?不過在目前階段，呂宋的各級行政機構不可能一下子就會部建立起來，還要逐步完善，因此，高鴻信也不打算向呂宋省派遣官員，現在全部官員都從當地的華人中間選出，實行當地人自治。而呂宋行省的第一任行政總督，由福建巡撫周天爵擔任。
接著高鴻信又正式任命龍九頃爲中國軍隊駐呂宋軍區司令員，軍街爲提升爲中將。
建立呂宋艦隊，而呂宋艦隊則歸屬於南海艦隊。
在馬尼拉地區繳獲的西班牙戰船，全部都劃呂宋艦隊，同時從那還艦隊劃分部分船隻給呂宋艦隊，這一來呂宋艦隊的戰船數量達到了二十四艘，按海軍的戰船劃分，擁有三級巡洋艦二艘，四級驅逐艦五艘，五級護衛艦七艘，輔助戰船十艘。
不過艦隊的人員缺額超過了一半，只能從南海艦隊補充，還有從呂宋本地補充培養了。
這樣一來，呂宋地區的軍、政兩方面框架都己經正式建立起來，也標誌著南京政府對呂宋的統治己經進入一個實質性階段，只需要一步一步的完善起來。
而這時西班牙人己經徹底被中國軍隊打敗，一個強大的當地土著也幾乎被滅了族，現在整個呂宋羣島地區都是中國軍隊的天下，而在這種強大的武力面前,還有誰敢和中國軍隊作對，因此呂宋島的其他各部落土著，以及其他教會的傳教士們，還有呂宋島以外，其他各海島上土著部落的酋長頭人，也都紛紛來到馬尼拉城，向中國軍隊表示臣服。
等衆人差不多聚齊之後，龍九頃首先下令舉行審判大會，將在這次大屠殺中犯罪的人員進行公開處理，被處以死刑達到一千五百六人，包括總督查孔在內的所有西班牙士兵，還有三名傳教士，以及阿諾基三世爲代表的一批土著。當場執行槍決。
參加審判大會的土著酋長頭人們也都嚇得心驚肉跳。而其他在馬尼拉城裡居住的西班牙人、待從，以及歸附西班牙殖民者的土著，則都處以五到十年的苦役。
隨後龍九頃才招集衆土著酋長頭人們，先嚴厲的將他們訓訴一頓,指責他們附庸西班牙殖民者,欺壓華人的行爲。
這一點到並不冤枉這些土著，雖然他們並沒有像邦班牙部那樣，直接充當西班牙殖民者的幫兇，但佔華人一點小便易的事情，多少也都做過一些。只是有了大壞人，也就顯不出小壞。
但現在世道變了，大壞人己經被打倒，不少酋長都在想，是不是該清算小壞人了，有不少人都嚇得哆嗦起來。
不過龍九頃把話鋒一轉，表示皇帝陛下寬宏大量，對他們過去的行爲都不予追究，但要求他們以後絕對服從中國軍隊的命令，否則邦班牙部的下場就是最好的例子。
衆酋長頭人們聽了，也都鬆了一口氣，立刻紛紛表示，一定服從中國軍隊的命令。
而龍九頃也立刻趁熱打鐵，要救各部落都要抽調一部份青年土著，年齡在十六歲以上，二十五歲以下，男女各半，脫離本部落，做爲呂宋總督府的直屬土著。
因爲現在馬尼拉的華人只有兩萬五六千餘衆，想要進一步開發呂宋，需要大需勞動力，這點人力當然不夠，而在短時間內，對呂宋進行大規模移民也是不現實的，因此只能從當地土著中挖掘潛力。
儘管各酋長頭人們心裡都不願意，因爲十六歲以上，二十五歲以下的男女也都是各部落的主要勞動力，誰都捨不得。
但血淋淋的事實就擺在眼前，誰還敢說個不字，因此也只好同意了。
結果總督府一下就得到了三萬多名年輕的男女，致少在近三五年之內，勞動力還是夠用了。
而最後龍九頃又宣佈，將邦班牙部遺留下來的全部人口都分配給各部落。
邦班牙部的青壯年幾乎全部戰死，現在還有兩萬餘人，基本都是老弱婦幼，其中少年兒童約有一萬三四千人。
如何處理這一批人，也讓龍九頃有點爲難。全部殺了有些太過份，龍九頃並不喜歡搞種族大屠殺，但留著也是一個隱患，畢竟這個仇口不小，這批孩子長大了，肯定不會對華人有善意，還會種下動亂的禍根，因此龍九頃決定把這批人分散到其他各部中去，由其是分散到各海島部落中去，使他們完全分散，而且到了其他部落，這批人的地位也是最低下的，也就翻不起多大浪來。
而其他各部雖然都被抽調出一部份的青年勞力，但也得到了一定的邦班牙部人口，雖然都是老弱婦幼，也算是有所補償，特別這這批少年兒童，幾年之後也都能成長爲新的勞動力，因此心裡也都覺得好過一些，同時也覺得中國軍隊還是比西班牙人強一些，西班牙人才不管那個，一定會把他們全都殺了。
在隨後一段時間裡，馬尼拉也迎來了大批的國內商人，都是趕來參與西班牙殖民者遺留在馬尼拉的資產競拍事務的。
因爲這些商人久在馬尼拉經商，當然知道這些工廠、農場的價值所有，而商毅又一直鼓勵商人進行建廠置業，由物流型商人轉化爲產業型商人。
當然也有一部份商人的醉翁之意不在酒，而是希望在馬尼拉擁有一份產業，以後就更方便在馬尼拉做生意了，因此在國內接到了消息之後，商人們發現這裡面商機，自然也又對馬尼拉趨之若鶩起來。
商人們當然都不會空手來到馬尼拉，雖說馬尼拉離中國不算遠，但來一趟也並不容易，自然也要帶足貨物，而有了中國商人和貨物，自然也有歐州商船來往，包括許多來自西班牙的商船。
雖然到了馬尼拉之後，他們驚奇的發現馬尼拉己經改旗易幟，成爲中國人的殖民地了，但中國仍然允許西班牙商船來到馬尼拉經商，而全球商人皆重利，因此西班牙商人也不管現在馬尼拉歸誰管，賺錢纔是硬道理，於是也就心安理得在這裡做起生意來。至於以前馬尼拉的西班牙人到那裡去了，大家都裝不知道。