當吳英和汪明兩人率領著剩餘的戰船感到大海灣北部的出海口的時候，他們發現中華軍的六艘鐵甲艦已經嚴陣以待，二人這個時候難得的默契了一會，幾乎都是想也沒想就主動發起了進攻，兩人心裡都知道，要是不擊潰這六艘敵艦，他們就要全部交代在這裡了。
清軍這個時候毫無陣型可言，整個艦隊被拖成了長長的一個條索狀，而且不同於之前中華軍的那種單船縱隊的編隊，清軍戰艦彼此間距離有近有遠，士兵們也都惶惶之如喪家之犬，這個時候只有一個念頭，那就是要逃出去。
中華軍的其他艦隊這個時候已經追上了清軍落在後面的艦船了，這些艦船大多是被岸基炮臺擊傷了，因此行動受損，他們的數量不是很多，因此在中華軍整支艦隊的圍剿之下很快就被擊沉或者投降了。
北部出海口這裡的戰鬥則比較激烈，清軍艦船源源不斷的從海灣內趕來，所以六艘鐵甲艦身上的壓力比較大，但是清軍並不是想要和他們硬拼，他們只是想要殺出一條生路，中華軍的這六艘軍艦在抵擋一陣子之後，主動的讓出了一條道路，讓給清軍逃跑，這樣做的目的吳英和汪明兩人都是十分的清楚，對方不願意跟自己這邊硬拼，於是就像是攻打城池一樣，三圍缺一，放城中的守軍出逃，然後在派出去騎兵在後面追趕，如果守軍不出逃的話城池興許還能夠守得住，但是一帶守軍棄城逃跑，那麼不僅是城池將會拱手送人，而且守軍自己多半也是傷亡慘重，甚至是全軍覆滅。
這個時候清軍面臨的就是這樣的一個局面，對方擺明了就是讓清軍先撤。然後自己在後面追趕，清軍的船隊數量雖然多，但是在這個時候大家都軍無鬥志，軍心渙散，誰也不想抵抗，只想著逃跑。所以就會落入一個不斷被蠶食的局面。
可是兩人雖然知道這樣的結果，但是這個時候眼前已經有了一條生路了，雖然不知道能不能夠逃脫，但是士兵們像剛纔那樣決一死戰的心氣已經沒有了，人心思動，這個時候大家都不想打下去了，於是兩人只好各自嘆了一口氣，一馬當先的率先突圍出去了。
有了主將的帶頭，後面的艦船完全沒有那個思想負擔。這個時候魚躍而出，士兵們放下手中的武器，丟掉艦船上面的火炮，然後跑到船艙底部去操起船槳就開始劃起來，希望能夠加快艦船的速度助他們早日返回他們的大本營。
六艘鐵甲艦等到了後面的大軍追上來之後纔開始截斷了出路，然後其中兩艘留守堵住出口，另外的四艘軍艦開始追擊清軍，算算時間。前面的清軍大約已經跑出了三四海里了，其實也不算是很長的距離。依靠著鐵甲艦的速度很容易就追上去。
只不過清軍一帶出了大海灣，勢必就會將隊形儘量散開，分散著逃跑，畢竟他們的數量更多，而中華軍的艦船數量有限，只有六艘鐵甲艦又有航速上面的優勢。所以清軍勢必會有漏網之魚。
最終的結果也確實如此，從大海灣突圍的清軍一共有一百零三艘軍艦，而中華軍的六艘鐵甲艦在追擊的過程中只是擊沉和俘獲了七十餘艘軍艦，不過雙方的交戰一直從臺南打到了金門島，甚至還追擊進去廈門灣。清軍沿海一帶幾乎是毫無海防的狀態，岸基炮臺都是老式火炮，射程太近，根本就夠不著中華軍的軍艦，所以最後倖免於難的幾十艘軍艦都是深入到了馬港以內，這才得以保全，馬港外圍有施瑯之前修建的炮臺，加上中華軍畢竟孤軍深入，加上這時候已經將對方的主力艦隊消滅的乾乾淨淨，所以也就沒有冒險強行硬攻。
發生在康熙元年的這一次海戰，交戰雙方一共出動了五萬多名士兵，以及多達七百餘艘戰艦，最終中華軍憑藉著秘密武器火油，加上一些列的佈置最終大獲全勝，成功的殲滅了清軍的艦隊，斃傷清軍四萬五千餘人，俘虜了包括三十餘艘戰船在內的三千清軍士兵，最終只有不到五百人逃脫。
清軍主將施瑯、副將陳莽陣亡，另外兩人吳英和汪明則最終得以逃脫，成爲爲數不多的倖存者。
中華軍這邊在最終的交戰之中只損失了兩艘戰艦，其中一艘還是觸礁沉沒的，另外一艘是被清軍擊沉的，此外受傷的軍艦一共有三十六艘，艦員陣亡一百九十六人，受傷三百八十八人。如果算上整個戰役的前後所有的損失，那麼中華軍的損失一共是十三艘軍艦，一千零八十四人陣亡，其中臺中一役傷亡最爲慘重，而清軍前後加起來的傷亡總數實際上已經超過了五萬人了。
臺南海灣內的這場海戰結束之後，整個清廷內部大爲震動，他們是起於馬背上的民族，對於海洋的認識和了解並不深刻，但是在之前中華軍的安北艦威脅到天津甚至是北京城的安全之後，他們這才下了嚴令，要求施瑯徹底剿滅這個隱患，但是誰曾想，五萬大軍竟然沒於一役，四五百艘戰艦葬生海底，清軍自問從來也沒有遭受過這樣巨大的損失，而且海軍還是一個貴族軍種，其戰艦打建造不僅耗時耗力，而且還要消耗大量的財力，戰艦打造完畢之後還要招募船員購置火炮等火器，這又是一筆更大的費用，施瑯的這一支艦隊前前後後幾乎花去了六百萬兩白銀，這個時候全軍覆滅，就算是清廷想要再重新組建一支海軍起來，這麼大的開銷顯然也是一個新建立且國內局勢剛剛安穩下來的帝國不願意支付的，而且府庫內也沒有那麼多的錢了。
這一場海戰將清廷辛辛苦苦花費巨資建立起來的艦隊徹底打幹淨了，使得中華帝國外部的安全環境大爲改觀，清廷在這之後再也沒有能力發動對臺灣本土的進攻了，戰略相持階段就要來臨了。（。）