金陵是東林黨的老巢，東林黨人聲勢浩蕩、咄咄逼人的態勢，讓優柔寡斷的史可法頓時舉棋不定。而對史可法來說，他雖然不是東林黨人，但卻是東林黨元老左光斗的門生，他的立場多少都會傾向於東林黨，因爲他擔心，萬一成功登位的朱由崧秋後算賬，說不準自己也會牽連進去。
正當史可法舉棋不定的時候，馬士英找上門來助推了他一把。
馬士英是個五十多歲的武將，字瑤草，貴州貴陽人，萬曆四十七年（公元1619年）進士，歷任金陵戶部主事、郎中、大同知府等職。崇禎三年，遷任山西陽和道副使僅一個月，因以金錢交結朝中權貴，遭鎮守太監彈劾，發配金陵。崇禎十五年，在好友阮大鋮的幫助下得以復出，在金陵任兵部右侍郎兼右僉都御史，總督廬州、鳳陽等處軍務。
有軍界爲他撐腰，史可法底氣硬了不少。他很快便與馬士英沆瀣一氣，將南京兵部右侍郎呂大器、南京都御史張慎言等東林黨人對福王朱由崧的詆譭之辭，向馬士英和盤托出。
“福王在藩期間不忠不孝，恐難主天下。”史可法向馬士英密謀道，“東林黨人還定了他七宗罪，‘不孝、虐下、干預有司、不讀書、貪、淫、酗酒?！！?
史可法所言非虛，在李自成攻陷洛陽的時候，福王朱由菘只顧自己逃命，結果連老爹朱常洵都讓人給煮了。在南逃的路上，他還是隻顧自己逃命，結果親媽走散，下落不明。這樣的人品，不單單是一個不孝就能說明問題的。
於是，南明的皇帝，在史可法和馬士英的操控下，新鮮出爐了，出乎所有人的意料，被認定爲皇上的既非“親而不賢”的福王，也非“賢而不親”的潞王，而是“既親又賢”的桂王朱常瀛。
可是，這樣密謀定下來的皇帝是難以服衆的。這個桂王本身就不佔多少優勢，第一，桂王是朱由檢的叔叔，倫理上還是屬於“舍親立疏”、“侄終叔及”；第二，福王、潞王此時身在淮安，距離南京不過兩三天路程，而桂王遠在廣西，快馬加鞭趕來上任也得一兩個月，地理位置吃了大虧。
不過，這一結果倒是令東林黨人高興了一陣子，在他們看來，當初提議潞王也是不得已，只要不選福王，讓自己不會被秋後算賬，誰做這個皇帝都無所謂。
滿心歡喜的東林黨人開始籌劃派人去廣西迎接桂王登基，金陵表面上一團和氣、皆大歡喜，史可法也以爲大局已定，等著向即將登基的朱常瀛邀功領賞。
史可法高興得太早了，亂世之中，誰掌握了軍權，誰說了纔算。
那麼在金陵是誰掌握了軍權呢？
左良玉，字崑山，臨清人。自從在羅英山被高峻山大敗之後，一蹶不振，被馬士英調往徐州與義軍對峙，目前只有兵馬萬餘人，已經不會有人去注意他的存在。
高傑，字英吾，陝西米脂人。與李自成同邑，同起爲盜，原爲李自成部將，綽號翻山鷂，於崇禎八年降明。與同爲李自成部將的劉良佐兵敗被俘而投降不同，高傑是主動“棄暗投明”的，因爲他捅了婁子——勾搭上了李自成的夫人邢氏。
黃得功，號虎山，明末開原衛人，其先自合肥徙。軍中號黃闖子，爲京營名將，在與義軍的戰爭中，他迫降義軍五營兵，擒馬武，殺王興國，戰功赫赫，升任廬州總兵。
劉良佐，字明輔，山西大同左衛人，李自成的部將，兵敗投降明廷，後參加對義軍的追剿，升任總兵官。
劉澤清，字鶴洲，山東曹縣人，出身行伍，原山東總兵，因調往河南剿匪兵敗，領兵南逃至淮安，沒敢再回山東。
當下能夠左右局勢的就是高傑、黃得功、劉良佐和劉澤清這四位總兵，他們都隸屬於鳳陽總督馬士英。而守備鳳陽的太監盧九德則是朱由菘的老熟人，盧九德在萬曆年間曾在皇宮中服侍過老福王朱常洵，他可是一個力挺朱由菘的太監，他當作朱由菘的面表態，當年自己沒有能力，沒有將你爹扶上馬，這一次本公公有軍隊在手，一定要把你扶上馬。
正當金陵張燈結綵，準備迎接桂王登基時，盧九德開始在武將之間密謀串聯，意圖憑藉武力，強行擁戴福王朱由崧登基。
實力派們一向垂涎於擁戴新主的“定策之功”，從而提高政治地位，奪取朝廷上的話語權。因此盧九德的動議，很快得到高傑、黃得功、劉良佐三大總兵的積極響應。不久，總兵劉澤清，也從東林黨的陣營中倒戈，加入盧九德這邊。
四大總兵紛紛倒戈，最先感到鬱悶的不是史可法，而是鳳陽總督馬士英，因爲這四個總兵名義上都是歸他節制的。一旦部下大功告成，馬士英必然先被架空，再被淘汰，最後的結局是可想而知的。
關鍵時刻，馬士英轉變陣線，站在了支持朱由菘的隊列中，他將史可法與他密談時交出來的“七宗罪”，遞給盧九德作爲加入的投名狀，並向南京守備太監韓贊周提出了擁立福王的倡議。
馬士英有足夠的底氣讓金陵的文臣們就範，他的背後是四大總兵的千軍萬馬，手上還有東林黨人、史可法“詆譭”福王的鐵證。
可伶的史可法被出賣了，而且被出賣得非常慘，他原本的位置是肯定保不住了。
崇禎十七年五月初一，福王朱由崧在馬士英、高傑的武裝護送下抵達金陵，兩天後暫就“監國”（代理皇帝）之位。當然，先任“監國”是羣臣以“太子、皇子下落不明”爲由“據理力爭”的結果。
五月十五日，朱由崧經大臣們反覆“勸進”後，便正式登基，史稱“弘光政權”。
朱由菘一上臺就大封有功之臣，馬士英因“定策”之首功得以入閣，並在事實上代替史可法執掌兵部，任內閣首輔。
黃得功、高傑、劉良佐、劉澤清借“定策之功”，分別封爲靖南侯、興平伯、廣昌伯、東平伯，各領一鎮駐防江北。
這樣，東林黨在金陵的勢力被徹底瓦解。
自知失勢的史可法主動請纓，要求去督師淮揚，朱由菘當然恩準，這樣，史可法就被排除出最高決策層。