在天亮時分，局勢基本上已經徹底穩定了下來。
崇禎帝命令太監敲起登文鍾，召集衆臣前來上朝。這時間已經比平時的上朝時間晚了一個時辰，在他又等了一個時辰後，竟然還有無數大臣缺席。詢問之後，才知道除了一些大臣死於騷亂外，大部分人竟然在昨夜直接逃出了城。
崇禎帝惱怒的同時又感到了一些悲涼。這些人平時吃著荒涼，但只是聽到一些流言就丟棄職責逃出城去。等到流賊真的打進京師，又如何指望他們爲大明盡忠？崇禎帝在暴怒之下，下令清查所有不在場之人。重則入監，輕者去官，受懲責的人不計其數。
而朝堂之上，官官相護早就形成了一種傳統，大小官吏彼此之間或多或少都有些關係。他們不敢質疑崇禎帝的決定，卻可以把矛頭對準下達打開城門，放人出城的周顯。
周顯放衆人離開，本是爲了減輕城中壓力，以便兵卒儘快平定騷亂。但在有些大臣眼中，這卻成了意圖不軌的罪證。而當他們知道這一場騷亂的開端是從周顯射殺薛濂開始的，一些在這場騷亂中死傷了家人，或者家被洗劫的衆臣更是氣憤萬分。他們紛紛上書，要求崇禎皇帝重懲周顯。
在這樣的羣情激憤中，周顯的一點點過錯都被無限的放大。最初，衆臣只是討論怎樣對周顯稍加懲處，但最後大有不斬了周顯就無法平息民憤的地步。
而作爲這場騷亂的另一個策劃者高起潛，也比周顯好不到什麼地方去。他在騷亂髮生之前便躲到了皇城裡面，以爲這樣自己就可以擺脫嫌疑。但他沒想到的是，周顯直接下令抄了他的家，並從中搜出了近百萬兩白銀。本來就對宦官集團不滿的東林黨人紛紛上書攻訐高起潛貪墨，讓他對自己的這百萬家產做出解釋。
崇禎帝不堪壓力，最後命人將周顯下獄。而高起潛因爲在崇禎帝面前承認自己貪墨，並言說願意獻出所有家產後，從而得到了崇禎帝的原諒。但對於貪墨之外的事情，他和周顯完全一樣，概不承認。
崇禎帝不信任朝廷大臣，外放的太監都是他的耳目，而高起潛是這些太監中唯一通曉軍事，而且最有能力的一個。他從內心也不願捨棄高起潛，在看到高起潛承認罪責後，也願意給其一個機會。
松山之戰中，明方洪承疇被俘，盧象升傷重而亡。而清方，阿濟格被盧象升陣斬，濟爾哈朗被曹變蛟重傷。因爲雙方兵力都折損巨大，在這段時間內，遼東除了一些小衝突外，再無發生什麼大規模的戰事。
但總兵李輔明上稟，說最近清軍調動頻繁，似乎要再次發起進攻。崇禎帝早欲在遼東再安插一個監軍，只不過一直沒有合適的人選。將高起潛貶黜京師到遼東出任監軍，一方面可以平息了衆人的憤怒，另一方面也可以助崇禎皇帝稍微控制一下遼東的軍隊。
而周顯這邊，處境顯然比高起潛更難，畢竟後者只有一個貪墨的罪名。雖然崇禎帝心中知道周顯並無大罪，甚至這場騷亂之所以能這麼快止息，少不了他的果斷行動。但當場射殺薛濂，在平叛過程中下達了對亂民格殺勿論的命令等這些行爲都頗有爭議。
那麼多百姓被殺，那麼多民房被燒，那麼多公侯伯府被洗劫一空。到最後，所有的憤怒到最後都集中到了周顯身上。
崇禎帝想要放了周顯，但在羣臣的紛紛上書中，他又無法下那樣的詔令。最後只得暫時關著周顯，欲待此事稍微平息之後，再下令放他出獄。但因爲周顯之前的光芒太盛，嫉妒他的，仇視他的不計其數。這些人不斷上書，而李邦華、方以智等支持周顯的話語反而沉入在茫茫的糟雜聲中。
周顯對於這件事早有一些心理預期，但他沒想到這樣的指責竟然持續一月有餘而絲毫沒有減弱趨勢。這一個多月的監牢生活，不僅減弱了周顯對崇禎帝的信任，也使他對大明的臃腫的官僚體系產生了徹底的反感。
有罪就是有罪，無罪就是無罪，這樣一直拖著算什麼事。
但在今日，事情卻突然有了轉機。而令周顯驚奇的是，最後使自己放出牢獄的原因不是因爲崇禎帝最終下定決心，而是遠在山東的劉澤清逼得他不得不放周顯出獄。
周顯用清水洗了一下臉龐，伸開雙手，任由一個小太監替他穿上官服。一個月的監牢生活讓他看起來瘦了不少，但雙眼炯炯，光芒不減。
王承恩在旁道：“本應讓周宣武先歸家換身衣服，但皇爺召見的急，還請您不要在意。”
周顯點了點頭，並沒有多說什麼，只是靜靜的聽王承恩敘說外面最新的態勢。
獄中消息閉塞，雖然在入獄之後，李邦華、方以智、甚至侯方域都曾來看過自己，但從他們得到的訊息都是不完整的。王承恩爲崇禎帝最親近的內恃，可以接觸到全國各地最新、最真實的情況，消息由他口出，基本上可以確認爲真。
終於穿好了衣服，周顯輕輕的嘆了口氣。真沒想到一個多月的時間，竟然可以發生這麼多事情。
李自成攻下開封城之後，建立了大順朝。之後在衆臣的輔助下，安撫百姓，訓練士卒，實力大增。他們先後奪取了歸德、汝寧等府，除了黃河北岸的彰德府和半個懷慶府仍在官軍控制範圍內外，河南其他州府已盡數被闖軍所得。
河南旱災嚴重，雖然在臨近黃河的大片區域有河水可以澆灌莊稼，而在豫西亦有肥沃的南陽盆地可以爲之提供糧食。但因爲闖軍有著近四十萬人的龐大規模，這糧草供應在總體上仍舊是供不應求。
基本上在闖軍剛奪下濟寧，阻斷運河的同時，也是全國各地剛完成秋收的時刻。李自成以劉芳亮爲主將，劉體純爲副將率領十五萬大軍，出南陽，目標直指大明的糧倉，湖廣地區。