黃州城門緊閉，數名兵丁把守。府衙內，于成龍淡定飲酒，捋須端坐，傾聽屬官的謀議。屬官皆認爲起義軍擁衆十萬，而黃州官兵二三百人很難力挽狂瀾。三十六計，走爲上策，不如及早退向麻城。于成龍正色而言：“黃州爲湖北七郡門戶，我師屯荊嶽者數十萬，水陸轉運取道於此，且瀕江而城，控制阻險，前倚興寧廬阜，後壓天堂金剛諸寨，雖只一郡，實爲東南之關鍵。釋此不守，則荊嶽有狼顧之虞，七郡成瓦解之勢，所繫非僅一城已也。吾誓死不去此?！?
於是，于成龍遣門下諸生徵集各區鄉勇，分守山隘，令逃兵不得與賊兵會合，餘衆皆隨他征剿。
十一月二日，于成龍派飛騎稟告張朝珍，要求派兵駐防府城，並幫助剿撫第二次東山之亂，然後帶領馬步官兵二十二名向東山進發，黃州淪爲空城。
于成龍表面從容自若，但實則憂心如焚。他在給張朝珍的信中說： “時事多艱，憂心如焚……府城空虛，人心洶洶，中懷憂慮。又恐一入山中，外寇難於照應，一身進退維谷，再四籌度，出其不意而臨之，迅雷不及，事或可濟。平黃兼以平麻安危之勢，在此一舉耳。”
于成龍派快馬到武昌，請求巡撫張朝珍派兵增援黃州。張朝珍命令于成龍帶一部分兵力出城剿匪，分巡道徐惺負責守城。黃州城裡的百姓們都逃跑了，留下來的官吏兵民一共才幾百人，幾乎無兵可用。張朝珍派了兩支正規軍來增援，但數量奇少。于成龍能用的兵馬，主要還是各區的鄉勇、紳士、生員，另外還有劉君孚等幾股投誠的民間武裝。
十一月四日，于成龍輕騎潛行，孤軍深入，到達賈家店，離起義軍十五里。五日，黃協千總李茂升、把總羅登雲、吳之蘭率所部五十餘人投見。各區長接到于成龍的檄文後也紛紛率領鄉勇投見，一日之間征剿隊伍增至二千餘人。然後召開誓師大會，鼓舞士氣。恰好諜報何士榮已到黃土坳，即派遣羅登雲和張尚聖帶領偵察小分隊繞小徑至黃土坳，探知何士榮動向，自己率領大隊人馬進發。
把總吳之蘭帶領五十名官兵從蘄州趕到，駐紮在段家店；千總李茂升帶領五十名騎兵趕到黃州。于成龍和徐惺命令黃岡知縣李經政帶領生員曹從仁，徵調一部分鄉勇，自備糧餉，攻打陽邏的陳鼎業叛軍。這支隊伍於八日取得成功，擒斬陳鼎業父子，平息了陽邏局勢。
十一月五日，于成龍率領千總李茂升、把總吳之蘭、羅登雲、齊安驛丞李德、候選千總劉先定、武舉張尚聖等人，連同生員、吏卒共二十二人離開黃州，前去征剿何士榮。他一邊走，一邊派快馬徵調動員各處鄉勇，並命令劉君孚率部進駐土皮衝、梅鈿率部進駐八疊山、鄭丹率部進駐平頭山、童貴卿率部防守東義洲、蕭有至（蕭二至）率部防守羅田界、田榖伯率部堵截黃岡廟。
于成龍親自撰寫了多篇“檄文”，文辭慷慨激昂，真誠感人，號召各區鄉勇行動起來，保衛自己的太平生活。要求各區精選武藝高強的青壯年鄉勇，攜帶鋒利武器，有火銃鳥槍的人家，一律持銃持槍上陣。另外，于成龍還有很實惠的政策，他給鄉勇們發放誤工費，先統一發放三天的費用，然後計日發放。這樣，就刺激了各區鄉勇的積極性，他們本來是“義勇軍”，現在又變成了掙工錢的“僱傭軍”。很快，于成龍身邊就聚集了兩千多名精壯鄉勇。隊伍齊整，紀律嚴明，和正規軍沒有什麼差別。
何士榮起兵後，佔據黃土坳，紮營西山。爲了準備糧草物資，他們在附近搶劫焚燒了一些人家，失去了民心。于成龍聞訊後，派把總羅登雲和武舉張尚聖帶領一隊人馬做前鋒，試探何士榮的虛實，自己率大軍緩緩前進。七日，偵察小分隊與何士榮相遇。何士榮大爲驚詫，沒想到于成龍自作主張，擅離府城，數日之間，即兵進東山。雖然遇上小股部隊，但不知于成龍到底帶有多少兵馬，所以不敢戀戰，退入深山密林。于成龍飛騎至張尚聖營地，衆鄉民見於成龍至，皆歡噪請賞，于成龍兩手空空，只有撫一撫他們的耳朵和鼻子，拍一拍他們的脖子和肩臂，以平易仁慈的儀容和落落有度的舉手投足來安慰鄉勇。鄉勇們士氣倍增，隊伍迅速增至五千餘人。大軍駐於泊金寨。
