軍制改革也非同小可，雖然他的複雜性遠(yuǎn)不如政治，但牽涉的面那是非常廣的，軍隊(duì)是國(guó)家的柱石，沒(méi)有軍隊(duì)，就沒(méi)有安全，安全都沒(méi)了，就只能任人宰割，亡國(guó)也只是時(shí)間早晚的事情。
所以軍制改革一定要計(jì)劃周詳，而且更加要嚴(yán)格保密，不能對(duì)外泄露半點(diǎn)風(fēng)聲，只能在幾個(gè)能絕對(duì)貼心的臣子之間秘密商議，一切都在秘密中進(jìn)行。
首先第一步，削弱軍中勳貴權(quán)戚裙帶關(guān)係的勢(shì)力，軍隊(duì)之中最容易形成派系，只不過(guò)比較散亂，而且明朝又是文官統(tǒng)帥武將，甚至宦官掌軍隊(duì)實(shí)權(quán)，加上軍備廢弛，裝備羸弱，又沒(méi)有像徐達(dá)、常遇春以及藍(lán)玉這樣的開(kāi)國(guó)大將，故而明朝的軍隊(duì)是從強(qiáng)到弱再到極其弱的，不然袁崇煥坐擁二十幾萬(wàn)大軍對(duì)只有數(shù)萬(wàn)人馬的皇太極也只能採(cǎi)取堅(jiān)守的策略，還有軍隊(duì)裡面的蛀蟲(chóng)，吃空餉，倒賣(mài)甲庫(kù)等等，還有士兵常年不在軍營(yíng)，也不操練，跑出去給人看家護(hù)院的也有，上街叫賣(mài)做生意，耍把式屢見(jiàn)不鮮，故而軍制改革首先的是裁冗留精，清除害羣之馬。
於是朱影龍命軍機(jī)閣發(fā)下“全國(guó)武備整頓整傷”的詔令，命令全國(guó)凡屬軍官、士兵身份的在詔令到達(dá)之後三天之內(nèi)必須歸所在營(yíng)地，逾期不回營(yíng)者，是官的剝奪一切職務(wù)和爵位，並且示情節(jié)不等，處以一定的刑法，士兵者逾期不歸者一律仗擇三十，直接變爲(wèi)平民，自謀出處。
這一道“武備整頓整傷”詔令一下，軍中頓時(shí)譁然，再傻的人都看出，皇帝已經(jīng)轉(zhuǎn)移了目標(biāo)，準(zhǔn)備拿軍隊(duì)開(kāi)刀了，由於先前朱影龍已經(jīng)不斷的強(qiáng)化軍政分開(kāi)的基本國(guó)策，故而楊鶴、周廷儒等人就是有心插手軍隊(duì)上的事情，也沒(méi)有一個(gè)適當(dāng)?shù)睦碛桑驙?wèi)他們都是文官，如果他們貿(mào)然插手軍隊(duì)的事情，不就等於告訴皇帝，告訴世人他們想做權(quán)臣嗎？
自朱影龍上臺(tái)以來(lái)，首先是在建立軍機(jī)閣的基礎(chǔ)上，組建的實(shí)現(xiàn)了軍政分開(kāi)，軍隊(duì)已經(jīng)相對(duì)的成爲(wèi)一個(gè)獨(dú)立的系統(tǒng)，而文官先天性的與武將不合，在那些高傲的文人眼裡，武將不過(guò)是些粗鄙武夫，會(huì)舞刀弄槍罷了，哪有至聖先師的“以德服人”來(lái)的浩然正氣，而有明的皇帝都認(rèn)爲(wèi)武將桀驁不順，故而任用一些忠君愛(ài)國(guó)的文人來(lái)統(tǒng)帥軍隊(duì)對(duì)他們的地位來(lái)說(shuō)是最安全的，而朱影龍通過(guò)自己的努力，一是爭(zhēng)取，而是通過(guò)裙帶關(guān)係，掌控了全國(guó)起碼七層的武裝力量，完成了這些力量的掌控，纔是朱影龍敢下這一道“武備整頓整傷”詔令最基本的原因。
還有借這道“武備整頓整傷”的詔令將軍隊(duì)中一些害羣之馬清除出軍隊(duì)，重新整頓編制軍隊(duì)，編訂新的花名冊(cè)，並且恢復(fù)營(yíng)操。
詔令一出，很多武將、武官都不以爲(wèi)然，抱著僥倖的心理的有，有靠山在朝的心理也有，結(jié)果抱著這些心理的無(wú)條件的被清理出軍隊(duì)，取而代之的是長(zhǎng)期被他們壓制，立功被這些人代受的低一級(jí)武官紛紛上臺(tái)，軍隊(duì)的第一輪清洗就這樣開(kāi)始了，影響波及武官達(dá)數(shù)百人，因爲(wèi)清洗進(jìn)行的相當(dāng)溫和，只是將這些人清除出軍隊(duì)，有罪的才被收押，有膽量孤注一擲的人再第一時(shí)間就被控制住了，這其中暗影和鷹衛(wèi)的功勞不可小覷。
