那一天……
勝利的一瞬間，漫長的戰鬥終於完結。
奇異的光芒閃耀四周，包圍著亞特魯那還充滿稚嫩的面頰。
奇異的光芒越發耀眼，亞特魯已經無法看清四周。
故事的開始要追溯的八百年前，一個秩序和自由的國度誕生了，人們稱她爲伊蘇。
伊蘇國的一切，由兩位美麗的女神和六位德高望重的神官所掌管。
[黑珍珠]一塊與伊蘇共同誕生的美麗寶石，它那神秘的力量，是世上所有魔法的源泉。
藉助[黑珍珠]的魔力，六位神官創造出了[克萊里亞]金屬，使伊蘇成爲富饒之都。
然而，在精練[克萊里亞]的過程，產生了未曾預料的副作用。
表與裡、靜與動、明與暗、以及善與惡……
完全對立的[魔]產生了。
[魔]的嚎叫召喚黑雲，撕裂大地，迸發的熔巖燒燬原野。
和平的伊蘇大地，瞬間被災難之嵐摧毀。
六位神官急忙將災難餓元兇——[克萊里亞]金屬封存於地下的深處。
然而[魔]的勢力，卻已無法阻止。
驚恐的人們，被逼迫到最後的聖地……薩爾蒙神殿。
神官們藉助[黑珍珠]的力量，將神殿升上天空，暫時擺脫了這場災難。
[魔]的勢力，爲了追趕升空的薩爾蒙神殿，集結魔力建造了達姆之塔。
伊蘇的大地上，突然不見了兩位女神的身影。
之後不久，魔物的追擊也原因不明的停止了。
大地似乎恢復了往日的和平，然而經歷了這場浩劫的伊蘇，已經今非夕比。
被稱爲伊蘇之寶的兩位女神消失了，象徵著伊蘇國的薩爾蒙神殿，也從大地上，永遠的離開了……
時光如水，光陰似箭，乞盼和平國度伊蘇復活的六位神官將[伊蘇之書]分爲六冊之章，寄託於自己的子孫。
“當伊蘇之書的六冊之章再度集結之時，將會產生巨大的力量……”
之後，平靜持續了七百年。
曾經被稱爲伊蘇的國度，如今被稱爲艾斯塔里亞、兩位女神和薩爾蒙神殿也已被人漸漸忘卻。
如今流傳這伊蘇歷史的人，只有神官的後裔們。
而[克萊里亞]金屬，也被稱爲[銀]，被人們開發出來。
由於[銀]的出產，人們又過上了富裕的生活。
但是，就像曾經的伊蘇一樣……
“一旦邪惡之源的[克萊里亞]重見天日，[魔]便再次復活了……”
正如古老的傳說，身著黑斗篷的男子從地下深處，將[魔]解放出來。
達爾克·法克特……
具有黑色野心的魔法師。
霸佔了升到天空的薩爾蒙，企圖統治整個伊蘇。
就在這時，一名紅髮少年來到了這片大陸。
他的名字是亞特魯·克里斯汀。
一名沉醉於冒險和魔法的少年。
他充滿好奇心，他擁有黑色的雙眸和矯健的體魄，他面對挑戰永不言??！
敏感察覺到米內亞之城異常氣氛的亞特魯，開始了他的冒險之旅。
儘管他還不知道，自己正在左右著古老伊蘇的命運……
據說，城裡銀製的東西都被盜走了，行蹤飄渺的神秘盜賊。未曾留下任何足跡……
“六冊伊蘇之書必須要尋回……”
在女占卜師莎拉的指引下，亞特魯站在大山腳下，向神殿而去。
在神殿的地下迷宮，囚禁著一個美麗的女還，他註定要和菲娜相遇。
塞皮克村的潔芭婆婆是六神官的後裔，她指引著亞特魯前進。
