4月18日，大炮運到，進入陣地。諜報員通知劉錦棠：守軍打算於當晚逃跑。這種情況在與太平軍作戰的早期是受到歡迎的，但是現在相反。左宗棠已經開發了殲滅戰術。爲了制止守軍逃跑，左軍在城邊燒起了火堆，士兵們舉著大火把來回巡梭，通宵達旦。
4月19日清晨，大炮向達阪城開火。轟擊剛剛開始，一顆炮彈落在城內的炸藥庫。《年譜》作者說，爆炸聲驚天動地，輻射到方圓幾百碼，就像地震，奪走許多人命，令守軍慌成一團。劉錦棠立刻下令強攻，很快就佔領了該城。2000名回民軍被殺，幾千人投降。
劉錦棠派出兩支部隊前往吐魯番偵察，每支1500人，而他自己率領7000人前往托克遜。途中他得知白彥虎及其陝甘回民軍在托克遜搶掠，他率領騎兵急行軍，打算趕在托克遜遭到徹底破壞前佔領該地。顯然他得到的情報有誤，回民軍並沒有逃走的意圖，他還沒走多遠，就被一支回民軍大部隊包圍，一時頗爲吃緊。步兵趕上來了，擊敗了回民軍。回民軍在托克遜放火，然後逃走。左軍於4月24日開進該城，2萬名當地回民投降。
蘇佔彪從巴里坤出發，於4月25日佔領了闢展。幾天後，他繼續向吐魯番西進。劉錦棠從托克遜向吐魯番進兵。回民軍發覺自己遭到兩路夾擊，無心戀戰，只進行了輕微的抵抗。部分回民軍潰散，向西奔逃，餘部投降。兩支左軍於1877年5月16日進入吐魯番。阿古柏集中在吐魯番的大批糧食給養和彈藥被左軍繳獲。這時，張曜奉命從哈密前往吐魯番。給養從巴里坤和哈密運往吐魯番，這裡就成了南路的前進補給基地。
大名鼎鼎的阿古柏在保衛他苦心經營了13年的王國時，上演了一出可悲的鬧劇。他在吐魯番地區集結了自己的部隊，人們都認爲他會拼死抵抗清軍。當軍明顯地很快就要從烏魯木齊開進他的領地時，他離開了托克遜，逃往庫爾勒。波爾格在講述阿古柏的故事時說，他在被趕出吐魯番以後，與清軍一直交戰到托克遜，在這裡遭到重創，被迫逃往庫爾勒。
根據中國人的版本，托克遜的易手，是在佔領吐魯番之前約3周，根本沒有與阿古柏交戰的記載。如果清軍真與阿古柏直接指揮的部隊交過手，記載中應該不會有這樣的疏忽。可以肯定，在軍從烏魯木齊打到吐魯番的過程中，阿古柏一直待在庫爾勒。普瑞捷瓦爾斯基於1877年4月25日從羅布泊抵達庫爾勒，那時阿古柏就在此地。那一天是劉錦棠攻佔托克遜的第二日。普瑞捷瓦爾斯基於4月30日和阿古柏有過一次會見。［4］他也許是最後一個見到阿古柏的歐洲人，因爲在5月下旬，在吐魯番易手之後不久，阿古柏服毒自殺了。波爾格說他是被暗殺的，［5］但中國人似乎毫不懷疑他親手結束了自己的生命。［6］就喀什噶爾王國而言，戰爭隨著吐魯番的易手就結束了。左宗棠的部隊只花了30天就探索到了阿古柏政權的奧秘。
阿古柏的一個兒子，中國人稱之爲“海古拉”，在父親去世時正在庫爾勒。他指揮喀什噶爾部隊的殘餘撤退到庫車，把庫爾勒交給了白彥虎及其回民非正規軍，然後帶著父親的遺骨前往阿克蘇。途中他被阿古柏的大兒子伯克胡裡暗殺了。阿古柏的遺體終於抵達喀什，暫時埋葬在這裡。當清軍於當年末開到那裡時，遺體被挖掘出來毀掉了。很多年來，少數旅行者經過那條路，人們指著一個大坑對他們說，這就是曾經埋葬“勇士之父”阿古柏的地方，此人曾經夢想過成爲另一個鐵木爾。
