收復了葉斯穆汗，就佔據了大半個西域，按照朱有孝的意圖，大明的勢力範圍拓展到烏拉爾山脈就可以了，以西的小玉茲算是和歐洲之間的緩衝區，今後不但要大力發展西域的經濟和人口，還要武裝和扶持小玉茲，使其能夠成爲西側的屏蔽。南面大明的勢力範圍已經同莫臥兒帝國和波斯接壤，爲了不和他們發生戰爭和衝突，朱有孝就讓小帖木兒汗帶領族人全部遷徙到了費爾幹納盆地一帶，並且一直擴展到烏茲別克人居住的地域，在哪裡建立了省一級的的行政組織，然後就是市、縣、鄉一系列政權組織，小帖木兒汗就是那裡的省長，區域包括現代的中亞的四個國家，讓小帖木兒汗憑著一點血緣關係維持著那裡的穩定，對此小帖木兒汗非常盡心的幹好朱有孝交代的任務，依靠儒、釋、道建立的一系列學校，尤其是黃道周的儒學大師並且是改良後的儒學，逐漸使得這一帶的人們接受了大明的同化。朱有孝爲了更加有效的加強對西域地區的統治，還把大部分的老兵以建設兵團的形式復員到當地，就跟後世的建設兵團的性質類似，讓他們和當地女子結婚，一下子就爲這裡增加了近十萬的漢人，如果加上以後他們可以娶到二、三個老婆，二十年後這裡將增加到六七十萬漢人，大概能佔到百分之三十的人口比例，爲此朱有孝給了他們非常優厚的福利政策，不用交地租，永遠免農業稅。
只保留了不到五萬人的精銳士兵，這些士兵都是純火器部隊，擊發槍和迫擊炮是他們的主要武器，並且隨著大明工業的不斷髮展，他們的武器優先配備。現在朱有孝的兵器工廠已經發展到了近現代的程度，水壓機、各種車牀的應用已經在兵器廠全面使用，再有就是蒸汽機作爲原始動力，極大的提高了生產效率，大明中央銀行開始發行紙幣，節省出來大量的銅金屬，這就可以製造帶有銅質金屬彈殼的子彈，子彈是錐形的鐵心包鉛，可以保證射擊時膛內的壓力。金屬冶煉的進步，使得槍管的質量也得到了保證。畢懋康、孫元化二人通力合作，製造出了近似的毛瑟步槍，刻畫出了膛線，加上了準星和刻度表，射程在六十丈之內基本上可以穿透一般鐵製披甲。
火炮的製作進步更快，除了迫擊炮的的射程更遠，而且定量藥包的使用使得射擊的準確性更爲可靠。另外還製造出了步兵炮，使用的是彈殼式炮彈，方便運輸和攻堅，射程在五里左右，裡面裝填的是雷鳴天製造的炸藥，可以炸開一般的石頭城牆。
更讓朱有孝高興的是輪胎，宋應星的弟子們經過無數次試驗，耗費了天量的材料，終於製作出了符合朱有孝要求的車胎，並且是內胎，至於外帶很簡單，無論是西北還是東北，只要是有牧場的地方都有牛皮、馬匹，甚至因爲朱有孝大力發展肉類飼養，還有大量的豬皮，把這些東西加工一下就可以做成簡單的車輪外帶，爲了保證耐用性，外面在繞上一圈鐵絲。最爲麻煩的內胎接口問題對於朱有孝來說反倒是最簡單的，歷史上朱由校是個心靈手巧的木匠，那木匠不是需要膠粘木頭嗎？那就是用這種膠來粘吧。這種膠叫做鰾，是用魚皮加水熬出來的，在中國古時候粘東西都是用它，不但可以用來粘內胎，而且可以用來把幾層牛皮、馬皮、豬皮粘起來，然後在加工成可以裝入鋼製車圈的車外帶。
有了這些內胎、外帶、車圈以後，朱有孝的鍋駝機就像長了更長的腿，行動就方便快捷多了，原來的一個時辰只能跑六七十里路，現在速度幾乎快了三分之一。當然了，朱有孝可不敢在大力推行這種東西，那根本供應不上，不過有一句話叫做“羣衆的力量是無窮的”，民間自有高人在，那些購買了鍋駝機的地主們採用的是用豬皮的內層皮加以鞣質後縫合起來，再用鰾粘起來，似乎也挺好用的，只不過沒有橡膠的輕便罷了。
朱有孝就把改良後的鍋駝機向西域派送了近一萬臺，主要供應軍隊使用，除了平時供應軍隊運輸物資以外，朱有孝也讓建設兵團用來耕地拓荒，徹底解決了西域的糧食供應問題。
其次就是人員安排的事情，洪承疇就留在中部，除了西南部歸了小帖木兒汗的邊疆省，其餘的大部分地區成立了西域省，全部由洪承疇負責，洪承疇搖身一變就成了文官，軍事上由李鴻基擔任軍區司令，郝永忠擔任副司令，李過回去幫袁崇煥。盧象升的人馬減少到一萬五千人，但是全部換了新裝備，老裝備都留給建設兵團，他的幾個手下和鄂爾勒克、圖魯拜琥、巴圖爾三人各自領兵三千，田見秀、劉芳亮歸屬了李鴻基，自己和袁崇第帶五千兵，這些士兵都是重新打亂編制重組的，爲了提高戰鬥力，盧象升還特地向朱有孝申請了三十多個大明官吏學院軍事分院的畢業生來見習，傳授士兵文化和軍事技能，免得以後和俄羅斯哥薩克騎兵打仗的時候吃虧。
曹文詔的三萬士兵除了挑選出來一部分精銳加入重新組建的隊伍以外，其餘的就地復員，成爲建設兵團，在本地結婚生子，他自己則帶著親兵衛隊回到孫傳庭處，繼續協助孫傳庭練兵，後來孫傳庭怕朱由檢人單勢孤，就派他去協助朱由檢去了。
再說毛文龍帶著手下的三員悍將，沿著東薩彥嶺一直向前行軍，途中遇到了不少當地的土著居民，這些土著居民的語言比較簡單，再加上毛文龍隊伍裡大多數士兵是女真人，竟然和這些土著居民能進行簡單的溝通，這些土著居民包括庫亞特人、薩哈人和埃文克人，最爲奇特的是埃文特人，他們的語言竟然和北邊的女真人非常相似，經過簡單的手勢比劃，就可以進行交流。毛文龍毫不猶豫的就向他們贈送了一些日常用品和一些食品，很快取得了他們的信任，瞭解到附近區域內的一些情況。
每年到天氣暖和的時候，就會有不少黃髮碧眼的俄羅斯商人到這裡來購買皮子，交還給當地人一些日常生活用品，但是也時常有一些武裝商人搶劫當地的土著居民，面對他們的火槍，當地的居民也無可奈何，被搶的只能自認倒黴。毛文龍在歷史上曾經獨霸皮島幾十年，除了武力以外，智力也不是一般的好，現在他就敏感的抓住了這個問題，收服當地土著的民心。
首先是埃文特人，他們對於毛文龍部能夠很快認可，因爲語言問題很快就解決了，再加上毛文龍送給他們的一些沒有見過的生活用品，很快就和毛文龍部成了朋友。通過埃文特人做嚮導和通譯，毛文龍結識了一些薩哈人和雅庫特人，也送給他們一些生活用品，這樣一來毛文龍在西進的過程中就交下了一路朋友，雖然都是一些幾百人的小部落，但是畢竟還是被當地人所認可，最終得到他們友誼的是一件意外的事情。