我們分類通常顯著地受到親緣關係的連鎖影響，確定全部鳥類所共有的很多性狀是最容易不過的了；可是在甲殼類裡，如此的肯定直到目前還被看成是不可能的。有一些甲殼類，它的兩個極端的類型差不多無一種性狀是共同的；但是兩極端的物種，因爲十分的近似於其他物種，但是這些物種又近似於另外的一些物種，如此關聯下來，就能夠明確地認爲其屬於關節動物綱，而非屬於別的一些綱。
地理分佈也經常被應用在分類中，尤其是被用在密切近似類型的大羣的分類裡，即便這並不算十分合理。愛明克主張此方法在鳥類的一些羣中是有用的、甚至是不可缺少的；一些昆蟲學者與植物學者也曾採用過此方法。
最後，對於每一物種羣，如目、亞目、科、亞科及屬等的相對價值，照我來說，至少在目前，差不多是隨意估定的。某些最優秀的植物學者像本瑟姆先生和其他人士，曾都鮮明地主張其隨意的價值。可以列舉一些有關植物與昆蟲的事例，比如，某一羣開始被有經驗的植物學者僅僅歸類爲一個屬，後來其又被提升爲亞科或科的等級：此般做並非由於進一程度的研究發現到以前開始沒有看到的重要結構的差異，卻是由於有著略微不同級進的各種相差無幾的很多近似物種之後被找到了。
全部上述分類上的規則、根據與難點，假如我的看法無多大錯誤，都能依照下述觀點得以說明，那就是，“自然系統”的依據是伴隨著變異的生物起源學說的；博物學者們覺得兩個或兩個以上物種之間那些可以顯現真實親緣關係的性狀都遺傳自相同祖先，全部真實的分類都是依照家系的，共同的家系即博物學者們無意識地追求的不易發覺的紐帶，而並非一些未知的創造計劃，也並非普通命題的說明，更非簡單地把多少相似的對象混合。
然而我應該更充分地說明我的觀點。我確信每一綱中的羣依據適當的從屬關係和相互間關係的排列，應該是嚴格系統的，這樣方能達到自然的分類；然而一些分支或羣，近似程度雖和共同祖先血統的關係是等同的，但由於它們經歷程度不一樣的變異，它們的差異量卻大有不同；這是由這些類型被歸在不相同的屬、科、部或目中而表現出來的。倘若讀者不怕麻煩去參閱第四章的圖解，便能非常好地理解這裡所講的意思。我們設定由A至L代表在志留紀生存的近似的屬，而且其傳自於某一更古老的類型。其中三個屬（A、F與I）中，都有一個物種流傳下變異了的後代至今，而在最高橫線上的十五個屬（a14至z14）就是其代表。
那麼，傳自於單一物種的一切這些變異了的後代，血統上、及家系上都有著相同程度上的關係；可以把它們比作是第一百萬代的宗兄弟；但是它們相互之間有著廣泛及不同程度的差異。傳自於A的、現在分爲兩個或三個科構成一目，但是傳自於I的，也分爲兩個科，構成了其他的目。傳自A的現存物種已不可以和親種A歸入相同個屬；傳自於I的物種也無法和親種I歸入相同個屬。能夠設定現存的屬F14只有相當少的改變；所以能夠與祖屬F同歸一屬，就如一些少數目前依舊存在的生物屬於志留紀的屬一樣。因而，這些在血統上都經由相同程度彼此關聯的生物之間所顯明的差異的相對價值，就很不一樣了。即便這樣，其系統的排列不單單在目前是真實的，而且在後代的每一連續的時期中也同樣是真實的。
