周士相成婚之後，一直留在南京，並沒有回鎮江。
大都督府已經由鎮江遷到南都，衙所設在原兩江總督衙門所在。隨著憲令改制的推行，南都再一次成爲權力中心。鎮江那裡則爲第五戰區指揮機構臨時駐地，負責新二軍和新三軍的訓練作戰事項。
內閣由六大學士理政，首輔仍爲文淵閣大學士郭之奇、次輔爲華蓋殿大學士張煌言、羣輔爲東閣大學士洪育鰲、武英殿大學士丁之相、謹身殿大學士袁廓宇、文華殿大學士扶綱。品階皆定正一品。
六部改制動作並不大，只將原兵部職能歸入大都督府，新設學部和庫部，其它各部職事不變。
學部組建之後，以原永曆朝廷大學士扶綱爲學部尚書，主管中央至地方的學堂教育事，並主持兩年一次的會試。
扶綱是崇禎六年舉人、七年進士，郭之奇則是天啓七年舉人、崇禎元年的進士，所以資歷上扶綱比郭之奇低了些。不過在永曆朝廷，郭之奇一直在外聯絡招募兵馬抗清，扶綱則始終伴隨永曆，並且出任過次輔。當年李定國從安龍將永曆遷到昆明時，便曾有意由扶綱出任首輔，後因清軍大舉入滇，此事遂罷。
扶綱出掌學部，並用入閣理事，是周士相對扶綱一直以來堅持抗清的表彰，也是對以扶綱爲首的原永曆朝官給予的酬勞。
自扶綱以下，大量從安南歸國的原永曆朝官們陸續在六部及宮務院、地方任職，這批官員相對於南都原有官紳，無疑是周士相的天然擁護者。因爲若不是周士相，他們很可能已經死在雲貴的茫茫叢山之中，又或被清軍捉獲。相較生活還算安定的江南士紳，這批永曆朝官們可謂是經歷過生與死，希望和絕望。他們對於時局的演變有著切膚認知，對於國家遭受的苦難更是比別人多了終生難忘的記憶。
有人擔心周士相大量啓用原永曆朝官，會使得朝堂中“擁桂”力量再次壯大起來，將來會成爲隱患。對此，周士相不以爲然，因爲他很清楚，這批官員之所以會流落到安南，原因就是他們對朱由榔這個天子感到絕望。若非如此，他們也不會辭官棄印，脫離朱由榔。
因而，沒有人比這批永曆朝臣們更知道皇帝無能懦弱對於國家的危害性，從朱由榔倉皇從昆明南奔之日起，扶綱等人已經算是徹底的“棄桂”派了。再讓他們投身於“擁桂”運動之中，只怕已經無一人再肯。
再者，扶綱等人當初回國之後必立即證明永曆冊封周士相爲齊王事爲真，這件事也已表明他們的態度。至少，不管是出於何種目的，這批永曆朝官們是真心希望周士相能夠掌舵大明這艘已經破爛的大船的。
雖然這批永曆朝官們或多或少存在著種種問題，並不符合周士相心目中的“新官員”形象，掌握的治政能力也仍待提高，但他們的資歷和態度卻是周士相現在不得不倚重的。
現在經由廣東培養出的那些官員們大多太過年輕，冒然提拔他們入“中央”理事，有些拔苗助長。
周士相不會拔苗過急，他有耐心，也有時間，等著年輕人一步步成熟，一步步取代舊官員成爲新興大明的骨幹力量。
他自己就很年輕，今年也不過34歲。
庫部由原戶部分拆而來，主掌理財諸事。原太平軍公庫及各地銀庫皆歸入庫部主管，並負責糧票發行事宜。庫部尚書人選在公佈之後，引來了不少非議，因爲擔任庫部尚書的正是原永曆朝廷內閣首輔馬吉翔的女婿楊在。
楊在和馬吉翔還有皇親王維恭是“咒水之難”唯一倖存的三位明朝官員。馬吉翔在四川遭亂軍所殺，王維恭則在桂陽光復之後隨王皇后等前來南都，並無實際差遣在身。
永曆被吳三桂安置在貴陽後，楊在曾奉吳三桂之命前往湖廣欲說服忠貞營奉表永曆。不過吳三桂萬萬沒有想到，楊在卻是一去不回頭了。
楊在從湖北進入湖南，向太平軍時任湖南巡撫趙四海表明身份，隨後就被趙四海送到南都。
見過楊在之後，周士相覺得此人頗有理財之能，故讓其在銀庫任職，表現頗是出色，不僅穩定了江南物價，還成功在江南推行了糧票，建立了由省到縣的各級銀庫分支，堪稱人材。
這次庫部成立之後，周士相第一個想到的庫部尚書就是楊在。雖然當年楊在和其岳父馬吉翔做了許多有損國家之事，但任人爲才，加之這些事情也並非楊在本意，所以對於楊在的任命是周士相破格了的。
