwen)更是發表了一篇言辭激烈的論文對達爾文大加鞭撻，在劍橋哲學學會上對達爾文衆攻，唾沫噴了一會場。達爾文根本沒有還手之力。
歐文雖然長得很醜而且生性冷漠，但這並不妨礙他成爲著名的動物學家和地質學家。他自小癡迷於動物解剖，併爲此而享有盛名，一共發表了六百多篇解剖學論文，其學術成就與名重一時的居維葉有的一拼。正是他發現了始祖鳥，也正是他把一種大家都沒見過的化石命名爲“恐龍”，出版有經典鉅著《論脊椎動物解剖學》及其他一大批專業作品。可惜這個人的道德品質並不能如其學術成就那樣讓人尊敬，經常做一些迫害同事及偷竊別人研究成果的工作，大大削弱了他作爲一個重要學者的影響力。
但對他影響更大的，恐怕還是與赫胥黎的論戰。
那時，赫胥黎開始實踐自己要爲達爾文做鬥犬的諾言，他開始針對性地寫反駁文章，但這種缺乏當面交鋒的論戰缺少火花與激情，很快被人遺忘。
正面交鋒的機會終於來了，1860年6月27日，英國科學促進會年會在牛津召開，開會第二天，在動植物組分會場上，赫胥黎開始對歐文發難。因爲歐文聲稱，通過解剖學研究發現，大猩猩的大腦與人的大腦之間的差別很大，超過了大猩猩與其他動物的差別，也就是說，不應該把萬靈之長的人和這些低等動物放到平起平坐的位子上加以比較。這一說法令赫胥黎很不開心，赫胥黎相信猩腦與人腦之間的差距不大，是兩個非常接近的物種，這一觀點支持達爾文的理論。
所以赫胥黎接下來毫不客氣地回擊了歐文，這個傢伙用非常不禮貌的語氣嘲笑歐文說：“即使我能證明大猩猩是他們的祖先，他們也不會害怕。”
這次會後的一年多時間內，他們關於這個問題的爭鬥仍在繼續。歐文提出了一個解剖學上的證據來證明人的優越性，即人的大腦中有一個重要的結構——小小的海馬狀的迴轉部位，稱爲海馬迴；而在黑猩猩和大猩猩的腦中則沒有這個結構。這一區別可以充分說明人的獨特性，並證明人與猿之間在結構上不存在所謂連續性。所以人不是猿進化而來的產物，人類大可爲此而感到驕傲。
赫胥黎正在寫作專著《人在自然中位置的依據》，他有足夠強大的資料表明，所有的猿都有海馬迴，人腦和猿腦之間存在明顯的連續性。這場爭論曾引起全英國的關注，後來終以赫胥黎獲得全面勝利而告終。當有人勸赫胥黎對歐文進一步攻擊以把他的理論全部打倒時，赫胥黎感嘆說：“我們的生命太短了，不能將已經殺掉的再殺一遍。”
其實這兩個人一直就是宿敵，正是赫胥黎把歐文從英國動物學會和皇家學會委員會中用投票的方式擠了出去。後來歐文只好放棄科研工作，去大英博物館自然史部上班，併爲創建倫敦自然史博物館付出了大量努力。在做好博物館工作的同時，他沒有忘記對老對手的嘲笑和報復，他四處遊說批駁達爾文的理論，並強烈反對爲達爾文和赫胥黎修建雕像。當自然博物館不得不擺上這兩個人的雕像時，無可奈何的歐文只好在雕像的擺放上做了點手腳。在他的地盤上他有這個權力，他把自己的雕像放在博物館大廳最顯要的位置，而達爾文和赫胥黎的雕像則被擺在博物館開設的咖啡店裡，整天臉色嚴肅地看著那些啃麪包喝咖啡的客人們。
這次會議上，歐文只一個回合就很快敗下陣來。第二個出場的就是牛津教區主教威爾伯福斯，因爲善於論辯，人稱外號“油滑的山姆”。
在會前，歐文就和主教商議好，要借這次機會把生物進化理論徹底從生物學界清除出去。這個消息早就傳了出去，溫和的達爾文可能預見到了這場爭吵，所以沒有出席會議。據傳本來赫胥黎也不想出席此次會議的，他怕受到那些虔誠的教士們無休止的攻擊，是在胡克的勸說下才披掛出征的。
科學大會還在繼續。
會議進行到第四天的時候，越來越多的聽衆趕來聽動植物組的討論。這些人大致都是有目的而來的，他們估計到這次會議上會有人操事，所以看熱鬧的人比科學家多一些，先後來了大約七百多人，小會場坐不下了，於是搬到新落成的牛津博物館繼續開會。
當幾位科學家讀完自己的報告以後，威爾福伯斯主教站了起來，主教長期滔滔不絕地教育信徒，已練成了一副辭藻華麗的好口才，而且他精通數學，也略通地質學和鳥類學，是當時英國科學促進會的副會長。爲了維護正統的教義，主教以非常輕蔑的語氣談起了進化論，猛烈攻擊達爾文的學說以及達爾文的朋友。