明軍戰船撤離後，耿仲明派去的兵馬，則在岸邊建立了簡易陣地，阻擋彭友謨的撤退，當彭友謨趕到岸邊的時候，戰船已經離開岸邊，而且岸邊還有不少叛軍，若想回到站船上，只能先把這一股叛軍擊敗，然後等到戰船靠近才行，這個過程需要耗費大量的時間。
然而撤退行動最需要的就是時間，自己手底下只有不到三千人，叛軍在萊州城的兵馬不知道有多少，但是兩萬肯定是有的，甚至四五萬都有可能，如果時間拖得久了，叛軍調集圍城的兵馬過來，自己的兵馬多半會損失慘重，甚至全軍覆沒。
思慮再三，彭友謨決定放棄回到戰船上的計劃，而是進入萊州城。
彭友謨沒有選擇從北門入城，於是就率軍繞了一個圈子，繞到了萊州城東門，從東門進入萊州城，中途耿仲明試圖上帥軍阻攔，但是麾下新兵太多，戰鬥力不行，根本擋不住，入城的時候，守城的明軍還操縱著火炮進行掩護，沒法快速追擊，最後眼睜睜的看著彭友謨率軍進入了萊州城。
戰後統計，耿仲明部傷亡一千出頭，明軍的屍體卻只有不到四百具，不過好在彭友謨爲了快速突圍進入萊州城，所攜帶的火炮基本都沒帶走，一共二十五具佛郎機，總的來說，這一戰虧得並不多。
儘管明軍的守城力量又增加了，但是該攻城的時候還是得攻城，這從半夜打到凌晨的這一戰結束後，等將士們休息的差不多了，吃過早飯了，又開始了新一輪的攻城行動。
然而讓耿仲明詫異的是，這一次，明軍的防守火力明顯兇猛了不少，之前攻城雖然都沒有成功，但好歹能夠接近城牆，甚至有兩次都爬上城頭了，最終被明軍誓死反抗打退了。
但這一次攻擊，居然連護城河都沒捱到，明軍的火炮無論是準頭，還是發射速度，都有了顯著地提升，甚至有三個身穿雙層鎧甲，負責帶隊攻城的把總都陣亡了，而且是陣亡在進攻的途中，距離城牆超過五十丈的位置，這個距離能對他們又遭致命傷害的也只有火炮發射的實心彈了。
事實上，明軍炮術提升這麼多，都有賴於早上入城的彭友謨，彭友謨是神機營神武左營參將，神機營是大明最早的純火器部隊，他麾下的士兵雖然是四川籍，但是對火器的瞭解，高於大明朝大部分軍隊。
其實之前楊御藩麾下的炮兵也很強，但是在正月底跟李九成對陣的時候，尤其是王洪逃跑後的那天炮戰，他麾下的炮兵基本上損失殆盡了，剩餘的兵馬更擅長的是冷兵器作戰，所以對於守城明軍的炮術基本沒啥提升。
彭友謨入城後，請示謝璉和徐從治後，就將各個火器部隊的頭目召集起來，跟他們講解火器使用的要點，其實都很簡單的一些東西，但是對於這些原本就沒怎麼用過火器，現在臨時被安排成炮兵火銃兵的將領們而言，若是不提點，他們可想不到。
其實也就兩點，每一種火器，哪怕只是重量不同，比如三百斤和五百斤的佛郎機，都給出了相應的火炮重量以及配比，然後按照這個定量配比火藥，火炮每一次發射的火藥直接寶成一包，以免戰時慌亂中出錯，火炮裝入炮彈後，用廢紙或者棉絮塞牢。
所以，白天的這一場戰鬥，明軍的火力增加了許多，也給耿仲明部帶來了不小的傷亡。
第二天，也就是二月二十三日凌晨，天空中還掛著一絲月光之時，萊州城內外一場寂靜，東北牆角下，一個長長的坑道中，近百名士兵正在揮舞著手中的鐵鏟，賣力的挖掘著。
這場長一里有餘的坑道，就是這些士兵們這半個多月來的成果，這半個多月的攻城行動，主要目的還是爲了攻進城牆，附帶的就是掩護這條隧道的挖掘，如果不能正面攻破萊州城，他們準備直接從地下一直挖到城牆根，然後埋放炸藥，炸燬城牆。
現在已經挖掘到距離城牆不到一丈的地方了，這一段的護城河早已被填平，對他們的挖掘構不成阻礙，只需要在挖小半個時辰，他們的任務就算是完成了，到時候直接點燃火藥的引線，然後撤回出去，等著大軍從北炸開的城牆攻進萊州城就好了。
然而，他們挖著挖著就聽見有些不對勁的聲音，像是騎兵衝鋒的感覺，他們都在納悶，這個時候耿將軍派這麼多騎兵出來做什麼，但是他們也沒有多問，再過半個時辰就完工了，這也就沒他們什麼事了。
然而，沒過多久，突然後坑道出口方向跑過來一名士兵，身上還有不少鮮血，叫喊到“張大人，不好了，明軍殺進來了，小的和十幾個兄弟們拼命抵擋，但還是擋不住，張大人，咱們怎麼辦啊？”
被這個小兵成爲張大人的百戶張發也是一陣心悸，這個時候明軍出現在坑道口，這又是明軍的一次突襲，而且擺明了是來毀壞坑道的。
明軍派兵出城做這種事情，肯定派的是精兵，打的話坑定是打不過，但是投降的話，很難說能不能保下一條命，於是他陷入了糾結之中。
然而，他的糾結並沒有持續太久，明軍就出現在了他的視線之中，之所以出現的這麼快，還是因爲他們挖的坑道太寬了，足足夠一丈寬，而且高度也在六尺左右，用木板支撐起了是頂部和兩側，爲了照明兩側還掛著油燈，足夠幾人並排在坑道中奔跑。
張發和他麾下的士兵主要工作室挖掘，並沒有攜帶什麼兵器，只能拿起挖掘用的鐵鏟跟明軍廝殺起來，然而他們並不是明軍的對手，很快就有三十多人被砍殺在地。
一些膽小的士兵看到明軍如此犀利，外面的友軍也沒有消息，巨大的恐懼籠罩在他們心頭，再加上他們之中很多都是新兵，在求生的本能驅使下，他們選擇了跪地投降。
張發是個老兵，雖然打過不少仗，對耿仲明也算是比較忠誠，但這種情況下，反抗只有死路一條，於是也跟著投降了。