據說後來成祖入南京繼帝位時，怪僧姚廣孝怕成祖殺他，爲之求情，說殺了方孝孺天下讀書的種子就絕了。正是因爲建文帝所依賴的大臣多爲這樣的文人，所以人稱新朝廷爲“秀才朝廷”。這種情況下，文人獲得了比以前更高的政治地位，再也不用擔心像洪武朝那樣動輒以一言獲罪的情況，因此他們膽量也大了，對朝政敢於表達自己的意見，對建文帝忠心耿耿，這也是後來大批文臣甘願爲建文帝殉難的原因。
寬刑省獄。建國之初，太祖朱元璋以剛猛治國，亂世用重典，法外用刑情況嚴重。他認爲：“法嚴則人知懼，懼則犯者少，故能保全民命。法寬則人慢，慢則犯者衆，民命反不能保?！币蚨?，屢興大獄，殺的人很多；還使用了許多恐怖的刑罰，如抽筋、剝皮、閹割、凌遲等，因此有獲罪的大臣跪求“臣罪當誅，謝主隆恩”，比較起來，能被砍頭也成了幸運的事。
建文帝在當皇太孫時就已經意識到太祖用刑過猛，因此登基後力圖改變這種情況。他在做皇太孫時就向祖父請求更定《大明律》。他以《大明律》與歷朝法律作比較，認爲《大明律》用刑過重，改正了其中量刑較重的部分律法。其父朱標生前曾練習處理國事，以寬大爲懷。朱標死，太祖也叫朱允炆斷刑獄之事，朱允炆一如其父風格。那時，他就獲得了廣泛的稱譽。如今即位，他要全面改正洪武吏治，力圖創造出和諧的寬政。建文帝即位僅一個多月，下詔全國行寬政、平反冤獄。洪武時期的一些冤假錯案得到了糾正，一批無辜的官吏得以恢復自由，被髮配遠方的人也得以回到家鄉。據記載，建文朝監獄裡的罪犯比洪武朝減少了三分之二。建文帝的這些措施實際上是對太祖朱元璋嚴刑峻法的一種調整，也反映了建文帝與太祖執政風格的迥異。
減輕賦稅。建文元年（1399）正月，建文帝令減輕江浙地區的田賦。明初以來，江浙地區的田賦明顯重於其他地方，這是因爲朱元璋憎恨江浙地區的縉紳當年依附張士誠而採取的懲治措施。另外，朱元璋特意規定江浙人不許擔任戶部的職位，目的在於防止江浙人偏袒家鄉。建文帝則認爲江浙重賦只是用懲一時，不應該形成定製，既然田賦減輕了，浙東人自然也可以擔任戶部的官職。他還針對寺廟侵佔民田的情況，下令僧道每人佔田不得超過5畝，多餘的要退官，分給農民。
然而，建文帝在安定的生活中成長，接受的是儒家學說的薰陶，缺少對現實的瞭解，而且他所重用的大臣也多是讀書人，因此改革中難免有理想主義色彩。他接受方孝孺的建議，甚至要恢復西周時期的井田制度。他還使用一些《周禮》中的官名，依古制改革某些官職。中國後世的知識分子有著強烈的崇古情結，言必稱三代，似乎那時的制度是完美的，那時的社會是理想的，今不如昔。其實，且不說井田制是否真正的執行過還有爭論，即使有過井田制但在今天的情況下，復古這些制度是沒有任何意義的。從這一點我們不難發現，建文集團過重的文人氣息，成爲他最後失國的一個主要原因。
銳意削藩。太祖朱元璋建立明朝以後，爲保證大明國祚綿長，親自設計、制定了多項重要政策，並以寶訓的形式固定下來，要求後代子孫嚴格遵守，大臣有敢輕議者嚴懲不貸。分封宗藩就是其中一項重要政策。朱元璋先後於洪武三年（1370）、洪武十一年（1378）、洪武二十四年（1391）三次共封25人（二十四子和一個從孫）爲藩王，分鎮全國各地。朱元璋認爲，“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民。今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國”。藩王的權勢很重，擁有自己的軍隊，少則三千，多則數萬。特別是北方邊防線的幾名“塞王”，擁有指揮軍隊的權力，如寧王朱權“帶甲八萬，革車六千”，連朵顏三衛都要聽他調遣。太祖朱元璋本意是要以藩王來確保朱家江山，卻沒有想到雖然爲繼任者去掉了驕兵悍將這根尖刺，卻留下了擁兵自重、尾大不掉的宗藩這另一根尖刺。當時的有識之士，已經清醒地認識到宗藩爲“三憂”之一（另兩憂爲邊防和河患），多次上疏太祖。朱元璋不允許有人要改變這項政策，甚至加以殺戮。然而他沒有想到，在他剛剛辭世不久，他親立的皇太孫就因此而丟掉了皇位，真是莫大的諷刺。
