主角的小隊在激烈的戰(zhàn)鬥之後，終於殺出一條路，與前來接應(yīng)的小隊會和，但就在這時，地底下突然毫無徵兆地鑽出來一條沙蟲，一下子咬住主角的左臂，將他拖入了地底。
主角跟自己的小隊失散了，等回過神來的時候，他已經(jīng)來到了地底的洞穴中，這裡是蟲族的巢穴之一。
而從這裡開始，遊戲則是進(jìn)入了第二階段的劇情。
主角使用防護(hù)服的潛行能力小心翼翼地在蟲族的巢穴中尋找出口，遊戲的玩法也從FPS變成了潛行爲(wèi)主、射擊爲(wèi)輔，只有在小部分不被發(fā)現(xiàn)的情況下才能開槍消滅敵人。
主角在蟲族巢穴中要避開那些強大的蟲族，同時還要不斷地找尋出口，在這期間內(nèi)，他所有的補給都來自於跟他差不多的被拖入蟲族巢穴的人類戰(zhàn)士。
這些人就不像羅舟這樣好運了，他們基本上都沒能逃出蟲族的巢穴，蟲族把他們的屍體殘骸啃食殆盡後，破爛的防護(hù)服、護(hù)甲板、能源塊等等，就全都堆積在了巢穴中。
每隔一段距離，羅舟都能找到一些蟲族的垃圾堆，在裡面可以找到一些能廢物利用的補給品，以此維持自己防護(hù)服的能源和子彈的補給。
在第二階段，玩家基本上是處於完全孤立無援的狀態(tài)。跟外界的通訊被切斷，也無法很好地確定如何離開蟲族巢穴，物資極度匱乏，而且蟲族的數(shù)量完全超乎想象。
在這個階段，遊戲難度稍有提升，但並沒有提升到很高的程度。沒有了隊友的支援，主角必須自己解決所有的麻煩，這可能會讓玩家們回憶起隊友的好；即使拿到了資源也無法換成物資，想要獲得補給只能去翻垃圾堆，不管是子彈還是能源都必須特別節(jié)省；見到蟲族也不能無腦開槍，而是要根據(jù)敵人的特點決定是要暗殺、射殺還是避開。
第二段劇情是類似於傳統(tǒng)迷宮的構(gòu)造，玩家可以自由選擇路線，但最終還是會走到正確的路線上去。在成功逃離蟲族巢穴之後，主角成功跟小隊恢復(fù)了聯(lián)絡(luò)，得知蟲族大軍正在源源不斷地發(fā)動進(jìn)攻，只有找到巢穴中腦蟲的位置才能遏制蟲族大軍。
於是主角再度返回蟲族巢穴，最終炸死了藏身在地底的腦蟲，非常驚險地逃出生天。
這次事件之後，主角和小隊成員受到表彰，繼續(xù)執(zhí)行任務(wù)。
時間一晃來到數(shù)年之後，在這段時間內(nèi)，人類不斷地擴展實際的控制範(fàn)圍，同時拆解零件修復(fù)飛船和建造行星發(fā)動機的任務(wù)也在不斷地向前推進(jìn)。
再次從軍營中走出來，羅舟擡頭就能看到遠(yuǎn)處正在建造的行星發(fā)動機，那是一座一萬多米的巨大山峰，離得很遠(yuǎn)就能看到。這是第一批修建的行星發(fā)動機，到目前爲(wèi)止只是搭起了一個大框架，能夠看到無數(shù)的小型飛船正在圍著它不斷忙碌。
即使是這種級別的工程，人類的進(jìn)度也很快，畢竟是在跟死神爭分奪秒。隨著遊戲進(jìn)程的推進(jìn)，每次玩家看向行星發(fā)動機的時候都會詫異地發(fā)現(xiàn)它好像又完工了一小部分。
