出於戰(zhàn)爭(zhēng)形勢(shì)和實(shí)際戰(zhàn)鬥指揮需要，周士相決定組建軍一級(jí)編制。根據(jù)他的要求，軍部將從現(xiàn)有各鎮(zhèn)中選出10個(gè)鎮(zhèn)的精銳合編爲(wèi)5個(gè)軍。每軍下轄兩鎮(zhèn)，一個(gè)爲(wèi)純火器鎮(zhèn)，一個(gè)爲(wèi)步騎合編鎮(zhèn)。各軍實(shí)際定編戰(zhàn)鬥人員210人，非戰(zhàn)鬥人員（後勤、參謀）20。
新組建的軍編制取消衛(wèi)一級(jí)，由伍、隊(duì)、營(yíng)、團(tuán)、旅、鎮(zhèn)六級(jí)構(gòu)成。
一軍之將稱爲(wèi)軍長(zhǎng)，以下爲(wèi)鎮(zhèn)將、旅校、團(tuán)長(zhǎng)、營(yíng)官、隊(duì)正、伍長(zhǎng)。軍長(zhǎng)爲(wèi)都指揮銜（正二品），鎮(zhèn)將爲(wèi)指揮使銜（正三品），旅校爲(wèi)指揮同知銜（正四品）、團(tuán)長(zhǎng)爲(wèi)千戶銜（正五品）、營(yíng)官爲(wèi)百戶銜（正六品）、隊(duì)正爲(wèi)總旗銜（正七品）、伍長(zhǎng)爲(wèi)總旗銜（正八品）。
各軍仍編安軍使，軍一級(jí)安軍使稱總鎮(zhèn)，指揮使銜（正三品），鎮(zhèn)以下各級(jí)安軍使依等降級(jí)，鎮(zhèn)安軍使?fàn)?wèi)指揮同知銜（正四品），旅一級(jí)爲(wèi)指揮僉事銜（從四品），團(tuán)一級(jí)千戶銜（正五品）、營(yíng)一級(jí)百戶銜，隊(duì)一級(jí)爲(wèi)總旗銜。伍一級(jí)不設(shè)安軍使。
除正式確定各級(jí)指揮和安軍使的職秩品級(jí)外，新建的軍編制設(shè)參謀部，部之長(zhǎng)官稱參謀長(zhǎng)，職銜略低軍長(zhǎng)和總鎮(zhèn)，爲(wèi)從三品銜，負(fù)責(zé)一軍日常訓(xùn)練和戰(zhàn)鬥指揮及情報(bào)蒐集判斷、軍令文書等事。
軍參謀部下轄?wèi)?zhàn)鬥工兵（營(yíng)編制）、傳令特務(wù)兵（隊(duì)編制）、作戰(zhàn)參謀室（團(tuán)編制）三個(gè)機(jī)構(gòu)。
除新設(shè)參謀部外，軍一級(jí)增設(shè)後勤司，司之長(zhǎng)官稱輜重官，銜定從四品的指揮僉事，下轄一個(gè)負(fù)責(zé)糧草輜重的運(yùn)輸營(yíng)。除與軍部直接交接糧草軍餉事誼外，輜重官還要負(fù)責(zé)和地方對(duì)接，如軍營(yíng)安置、地方交道等事。
除增設(shè)參謀部、後勤司、取消衛(wèi)一級(jí)編制外，各軍訓(xùn)練和號(hào)令方面仍如從前。士兵仍分銳兵（老卒善戰(zhàn)者）、選兵（新入軍者），如需補(bǔ)充，則由在鄉(xiāng)保安隊(duì)挑選（備兵）。戰(zhàn)功評(píng)定和晉升方面，暫不變動(dòng)。
新建的這五個(gè)軍將是太平軍的五大主力，戰(zhàn)鬥在最前，補(bǔ)充也是最優(yōu)。在軍部提交的方案上，周士相第一次以公文形式明確了士兵退伍安置辦法。此辦法規(guī)定，士兵在軍中服役滿三年後，若未能晉升軍官，則給予退役轉(zhuǎn)鄉(xiāng)安置。
因目前太平軍治下還沒有大規(guī)模的工業(yè)誕生，即周士相前世所知的國(guó)營(yíng)企業(yè)，故而無法提供足夠的工作崗位給這些退伍士兵，因此退伍兵的安置暫時(shí)只有縣鄉(xiāng)村的保安隊(duì)和鄉(xiāng)村一級(jí)政權(quán)的管理崗位可以接收落實(shí)。
除了安置外，士兵從軍中退伍後，可以一次性領(lǐng)取相當(dāng)於白銀一百五十兩的糧票，並且在地方有一定話語(yǔ)權(quán)，再結(jié)合其入伍後家庭可以得到的軍屬優(yōu)待，意味著從今往後，士兵不再是單純消耗的炮灰，而是一個(gè)可以提高改善家庭生活條件的好“工作”。前提是，能夠活下來。當(dāng)然，如果不幸戰(zhàn)死，其家屬也可以得到一筆數(shù)目不小的撫卹金。但，再多的錢都沒有活著重要。
