拿下來了臺中城後，明軍馬不停蹄的繼續南下，城中的樑軍俘虜和傷兵則留下一部分士兵協助民夫們將他們押到基隆城去，這一戰樑軍戰死了將近一千五百餘人，被俘一千四百餘人，其中大約有兩百名傷員。
明軍這邊只有十五人戰死，三十六人受傷，主要是在進攻烽堡的時候被堡內的士兵依託地利殺傷的，這個代價可謂是十分輕微了，幾乎創造了攻城戰史上的最小傷亡了。
臺中失陷的消息由於明軍的海軍的攔截，並沒有傳到東都去，所以這個時候馮信應該還不知道臺中已經失陷了，明軍這個時候就要打一個時間差，要利用東都的守軍還不清楚前線的戰況的時候快速推進，將東都包圍起來，然後再一點點的清楚他的外部援軍，而海軍部隊這個時候已經揚帆起航，向著臺灣城北而去，要在樑軍的背後插上一刀，從正反兩面對城中的樑軍施加壓力。
明軍行軍速度很快，只用了三天的時間就已經兵臨城下了，東都的守軍大爲驚恐，根本不知道眼前的這支明軍是從哪裡冒出來的，項玉不給守軍一點反應時間，立刻下令開始炮擊東都，明軍的火炮的射程要遠遠超出守軍的城炮，因此守軍只能陷入被動挨打的境地。
不過東都畢竟是樑國的首都，這是一個大城要比臺中大上好幾倍，明軍的火炮只能在北門轟擊城頭和城中的目標，其他三面城牆都不會有什麼危險，因此樑軍調遣重兵守候在北門，以防止明軍攻城。
項玉此時並不打算攻城，明軍一抵達東都的城下，項玉就下令讓士兵們迅速佔領東都周圍的村莊，並且切斷了流經城中的河流，擺出來一副要打持久戰的架勢。
明軍一方面控制住周圍村莊的人口，一面封鎖住城中的出口，在城外設置了兩道防線，以防止城中的樑軍發起反撲，然後迅速清剿樑軍在城外來不及撤入城內的士兵，並且佔領了東都西南的碼頭。
項玉知道馮信肯定會向清廷求援，因此一方面讓海軍派出巡哨船在福建浙江沿海一帶監視清軍的動向，一方面給滲透進入內陸的明軍情報點發出指令，讓他們想辦法摸清楚清廷的意圖。
臺南一帶這個時候種下的早稻已近兩個月，這一季糧食將在六月底收穫，由於人口外逃嚴重，因此出現了大面積的荒地，樑軍不得不派出軍隊將原先不屬於軍屯田的空地種了起來，以保障軍隊的糧食供應。
臺南一帶的土地比之臺北，由於氣候更加適宜，降雨量更多，因此水稻的產量要高出不少，明軍將這些田地全部佔據了之後，日後將作爲吸納和安置人口的有利條件。
明軍的動作自然沒能瞞住城中的樑軍，他們將打探到的消息報告給馮信，馮信此時已經從最初的驚恐中恢復了過來，臺中的失陷在他的意料之中，但是他絕對沒有想到明軍僅僅用了不到兩天的時間就攻下了這麼一座堅城，東都的城市雖然比臺中大，守軍的人數也更多，但是城牆的防禦能力和兵員密度卻比不上臺中，記上手中的大多是新兵，能戰的老兵還不到六千人，就算是平攤也站不滿整個城牆，因此一聽到明軍兵臨城下的時候，馮信頓時驚恐萬分，不過一連兩三天的時間，明軍也沒有前來進攻，看上去像是隻圍不打，卻不知道他們打的是什麼算盤。
其實項玉確實不急，這兩天來他仔細觀察了東都的防禦情況，發現樑軍的防禦做的比較到位，各處的守軍也沒有絲毫鬆懈，城外是一大片平地，守軍的射界良好，加上城頭上架設了許多大炮，因此要是強攻的話明軍勢必要付出慘重的代價，他手底下的這些士兵都是他的寶貝疙瘩，損失一個都是要了他的親命，要是萬一打光了或者傷亡過大，那他的復國大計就受到了很大的影響，搞不好要推遲許多年。
東都的防禦雖然緊密，但是也並不是完全沒有漏洞，之前的赤嵌城被該做了皇城，變成了東都的內城，但是這個內城並不是在城市的正中，而是稍稍靠近西邊，也就是之前的天興縣的位置，內城和外城之間在西門附近隔得很近。
皇城裡面住著的自然是樑國的皇帝馮信了，這個設計在面對陸地上的敵人的時候，問題並不是很大，敵軍從陸地上是沒辦法直接越過北門從東都的西門發起進攻的，但是馮信顯然是忽略了一點，此時的明軍是有水軍的。