主角因爲(wèi)之前摧毀蟲族巢穴的優(yōu)異表現(xiàn)而得到指揮官的賞識，甚至能夠直接面對星際火種計劃的最終負(fù)責(zé)人——最高執(zhí)政官，從那裡直接領(lǐng)取一些極爲(wèi)特殊的任務(wù)。
這次主角領(lǐng)到了一個讓他有些詫異的任務(wù)，他要跟其他士兵一起協(xié)助進(jìn)行星際飛船的修復(fù)工作，並警惕意外的發(fā)生。
修復(fù)星際飛船的議案從最開始就在討論中，但直到現(xiàn)在纔開始著手進(jìn)行。所謂“修復(fù)”，無非是把完好的飛船零件拼湊一下，拆東牆補西牆，補出小部分能夠正常運行的星際戰(zhàn)艦。因爲(wèi)人類目前的科技尚不足以生產(chǎn)那些星際飛船的核心關(guān)鍵部件。
之所以這個議案到現(xiàn)在才著手進(jìn)行，是因爲(wèi)在高層中始終存在著分歧和爭議。羅舟從最高執(zhí)政官處得知，雖然表面上看起來高層就星際火種計劃達(dá)成了一致，開始全力發(fā)展重聚變技術(shù)、修建行星發(fā)動機，但私下裡反對的聲音一直都有。
在執(zhí)行任務(wù)的過程中，羅舟通過竊聽、蒐集資料的方式，大概搞清楚了事情的全貌。
現(xiàn)在的高層已經(jīng)分裂爲(wèi)飛船派、中立派和行星派三個派系。
目前，中立派暫時站在行星派，也就是最高執(zhí)政官這邊，飛船派的人數(shù)最少。但飛船派中有大量的高級軍官、技術(shù)精英，雖然暫時沒有什麼非分之想，但可能產(chǎn)生的破壞力卻是不容小覷的。
而這些人之所以堅定選擇飛船派，理由也看似很充分：“行星發(fā)動機是以全人類命運爲(wèi)賭注的一場豪賭，一旦失敗人類將會萬劫不復(fù)。作爲(wèi)人類的精英，他們理應(yīng)首先撤離，而不應(yīng)該在這裡冒無謂的風(fēng)險。”
飛船派的人在數(shù)年的政治運作無果後，已經(jīng)把在密謀搶奪飛船，進(jìn)行叛逃。
在遊戲的這個階段，玩家的主要活動區(qū)域是在損壞的艦隊區(qū)域。大量的工程師在對飛船進(jìn)行拆解、修復(fù)，羅舟這些士兵們則是負(fù)責(zé)巡邏、站崗，表面上是在警惕蟲族的威脅，實際上是爲(wèi)了防範(fàn)飛船派的人。
在第一批飛船成功修復(fù)之後，行星發(fā)動機附近突然發(fā)現(xiàn)蟲族活動的痕跡，士兵們被緊急徵召前往迎戰(zhàn)蟲族，羅舟則是按照指揮官的指示繼續(xù)保護(hù)飛船。飛船派果然發(fā)動叛亂想要搶奪飛船，主角所在的小隊跟叛軍激烈交火，最終在共同努力之下，成功擊敗叛軍，粉碎了飛船派的計劃。
這次的戰(zhàn)鬥內(nèi)容是一次比較長的電影化流程，全都是在星際戰(zhàn)艦所在的場景進(jìn)行的。
在星際戰(zhàn)艦外，嚴(yán)禁大型作戰(zhàn)武器進(jìn)入禁區(qū)，但還是有大量的叛軍通過種種方式混了進(jìn)來。這些叛軍的目的就是奪取星際戰(zhàn)艦叛逃，羅舟的小隊和其他戰(zhàn)士們在星際戰(zhàn)艦內(nèi)部跟叛軍激烈交火，並最終將他們?nèi)枷麥纭?