七日，羅登雲、吳之蘭、張尚聖與何士榮的小股叛軍相遇，交戰一場，何士榮敗退，藏入山寨，鄉勇們繳獲了很多兵器，初戰告捷。 于成龍聞訊後，加速前進，抵達張尚聖的大營。鄉勇們見於成龍來了，都激動地上前討賞，于成龍沒帶銀子，只能作精神鼓勵，拍拍這個人的肩膀，摸摸那個人的鼻子，說了很多激勵人心的話，提振士氣。不久，各處鄉勇紛紛趕到箔金寨，于成龍的兵力大增。
八日黎明，何士榮和鮑世榮、陳恢恢和李公茂率領起義軍數萬人自牧馬崖分東西兩路夾攻于成龍。
起義軍手舞雜色旗幟，吶喊著似潮水一般向于成龍攻來。于成龍匹馬仗劍，擋住營門，見東路起義軍勢弱，便當機立斷，命令羅登雲率領千名鄉勇抵禦，自己率大軍擋其西路，命尚聖攻右，之蘭攻左，自己居中。羅登雲一路和起義軍展開白刃戰，起義軍一個個捨生忘死，羅登雲節節敗退。于成龍剛剛衝出營門，吳之蘭就被起義軍一箭射於馬下，登時斃命．整個部隊亂了陣腳。起義軍鬥志沖天，鳥槍連放，保護于成龍的官兵紛紛倒地，處境十分危險，左右勸說于成龍暫避一下，于成龍喝叱道：“今日吾死日也，敢言退者斬！”說完一馬當先，衝入起義軍中，左右砍殺。
旭日東昇，黃土坳上喊殺陣陣，刀戈“丁當”，鮮血噴濺，泊金寨百姓見鄉勇勢寡難支，紛紛鼓掌喧譁，爲起義軍吶喊助威。
于成龍情知事急，便吩咐左右傳令士民，一齊呼喊“於糠粥在此，交械者免罪，脅從者無罪”。起義軍聞聽“於糠粥”三字，鬥志大減。于成龍乘機對千總李茂升說：“我死可歸報張公?！闭f完鞭馬直前。李茂升被于成龍一激，勇氣倍增，且恐怕于成龍有失，便對士兵振臂而呼：“豈有文官死而武官獨生之理！”說完手持硬弓，發一箭，射倒起義軍的大旗，起義軍陣腳頓亂。激戰中，李茂升坐騎被起義軍刺死，他棄馬步戰，盔丟甲破，又挽馬進戰，短兵相接。起義軍將他重重包圍，讓他顧于成龍不上了。正在這時，張尚聖西路軍自右山繞出，起義軍腹背受敵。何士榮命令起義軍撤退，自己手執長矛斷後。他的左臂已經斷爲兩截，仍然堅持戰鬥，掩護起義軍撤退，隨後陷入泥潭，不能自拔而被俘。是日何士榮被押送武昌，被處斬。
鮑世榮、周鐵爪率領起義軍敗退至白水石陂等地，于成龍乘勝追擊十幾裡。李茂升傳令埋鍋造飯，少歇再戰。于成龍對李茂升說：“白水石陂諸賊，本以士榮爲盟主，今士榮既擒，諸賊膽落卷甲，急趨將自崩解，所謂破竹之勢不可失也。若縱賊緩息，賊備更深，據險死敵，將何以爲之?”這時，各營剛開午飯，于成龍命令將半生不熟的飯全部倒掉，然後向白水石陂開進。黃土坳一役，雙方傷亡慘重，十分酷烈。
九日，于成龍兵進呂王城，料定鮑世榮、陳恢恢和李公茂不走龜峰山什子寨，必走商城英霍，因此分別派鄉兵把守龜峰八疊山和通往商城英霍的水陸要道。
十一日，于成龍得知石壁的萬野予造反，羅山的周鐵爪等又羣聚加入，並有廣西孫延齡派的奸細孫麻子(自稱孫將軍)在內。黃土坳戰敗的鮑世榮、陳恢恢、李公茂也率衆到達石壁。
十二日，于成龍與李茂升到達定惠寺，得知張朝珍派來的援兵於次日即到，信心大增，立即佈置把守山口，將甑山河、燕子崖、龜山口、什子寨、八疊山、百神廟等地方封死。
十三日，官軍和鄉勇攻入石壁，大戰一場，擒獲孫將軍、萬野予。李公茂等人乘亂逃走，這股叛軍基本上也被瓦解。官軍鄉勇繼續搜捕，幾天後先後擒獲了李公茂、周鐵爪、鮑世榮、陳頓徹、鮑自性、王子之等叛亂首領。李公茂被俘後撞石自殺，傷重而死，其餘首領被押送到了武昌，不久全被斬首。
十九日，搜捕小股殘匪的行動仍在進行，但東山叛亂大局已定，于成龍下令班師回黃州。他當時駐紮在麻城縣黃市村，後世史家評價這場平叛戰爭：自出軍至是僅二十四日，以鄉民數千破砦黨數萬，不費公家粒粟，不煩師旅，徒手奮身、摧鋒陷堅而奏膚功，近世所希也！
戰爭結束後，于成龍迅速解散了各部鄉勇，給他們發放了賞銀，同時又嚴厲禁止這些鄉勇敲詐、搶劫、霸佔叛亂人員及其家屬的財產。在於成龍的感召下，隱藏在深山老林中的叛亂人員陸陸續續下山投誠，迴歸田園。
于成龍在黃市新橋路口的一塊大石上勒石紀功：“龜山以平，龍潭以清。既耕既織，東方永寧。黃州太守于成龍康熙甲寅年?！?