軍規制定後，軍紀暫時整肅後，剩下的就是訓練。
在訓練時，李定國遇到了一個相當大的問題，戰士的身體素質很差。
當然這個身體素質差不是跟二十一世紀那些亞健康的白領如李定國穿越前相比，也不是跟那些經常被長官剋扣糧餉導致面黃肌瘦一臉菜色的官兵相比，而是要跟以後最大的敵人女真騎兵比，那這樣一比，差距可不是一般地大，差不多就是綿羊與餓狼之比。
但李定國不能抱怨遺傳，也不能抱怨環境，他能做的就是要在有限的條件下快速地提高戰士們的身體素質。
沒有足夠的體力耐力，沒有足夠的臂力腕力，怎麼能做一個好戰士？要知道長槍手、弓弩手、騎手都是需要很強的臂力，鏖戰或者長時間多頻率交戰時更需要體力。
做爲長槍兵,強勁的臂力是必須的。日後面對女真鐵騎，如果沒有足夠的臂力，不要說阻擋，甚至可能會被撞飛。當然，應對女真鐵騎衝殺時，李定國會安排的戰術是火炮伺候，弩箭再伺候，弓箭再伺候，繼而輕騎包抄夾擊，隨後長槍兵來迎接敵人鐵騎業已凌亂的衝擊，但即便在這種情況下敵人飛馬過來的衝量，對長槍兵的臂力還是有很高的要求。何況戰場上瞬息萬變，一般很難有很理想的戰鬥進程，在匆忙收受到敵人鐵騎襲擊的時候，尤其要求長槍兵的臂力強悍能頂住。
做爲弓弩兵，臂力更加重要，不然拉不開硬功強弩。拉弓射箭說的輕巧，但古來今往的猛將，左右開弓的屈指可數，能拉上一定石數的弓，簡直肯定要大寫特寫，比如這個時代的左良玉、吳三桂都是以弓馬嫺熟著稱的。
騎手需要的臂力更大，尤其是和對方地騎兵對衝的時候，兩者馬速的疊加產生的衝量是相當大的，有時候沒有足夠的臂力很容易就被對方給掀下馬。雖然平時騎兵作戰要避免蠻力對衝，但有時候情形不是自己能控制的，很多時候技巧完全不夠用，一力降十會，誰的臂力強悍些誰就能贏。歷來馬上猛將都是臂力強悍的怪物，像三國關羽、張飛之類，一刀一矛下去，尋常臂力的人很難接著，一刀就將臂力孱弱的人劈成兩半。而在這明末時期，官軍中猛將甚多，如曹文昭、曹變蛟這大小曹叔侄倆，如文武雙全的“盧閻王”盧象升，如左良玉、吳三桂等人，雖說不上什麼萬人敵，但至少都是百人敵，尋常將領碰到他們就是一個死。
當然除了臂力外，全身其他地方的力量，或統稱之爲體能，對於確保戰士的生存，有時甚至比武藝還要重要。按照李定國的理解，武藝實質上是一種對肌體爆發力的運用，而體能是耐力，爆發力有限時就要靠耐力去拼。
而體能的增加，要靠兩個，一是充足的營養，二是充分的鍛鍊。
在明末時期，到處災荒，而且是長達多年的旱災蝗災，這個時候有口吃的就不錯了，還能奢談什麼營養，所以增加士兵戰鬥力的要點只能是鍛鍊。而且鍛鍊也是在士兵們吃飽喝足、軍糧無憂的時候才能開展，不然餓的連刀都拿不動，逃跑都費力，誰會肯花力氣去訓練。
很顯然，義軍內部並不曉得增加體能的意義，他們只是模糊地知道戰陣廝殺時武藝相差不大時最後拼的是體力，但他們缺乏行之有效的增強體能的方法。這個時候李定國過來了，他敏感地發覺到這一點，在訓練中也著重加強了體能方面的訓練。
李定國給他的戰士們制定了一系列非戰時訓練課程，其中一個重點就是鍛鍊體能。
每天早上，繞著大營跑，一開始只跑五里地，李定國帶頭跑，規定後一百個跑到的沒有早飯吃。有將軍帶頭跑，戰士們不甘示弱，也不想吃不到早飯，都爭先恐後跑了起來，包括健婦隊。當然會根據歲數做出一些調整，十一歲的小娃娃不一定要跑得過十七八歲的，只要不落在同齡人的後二十名就好了。等衆人的體能都訓練到可以輕身輕鬆跑完全程後，便要求身著盔甲跑，再然後就要求負重跑，當負重達到五十斤還能堅持下來，就將跑步歷程多增加一里，然後每個月加上一里，直到二十里爲止。
每天跑步完畢後，就開始練習軍體拳，雖然李定國是在大學時期跟軍訓教官學得的軍體拳，算是軍體拳萎縮版，但聊勝於無，除了擒拿格鬥外，乾脆就把這個當做一個健身操。再後來義軍招攬到一個真正的武術大師，在這人的改良下，軍體拳變成了真正可以在肉搏戰中克敵制勝的拳術，不過這自然是後話。
打完拳後，開始吃早飯。早飯完畢，便召開宣講會，一方面也是讓大家飯後消化一下。一方面進行思想灌輸。宣講的東西都是李定國親自撰寫的，目的是加強麾下戰士對張獻忠以及自己的效忠，加強漢民族意識，加深對時局的瞭解，加強對朱明朝廷和女真蠻族的仇恨。當然李定國現在能夠講的東西不多，因爲他這個孩兒營在流動作戰時緊靠張獻忠的中軍老營，“不敢高聲語，恐驚天上人”，就只能讓每個戰士將他苦大仇深的人生講述一番，增強大家的階級仇恨，增強義軍的向心力，當然更多更重要的洗腦活動要等到李定國能獨當一面獨帶一支大軍時候才能開始。
一刻鐘的宣講會完畢後，就開始進行耐力和肌力訓練。先來伏地挺身,就是俗稱的俯臥撐，李定國帶頭做，先以二十個爲一組，頭一個月五組，然後每個月加一組，李定國自己是帶著全副盔甲做的。當然李定國事先將鍛鍊臂力的目的告訴了大家，不然大家定然對這個怪模怪樣的運動心生抗拒。隨後是權作休息的仰臥起坐，同樣一天五組，二十個一組，每隔一個月加上一組。
隨後還有引體向上、負重深蹲、十指支撐、障礙跑、團隊配合等訓練。
這些訓練要下面各級將領做的同時盯著自己的戰士去做，如果有一個人沒做，那士兵的直接將領要加罰一倍。有了這個制約，這兩千士卒都基本完全地做了下來，包括那些年紀幼小的娃娃兵。當然，對大部份士兵只需做到適量，因爲他們還要肩負起主力作戰任務，還要四處輾轉和打糧草，體能訓練適可而止。
而對自己的親兵隊，李定國想把他們培養成特種兵，便將所有的訓練任務都加倍，甚至在條件容許下，讓這些親兵訓練到筋疲力盡，身上留下的汗能形成一個人形，纔會停止，這些親兵毫無怨言，因爲李定國也在陪著他們練。
除了基本作戰任務外，李定國白天訓練士兵體能，晚上就秉燭看《紀效新書》，他要儘快把這本書吃透看會，然後用於實踐之中，而在這段學習時期，就用體能鍛鍊來做基礎性的練兵，等到他學成看會了，再全面效仿戚少保練兵。