伯克胡裡前往喀什，試圖讓自己成爲父親的繼任者。喀什噶爾各城得到阿古柏去世的消息，立刻爆發出爭端。幾周之內，局勢變得跟1864年穆罕默德·雅霍甫剛到此地時一樣混亂。伯克胡裡似乎忘記了一支強大的清軍正在開過來，徒勞地跟地方派別爭奪一個已經連影子都沒有留下的政權。在這場爭鬥當中，老百姓焦急地盼望清軍的到來。喀什噶爾已經一敗塗地，左宗棠認爲南路的敵人只剩下白彥虎及其回民軍。
儘管局勢對左軍西進極爲有利，但左軍卻很奇怪地在吐魯番停頓了4個月。《年譜》沒有說明這次停留的原因。有可能是左宗棠希望在繼續進軍前積累大量的供給儲備，因爲他素來對供給謹慎有加。一部分原因也許是北京方面就究竟要不要繼續收復新疆發生了意見分歧。
北京的一批官員認爲，既然中國已經收復了新疆的天山以北地區以及天山以南的吐魯番，大可以止步不前，對其餘地區放任不管。他們肯定是在擔心，英國人關於伊斯蘭教王國的提議，意味著清軍的再次進軍會與英國或俄國發生新的摩擦。
左宗棠對這種事態大爲震怒，在一份措辭激烈的奏章中大膽表達了自己的看法。他說，他無法理解，爲什麼已經踏上了巨大機會的門檻，還會有人阻止他的部隊前進；烏魯木齊－吐魯番地區沒有自然的疆界；中國自漢代以來就控制了新疆，其間只有少數的間斷，因此對這一地區享有因時效而獲得的主權；新疆是蒙古的根本保障，而蒙古是北京安全的根本保障；乾隆曾遭到嚴厲的批評，說他爲了收復新疆虛耗銀子，但是他的大業維護了帝國邊疆的百年完整；如果現在停止進兵，就會失去向英國和俄國顯示中國實力的機會；他還委婉地說，不管北京如何議論，他都會繼續推行他的計劃。［7］
這一段停頓還產生了一個實際的效果，如果說這也在謀劃之內，未免牽強附會。各城內發生的紛爭越鬧越邪乎，居民們急切地盼望清軍趕來恢復秩序。當左軍開始進兵時，他們幾乎無處不受歡迎，得到大多數居民的擁戴。誠如左宗棠在奏報中所言：“今北路止伊犁未收，南路已復吐魯番，全境惟白彥虎率其餘黨偷息開都河西岸，喀什噶爾尚有叛弁逃軍，終須兵力。此外各城，則如去虎口投慈母之懷，無更抗顏行者。”
當左宗棠接到攻克吐魯番的報告時，他派了一批文官前往新疆，開始恢復民事行政。他寫信給北京，索求有關過去中國政府在新疆所設老機構的名冊和報告，以便進行研究，制訂自己的籌備方案，以便徹底重組新疆政府。他接到報告：喀什有一名英國政府的使節。肖（Shaw）曾在喀什待過幾年，但他眼下沒在那裡。左宗棠向劉錦棠和張曜發出指令：當他們抵達喀什時，要對英國人以禮相待，但是如果英國人提出任何問題，他們只須回答奉命到此，不要多言。如果英國人希望討論有關新疆的任何事情，就要告訴他：這類事情只能在肅州討論。
在佔領吐魯番以後不久，蘇佔彪奉命返回北路，接受巴里坤和古城駐軍的指揮權。張曜留在吐魯番。在佔領瑪納斯之後，金順被任命爲伊犁地區和準格爾西部的巡撫。他在伊犁的權力完全是名義上的，沒有成爲現實，不如說是某種希望的表達。劉錦棠率領他的1.6萬兵力開到托克遜，大約於1877年9月中旬在塔里木盆地開始了新疆之戰的最後階段。張曜則率領一支大約5000人的兵力，將於10月1日跟隨劉錦棠之後進兵。
