如地理設置，記蘭州於成化十三年九月復爲州，而實錄則記在成化十四年四月復縣爲州。成都府南江，《明史》作正德十一年置，《大明會典》卷十六記爲九年添設。如太僕寺之設置，《兵志》中記爲設四十牧監。《職官志》、《大明會典》均作“十四牧監”。《兵志》中之“四十牧監”，系承襲《明史稿》中之誤。北畿計丁養馬，始行於永樂十三年十二月，實錄中有記。《明史·兵志》記作十二年，恐爲誤以月作年，未經核訂之故。
《明史·藝文志》史論頗爲推崇，然其中失誤之處亦不少，前舉所錄鄧名世《古今姓氏書辨證》四十卷，乃宋人之作，誤入志中。再如所著錄陳仁錫《周禮句解》六卷，據考體例文字多剽竊猥雜，系坊賈託名，而非出陳仁錫之手。修志人似未睹原書而錄。顧起元《說略》亦同此，《藝文志》作六十卷，而顧起元自序記，全書只三十卷，志中誤記六十。再如《藝文志》中著錄楊慎《墨池瑣錄》1卷、《書品》1卷、《斷碑集》4卷，而遺漏《畫品》1卷，估計也是成篇時未及仔細訂正之故。
其述史不一之處，尚有表、傳之不合。如吳悼王允熥之死，卷一○三《諸王世表》作永樂十三年卒。卷一一八《吳王允熥傳》則作“永樂十五年卒”。《宰輔年表》汪廣洋，洪武三年左丞。而《汪廣洋傳》則誤記爲右丞。李賢天順元年爲吏部右侍郎，則當依《李賢傳》爲左侍郎。又有志、傳不合之處，如《徐光啓傳》記所進《日躔歷指》一卷，《藝文志》作四卷；《通率表》一卷，《藝文志》作二卷。均不合。
此類小疵，不勝枚舉。以《明史》三百卷之多，雖經修纂日久，難免有失誤之處，衆人成書，或有顧及不到，在所難免。而《明史》中真正失漏之處不僅在此，而在其有意隱蔽史實。
清初修《明史》，所以有須隱沒之事實，即在於清與明本身之關係。其所隱沒者有二：一是隱沒清末建國前曾臣於明；二是隱沒清入關後南明諸朝廷存在之事實。
清朝的發祥，大概與明朝的建立同時。清以肇祖爲追尊入太廟之始。肇祖即童猛哥帖木兒。先襲職爲元朝萬戶，後歸明朝，授建州左衛指揮，升至都督。清稱都督孟特穆，追尊肇祖。
①趙翼：《廿二史札記》。
據《明太宗實錄》所記，明永樂間即有關猛哥帖木兒之記錄。近代清史專家孟森（心史）先生曾對清之世系作有考訂：“清之初系，爲明之建州左衛。始授左衛職之猛哥帖木兒，又因其姑姊妹中，有入明宮爲妃嬪者，因內寵之故，至升都督職銜，清實錄謂之都督孟特穆。”①建州女真於明代入朝進見、上貢、襲替、改授及與周邊之關係活動甚多，但此均清朝發祥後爲明朝之臣的明證，爲清廷所諱，因此在《明史》中不但不許見建州女真，而且凡是“女真”皆在所諱，“於是女真之服而撫字，叛而征討，累朝之恩威，諸臣之功過，所繫於女真者，一切削除之”。①自古以來，凡於易代之際，以後代修前代之史，關係到新朝與舊朝之處，難免沒有曲筆。但是一般來說，大都相涉年代不多，其掩飾之處，讀史者也能意會其中緣故，從未有如明朝與清朝這樣關係始終，“一隱沒而遂及一代史之全部”者。
凡明朝文武諸臣，曾爲督撫鎮巡等官者，皆削其在遼之事蹟。如王翱、李秉、趙輔、彭誼、程信等人，《明史》中均各有傳，但其於建州有撫治或征討之績處，《明史》中均略去不述，間有一二語涉及，則不指明爲何部落，以何原因啓釁，其史實真相，無從觀看。再如馬文升，以撫安東夷，自著專書記其事，名《撫安東夷記》，書中主要記述成化時女真狀況及其與明朝之關係，尤對海西女真多有記述。《明史》卷一八二《馬文升傳》亦記其“凡三至遼”之事蹟，然讀之卻並不知其爲建州女真之事，文詞隱晦，只略述其曾於遼事有功而已。宦官汪直，與馬文升不合，欲建功遼事，但其傳中亦不作明述。據諸史家考證，《明史》中諱記女真之事，亦有疏忽之處，如《憲宗紀》及《汪直傳》中，有伏當伽一名。伏當伽爲其時建州女真一首領名，史官不知伏當伽爲何部酋領，漏出其名，反彰其曲筆掩飾之實。