還有那棵注視著伊蘇成長曆史的古樹，羅妲。
創入恐怖的神殿地下迷宮和廢舊的礦坑，戰勝了，魔物的瘋狂、頑固抵抗。
伊蘇之書又一冊冊的收集在一起，幾經失落的伊蘇歷史，又徐徐的再現了。
最後的目標，達姆之塔。
迷一般的老人拉巴，繼承著神官血脈的盧塔·潔瑪。
從牢獄中解救出亞特魯的多基。
在盜賊古邦的指引下，亞特魯進入了邪惡魔物徘徊的古塔。
遇到了各種各樣的人。
原來，銀口琴的主人——詩人蕾婭竟然也被囚禁於塔中。
突破了無數先進，不斷登上一層層古塔，亞特魯勇往直前。
邪惡的氣息也越來越強大。
在塔的最上層等待亞特魯的是達爾克·法克特。
亞特魯知道，手中的克萊里亞聖劍纔是戰勝身披克萊里亞聖甲的達爾克·法克特的唯一希望。
激烈的戰鬥使亞特魯忘記了魔法火眼的灼痛和疼痛。
他心裡面，只有那積聚於胸中的對勝利的執著。
長時間的死鬥，達爾克·法克特的眼中浮現出驚愕和憤怒交織的神情。
“不可能……！竟然被這樣的小子……！”
受到最後一機的瞬間，他的腦後浮現出漂浮在藍色天空中的薩爾蒙神殿。
隨即又消失了。
那分割藍色天空的厚重烏雲逐漸散去了，不知何處又傳來了久違的小鳥啼鳴。
朝陽緩緩升起。
四處是溫暖的，這是隻有冒險者可以體會的充實感。
亞特魯獨自慢慢體會著戰鬥的結局，在他看來，一切都已停止在那一瞬間。
地上倒下的達爾克·法克特的黑斗篷下，是記載著最終章的伊蘇之書。
從塔窗俯視地面，看到了別朝陽鍍成金色的塞皮克村，也看到了潔芭婆婆的家。
“是啊，回到地面上後，首先找到菲娜，向她訴說久別的情緣?！?
亞特魯周身籠罩著柔和的光芒，他眼前浮現她溫柔的笑容。
“當伊蘇之書的六冊之章再度集結之時，將會產生巨大的力量……”
奇異的光芒逐漸增強，亞特魯只覺得眼前是一片玄目的色彩。
亞特魯無法聽到的聲音，光芒默默耳語。
“真正的戰鬥，還沒有結束，被選中的勇者啊，飛向天空吧！”
當亞特魯再次醒來，居然已經來到了天空中的薩爾蒙神殿。
在蒙多里亞廢墟，得到神界之杖的亞特魯擁有了魔力。
在拉斯迪尼廢礦，亞特魯找到了托爾聖域的神官塑像和火焰、光源魔法。
通過諾爾提亞冰壁，到達熔巖之村，救回守橋人的兒子。
爲了救出被當作祭品的瑪利亞，亞特魯混入了薩爾蒙神殿。
雖然戰勝了薩巴，卻沒能就救瑪利亞。
憤怒的亞特魯打敗了達雷斯，卻意外的發現大家都活著。
在伊蘇的中樞，面對著最後的魔王達姆，亞特魯手中的克萊里亞聖劍綻放著神聖的光芒。
揮劍擊碎[黑珍珠]，打敗達姆一氣呵成。
久違的薩爾蒙神殿，又再次回到了伊蘇大陸，創造伊蘇的兩位女神，有再度出現在人們面前。
原來，菲娜和蕾婭就是兩位女神。
落到地上的薩爾蒙神殿，使的伊蘇徹底的完整了。
終年環繞在伊蘇周圍的迷霧，也因爲地形的擴大而散開。
伊蘇的四面，有著東、南、西、北四方大陸。
正當人們慶賀的時候，勇者卻和菲娜蕾婭女神相視一笑，悄悄的離開了。
當一千多年再次過去……
新伊蘇大陸上，新的篇章再次開啓……