第一輪清洗是泥沙俱下，也不排除一些鬱郁不得志，對(duì)朝廷已經(jīng)麻木不信任的低級(jí)武官就這樣被埋沒(méi)下去了，伴隨著“武備整頓整傷”的詔令，朱影龍?jiān)傧乱坏乐家猓铝顝娜珖?guó)軍中挑選出五百底層軍官進(jìn)入通州軍校，同時(shí)通州軍校的擴(kuò)建以及第一批從遼東和九邊進(jìn)入軍校學(xué)習(xí)的武官順利的進(jìn)入畢業(yè)實(shí)習(xí)階段，他們將接替這些從全國(guó)各地進(jìn)入軍校學(xué)習(xí)的底層武官的位置，這道旨意傳到各軍中，霎時(shí)間引起了軍中劇烈的震動(dòng)，多少矢志報(bào)國(guó)的熱血硬漢流下了激動(dòng)的淚水，一直以來(lái)，文官都是死死的壓制著武官，有的時(shí)候那些沒(méi)鳥(niǎo)沒(méi)蛋的閹貨也都能騎在他們頭上吆五喝六的，正當(dāng)他們?nèi)怏w和精神日趨麻木，整天只能爲(wèi)生存幹那些違心的事情的時(shí)候，新皇帝繼位，新皇帝成立通州軍事學(xué)院，這是什麼，這是一個(gè)信號(hào)，這是皇上要提高武官地位的一個(gè)信號(hào)，兩年過(guò)去了，他們不少人是羨慕的看著自己的同僚被挑選進(jìn)入軍事學(xué)院學(xué)習(xí)，由於名額的限度，也加上教師的不足，因此第一批進(jìn)入軍事學(xué)院學(xué)習(xí)的人只有不足兩百人，現(xiàn)在不但放寬了挑選反問(wèn)，而且還是五百個(gè)名額，這下子連袁崇煥和熊廷弼這對(duì)結(jié)拜兄弟都扛上了，爲(wèi)各自屬下?tīng)?zhēng)奪進(jìn)入軍事學(xué)院的名額，借恭賀萬(wàn)壽節(jié)的名義回京，差點(diǎn)沒(méi)打起來(lái)，成爲(wèi)後世新軍事變革史上的一時(shí)趣談，當(dāng)然其他人也不弱，連遠(yuǎn)在四川征剿蜀王和貴州奢崇明、安邦彥的總督秦良玉也著急了，上書(shū)要求非給她們川軍五十個(gè)名額，她這把老骨頭就賣(mài)給皇上了，福建的洪承疇、廣州的常炎林，甚至還在土司叛亂搞得焦頭爛額的黔國(guó)公沐天波也要二十個(gè)名額。
這是在軍中，在民間，同樣爲(wèi)了儲(chǔ)備軍隊(duì)中低層軍官人才，下詔通州軍事學(xué)院對(duì)民間招收學(xué)生，雖然名額只有一百名，但這樣足以打破有明一朝武官的選拔制度，也建立一種新的武官選拔制度，也讓不少有志投軍的年輕人有了一個(gè)更加好的選擇，同時(shí)也無(wú)形之中提高和給予帝國(guó)軍人的一種尊重。
楊鶴等人一心想把皇帝拉回“正途”，奈何皇帝似乎並沒(méi)有領(lǐng)會(huì)到他們這一番苦心，反而在“邪路”上越走越遠(yuǎn)，他們不斷的在朱影龍耳邊聒噪，就差說(shuō)袁崇煥、熊廷弼之流堪比漢高祖之韓信，太祖之藍(lán)玉，武官權(quán)柄日重，掌握軍權(quán)絕對(duì)是皇權(quán)的一種威脅，甚至楊鶴等人心中還有一句話(huà)沒(méi)有敢說(shuō)出來(lái)，還不如由皇上親信閹人統(tǒng)軍呢！
若不是朱影龍不斷精簡(jiǎn)整編軍隊(duì)，怕有強(qiáng)項(xiàng)的御史言官頂著雷說(shuō)他有窮兵黷武之兆。
軍隊(duì)，朱影龍有絕對(duì)的威信和控制權(quán)，不少隨他南征的軍官對(duì)他有著一股子盲目的崇拜，雖然勝仗並不是他親自打的，但勝在他的用人，選帥用將，決勝千里之外，古今多少帝王能夠做到？
當(dāng)然，南征之勝，朱影龍本人也有些沾沾自喜，不過(guò)他還算頭腦清醒，正要指揮打仗，他恐怕連袁崇煥手下一個(gè)校尉都不如，但也不能因此說(shuō)南征的勝利是僥倖是天意，至始至終他用對(duì)了三個(gè)人，一個(gè)是袁崇煥統(tǒng)帥全局，第二個(gè)是洪承疇，第三才是穩(wěn)紮穩(wěn)打的熊廷弼。這個(gè)三人才是南征最直接的指揮者，是他們打勝了，所以他纔在軍中建立了無(wú)上的威望。
這一場(chǎng)史稱(chēng)新軍事變革很快便席捲全球，而朱影龍給新帝國(guó)軍隊(duì)的概括的“年輕化、專(zhuān)業(yè)化、正規(guī)化、火器化”四個(gè)“化”成爲(wèi)這個(gè)時(shí)空全球歷史軍事變革中最耀眼的字眼。
不知道後世史學(xué)家會(huì)不會(huì)知道，其實(shí)這四個(gè)“化”不過(guò)是朱影龍隨口這麼一說(shuō)，卻不想被記錄皇帝起居注的太監(jiān)記錄了下來(lái)，最後變成了四句震驚世界的軍事變革綱領(lǐng)。