按照預期，白彥虎有可能在喀什和庫爾勒進行頑強的抵抗。可是，白彥虎只是放水淹灌了巴格拉什湖與喀喇沙爾之間的地區，掠奪了該地的給養，沒有進行任何抵抗。劉錦棠於10月7日進入喀喇沙爾，發現城市被淹，所有商鋪被毀。他向庫爾勒突進，於10月9日抵達。白彥虎已將所有民衆趕往西去，庫爾勒是空城一座。劉軍在庫爾勒休整幾天，等待從吐魯番趕來的給養車隊。在這幾天裡，他們在庫爾勒挖掘埋藏的給養，2天內找到了幾萬斤糧食。吐魯番的給養於10月12日開始到達，劉錦棠恢復西進，率領2500名騎兵先於主力起程。
10月15日，他們在佈告爾鎮突然追上大約1000名回民軍，斬殺100多人。第二天，從佈告爾向西追出不遠，趕上了幾千名庫爾勒的百姓，他們是被白彥虎逼迫離開家鄉的。他們驚魂不定地向西走，攜帶著離家時可以帶走的所有傢什行李。大約1000人的騎兵衛隊陪伴他們前行。衛隊試圖阻擊，但很快就被官軍騎兵擊潰。劉錦棠把難民圍起來，叫他們返回家園。《年譜》作者說，在佈告爾地區有大約1萬名“蒙古回民”歸順劉錦棠。
劉錦棠接到情報：白彥虎及其全軍都在西邊不遠處的庫車。第二天，官軍在一個名叫託和奈的小地方發現了一個回民軍營，集結了幾千名騎馬的武裝人員，準備作戰。劉錦棠令部隊擺開陣勢，主力居中，大隊騎兵在兩翼，稍在中路之前，一隊步兵擺在外側，稍在兩隊騎兵之後。回民軍發起衝鋒，遭遇左軍騎兵。劉錦棠的騎兵人數太少，很快就被逼退到步兵線。勝負一時難以決出，但是回民軍副將馬由布被殺，部衆見他落馬，無心戀戰，逃之夭夭，在戰場上留下了1000多具屍體。《年譜》作者忘了提供左軍的損失。［8］
白彥虎向西逃跑，只在庫車停了一陣，摧毀了供給線上他所看到的一切物資。他沒有時間把所有的百姓圈起來向西驅趕，因爲劉錦棠於10月18日深夜趕到並進入了庫車。官軍受到居民的衷心歡迎，可是回民軍造成的破壞十分嚴重，劉錦棠不得不拿出來自吐魯番的給養來賑濟衆多的百姓。左宗棠嚴令部隊善待百姓，如果百姓無糧，部隊就要拿出最大限度的給養來派發給百姓。賑濟了百姓，就要讓他們去修路，修造灌溉系統，爲來年的收成做準備。
庫車以西的下一個比較重要的城市是拜城，距離約爲190裡。白彥虎到達此城附近時，因爲要把百姓再往西邊驅趕，與拜城的首領發生了爭執。衝突激烈時，白彥虎把對方殺了。百姓怒不可遏，關上城門，不許回民軍進城。白彥虎企圖強行闖入，但未能成功，於是焚掠了附近所有的村莊。劉錦棠於10月21日抵達拜城，回民開門迎接。但劉錦棠不想久留。他在城內留下一支小部隊，當夜就出發追趕白彥虎。
大約在拜城以西60裡處，劉錦棠趕上了回民軍，據說對方有2萬人。但是兩軍之間隔著一條湍急的河流，劉軍必須渡河。回民軍頑強阻擊，劉錦棠排除萬難，強行渡河。《年譜》作者說河水爲屍體所阻塞，但他沒說死者是回民還是漢人。由於渡河的是漢人，我們大可以假設，充塞河流的屍體不是回民。