第二部的英文名爲thematrixreloaded，直譯過來是爲：矩陣的重新加載。聽起來就好像手機和電腦上的軟件或者系統更新了版本，要再次加載一遍。
矩陣說簡單一點兒，就是機器人爲了奴役人類弄出來的一個超級龐大的神經交互系統。
既然是系統，那難免或多或少會產生bug；那有bug，那難免就會打上補丁或者更新版本。
到目前爲止，沒有完美的系統，即便是現實世界還是電影之中。如果有，那世界上的黑客就玩完了。沒有漏洞可鑽，他們黑客幾乎失去了存在的意義。
所以，矩陣也有漏洞，也有bug，不然，主角這麼逆天的存在就不可能出現了。
......
電影開始，所有觀衆都停止了交談，大氣兒不喘地盯緊了大屏幕。
第一個鏡頭沒有給到身爲救世主的尼奧，而是和第一部一樣，給到了女主角。
只見著安妮單槍匹馬衝進一棟摩天大樓之中，經過一系列炫酷的戰鬥之後。觀衆們看到地最後一幕，是她從摩天大樓幾十層的高度破窗而出，她的身後，一個清除漏洞的面癱特工也跳了出來。
然後，這兩人在空中上演了一番子彈時間的大戰。
只不過......
觀衆們滿心歡喜，以爲這和第一部的開頭一樣，即便過程再危險，女主也會從反派的手下逃脫。但讓衆人萬萬沒想到的是，女主在空中中彈了，最後直直摔落，砸在了一輛車的車頂，把車子砸的凹陷下去一大塊。
“啊！”
觀衆們大失所驚，小心臟都狠狠抽搐了一下。
這尼瑪？女主一來就掛掉了？
但鏡頭緊接著一轉，牀上的主角忽然睜開了眼睛，他的懷裡，女主正酣然入睡。
“嚇死了，原來只是一場夢啊。”
有觀衆心有餘悸地拍了拍胸脯，這奶奶的，要是女主一上來就掛掉，那玩笑就真的開大了。
......
之後，幾個簡單的日常鏡頭一閃而逝，告訴了觀衆第二部發生的時間，距離第一部已經過去了大半年。
當初墨菲斯死傷殆盡的船員，也都重新從錫安補充了不少。
但與此同時，機器人大軍進攻錫安的步伐也逐漸逼近。
危急時刻，墨菲帶著尼奧和安妮在矩陣中會見了其他飛船的首領。
到現在爲止，觀衆們發現了一個有趣的現象，那就是真實世界的人類進入矩陣之後，全都會戴上墨鏡。
無論是誰！
第一部結束後，大部分觀衆都覺得這是爲了耍帥，裝酷，拉風，爲了視覺效果。某些心思活絡的人則認爲墨鏡是一種保護程序，爲了避免直接被特工認出來。
還有從事電影的工作者認爲演員戴上墨鏡，可以避免特效合成時複雜的眼神刻畫。
反正各說各有理，不過絕大部分人覺得酷就行，管它還有什麼亂七八糟的作用。
所以，各大飛船首領會面時，清一色的墨鏡裝扮並沒有讓觀衆們感到意外。似乎，在衆人心裡，黑客帝國早已被打上一個耍帥裝酷的標籤。
衆人討論間，錫安的危險處境也呼之欲出。大約在七十二小時後，二十五萬只哨兵，也就是類似於八爪魚的可以浮空的機器人，將會大舉進犯錫安。
按照錫安司令的計劃，是要召回所有飛船，然後共同抵禦。不過有著先知的提醒，墨菲斯覺得尼奧纔是拯救人類的關鍵。
他決定在地底隧道中留下一艘飛船，以備隨時和先知聯繫。然後他帶著他的飛船在三十六小時之內回到錫安把電充滿了，再返回隧道。
因爲，要想入侵矩陣，讓意識潛入其中，只能在隧道中，在錫安這座城市是不行的。
很顯然，墨菲斯的計劃和司令的計劃產生了衝突，不過他依然我行我素，決定按照自己的判斷來。
與其說他相信先知，不如說相信尼奧強大的，如同傳說中救世主一般的能力。
不過，在衆人議會期間，特工出現了，而且比以往任何一次都強大。
用主角的話說，那就是升級了！
但這不是最讓觀衆意外的，最不可思議的是雨果這在第一部被主角弄成數據碎片的傢伙，竟然復活了......
