除了設(shè)立甲長鄉(xiāng)正以外，任思齊同樣對(duì)府縣官職進(jìn)行了改革，在以往，一個(gè)縣只有縣令縣丞主薄數(shù)個(gè)有品級(jí)的官員，其他辦事人員都爲(wèi)吏員，官吏分離的制度導(dǎo)致吏員根本沒有上升的空間，幹得再好也沒有升官的可能，所以專依貪污撈錢爲(wèi)能。而官員一任三年，任滿就會(huì)轉(zhuǎn)遷，往往還未等熟悉縣裡政務(wù)就被調(diào)走，這樣也造成了地方政務(wù)把持在吏員之手。
任思齊決定在崇明體制內(nèi)改變這一切，首先就是把各曹司吏之類都提升爲(wèi)有品級(jí)的官員，稱主事，品級(jí)從從九品一直到從七品。並且?guī)值煤昧丝梢岳^續(xù)上升，升爲(wèi)縣令知府都有可能。所有人都有上升的空間和可能，這種制度當(dāng)然要比官吏分離好得多。
任命好各級(jí)官員之後，崇明島的一切纔算安定下來，以後移民的組織安置等一切事宜都有專人負(fù)責(zé)，不需要任思齊再多操心。
專業(yè)的事情交給專業(yè)的人去做，那些跟隨而來的揚(yáng)州吏員們即使貪婪一些，就行政能力而言也比任思齊原來的手下強(qiáng)得多。
帶領(lǐng)百姓修建家園，圍著灘塗開荒，出海打漁，等等都有了專門的人去幹。島上的蘆葦無邊無際，只要收割下來編制，再以木棍爲(wèi)樁，就可以搭建一個(gè)簡(jiǎn)單的窩棚，不懼夏天的風(fēng)雨。從揚(yáng)州運(yùn)來的大量生活物資以家庭爲(wèi)單位分發(fā)了下去，很快島上處處炊煙，新出現(xiàn)了數(shù)百處村莊。
這一個(gè)月來，樑九帶人除了建造一座新城以外，還修築了兩條攔江堤壩，使得潮水再也不能直接衝擊到島內(nèi)，造成沙島的坍塌。另外就是修建了幾處龐大的磚窯，專門用於燒製建房用的磚瓦。不過目前產(chǎn)量有限，暫時(shí)還滿足不了島上的需求。
新成立了崇明府後，樑九被任命爲(wèi)崇明工曹主事，正七品官員，全面負(fù)責(zé)島上的工程營建工作。樑九正規(guī)劃著開掘數(shù)道人工河流，把長江水引入島嶼之內(nèi)，如此一是方便用船隻運(yùn)輸物質(zhì)，再就是可以用來灌溉耕田。
在移民安置工作步入正規(guī)之後，任思齊開始重新進(jìn)行編組軍隊(duì)。
揚(yáng)州之戰(zhàn)中，岱山軍雖然取得了很大勝利，死在揚(yáng)州城下的八旗兵綠營兵加起來也有三四萬，可是岱山軍本身損失很大。一萬步兵幾乎損失過半，活著回到崇明島的五千餘人，其中還有數(shù)百人受了重傷即使以後痊癒也不能再上戰(zhàn)場(chǎng)。這些不得不從軍隊(duì)退下的人，任思齊給他們都安排了出路，就是在各鄉(xiāng)中出任鄉(xiāng)尉，負(fù)責(zé)協(xié)助鄉(xiāng)正緝拿盜匪維護(hù)地方治安。
新兵的募集，任思齊決定採用義務(wù)兵制度，每一個(gè)十八到四十的成年男子都必須當(dāng)兵。跟隨上島的百姓有近二十萬人，其中適齡男子也有三四萬人，任思齊當(dāng)然不可能把所有男子都編入軍隊(duì)，而是規(guī)定每戶至少要有一人從軍。其他男子則編爲(wèi)鄉(xiāng)兵，每月訓(xùn)練數(shù)日，平日種地做工，當(dāng)有外地入侵時(shí)則全部招入軍隊(duì)，保衛(wèi)崇明。平日的訓(xùn)練可由鄉(xiāng)尉負(fù)責(zé)，由官府每月?lián)艹鲆欢ń?jīng)費(fèi)。
經(jīng)過了數(shù)日的統(tǒng)計(jì)徵募之後，新招募了一萬五千新兵，和原有的五千老兵混合，重新編制出一支兩萬人的步兵。
軍隊(duì)編制還是按照原來的小旗、總旗、隊(duì)、營編制。全軍分爲(wèi)四鎮(zhèn)，在晉玉飛任興凡一鎮(zhèn)二鎮(zhèn)的基礎(chǔ)上新增了兩鎮(zhèn)，鎮(zhèn)將分別有新加入的劉肇基馬應(yīng)魁擔(dān)任。這二人當(dāng)總兵副將多年，論領(lǐng)兵經(jīng)驗(yàn)來說遠(yuǎn)勝其他人。二人原來的部下全部被打亂整編。
