實際上，在周顯宣佈官員、將領可以自行選擇是否隨朱慈烺離開之前，他就預料到了眼前的這種情況。
藩王方面，魯王、德王、衡王盡皆選擇離開，其他大小郡王基本上都如此選擇。
從京師逃出來的，文官以李建泰爲首，武將以白翥爲首，還有逃出來的官員，禁軍，士卒大部分也選擇南去。
還有從國子監和翰林院的一些學子和候補官員，大部分也選擇去往南京。例如方以智，他感念崇禎帝的知遇之恩，辭別周顯，前往南京。但侯方域和張家玉二人選擇留在了山東，爲周顯效力。
在山東的，山東巡撫高名衡在京師失陷後完全絕望。他以年老多病爲由，請求去職歸鄉，不再爲任何人效力。
登萊巡撫曾化龍本來和周顯相交甚密，在他擔任登萊巡撫期間給了周顯很大的支持，但此次他卻選擇了朱慈烺。他給周顯留了一封信後，從萊陽出發，直接向南而去。隨他一起的，還有登萊地區的十數個州官和縣官。
濟南知府王章聽聞京師陷落之後，想要自殺殉國，但被手下人攔住。聽聞太子未死，他第一時間去見了朱慈烺，最後當然選擇隨之南去。而青州知府吳甘來的情況也與之大致相當，直接去職南去。
夏允彝心中猶豫，周顯親自前去勸說，最終他留了下來。閻應元沒有表態，繼續留在了大名府。
軍中情況尚好，但有兩個高階將領選擇了離開。
其中一個是楊御蕃，他曾任總兵，逼不得已投降了李定國。後來又暗通周顯，給劉文秀所率的隆武軍帶來了不小的麻煩。他本想說服楊衍與他一起離開，但楊衍沒有答應。最後，他回到臨沂，利用自己楊家在當地的名聲招募了近千人，帶著他們去了南京。
還有一個是談震彩。他曾背叛過周顯，雖然最後因爲局勢有變而被重新啓用，但一直沒有給予他重用。他看到了這個可能飛黃騰達的機會，便再次做出了脫離周顯的選擇。他領著自己從墨縣帶來的三千餘部衆離開駐地臨沂南下。
談時邁聽聞之後，騎馬去追，但談震彩拒絕回來。談時邁帶著數百不願南去的兵卒回來，向周顯請罪。周顯倒沒有怪他，只是挺爲他攤上談震彩這個父親感覺不值的。
其他的，還有一些不得志或者感覺自己遭受了不公的底層將領，他們的離開也帶走了一些他們手下的士卒。人數不多，但合起來也有三千多人。
白翥從保定逃出，本身就帶出來了近四千士卒。會和逃出來的禁軍和後來到達的，朱慈烺擁有了一支萬餘人的大軍。而且最重要的是，他帶去的那些文臣也很多，足以依靠他們組成一個小朝廷。
在永樂帝朱棣遷都北京之後，在南京一直保留有一套完整的官制。例如六部尚書，在北京有一套，在南京也有一套。只不過在北京的掌握實權，而在南京只是掛著虛職。但此刻情況不同了，北京的除了極少數逃脫外，大部分都陷在了京師，而南京的那些虛職就直接變成了實職。
若是朱慈烺孤身前往，難免陷入南方衆官的控制之中。但此刻他會和從京師逃出來的，再加上從山東去的這一大批人，至少可以擁有一定的自主權，這也是朱慈烺的機會。他現在有萬餘軍隊，如果他能很好的協調兩方官員的利益，卻有可能保住現有大明的半壁江山。這也是周顯最初讓他們自行選擇的目的。
但周顯這邊的情況就沒那麼好了，軍力上變化不大，主要在人心的動盪上。還有就是山東巡撫去職，登萊巡撫離開。兩個巡撫全部空置。山東六府知府直接去了兩個，縣官、州官二十幾個。
如此多的官員離開，直接使山東的統治體系陷入了混亂。
這裡面固然有一些人心向大明，認爲朱慈烺爲大明正統，出於對明的忠義離開。但更多的人則是因爲山東直面闖軍，隨時可能陷入新一輪戰事中。他們去南京，至少心理上感覺會更安全一些。
萬元吉、顧炎武、黃宗羲等人就此事找過周顯幾次，讓他下令禁止官員離開，但周顯對之完全置之不理。只是下令讓他們舉薦俊才，用來取代因他們離開而空出來的官職。在這種情況下，一批新的官員迅速補充了上去。
萬元吉被周顯提升爲山東巡撫，文志通被任命爲登萊巡撫。陳子龍被他從舟山調回來擔任濟南知府，張旗被提拔爲萊州知府。蕭冷、韓暢兩人都被下放到濟南周邊暫代縣令，侯方域被他暫時留在了身邊。
對於張家玉，周顯本想任命他爲泰安知州，但他向周顯提出想出外領軍。周顯想了想，同意了，讓他前往淮安擔任劉孔和的副手。
顧炎武、黃宗羲、于成龍、陳名夏四人一起制定出了一套提拔官員的規則。周顯、萬元吉、夏允彝、顧鹹正等人蔘與討論。雖然方案還未最終確定，但所有人的意思都是完全按照功績來確定官員的提拔與否。
這個功績可以是財政餘額，可以是安民多少，可以是刑案減少了多少，可以是開辦了多少個新的學院。優秀者提拔，差劣者罷黜，中間者留用，以待後效。通過這樣的辦法，三年一考覈，以儘可能的淘汰庸吏。
而黃宗羲就財政方面提出了一個方案，從巡撫衙門單獨闢出一個財政部，直接接管從省到府，由府到縣的財政。所得的賦稅按照總數進行七三分，上層佔七，下層佔三，而各下層衙門可以對那三進行自由支配。以增加地方的自主性，也加強了巡撫衙門對財政整體的把握。
考慮到朱元璋定的官員薪俸太低，很多清官靠薪俸無法過活的問題。黃宗羲提出直接將所有官員的薪俸翻倍，但取消了地方的供銀，以消除貪腐。
而對於貪污這樣的事情，在刑責方面變輕，要求變輕。但就一些特別的貪腐，則加重。如貪墨軍餉，貪墨救濟糧，或因貪墨造成嚴重的影響，這些直接斬首之刑。