不過在戰(zhàn)鬥的最後，惱羞成怒的叛軍孤注一擲，使用了特殊的生化武器，雖然戰(zhàn)鬥最終結(jié)束了，但羅舟和很多士兵都遭受重創(chuàng)。
執(zhí)政官決定讓這批戰(zhàn)士進(jìn)入冬眠，並通過機械義肢等新技術(shù)修復(fù)他們的身體，讓他們在未來的某個時間再度復(fù)活。
雖然這次成功瓦解了飛船派的圖謀，但執(zhí)政官意識到這很可能只是一次試探，真正的飛船派組織隱藏得一定很深，在未來還有可能會捲土重來。所以，他在暗地裡給這批冬眠的戰(zhàn)士一份特殊的使命，就是在自己死後，也能保證星際火種計劃可以順利地推行下去。
第三階段的內(nèi)容到此爲(wèi)止，這個階段算是劇情前半段的一個小高潮，電影化流程能夠最大限度地激發(fā)玩家的情緒，各種大場面的營造讓玩家的腎上腺素激增。在戰(zhàn)鬥中，窮兇極惡的叛軍、隊友負(fù)傷、爆炸和混亂的場景，等等這些元素都可以很好地調(diào)動玩家的情緒，讓第二階段被壓抑的情緒得以釋放。
第四階段的內(nèi)容，是羅舟冬眠結(jié)束後的劇情。
自從主角冬眠之後已經(jīng)過去了數(shù)十年，等他從冬眠中甦醒過來之後，整個人類世界已經(jīng)發(fā)生了天翻地覆的變化。
在冬眠中心服務(wù)人員的引導(dǎo)下，羅舟領(lǐng)到新的防護(hù)服，去軍營報道。離開冬眠中心之後羅舟才發(fā)現(xiàn)，原來現(xiàn)在人類已經(jīng)轉(zhuǎn)入了地底，外面的世界也已經(jīng)發(fā)生了翻天覆地的變化。
原本的執(zhí)政官已經(jīng)死去，現(xiàn)在的新任執(zhí)政官不論是手腕還是能力都要略遜一籌，表面上風(fēng)平浪靜，實際上高層的局勢已經(jīng)是亂成一團(tuán)。
羅舟原本的隊員只有一名跟他一同冬眠、一同甦醒，其他的隊員或者是病死，或者是老死，或者是在和蟲族的戰(zhàn)鬥中死去，都已經(jīng)離開了人世。
不過羅舟很快就被分配了新的隊員，作爲(wèi)一名曾經(jīng)立下過不朽功勳的軍士長，羅舟在軍營中受到了極大的尊重。
這方面在遊戲中有非常直觀的提現(xiàn)：軍營中的所有人都對羅舟畢恭畢敬，而且在商人那邊購物也可以享受很不錯的折扣。
而後，羅舟恢復(fù)了士兵的身份，再度率領(lǐng)自己的小隊出發(fā)前往地表進(jìn)行探索工作。
回到地表之後，羅舟才發(fā)現(xiàn)原本熟悉的場景已經(jīng)發(fā)生了翻天覆地的變化。
一萬多米的行星發(fā)動機早已經(jīng)完全建成，以前還只是一個空架子，現(xiàn)在已經(jīng)變成了一座碩大的鋼鐵山峰，還在噴射著藍(lán)色的粒子尾焰，強烈的光亮讓周圍的區(qū)域永遠(yuǎn)都是白天。
原本紅褐色的荒原已經(jīng)變成了白茫茫的雪原，其實嚴(yán)格來說那並不是雪，而是二氧化碳在極冷條件下凝結(jié)成的乾冰，環(huán)境已經(jīng)陷入絕對的嚴(yán)寒。
在行星發(fā)動機附近溫度會高很多，如果在行星發(fā)動機腳下的話，即使防護(hù)服破損或者能源耗盡也不會被凍死，頂多是凍傷，但如果離行星發(fā)動機比較遠(yuǎn)的話，那麼防護(hù)服的恆溫系統(tǒng)失去能源就意味著死路一條。