工部尚書是原湖廣總督張長庚，戶部尚書由袁廓宇兼領，丁之相則繼續治刑部事，禮部也仍由洪育鰲主持。
樞密院下設的審計院和裁判院以及大理寺三個衙門的主官一律稱院使，品階爲正三品。
宮務院主事稱院長，品階爲正二品。下轄太常寺、太僕寺、光祿寺、翰林院、鴻臚寺、尚寶司六機構都爲正四品機構，其中尚寶司由原司禮太監潘應龍主持。原宮中大小衙門機構全部裁撤，各項職事都由宮務院協調。原送水、洗衣、清掃等事，則由順天府承辦。
樞密院攝政由周士相親領，晉親王李定國、順親王李來亨、閩親王鄭襲三人爲輔政。
輔政以下樞臣38人，文臣有潮國公郭之奇、瓊海侯宋襄公、州山侯張煌言三人，其餘都爲軍隊將領。如南海侯葛義、德慶侯鐵毅、新豐侯邵九公、新會侯趙四海、香山侯蔣和、新安侯蘇納；歸安伯齊豪、定安伯邵成國、定朔伯李鳳鳴、靖安伯王輔臣、平虜伯王有喜、定南伯朱慶來等。
慶陽王馮雙禮、鞏昌王白文選也爲樞臣，另有11位隆武和永曆時期冊封的勳爵亦爲樞臣，其中4人爲忠貞營出身，3人爲大西軍出身，3人爲鄭軍出身。
憲令定製樞密院樞臣120人，現在卻只有三分之一，另有近80席虛位以待。
憲令改制之後，除定武朝廷直接冊封承認的勳爵，其餘公侯伯爵一律不再承認。此項政策一下就剝奪了130餘位爵爺的爵位，不可謂不大膽。不過，政令一下，那些被削爵之人卻是無一敢鬧事，皆因太平軍的軍制改革已經基本完成，這些被削爵之人大多被剝奪了兵權，無法串連反抗。
況且，他們本身就沒有多少兵馬，如一些在廣東接受改編的公爵、侯爵，部下的兵馬還不如太平軍一個千戶帶的多。如今大勢已明，太平軍兵強馬壯，周士相又是殺人絕不含糊之人，故縱使給這些當初的“散兵遊勇”十個膽子，他們也不敢鬧事。
朝堂之上的改制基本照周士相的意思落實了下去，郭之奇也好，定武帝也好，都沒有阻撓改制。一來他們清楚，這件事他們根本無力阻止。二來，周士相已經告訴他們，改制之後，他就會領軍北伐。
郭之奇不是秦檜，定武帝也不是宋高宗，雖然私底下都有些小手腳，但在北伐這件大事上，皇帝和首輔心思卻是相同的，那就是不管周士相再如何跋扈，再如何有不臣之心，他們都不能因此破壞北伐，落下千古罵名。
帶隊前往南昌的大學士丁之相和副使萬年策聯名上奏定武帝，請求立永王朱慈煥爲太子。
這道聯名奏章像是狂風一樣，很快內閣就收到了各地文武請立永王爲太子的奏疏。
稍稍有心之人立即就能看出，這些幾乎是不約而同送到南都的奏疏事先肯定是得到過授意，否則永王剛剛現身，他們怎麼就如此急不可迫的奏請立永王爲太子呢。
背後之人顯然是周士相無疑，如今定武朝廷，周士相這個齊王殿下不發話，誰敢大膽上書請立太子。
郭之奇親自帶著這些奏疏進宮面見定武帝，君臣商量之後，同意冊立永王爲太子。
定武帝早年在文村時，就曾讓周士相尋訪永王，並且明言將來要將帝位交給永王。對此，他並沒有食言，哪怕他的侄兒永興王朱淋瑋就在身邊，並且對他這個叔父極其孝順。
郭之奇也不反對立永王爲太子，在他看來，永王乃是崇禎皇帝嫡血，從皇位正統性而言，永王顯然更得天下人心。若甲申之後，永王和他的兩個哥哥其中任何一人能夠先至南都，也不會發生其後十多年的擁桂、擁唐、擁魯風潮，以致國家不多的力量消耗在不停的內訌之中。立永王爲太子，或許也會讓周士相的篡位變得艱難起來。
五月二十三日，南都舉行了冊立永王朱慈炮爲太子的典禮，其後朱慈煥入主東宮。
隨著東宮人選塵埃落定，永興王朱淋瑋黯然從宮中搬出，住進定武帝特意爲他選的王府之中。
雖然並無多少感情，甚至可以說很陌生，但身爲堂姐，知道弟弟從宮中遷出後，小啞巴揹著周士相去看望了朱淋瑋。
回來之後，小啞巴有些悶悶不樂。
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