第一鎮(zhèn)爲(wèi)近衛(wèi)鎮(zhèn)，鎮(zhèn)將晉玉飛，四個(gè)營正分別爲(wèi)熊二、李行久、湯尼、德意志人鄧肯。
第二鎮(zhèn)鎮(zhèn)將任興凡，手下四個(gè)營官分別是陳名揚(yáng)、楊斌、李鼎、李禿子擔(dān)任。楊斌是岱山軍的槍術(shù)教頭，被提拔起來名正言順。李鼎是青州李士元的兒子，作戰(zhàn)非常勇敢。李禿子是原來佔(zhàn)據(jù)膠州的柯永勝部下，因手刃柯永勝立下功績(jī)當(dāng)了總旗，一路提拔起來也成了營正。
第三鎮(zhèn)鎮(zhèn)將劉肇基，手下四個(gè)營官分別是沙千里、任秋裡、羅少新和鄧萬木。羅鄧二人都是劉肇基原來的部屬。
第四鎮(zhèn)鎮(zhèn)將馬應(yīng)魁，手下四個(gè)營官分別是任保全、何彬、張弛、林光頭。任保全是任思齊堂兄，何彬是呂宋回來的漢人，張弛和林光頭則都是原來福春號(hào)上的老弟兄。
在軍隊(duì)中同樣設(shè)立監(jiān)軍，隊(duì)設(shè)隊(duì)監(jiān)，營設(shè)營監(jiān)，鎮(zhèn)設(shè)鎮(zhèn)監(jiān)。監(jiān)軍不干預(yù)部隊(duì)的指揮訓(xùn)練作戰(zhàn)，只是負(fù)責(zé)平時(shí)生活後勤獎(jiǎng)懲事宜，和軍隊(duì)主官平級(jí)。是任思齊借鑑了後世的政委制，如此能保證軍隊(duì)完全忠於自己。
第一鎮(zhèn)的監(jiān)軍由任麗坤擔(dān)任，第二鎮(zhèn)監(jiān)軍任學(xué)堂，第三鎮(zhèn)監(jiān)軍陳生，第四鎮(zhèn)監(jiān)軍馬良。從這個(gè)任命來看有著濃重的任家軍色彩，除了馬良是招募自膠州的讀書人以外，陳生是來自呂宋的老兄弟，其他兩個(gè)都是任思齊的族親。至於營隊(duì)的監(jiān)軍，則多數(shù)由徵募自膠東的讀書人擔(dān)任。當(dāng)初剛?cè)脶飞綍r(shí)，爲(wèi)了得到較高的薪酬，很多讀書人選擇了加入軍隊(duì)並且通過了訓(xùn)練。岱山軍之所以戰(zhàn)鬥力形成的這麼快，這些人功不可沒。
重建四鎮(zhèn)步軍的同時(shí)，任思齊也對(duì)水軍進(jìn)行了整編。
同樣建立了四鎮(zhèn)水軍，人數(shù)共三萬人，除了原有的一萬水軍以外，把自鎮(zhèn)江新募的船伕都整合了進(jìn)來。
爲(wèi)了和步軍以示區(qū)別，水軍鎮(zhèn)將成爲(wèi)統(tǒng)領(lǐng)。
第一鎮(zhèn)水軍統(tǒng)領(lǐng)茅十八，掌控著“公主號(hào)”“飛魚號(hào)”三十多艘三桅海船以及二百多艘平底沙船，手下水兵一萬多人，駐地崇明，負(fù)責(zé)崇明島的守衛(wèi)及與清軍水師的作戰(zhàn)。
第二鎮(zhèn)水軍統(tǒng)領(lǐng)司馬南，屬下三桅海船三十多艘，手下士兵兩千餘人，專門負(fù)責(zé)對(duì)外貿(mào)易。
第三鎮(zhèn)水軍統(tǒng)領(lǐng)奧利爾，駐地岱山，屬下三桅海船三十餘艘，二桅海船單桅海船一百多艘，屬下士兵五千，負(fù)責(zé)著岱山金塘島岑港等地的防禦。
第四鎮(zhèn)水軍統(tǒng)領(lǐng)薛雨來，駐地崇明，屬下江船千餘艘，士兵一萬三千餘人，他屬下的戰(zhàn)船都是用於內(nèi)河作戰(zhàn)的江船，負(fù)責(zé)一是往來運(yùn)送人員貨物，再就是協(xié)助茅十八進(jìn)行作戰(zhàn)。人數(shù)船隻雖多，戰(zhàn)鬥力卻是最差的一鎮(zhèn)。
這樣算下來，整編了足有五萬軍隊(duì)，可惜若論戰(zhàn)鬥力的話，還是隻有其中的一萬餘老兵具備一定的戰(zhàn)鬥力。