鴻臚寺丞李可灼是個五十開外的老人，他舉止飄逸，確有點道骨仙風。所進的“仙丹”盛在一個十分古樸的錦匣內。據李可灼講：此仙丹乃是他年輕時在峨眉山採藥時得遇一位仙長所贈，所用藥料均採自神府仙境，能治百病。
泰昌帝顯得比前幾天更消瘦了，體質虛弱。但他的神志十分清楚，見方從哲進來就問：“仙丹可曾帶來？”方從哲跪著奏道：“李可灼已攜仙藥進宮，究竟能否治病，臣尚不敢妄言，請皇上明斷。”這時，李可灼也捧著“仙丹”跪在後面。泰昌帝示意把藥呈上來。李可灼見周圍大臣有疑慮神色，先自服一丸，大臣們方纔放心。而泰昌帝一見仙藥，於是命人取水來，急匆匆地把藥吞下去了。
過了會兒，泰昌帝睜開雙眼，坐了起來，好像一下子健康了許多，臉上露出了笑容，連誇：“果然是仙藥，仙藥!”又稱讚道：“李可灼是個大忠臣。”說罷探出身來叫道：“李可灼!”李可灼伏地輕應：“微臣在。”泰昌帝說：“朕服仙丹果然奏效，請你明天再進一丸來，大概就可痊癒了。”李可灼答道：“臣家中尚有一丸仙丹，但仙長曾指點過，需在第一丸後三天再進第二丸，臣當於三天後再獻靈藥。”泰昌帝說：“朕病好後，一定給你加官晉爵。”
自吃了李可灼的“仙丹”後，泰昌帝的病好似一下子被驅走了一半。兩天來，他除了時常坐在龍案前養神外，居然還有兩次走出了殿門。
三天前在皇上的催逼下，方從哲引李可灼進宮獻藥，雖然當時就收到了效果，但憑他多年的閱歷，總覺得這似乎是心理作用所致，並不一定是藥的神效。回到府中後，就有幾位心腹幕僚前來打聽情況，他們都勸方從哲不要再引李可灼進宮。尤其是太醫院的幾位太醫異口同聲否定“仙丹”的作用，他們表示，如果首輔再引人送什麼“仙丹”，他們就集體辭職了。
第三天一早，泰昌帝就派人催仙藥，併發下聖諭，如果內閣阻攔進藥，就以抗旨欺君論處。他才無可奈何地將李可灼召到內閣，再三叮問，李可灼力保仙丹有神效，方從哲這才拉上韓火廣一同陪李可灼進宮。
李可灼看泰昌帝服罷藥，跪請他上牀休息，泰昌帝卻不在乎地擺了擺手說：“用不著，朕今天精神很好，李愛卿獻藥有功，來日定當封賞。”
泰昌帝剛剛說完這番話，便在當天夜裡一命嗚呼了……
本來已經康復了的泰昌帝，服了一粒並非御醫進呈的紅丸，在夜裡猝然死去。方從哲已預料到明早就會有無數指劾他的奏本飛進來，弄不好很可能被扣上一頂“弒君”的帽子。按明朝舊例，皇帝駕崩，遺詔需由內閣首輔代擬。方從哲想來想去，覺得只有利用擬遺詔的機會，申明服用紅丸是皇帝自己的意見，把責任一股腦推到大行皇帝身上纔算上策。
果不出方從哲所料，泰昌帝的暴卒引起了整個朝廷的注意，要追查皇帝死因的奏摺兩天之內就達數百件。其中有的奏本已經公開指出，給泰昌帝服瀉藥的內侍崔文升，最初曾在鄭貴妃屬下任職，後來才由鄭貴妃轉薦給泰昌帝。崔文升竟敢用瀉藥摧殘先皇，其背後必有人指使。
於是方從哲迫不及待地徵得了閣臣同意，頒佈了由他親筆起草的遺詔。遺詔中以大行皇帝的口吻誇獎李可灼，並詔賜銀幣。遺詔一下，羣情鼎沸，朝臣們都知道遺詔出自首輔之手，無形中更把方從哲與紅丸案緊密聯繫在一起了。
十月中旬，追查“紅丸案”的呼聲達到最**，禮部尚書孫慎行和左都御史鄒元標上了兩道令人矚目的奏疏，孫慎行指出：“從哲縱無弒君之心，卻有弒君之罪。欲辭弒之名，難免弒之實。”這給追查“紅丸案”元兇定了基調。
方從哲思來想去，他寫了一道很長的奏本，一面仔細爲自己辯解，一面十分誠懇地提出了退隱的要求。方從哲奏本遞上去不到十天，天啓皇帝的批準諭旨就下來了。十一月初，這位執政八年的老臣，離開了京城。
泰昌帝的猝逝，使得御史鄭宗周、南京太常寺少卿曹珍等指此一事件與多年前的“梃擊案”出於同一“奸謀”，即有人必置光宗其人於死地；刑部主事王之採更直指光宗之死與鄭氏、光宗寵妃李氏等陰謀奪權有關。
泰昌帝繼位一個月即駕崩，加之朝廷內黨派紛爭激烈，使得關於此案的議論甚囂塵上，並且多少帶著東林黨藉機伐異的意味。這些議論圍繞著泰昌帝的死因展開，方從哲、李可灼、崔文升等皆成爲衆矢之的。