傳自於A的全部變異了的後代，都在其共同祖先那遺傳了一些相同之物，傳自於I的全部後代也是如此；在每一連續的階段上，後代的各個從屬的分支也都是如此。可是倘若我們設定A或I的全部後代變異得這樣的大，因而喪失了其出身的全部痕跡，在此情況下，它在自然系統中的地位被喪失了，一些少數現存的生物似乎以前發生過此種情況。F屬的全部後代，順著其整個系統線，設定只有非常少的變化，它們便構成單獨的一屬。可是此屬，儘管很孤立，就會佔據它應有的中間地位。表示羣，就像這裡用平面的圖解指出的，太過於簡單了。分支應向各個地區分出去。假如把羣的名稱僅僅是簡單地在一條直線上寫出，該表示就更加不自然了；而且衆所周知，我們在自然界中在同一羣生物間所瞭解的親緣關係，通過平面上的一條線表示出來，肯定是不可能的。因此自然系統就如宗譜一般，在排列上是按照系統的；可是不同羣曾所經歷的變異量，應該通過以下方法來顯示，那就是把它們歸於不同的所謂屬、亞科、科、部、目和綱中。
通過一個語言的例子來說明此種分類觀點，是很有用的。倘若我們擁有人類的完好的譜系，則人種的系統的排列將會對目前整個地球上全部不同語言提供最佳的分類；倘若把全部目前不用的語言及全部中間性質及慢慢變化著的方言也包含在內，則如此的排列將是唯一可能的分類。可是一些古代語言也許變化很少，而且新語言的產生也佔少數，但另外的古代語言由於同宗的各族在分佈、分隔以及形態方面的關係以前有很大的變化，所以產生了很多新的方言與語言。相同語系的每一語言之間的或多或少的差異，應該用羣下有羣的分類方法來加以說明；可是正當的、甚至唯一可能有的排列依然是系統的排列；這將是嚴格自然的，因爲它依照最密切的親緣關係連接了全部的古代與現代的語言，而且指出各個語言的分支及起源。
爲了讓此觀點得到證實，我們來觀察一下變種的分類，變種是已經明白或者確信傳自於單獨某個物種的。在物種之下這些變種羣別集合，在變之下亞變種又被集合；在一些情況下，像家鴿，還有別的一些等級的差異。變種分類所依照的規則與物種的分類差不多一樣。作者曾極力認爲依照自然系統而非人爲系統來排列變種的必要性；比如，我們被提醒不要純粹因爲鳳梨的果實——儘管這是最重要的部分——碰巧基本一樣，就把其兩個變種歸成一類；無人把瑞典蕪菁與普通蕪菁歸爲一類，即便其可供食用的、肥大的莖是那樣類似。
哪一部分是最穩固的，哪一部分就會應用於變種的分類:比如，大農學家馬歇爾說，在黃牛的分類中角十分有用。由於其比身體的形狀或顏色等變異要小；反之，在綿羊的分類中，角的用處則明顯地減少了，由於其不算很穩定。變種的分類上，我覺得倘若我們有真實的譜系，將廣泛地採用系統的分類；而且這在若干情形中已被試用過。因爲我們能夠確定，無論變異有多少，遺傳原理常常會把那些類似點最多的類型聚集在一塊。對於翻飛鴿，即便一些亞變種在喙長這一重要性狀上有所差異，然而由於都有翻飛的共同習性，還是將它們聚合在一起；不過短面的品種已經差不多或者完全喪失了此種習性：儘管這樣，我們並不考慮此點，還會把它同別的翻飛鴿歸入一羣，因爲其血緣相近，並且在另外的方面也有相似的地方。
有關自然狀態下的物種，事實上所有的博物學者都已依照血統進行分類;由於他把兩性全歸納在最低單位，也就是物種中，而在最重要性狀上有時兩性顯明瞭這般巨大的差異，是所有的博物學者都瞭解的;某若干蔓足類的雄性成體與雌雄同體的個體之間差不多沒有什麼相同的地方，然而沒有人夢想過把它們分開。三個蘭科植物的類型那就是和尚蘭、蠅蘭和須蕊柱，曾經被歸到三個不同的屬，一旦發現有時它們會在同一植株上產生出來時，它們便馬上被當做是變種，可是現在我可以說明它們是同一物種的雄體、雌體以及雌雄同體。相同個體的各種不同的幼體階段被博物學者都歸在同一物種中，無論其相互之間的差異以及和成體之間的不同之處有多大，斯登斯特魯普所說的交替的世代也是這樣，僅僅在學術的意義上它們纔會被認爲屬於同一個體。畸形與變種又被博物學者歸到同一物種，並非由於它們部分相似於親類型，而是由於它們都是傳自於親類型的。
