玄門正宗斬三尸證道之法，與後來演變的第二元神和邪魔兩道的三尸元神之法，最大的區別，就是斬三尸證道之法斬出來的三尸元神，是有自己獨立的思考方式，並不是完全從屬於本尊的，並且同樣能修行，不僅可以超越本尊的道行，甚至同樣有證道混元的機會。
就比如太上聖人，雖然是最後藉助龐大的功德證道混元，抗過了天地反噬，但是斬出來的善、惡、執三具化身依舊有機會重新來過，並且最終三尸合一，再證混元，這就是太上聖人所說的二次證道，而能夠做到二次證道從成功的話，很明顯是能夠全方位碾壓藉助功德證道的聖人的。
但是第二元神和三尸元神不同，且說三尸元神是和本尊屬於一體，本來就不能單獨修煉，並且等於是本尊多了三條命一樣，但是有一條，三尸元神如果被滅了兩條，或者僅僅被滅了一條，對於本尊來說，也是一個巨大的損失，因爲損失的是修士自己的根基，至少在用靈藥將原來的元神補全虧損之前，就不要想能壯大了——也是三尸元神使用的時候，往往面臨的是肉身先一步損失的環境，沒有了肉身，也就沒有了未來。
你說三尸元神只要保留下來，就能奪舍？
本身功法就是和肉身相配合的，一具新的肉身就算是從來沒有修煉過的，也要講究一個資質的問題，再說了還有一個被奪舍的肉身原來的元神魂魄抵抗的問題，要知道那種抵抗，可是來自全方位的，可不僅僅是來自元神魂魄，最重要的是，來自於肉身本身。
林曉在現代社會見識過的無數新聞、舊聞中，就不乏有植物人多少年以後，甦醒的報導出現，究其原因，就是肉身在完好並且得到了充足的營養補充之後，從肉身層面開始恢復了當初損傷的魂魄元神，這纔有了神智復甦的一幕出現。可見，肉身才是最根本的，也是抵抗奪舍最激烈的。
自古以來，衆多逝去的大能選擇的都是轉世重生，反而是選擇奪舍的極爲少見，就是因爲存在這一種肉身抵抗的原因。像凌渾當年肉身被人斬殺，結果借了枯竹修煉出來的一具肉身，結果就是再不想有飛昇指望，就是因爲如此——當然了也是凌渾立誓要創建雪山派，圓了巨山真人的期望，要不然最好的辦法還是轉世重修。其實，要是到了雪山一脈成功站穩腳跟，林曉琢磨著，凌渾到時候也會選擇轉世，要不然未來成就可是不會太高的，對於凌渾這種心高氣傲，要稱尊做祖的人來說，只是天仙實在不夠看呢。
三尸元神之法如此，其實第二元神之法也只是比三尸元神之法略好，一個是第二元神之法需要有一個合適的寄託元神的寶物，這種寶物也是如今的蜀山世界鳳毛麟角的存在——無數年來修士們的搜刮，使得蜀山世界變得貧瘠很多，就連文蛛修煉的乾天火靈珠這種精怪內丹，都變成了罕見之物，就知道能借助寶物修煉第二元神的還是少數，這其中也就是鄧八姑、李英瓊等少數幾個得了純陽、純陰靈珠的弟子，有這個機緣了（李英瓊還是其中福緣最深厚的一個，就連紫青兜率火都能煉成元靈分身?。?