“我擦，這傢伙竟然復活了？而且比以前更加強大？”
“不對，他的耳機被摘掉了，這玩意兒可是他被矩陣控制的關鍵啊。現在，這個殺毒程序不受控制了？”
“呃.....冤冤相報何時了？”
“不過，爲毛會出現兩個一模一樣的史密斯（雨果）？”
一模一樣.....
這是衆人最難理解的一個問題。
雖說特工可以入侵其它被矩陣控制的普通人，然後變成自己的模樣，這就相當於人體傳送，任何一個被矩陣控制的人都是他們的傳送目標。但是...也不至於憑空多出一個來吧？
暫時，衆人是搞不懂的。
.......
這時，會議之後，衆人留下一艘飛船接應先知，其他人都返回錫安，墨菲斯等人帶著自己的飛船回去充電。
果然，回去之後，因爲墨菲斯的計劃和司令的產生衝突，他和墨菲斯對峙起來。司令他可不管，也不相信先知那一套，也不相信一個人就能改變一場戰爭的結局。他只相信越多的飛船鎮守錫安，纔能有越多的機會取得勝利。
但墨菲斯對先知可是深信不疑的，而且尼奧的出現，以及尼奧如同傳說中首次解放人類的第一人類似的能力，讓他對這場戰爭充滿了希望。
理念的不同導致了衝突，不過好在有議員，也就是人類最後的領袖從中周旋，再加上尼奧帶來的不可爭議的幫助：比如在過去六個月解救了比過去六年還多的人類。
這些，才讓司令鬆了口，同意墨菲斯的計劃。
.....
之後，在主角的視角內，錫安這座鋼鐵澆鑄的。充滿了銀灰色金屬質感的城市，出現在觀衆們的眼前。
沒有美好，只有破敗。
遍佈機械的城市和衣衫襤褸的，彷彿中世紀舊社會人類交織在一起，給了觀衆超強的落差。
特別是看到那些面黃肌瘦的人們捧著食物，衣物，祈求著尼奧能照顧一下他們在飛船上執行任務的親人時，許多觀衆都不禁生出感慨。
人類，已經落後到這種慘烈的地步了麼？
劇情繼續......
錫安字建造在接近地核的地底深處的，因爲這裡比較溫暖。所以，在人類慶祝這次飛船集體迴歸的舞會，便在地底的溶洞進行。
人們赤著腳，穿著破破爛爛的暴露衣服，聽完墨菲斯這位精神領袖鼓舞人心的話之後，便摩肩擦踵地跳起舞來。
就像原始人求偶一般的舞蹈，充滿了荷爾蒙的氣息。
當然，韓秋是不會拍露點的鏡頭的。太過暴露，廣電可不會給過的。
........
“呼，這就是錫安啊，感覺太.....太慘了吧。”
“感覺還沒矩陣內的人過的幸福....”
“終於體會到第一部那個背叛者的心情了....”
觀衆們唏噓不已，紛紛對人類的境地感到擔憂。
而在此時，鏡頭切換到矩陣內，留下來接應先知的飛船中，兩個船員在拿著先知的答覆返回現實世界時，被雨果襲擊。
兩人中，一人身亡，另一人，被雨果複製了。
對，就是複製，如同克隆體一般的複製。
只見他把手插進對方的身體中，彷彿把手伸進水面似的伸進了對方的胸膛，然後，“水面”如同水銀般從他的胸膛開始蔓延，直至全身，直至完全包裹住他的身體。
最後，水銀褪去，這人變成了雨果的模樣，從頭到尾，連衣著和臉上的墨鏡都如出一轍。
最後，雨果拿起電話，通過電話線消失不見。
至於他去哪了，很顯然易見.....
嘶！
“天哪，原來史密斯這傢伙有了複製的能力啊，怪不得之前有兩個他呢。”
“那這麼說，他可以無限複製，無限繁殖咯？”
“關鍵是他還脫離了矩陣的掌控啊！” ▲tt kan▲co
“這傢伙不會代替船員回到現實世界了吧？”
觀衆們心驚不已，一個矩陣內的程序能去到現實世界？
這尼瑪什麼鬼？