不知不覺時間匆匆過兩年。這兩年來，蒼月夜瞳日夜苦練忍術，八門遁甲也已經衝破兩關，打開了開門、休門，第三門生門也隱隱欲要突破。

現如今旗木卡卡西已經19歲了，蒼月夜瞳也已經將近9歲，波風水門26歲。忍者世界相對平靜起來，各方勢力也趨於平衡。

水之國雨隱村一個組織勢力逐漸崛起，號稱‘曉’。曉組織的首領名爲彌彥。

彌彥是第二次忍界大戰雨忍者村的戰爭孤兒，討厭戰爭，後來結識了小南與長門。他性格十分堅毅，年紀很小的時候就說出要改變這個國家的話，與長門那種性格完全不同。

後來遇到了當時正與雨忍村首領山椒魚半藏交手的自來也、綱手、大蛇丸，覺得三忍強悍而決意學習忍術。不久之後三人就一起跟隨自來也學習忍術。期間被長門用輪迴眼救過一命。查克拉的屬性爲水屬性，所以擅長水遁系忍術。長大後和長門、小南一起創立了名爲‘曉’的組織。

彌彥的理想是改變國家，保護大家，達到世界頂端。在建立了曉組織之後，成員迅速增加，已經到了成爲了一個不容忽視的勢力。

宇智波斑爲了實行「月之眼計劃」，將輪迴眼移植於千手一族的遠親漩渦一族的後裔——幼年的長門身上，期望日後長門能用外道·輪迴天生復活自己，而長門從此擁有了輪迴眼。

第二次忍界大戰時期，兩名木葉忍者闖入長門家裡。誤以爲長門的父母爲敵方的忍者遂將其父母殺死。受驚的長門無意識地使用輪迴眼，將入侵者擊斃。失去了雙親的長門從此過著流浪的日子…後來暈倒在路上被經過的小南救起，並把長門帶到了一個基地裡結識了彌彥，同爲戰爭孤兒的三人決定相依爲命。

小南是曉組織的創立者之一，而且是其中唯一的女性成員，被稱爲“天使”。她是第二次忍界大戰時雨隱村的戰爭孤兒，曾經和彌彥、長門一起接受過自來也的忍術指導。

第二次忍者大戰中的一天三人走在路上險些被天上落下綁有引爆符的苦無擊中，隨後三人發現在不遠處雨忍村的首領山椒魚半藏正與三位木葉忍者（後來的木葉三忍）交戰。當時淪爲三大國主戰場的雨隱村戰亂不斷。

回去之後，長門和彌彥、小南爲了得到力量使自己變強，能改變這個常期戰亂不斷的國家，決定跟之前和山椒魚半藏交戰的三位木葉忍者學習忍術。於是三人一起開始踏上了尋找木葉三忍的旅途……歷經艱險，三人終於邂逅了木葉三忍。後來自來也決定留下照顧戰後孤兒，權當作對這個飽受戰火的國家的補償。

第二次忍界大戰結束後，雨忍村還處於動亂時期，依舊有殘留流亡忍者爲了搶奪食物財產甚至爲了報復去騷擾雨忍村民，這段時間長門三人在自來也的教導下學習忍術。三年後，自來也看到三個孩子可以獨立了，把和平的重任託付給了長門就離開了他們。

長大後的三人以彌彥爲首創立了「曉」組織。立志不靠極端武力來創造世界和平，之後有許多人加入了這個組織，組織逐漸壯大並聲名鵲起。遠在木葉的自來也還偶爾聽到他們在幾次戰鬥的事蹟。

當時的雨忍村的首領山椒魚半藏害怕曉組織他們勢力的擴大會奪走雨忍村的主權，所以半藏欺騙他們說，想借用他們的力量，向火、風、土三大國提出和平的交涉提案（因爲雨忍村處在三大國的交接處，戰略地位非常重要，而且當時第三次忍界大戰愈演愈烈），彌彥答應了他的請求。但是他們到了會談的地點，才發現這是個圈套，半藏勾結團藏，在會談地點埋伏，參與抹殺他們三個的還有木葉的暗部。

隨後半藏挾持了小南，以小南的性命作要挾讓長門殺了彌彥，彌彥爲了救小南讓長門殺了自己。在不知如何抉擇之時，彌彥撞到了長門的苦無上，倒在了長門身旁。

就當半藏要將他們全部殲滅的時候，長門擋住了半藏的手下的所有攻擊，然後救下小南，雙腿中了半藏的火遁。

眼見遭受欺騙，摯友又死於眼前，在極度憤怒之下使出通靈之術召喚出外道魔像，震驚了全場所有人。之後木葉的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取靈魂，半藏不敵外道魔像而改用防身戰術。半藏、團藏發現他居然擁有傳說中的輪迴眼！倉惶撤退…

彌彥死後，遺體被長門製作成爲「佩恩六道」之中的「天道」。

宇智波斑死後，宇智波帶土（面具男阿飛）遵照宇智波斑的吩咐和絕找到三人，自稱斑，用輪迴眼的空子（說長門就是創世者）試圖拉攏長門，詭計被生前的彌彥識破，宇智波帶土難以接近、拉攏單純的長門。但在彌彥死後，長門再次遭受失去重要之人的巨大打擊，他意識到之前找到的答案根本就一文不值。認定只要在這個被詛咒的世界，不會有真正的和平，人與人是永遠不會相互理解的，對和平的理解走上了極端。

於是長門和宇智波帶土合作，計劃收集尾獸，開發新的禁術，製造尾獸兵器，獲得可以瞬間摧毀一個國家的力量，靠人類對那些痛楚的恐懼來抑制戰爭，以「痛苦」的方式引導世界，讓世界走向安定與和平。「曉」也因此改變了性質，從原來的僱傭兵組織變成了一個由S級以上叛忍組成的秘密組織。

曉組織由彌彥開始帶領，走向一條不考武力尋求世界和平的道路，彌彥死後。長門心靈再次受到打擊，認爲只依靠和平談判和對話是不可能實現真正的和平，在宇智波帶土的誘惑下，開始實施捕捉尾獸計劃，原來一腔熱血的成員逐漸被各國逃亡和叛亂忍者代替，至此曉組織在長門和小南的帶領下走向了黑暗。

由於曉組織最初領導人彌彥之死，曉組織的政治道路發生了巨大改變。而殺害彌彥的元兇山椒魚半藏遭到了長門的追殺，山椒魚半藏則是走上了一段逃亡之路。

水之國霧隱村……

宇智波帶土用寫輪眼控制了四代水影矢倉。四代水影矢倉左眼下有一道疤痕，紫色瞳孔，淡綠色短髮，外表是小孩。

水之國霧隱村第四代水影矢倉，原本是三尾人柱力。外貌看起來很小孩子，但其實是個成年人，可以掌控90%的三尾力量，後被帶土殺死並控制，在帶土極其殘暴的統治方法導致霧隱村被叫做血霧之鄉。