但是這畢竟在上古之時屬於小數，上古之時修士們因爲最重肉身，尤其是修煉到金仙、天仙一級，都是將元神和肉身結合到了一起（楊戩那種修煉九轉元功的不算），肉身被斬，元神、魂魄也是一同被斬，所以也沒有修煉第二元神之法的。所以這種法門只是到了封神大劫之後，天地靈氣進一步降低，修士們爲了能使自己有重頭再來的機會，才發展起來。不過，更多的還是因爲仙材難得，結果將這種法門與飛劍等鬥法的手段結合到了一起，比如說，將一縷元神寄託在飛劍上，可以使飛劍遠離千里行鬥法之事。
寄託之物難得，只是修煉第二元神一個關隘，不過只要修成，就能代替本尊出來行走，只要道行足夠，法力深湛，其實與真人也並無不同，況且第二元神與本尊心靈相連，本尊足不出戶，也能得知千里萬里之外的具體情況，實在是行走江湖的一大好處。就比如林曉，當年修煉出來的第二元神以萬載龍珠爲寄託，道行等同於天仙，法力又有萬載毒龍龍珠爲託底，所以別說一一折服申家三姊妹，就算是三姊妹一起上，也不會有任何變化，依舊是碾壓罷了。
這是第二元神的最大的好處，不像邪魔兩道的三尸元神之法，基本上不能離開本尊太久、太遠——除非是逃命，不然說不定這三尸元神就會反叛了。
其次，就是第二元神同樣可以修煉、悟道，甚至修煉不同路數的功法，比如說本尊修煉的是道門功法，第二元神就可以修煉佛門心法，或者去推演未來等等，起到一加一大於二的效果，而邪魔兩道的三尸元神之法是做不到的——因爲這個法門修煉出來的三尸元神其中並沒有本尊賦予的靈性，反而類似是一道單獨的精神體，只有在遇到危險時，纔會給本尊一個將真靈填充進去的機會——這纔是邪魔兩道修煉的三尸元神不懼斬殺的緣故：其中並沒有真靈存在的時候，斬殺了也就是損失了大量的精神力量，除非一連被斬殺了兩條三尸元神，使得本尊的真靈沒有了騰挪的餘地，這時候再損失第三條元神，纔是真正的被斬殺了。
至於第二元神，雖然一樣能夠被人斬殺，同樣會損失掉元神精神力量，但是那只是本尊的一部分，只要本尊依舊在，也就是未來恢復的時間要很長，但也是可以恢復的。同樣是這個道理，就是一旦本尊被斬殺，但是第二元神卻得以逃脫，修士依舊可以藉助第二元神慢慢恢復，因爲此刻的第二元神因爲其中含有本尊全部的信息，以及精血，所以可以看做是復刻成功。
當然了，如果說本尊與第二元神的區別，就當做是一個小號和大號的區別就可以了。一般來說，修煉第二元神的修士，往往會將自身元神的一成甚至兩成分化，作爲第二元神的根基，寄託於仙材之上，並且迅速將仙材煉化，而這些仙材當然以純陽、純陰類的寶珠或者天地五行精粹形成的靈珠爲上，而純陽、純陰類的寶珠，最上等的當然是先天靈寶中的珠類靈寶爲最好，所以後來燃燈道人得了定海珠之後，才以定海珠開闢二十四天證道準聖，還是那種有資格衝擊混元的準聖。
但是以先天靈寶修煉第二元神，還不如直接藉此斬屍，所以這種情況其實只是因爲第二元神之法，來自於斬三尸證道之法，所以可以視爲第二元神修煉的最高境界。
其次，就是以龍、鳳、麒麟這上古三族以畢生精力修煉出來的證道之基爲寄託，修煉第二元神。這上古三族的證道之基，龍族是龍珠，來自於祖龍爲證道而修煉的組龍珠之法，乃是一身精血菁英中的菁英的那一部分所成就。鳳族修煉的是鳳冠上的五根翎羽，而麒麟一族則是屬於頭頂上的那一雙角。
所以單從這一點來說，祖龍強過鳳祖和麟祖實屬不虛：專一勝分散啊。鳳祖修煉的是五根翎羽，麒麟修煉的是雙角，都比祖龍修煉的龍珠要分散，結果就可以想象了，所以上古之時，龍鳳劫中，祖龍可是一對二，需要祖鳳和祖麒麟聯手才能保證三分天下的。
第三等的才輪到龍種以外的其他精怪修煉出來的內丹。當然了這些精怪修煉出來的內丹也同樣有分三六九等，越稀少，越特別乃至毒性更強、更兇惡的精怪所修煉出來的內丹，就越接近純陽、純陰，因而也是最被修士們喜歡。究其原因，其實還是越是兇橫的精怪，其實內心中也就更加的執著，期望有一天能夠自在逍遙，而幾乎所有的精怪血脈中骨子裡，都會牢記一點，那就是隻有越接近天地陰陽兩極，才越會有機會掙脫束縛——至少在人間無人能治啊。
說完了陰陽，再說五行精粹。
天地之間是平衡的，既然有陰陽，就會有五行。當然了最容易出現的五行靈物，還是屬於冰雪精英。主要是冰雪精英所在的地方，都是極爲寒冷的地方，修士們要是道行不夠，法寶不強，是無法承受那種寒冷的——所有的水行冰雪精英都是萬載以上冰雪擠壓、沉澱之後纔會生成，所以其所在之地，其寒冷程度，就算是地仙修士也難隨意通行，就更不用說，有了萬年以上時間的孕育，這種冰雪精英，往往也是會產生一絲靈性的，一樣會躲避的。
這也是有現成的例子，陷空叟在北極玄冥界，就收了兩個三代弟子，是冰雪精英化形，名爲寒光和玄玉，而前往小南極的地軸中，還孕育了幾個同樣屬於冰雪精英化形的女精怪，只不過就沒有玄玉和寒光運氣好了——冰雪精英本就是陰中之陰，只有陰中返陽，顯出男身，纔有了靈智和求道修煉的機會，要不然只能算是精怪一流。