明軍的水軍這個時候再幹嘛呢？他們並沒有空閒下來，他們早了陸軍兩天的時間駛進了大海灣，從東往西進攻臺灣城，臺灣城的守軍的岸炮對準的方向多是西北防線的兩道水道，根本就沒有預料到敵人水軍會從自己的東面攻過來，再加上明軍水軍戰艦上面這個時候也已經換裝了新式火炮，射程要遠遠超出岸上樑軍的老式火炮，因此戰鬥一打響樑軍就完全陷入了被動挨打，東面僅存的幾門火炮在明軍艦隊的圍攻下面很快就報廢掉了，守軍沒了炮臺，根本抵擋不了敵人的炮擊，只好退回城中去。
明軍士兵很順利的就成功登陸了，臺灣城中的守軍總共只有一千餘人，而明軍登陸上岸的士兵人數超過了兩千，加上有火炮的助威，城中的士兵很快就招架不住，馮巖沒有打仗的經驗，但是這一點都不影響他的判斷，眼見明軍登陸上岸的士兵人數越來越多，從戰船上面下載下來的火炮數量也慢慢多了起來，他心中明白臺灣城是萬難堅守了，守在城中除了戰死便就是投降了。
只是因爲他是馮信的侄子的緣故，馮巖不敢投降，於是便帶著城中的剩餘部隊打開城門，向東南方向撤退，意圖從九段鯤上面逃回島內。
但是由於明軍是在正東面登陸的，樑軍的突圍方向看起來有點像是主動向登陸部隊發起進攻，李權這時心裡面有一點點奇怪，守軍爲什麼不在之前明軍大隊人馬還沒有登陸的時候想灘頭陣地進攻，爲什麼要選擇在明軍已經將主力部隊全部送上岸了之後纔來進攻？
他雖然想不明白，但是這一點也不妨礙他做出決策，這時候雙方的距離還有大約三裡遠，李權一面下令讓灘頭的明軍做好防守準備，一面下令已經卸載下來的火炮開炮。
馮巖帶著樑軍士兵們只想在明軍全部上岸之前跑出一段鯤而已，根本就沒有要進攻的樣子，但是明軍的火炮說來就來，“轟轟轟”的在樑軍的陣型中炸開了花，樑軍本來就已經提醒吊膽的了，這時候又遭到明軍的炮擊，大軍的陣型一下子就亂了起來，前面的士兵們一面躲避炮彈，一面抓緊時間想二段鯤跑去，後面的士兵這時候不敢再繼續往前跑了，於是有全都退回了臺灣城中去。
李權一看樑軍想要逃跑，立刻下令外圍警戒的戰船繞道去前面截住敗軍，不讓他們逃向島內，另一面立馬率領著已經登錄的明軍尾隨著樑軍士兵開始追擊。
樑軍跑的疾，明軍追的也兇，雙方很快就跑過三段鯤、四段鯤、五段鯤，馮巖眼見馬上就要上岸了，不由得激動萬分，樑軍士兵這時候已經精疲力盡，但是逃生的希望就在前面，他們又鼓起勁頭加速向前跑去。
但是這個時候明軍的艦隊已經提前繞道他們的前面去了，十幾艘戰艦將船身一橫，把側舷的火炮對準樑軍的士兵開始了猛烈的炮擊，海軍的炮擊可跟陸軍的不太一樣，十幾艘戰艦一起齊射，頓時就發射出了近百枚炮彈，炮彈在人羣內外接連爆炸，樑軍陣型頓時大亂，士兵們驚慌不已，隊形最前面跑的最快的士兵遭到了明軍的重點打擊，這時候已經幾乎被炸的不剩一人，馮巖跑的最快，直接就被一枚散彈射中，身體被炸的粉碎，化成了一團血霧。
樑軍士兵的停滯給了追擊的明軍追趕的機會，李權帶著士兵終於追了上來，將逃兵全部圍住，海軍艦隊經過幾輪齊射之後也停止了炮擊。
樑軍士兵們在之前的逃跑的路上就已經將武器鎧甲之類的重物丟棄的一乾二淨，這個時候根本就沒法抵抗，只好乖乖做了明軍的俘虜。
收拾了這一批逃兵之後，李權又率軍殺回臺灣城下，城中此時已經沒有了主將，守軍士兵還不足三百人，這時候也都全無鬥志，因此明軍一殺來，他們馬上就打開城門嚮明軍投降了，臺灣城和快就被明軍拿下來了。事實再一次證明了，純碎的海防戰略，以路制海的策略是不成功的，沒有海軍的國家，所受到敵方海軍的威脅也往往是最大的。樑國試圖通過外圍據點保護沿海的都城，目前來看已經破產了。
拿下了臺灣城，明軍就可以同時從西北兩個方向威脅東都，而東都皇城和外城之間的那個缺點也就變成了一個致命的突破口了。