吏部尚書張問達、戶部尚書汪應蛟、禮部尚書孫慎行、左都御史鄒元標，以及衆多言官紛紛彈劾崔、李二人用藥、進藥錯誤之罪。其中御史王安舜認爲：“先帝之脈雄壯浮大，此三焦火動，面脣紫赤，滿面升火，食粥煩躁。此滿腹火結，宜清不宜助明矣。紅鉛乃婦人經水，陰中之陽，純火之精也，而以投於虛火燥熱之疹，幾何不速亡逝乎！”
由於泰昌帝是服下紅丸後死的，而首輔方從哲卻在泰昌帝死去的當天，擬遺旨賞了進獻紅丸的李可灼，引起了一些人的懷疑，御史王安彈劾方從哲“輕薦狂醫”，“又賞之以自掩”。御史郭如楚彈劾方從哲不應該賞賜進藥的李可灼。方從哲在衆人攻擊下，擬太子令旨，罰了可灼一年的奉祿。
十月，禮部尚書孫慎行和左都御史鄒元標上了兩道令人矚目的奏疏，孫慎行指出：“從哲縱無弒君之心，卻有弒君之罪。欲辭弒之名，難免弒之實。”方從哲上奏辯解並請辭，於11月初卸任離京。
而御史鄭宗周、南京太常寺少卿曹珍等則指此一事件與多年前的“梃擊案”出於同一“奸謀”，即有人必置泰昌帝其人於死地；刑部主事王之採更直指光宗之死與鄭氏、光宗寵妃李氏等陰謀奪權有關。
方從哲離京後，還是無法脫淨干係，要求嚴查紅丸案的奏摺不斷。一天，天啓帝收到了方從哲從老家寄來的奏疏，疏中說：自己年老愚昧，未能阻止庸官進藥，罪不容誅。爲表示謝罪，願乞削去官階，以耄耋之身遠流邊疆，以平朝臣之怨。果然，許多大臣爲他開脫，天啓帝亦被方從哲的誠懇打動，但苦於真相未明，一時難以決斷。
這時，一直緘默無言的閣臣韓爌終於站出來說話了。他把當時目睹的一切事實都詳細地說清楚了。特別是方從哲當時左右爲難的情景，被描繪得十分具體。最後，韓爌提出，“紅丸”一案糾纏了一年多，但真正置先皇於死地的崔文升和李可灼到現在也沒有處置，這兩人雖然亂用藥物，但也確實是奉旨進藥，可以適當懲處，紅丸一案則不宜繼續深究。
韓爌在萬曆年間就是個有名的老成之臣，居官十餘年處事公正，很受羣臣景仰，入閣後又一直陪伴方從哲料理進紅丸之事，說出的話是可信的。所以他的奏摺報上後，很快地使一場風波平息了下來。不久，天啓帝下旨問崔、李二人罪。1622年（天啓二年），明廷將崔文升發遣南京，李可灼遣戍邊疆。“紅丸”一案由於各派的爭鬥總算草草瞭解，但其中的疑點並沒有弄清楚。後人爲此曾進行過一系列的考證和爭論，但最後也都沒有結果。泰昌帝的死是否與紅丸有關依然是一個千古之謎。
甚至到了天啓年間，宦官魏忠賢也要爲“紅丸案”翻案。於是，聲討方從哲的禮部尚書孫慎行被開除了官籍，奪去所有官階封號，定了流戍。抨擊崔文升的東林黨人也受了追罰，高攀龍投池而死。崇禎年間，懲辦了魏忠賢，又將此案翻了回來。
崇禎帝死後，南明王朝又一次以此爲題材挑起黨爭，直到明王朝徹底滅亡。
關於泰昌帝的死因，一直是一個千古迷案，有人說是服紅丸而死，也有人說與紅丸無關；有人說舊病未愈，有人說是勞累所致；有人說是惑於女寵，是鄭貴妃有意加害；有人說是用藥差誤。有的大臣因李可灼進紅丸功，議“賞錢”；有的大臣以“李可灼罪不容誅”，議“罰俸一年”；有的大臣以“可灼非醫官，且非知藥知脈者”議上，將其遣戍；直到天啓五年（1625年），魏忠賢上《三朝要典》，遂免可灼遣戍。李可灼這個案子，一直爭吵了八年，成爲天啓朝黨爭的題目之一。
紅丸到底是什麼，這也是一個引起爭議的問題。有人認爲，李可灼進的“紅色丸藥”就是紅鉛丸，是普普通通的**。**屬於熱藥，皇帝陰寒大泄，以火制水，是對癥下藥。李可灼把**當補藥進上，只是想步陶仲文後塵而已，只不過他時運不佳……有人認爲，那紅色丸藥是道家所鍊金丹。用救命金丹來對付垂危病人，治活了則名利雙收，死了算是病重難救，李可灼很可能是這樣想這樣做的。 三百餘年來，史學家設想了種種答案，但沒有一種令人信服，因此紅丸一案成了千古之謎……
當然，以上只是正史中記載的關於紅丸案的前因後果，至於朱常洛小朋友的真正死因，則是涉及到了道家的一段秘史，一段記載於野史中，道門中人很少提及的野史……