第四階段的遊戲內(nèi)容，跟第一階段有些類似，同樣是半開放世界的玩法。
羅舟和自己的小隊在茫茫雪原上執(zhí)行任務(wù)，比如解救被困的運輸車隊、到一些非常偏遠(yuǎn)的地方去圍剿殘存的蟲族、在厚厚的冰層下面尋找可以廢物利用的資源，等等。
在行星發(fā)動機啓動的過程中，星球的地殼還是發(fā)生了一些震動，許多大型礦場坍塌，也有一些蟲族挖掘出來的巢穴發(fā)生了塌陷。這些地方還有一些可供利用的資源，但已經(jīng)很難去搜尋，只有羅舟這樣的小分隊纔會去尋找。
通過第一階段和第四階段場景的對比，玩家會產(chǎn)生一種恍如隔世之感。羅舟在執(zhí)行任務(wù)的時候還能依稀認(rèn)出數(shù)十年前跟蟲族戰(zhàn)鬥過的地方，還在某個廢墟下面發(fā)現(xiàn)了自己曾經(jīng)駕駛過的機甲殘骸。但時過境遷，曾經(jīng)多到讓人噁心的蟲族，現(xiàn)在也只是在茍延殘喘，遇到蟲族的概率下降了很多。
但這也並不意味著蟲族已經(jīng)毫無威脅，它們反而更加學(xué)會了隱藏自己，而且在這數(shù)十年的進(jìn)化中，它們又獲得了一些專門針對人類武器的特長，甚至誕生了很多種新型的蟲族。
相比第一階段而言，雖然第四階段同樣是半開放世界的遊戲玩法，但難度提升了很多。蟲族的實力更強、出現(xiàn)了不少新兵種；玩家在荒野中能夠搜刮到的資源變得更少了；環(huán)境更加惡劣，永遠(yuǎn)處於溫度極低的狀態(tài)，一旦防護(hù)服破損或者能源用盡，就可能會有生命危險。
除了蟲族之外，玩家還有可能遭遇叛軍的襲擊，這些叛軍對羅舟都是欲除之而後快，敵人的情況變得更加複雜。
隨著任務(wù)線的推進(jìn)，玩家也慢慢知道了現(xiàn)在的大背景。
爲(wèi)了讓星球獲得足夠的速度，最高執(zhí)政官決定使用引力彈弓的方針，利用NGC-X-3進(jìn)行加速。但這毫無疑問是一場豪賭，一旦失敗，星球?qū)鶱GC-X-3相撞，人類將迎來滅頂之災(zāi)。
在這種緊要關(guān)頭，已經(jīng)蟄伏數(shù)十年的飛船派，再度蠢蠢欲動起來。
之前飛船派搶奪飛船的行動顯然只是一次投機，真正的飛船派首腦潛藏在高層中伺機而動，他們並沒有無所事事，在這數(shù)十年中，他們一直在秘密發(fā)展飛船派的成員，爲(wèi)接下來的計劃做準(zhǔn)備。
至於飛船派的理由也非常充分，他們依舊認(rèn)爲(wèi)引力彈弓所帶來的風(fēng)險是完全不可控的，一旦失敗，人類文明將迎來滅頂之災(zāi)。所以，這些自詡精英的飛船派更加迫切地要奪取星際飛船，立刻逃離這顆星球，延續(xù)人類的火種。
而這次對於飛船派來說已經(jīng)是最後的機會，很多飛船派的核心成員已經(jīng)完全喪失了理智，這次的叛亂將會直接決定著人類的未來。
在一次調(diào)查中羅舟偶然發(fā)現(xiàn)，飛船派已經(jīng)滲透到了軍隊中的高層，他們甚至將目標(biāo)瞄準(zhǔn)了行星發(fā)動機，妄圖破壞行星發(fā)動機引發(fā)混亂，從而奪取星際飛船。