京師的動亂雖然僅僅持續了一夜，但因爲很多身無分文的流民和有預謀的士卒參與其中，造成的損壞卻是難以估量的。
首先，京師三大倉被燒燬了兩個，明廷多年的儲備差不多完全被清空。而這個，又牽扯出倒賣軍需物資的巨大弊案，數不清的官員牽扯其中。
還有就是，六部衙門中的兩個被洗劫一空，而另外四個也遭受不同程度的破壞。其他各府衙門，如五軍都督府，五城兵馬司，翰林院等也是差不多同樣的情況。
民房被燒兩萬餘間，百姓死傷近萬人，其中官員就高達百餘名。這些人中，有些是因爲太富有而被流民盯上，家被洗劫，家人被殺。有些是因爲聽信了闖軍入城的流言，在逃亡城外的過程中踐踏至死。還有一些是因爲周顯下達了不計任何代價平叛的命令後，被平叛的士卒所殺。
等到第二日叛亂止息，士卒收斂的屍首就有兩千具之多。
周顯聽從了李邦華的建議，願意自動解除自己所掌控的兵權，以釋造反的嫌疑。但在此之前，他做了一些事。
第一，周顯率部抄了高起潛的家。既然亂，就讓他徹底亂起來。在王德化那裡能搜到那麼多銀子，周顯不相信高起潛會白的像紙。果然，雖然他家的銀子少於王德化家的，但也有近百萬之巨。
第二，周顯命孟越帶錦瑟立即返回登萊，將這邊的情況告於萬元吉。後者跟隨楊嗣昌多年，無論是在京師，還是地方，都有深厚的人脈。而且他混跡官場多年，肯定比周顯更知道該如何處理這種情況。如果他能在登萊稍微呼應一下週顯，也可讓崇禎皇帝在處置周顯時有所考慮。
第三，周顯讓周乾和他所帶來的那部分禁軍立即離開。禁軍身份特殊，如果讓崇禎帝知道自己和禁軍有牽連，此事會更難解釋。況且，周顯不願此事再牽扯上週乾。
第四，周顯聯繫上了王先通，將自己掌控的士卒和從王德化和高起潛家中抄出的銀子都交給了他。他是大明的伯爺，爲人正直，也是此次事件中周顯的暫時盟友。由他繼續率領士卒參與平叛無疑是更好的選擇，而由他將王德化、高起潛貪墨的證據披露出去，顯然也能更能取信於人。
這之後，周顯將今日發生的所有事情寫成了兩道奏摺。其中一道是明面上發生的一切，可以拿去讓衆人觀看的。另一道是周顯個人的推測，能看的人僅限於周顯和崇禎皇帝。他將這兩道奏摺都交給了李邦華，讓後者帶著它們入宮前去見崇禎帝。
本來，周顯是想呆在神樞營中的監牢中等待朝廷的處置。但想到毛承明以及高起潛在三大營中的勢力，放棄了這種選擇。最後，周顯仍舊是聽了李邦華的建議，被暫時關在了御史臺的監牢中。
御史臺是糾察百官罪責的地方。只要進入御史臺，想要定罪，就必須進入三司會審階段。雖然到時候會麻煩很多，但因爲李邦華是左都御史，在這裡至少安全上有所保障。而御史臺歷來以直言聞名於世，是朝廷的言官。沒有足夠的證據，他們不會故意去冤枉一個人。
在這樣的亂勢中，功過難辨，三司會審最後很大可能會不了了之，而這恰好是對周顯有利的地方。這次動亂，周顯所做確實有很多不合法度的地方，但都並非大錯。最後要受多重的懲罰，實際上只決定一人一手，那就是崇禎皇帝的態度。
在天色即將大明的時候，崇禎皇帝的使者姍姍來遲。
來人周顯認識，名叫葛世振，和周顯、魏藻德爲同榜進士，在當日科舉中高中榜眼。他文辭華麗，初被崇禎帝授職翰林院編修，後被崇禎皇帝任命爲自己的日講官，每日常伴君側。這樣的待遇令無數人豔羨，但和魏藻德的年提數級，周顯的赫赫戰功一比，頓時顯得無比黯然失色。
崇禎帝勤政，每日都很晚才入寢。而葛世振作爲他的日講師，不時受其召見。爲此，在外面發生動亂之時，他還在宮內。
王德化率兵出宮，在城外被直接射殺。高起潛心中恐懼，不敢出城。而王承恩帶回的消息，又有點傾向於周顯，讓崇禎帝又有點懷疑他話語的可信度。而魏藻德是崇禎帝最爲倚重的大臣，崇禎帝在局勢未明的時候不願派其出城。在這種情況下，與周顯有點聯繫，但關係又不甚親密的葛世振便被派了出來。
葛世振出城之後，領著一隊士卒來回打聽消息，最終得知了周顯的動向。但到了御史臺之後，他卻驚奇的發現，周顯正待在御史臺的大牢之中，周圍還有無數士卒看押著。周顯認了自己行事緩慢，沒有及時平叛的罪名，但對於其他，概不承認。
宮內盛傳周顯造反，而他自囚於監牢等於完全堵斷了這種謠言。因爲沒有造反的人會那麼蠢，願意靜靜的等待朝廷的審查。葛世振看到這種情況，心中長舒了一口氣，知道自己不僅性命無憂，還很好的完成了崇禎帝派發給自己的任務。
但周顯卻不願隨葛世振一起回宮向崇禎帝稟明一切，說高起潛會在途中謀害自己。葛世振無奈，只得請求李邦華隨自己回宮。
李邦華左都御史的身份，在平時就可以直接進諫皇帝，而他又首先率部抵擋住了亂賊的數次進攻。作爲這次事件的親歷者，他比任何人都更有資格向崇禎帝稟明一切，而這正是周顯和李邦華最初所商議的。
李邦華首先進宮，等到局勢徹底平穩下來之後，真正掌控京師三大營的王先通也被叫進宮詢問情況。
但這中間錯綜複雜，卻不是一兩句話能說得清的。
但崇禎帝知道王德化和高起潛兩家中竟然有數百萬兩白銀之時，當即暴怒，立即解了高起潛的兵權，並讓王承恩出宮去提周顯入宮。而當週顯到達宮中之後，局勢又有了新的變化。