凡是明朝人中所長而必書之事在於建州者，則《明史》中削其人而不爲立傳。如顧養謙、宦官亦失哈等，因生平活動不可離遼東及建州之事，《明史》中遂無傳。又如登萊巡撫袁可立、東江總兵毛文龍所關明清（金）遼海戰事尤重，《明史》均不爲立傳。此外亦有明顯刪掉者。如卷二五七《王洽傳》記：“宣大總督王象乾與大同巡撫張宗衡爭插漢款戰事，洽及諸執政並主象乾策，定款議。詳見《象乾、宗衡傳》。”然《明史》無《象乾傳》、《宗衡傳》。《王象乾傳》，萬斯同所訂《明史》列傳中原有傳，在卷三四八，王鴻緒《明史稿》亦有，在卷二二八。《張宗衡傳》則分見兩書卷三**及卷二四一。顯然爲《明史》定稿時所刪。
明初於黑龍江下游設奴兒干都司之事，《明史·地理志》中漏而不述，只見於《兵志》，稱：“洪武、永樂間邊外歸附者，官其長，爲都督、都指揮、指揮、千百戶、鎮撫等官，賜以敕書印記，設都司衛所。”下列：“都司一（奴兒干都司）”，再列衛三百八十四。所謂“邊外歸附者”，即女真①各部。至於蒙古、西番，則均直書其名。
①孟森：《明史講義》第一章。
《明史》中另一掩飾之處，則爲南明諸帝。自崇禎十七年（1644）李自成農民軍克北京，隨後清軍入關，明朝即亡。幾乎與清軍入北京同時，南京建立弘光朝廷，此後又有隆武朝、紹武朝、永曆朝及魯王監國。永曆帝朱由榔於康熙元年（1662）爲吳三桂所殺，或以爲此係明亡之時。而孟森先生作《明史》末述《南明之顛沛》，最後有云：“十一月辛卯（十六日），魯王殂於臺灣，明亡，時爲清康熙三年（1664）。”則此距崇禎之亡，又二十年矣。此二十年南明之史，《明史》亦予隱諱，不承認其帝號，而將其事記述於諸王傳中，以示其仍爲諸王而非帝統。
說到清初修史之諱，順便可以略述清初之文字獄。清初著名文字獄，一爲莊氏史案，罹禍者至七十餘人，死者剖棺銼屍，生者延頸就戮，妻孥極邊充軍爲奴。而觀其原書，涉及清室並未有過分訕謗之語，惟於清兵入關之事，直書爲“夷氛”、“夷寇”，於“奴酋（努兒哈赤）”名號，跡未加避諱。而於李成樑傳中，稱努爾哈赤爲成樑所豢養：“已而並殺教場及他矢於阿臺城下。他矢子即清太祖也，以幼得不死，留置帳下。”此爲清廷所最忌諱之事，莊氏及諸修史之人因遭大禍。此爲涉及清入關前史事之文字獄。涉及南明諸帝的著名文字獄有戴名世《南山集》獄。戴名世，字田有，號褐夫，別號憂庵。清康熙間進士，官編修。留心有明一代史事，網羅散佚，走訪明季遺老，考求遺事。著《南山集》，用南明永曆年號，以存明朝統緒，爲左都御史趙申喬所劾，論斬。凡爲《南山集》作序者，如方苞等人，均獲株連，達數十人之多。此則爲清初又一文字獄大案。由此可知清廷這兩大避諱是觸及不得的。史官豈敢冒殺身之禍而必書其實？即使有此董狐之風，以清初文禁之嚴，又豈能留隻字於官修史書之中？隱諱史實固然是《明史》一大缺失，又是必然結果。
謝國楨於明清史籍所知博深，其評論《明史》缺失，共列五點，除“毀滅不利清廷之史實”外，尚有四大點：一是於明初事實記載不翔實。因清廷諱言明朝驅逐蒙古於漠北，亦猶如諱言建州女真於東北臣於明。又因史官爲明末降清人士，對明初統治集團內部矛盾，盡略而不願詳記。二是記建文之事，諱言建文出亡，主張焚於火，以示亡國之君無生之理。此亦出清廷之需。三是除李自成、張獻忠起義外，其餘農民起義，均只見於有關官員列傳之中，且極盡歪曲之能事。四是《明史》出於東南文人之手，於江浙文人尤其是東林黨人多立佳傳。自明嘉靖以後，內閣柄政大臣，多爲東南縉紳所操持，一脈相承，當時謂之“傳衣鉢”