藩王擁兵自重、分踞一方的形勢成爲建文帝心腹大患，使他常常難以入眠。建文帝知道，雖然自己貴爲天子，但是以朱棣爲首的藩王多是自己的叔叔，正挾重兵虎視眈眈，未必會把自己放在眼中。他還清晰地記得，一次只有燕王和他在的場合，燕王以手拍他的後背，以開玩笑的口吻對他說：“不意兒乃有今日！”這情景恰巧被太祖朱元璋看見了，責問朱棣怎敢如此無禮。建文帝急忙爲朱棣開脫，但心裡卻久久不能平靜，從那時就開始考慮如何處理宗藩問題了。
在改革中的一項重要措施就是削藩，當時的藩王多是朱允炆的叔叔，而且手中都有兵權，他們在自己的藩地爲非作歹，有的甚至摩拳擦掌準備造反，對建文帝造成嚴重威脅。燕王朱棣就是其中最有代表性的一位，當時朱元璋的前三個兒子都已經亡故，朱棣成爲了皇子中的最長者，而且隨著朱棣在對蒙古作戰的過程中不斷壯大，他已經成爲了皇權最大的威脅。
即皇帝位後，建文帝依賴齊泰、黃子澄等人，將削藩付諸實際行動。建文帝削藩的第一個目標就是周王朱橚。建文帝密令李景隆以北上備邊的名義兵臨開封，趁周王毫無準備之際突然將其抓捕，送至京師。建文帝將周王謫遣到“煙瘴之地”的雲南蒙化，後又把他召回京師禁錮起來。爲什麼首先選擇周王呢？周王朱橚，朱元璋的第五子，洪武十一年（1378）封周王，十四年（1381）就藩開封。這次削周王名義上是因爲周王次子告發他“異謀”，其實還有另外一層原因。藩王中以燕王朱棣實力最強、野心最大，建文帝一直以燕王朱棣爲最大的對手，這次削藩的周王是燕王的同母弟，二人皆爲妃所生（在此問題上有異議），關係最爲密切，因此建文帝先廢周王，有去燕王手足的用意。隨後，建文帝又先後廢湘王、齊王、代王、岷王等四王，目標直指燕王朱棣。
在削藩問題上，朝臣本來有著不同的意見。以前軍都督府左斷事高巍和戶部侍郎卓敬爲代表的一些大臣主張採用漢代“推恩”的辦法曲線削藩。他們建議建文帝把藩王的權力分封給藩王所有子孫而不僅僅是嫡長子一人，而且要異地分封，這樣藩王的權力就會逐漸削弱，不會再威脅到朝廷。卓敬更是建議建文帝立即將燕王遷封到南昌，既維護了親情，又削弱了他的力量。建文帝認爲很好，卻沒有去實行。以齊泰、黃子澄爲首的大臣堅決主張削藩，但在具體削藩策略上有所不同。黃子澄認爲燕王實力強大，應該先削弱小的周、齊、代諸王，去燕王的羽翼，待時機成熟再削燕王。齊泰則主張擒賊先擒王，只要先剷除燕王，其他諸王自然無力反抗了?？上У氖?，建文帝聽取了黃子澄的意見。建文帝並未意識到他的行動實際上已經打草驚蛇，燕王朱棣正發展勢力，蓄勢待發，一場大戰迫在眉睫。
可以說建文帝的削藩主要是針對燕王的。但建文帝的決策錯誤害了他，在重大問題的決策上，這是他的第一個錯誤。他並沒有先削燕王，而是先從燕王的同母兄弟周王下手，這樣不僅引起了親王們的岌岌自危，還打草驚蛇，使得燕王加緊做出準備。在建文帝決定對朱棣下手的時候，爲時以晚，燕王朱棣迅速扯起了靖難的大旗。
在最初的戰鬥中朝廷的兵力佔絕對優勢，但由於李景隆的指揮不當，明軍屢遭敗績。由於兵力所限，燕軍佔領的城市都是很快的放棄，因此雙方展開了拉鋸戰。在此期間明軍中涌現出了一批比較優秀的將領，他們的頑強抵抗給朱棣造成了極大的威脅。但是朱允炆的軟弱再一次顯示出來，他的一道聖旨，“我要活的叔父”使得朱棣逃過了多次劫難，建文帝的婦人之仁最終將朝廷推向了深淵。
朱元璋在遺詔中說朱允炆“仁明孝友”，這是爲史家所認同的。