因爲廣泛的血統被用來把相同物種的個體歸爲一類，即便雄者、雌者以及幼體有時十分不相同，又由於血統曾被用來對發生過某種程度的變異、以及偶爾發生過極其大規模變異的變種進行分類，難道血統這相同因素曾經沒有無意識地被用於集合物種爲屬，集合屬爲更高的羣，把全部都在自然系統的下面集合嗎？我確定它已被無意識地應用了；而且只有如此，我纔可以理解我們最卓越的分類學者所運用的一些規則與指南。由於我們缺少記載下來的譜系，我們就必須通過任何種類的類似之點來尋找血統的共同性。因而我們才選擇那些在各個物種近期所處的棲息條件中最難於產生變化的性狀。
由此觀點來看，殘跡器官和體制的別的部分在分類上一樣的適用，甚至有時更爲適用，我們無論某種性狀多麼細小——比方顎的角度的大小，昆蟲翅膀摺疊的方式，皮膚被覆蓋著毛或羽毛——倘若它在很多不一樣的物種中，特別是在生活習性有較大差異的物種裡普遍存在，它的價值就很高；因爲我們只能通過來自同一祖先的遺傳去說明它爲何在習性這樣不同的這樣衆多的類型中存在。倘若只依照結構上的單獨一點，我們便可能在此方面犯錯誤，然而倘若若干即便十分不重要的性狀同時在習性不一樣的一大羣生物裡存在，依據進化學說，我們差不多能夠肯定這些性狀是傳自同一的祖先的；而且我們瞭解此種集合的性狀在分類上有著特殊價值。
我們可以明白，爲何某個物種或某個物種羣能夠在一些最重要的性狀上離開其近似物種，可是還可以有把握地和它們分爲一類。只要有數目充足的性狀，不論它們如何不重要，只要泄露了血統共同性的不易發覺的紐帶，就能極有把握地進行這樣的分類，並且是經常這樣做的。儘管兩個類型無一個性狀是相同的，可是，倘若有很多中間羣的連鎖在此些極端的類型之間把其連接起來，我們便能很快地推斷出其血統的共同性，而且把它們放於相同的綱中。由於我們發現在生理上有著很高的重要性的器官——在相異程度很大的生存條件下用以保存生命的器官——往往是最穩定的，因而我們賦予其特殊的價值；然而，倘若這些同樣的器官在別的一個羣或同羣的另一部分中被發現有非常大的差異，我們就馬上在分類中降低其價值。我們將馬上看到爲何胚胎的性狀在分類上有著如此高的重要性。有時地理分佈在大屬的分類中也能夠有效地運用，因爲生活在所有不同地區與孤立地區的同屬的全部物種，大致都是傳自於相同祖先。
同功的相似——依照上述觀點，我們就可以知道真實的親緣關係和同功的也就是適應的相似之間有十分重要的區別。拉馬克第一個注意到此問題，其後的有麥克裡與別的一些人士。儒艮與鯨魚之間在身體形狀與鰭狀前肢方面的類似，還有兩目的哺乳類與魚類之間的相似，都是同功的。不同目的鼠與鼩鼱之間的相似也是同功的；米伐特先生所極力說明的鼠與某種澳洲小型有袋動物袋鼠之間的更爲密切的相似也是如此。照我來說，最後這兩種相似能夠依照以下得以說明，即適宜在灌木叢與草叢中做類似的主動的活動並對敵人隱避。
在昆蟲中也有很多類似的例子；比如，林奈以前被外部表象所迷惑，竟把某個同翅類的昆蟲分到了蛾類。甚至在家養變種中，我們也能夠見到大致一樣的情況，比方說，在體形方面中國豬與普通豬之間的改良品種明顯的類似，但是它們卻傳自於不一樣的物種；又比方說普通蕪菁與不同物種的瑞典蕪菁類似於在肥大莖部上。細軀獵狗與賽跑馬之間的類似比起一些作者對相異甚遠的動物所描述的類似並沒有更爲奇特。