在一條條新建軍的組建條例中，有一條格外的顯眼，也格外的讓人動(dòng)心。這一條便是士兵除了以戰(zhàn)功晉升外，還可以通過考取太平軍開辦的武備學(xué)堂轉(zhuǎn)爲(wèi)軍官。
士兵退伍後，因爲(wèi)學(xué)識(shí)有限，大多隻能安置在鄉(xiāng)村，但軍官若是退役，則可以在各級(jí)官府任職。如旅校如果退役，可以擔(dān)任知府，總旗可以擔(dān)任縣令，不過在此之前，他們必須先在相關(guān)衙門歷練一至三年，通過吏部的考覈後方能實(shí)任。
這一條是周士相給自己部下在朝堂上開的一個(gè)後門，因爲(wèi)經(jīng)過三大案、江南暴亂及南都正在發(fā)生的事情，他已經(jīng)清楚認(rèn)識(shí)到這個(gè)時(shí)代的讀書人大半是不可能爲(wèi)他所用，所以他將過往對(duì)讀書人的幻想徹底放下，轉(zhuǎn)而開始全心全力打造扶持完全聽命於自己的新官僚。
什麼人和自己榮辱與共，什麼人知道人活著最需要什麼，什麼人最能知道韃虜?shù)目膳拢颤N人才能毫不遲疑的支持自己，無疑，周士相認(rèn)爲(wèi)的答案只有一個(gè)，那就是他麾下的太平軍將士們。
雖然，大量的退役軍官充實(shí)到地方大小衙門，會(huì)引起相當(dāng)長(zhǎng)時(shí)間的政務(wù)混亂，致使官府運(yùn)作效率變得低下。畢竟，軍官們習(xí)慣了帶兵殺敵，習(xí)慣了在死人堆裡打滾，心性上也不將人命不當(dāng)一回事。並且軍官的性格普遍暴躁，做事武斷，和官場(chǎng)上的老油條比，缺乏經(jīng)驗(yàn)，缺少圓通，有些事情由他們辦的話，恐怕效果會(huì)適得其反。但周士相仍是毅無反顧的決定推行此辦法，他也做好了面對(duì)麻煩的準(zhǔn)備。
長(zhǎng)痛不如短痛，只有將從上到下的軍政體系都完全掌握在手中，只有上至內(nèi)閣下至小吏都能以自己的理念爲(wèi)核心，並且堅(jiān)決落實(shí)貫徹，周士相方有可能推動(dòng)大明這輛已經(jīng)殘破的馬車往前進(jìn)。
只是，周士相卻沒有想到，當(dāng)?shù)谝慌艘圮姽龠M(jìn)入各大小衙門“聽政”後，報(bào)名參加太平軍的讀書人卻一下多了起來，考武備學(xué)堂成了比考科舉還要熱門的所在。
千年以來，中國(guó)的讀書人們還是第一次發(fā)現(xiàn)，報(bào)名參軍除了可以在戰(zhàn)場(chǎng)上殺敵立功做萬戶侯外，竟然還能通過考軍校做到從前寒窗苦讀，科舉路上千軍萬馬過求而不得的仕途之路。
當(dāng)官，也不一定非要讀聖賢書，只要識(shí)字，武備學(xué)堂同樣能讓讀書人當(dāng)官。
周士相大刀闊斧的批判舊儒學(xué)，結(jié)果最後，他發(fā)現(xiàn)其實(shí)不需要?dú)⑻嗳耍恍枰欢▽⒖桌隙赳g臭，從神壇上扒下，讀書人只要在軍中走了一圈後，就會(huì)自動(dòng)的替他駁斥腐朽的儒家思想。這一切，只因“利益”二字。
新編的五個(gè)軍，分別定名新一軍、新二軍、新三軍、新四軍、新五軍。
定編新軍方案還沒有徹底出臺(tái)時(shí)，軍部的人就管這即將組建的五個(gè)軍爲(wèi)太平軍的五大主力。誰要是成爲(wèi)五大主力，那無疑是極有臉面，也極有好處的事。沒有人懷疑，齊王殿下會(huì)不偏心五大主力；也沒人懷疑，未來的戰(zhàn)事恐怕都將由五大主力承擔(dān)。只要成爲(wèi)五大主力，不但待遇好，各式新式武器最先補(bǔ)充，建功立業(yè)的機(jī)會(huì)也比平常部隊(duì)要多得多。
成爲(wèi)五大主力之一，從消息傳出去後，就成了各地太平軍將領(lǐng)最熱衷的事。
而五大主力之首的新一軍，據(jù)說會(huì)成爲(wèi)大帥的近衛(wèi)軍，這讓一些將領(lǐng)更是坐不住，能抽得開身去鎮(zhèn)江的都去了，實(shí)在抽不開的也想辦法派人去鎮(zhèn)江活動(dòng)。能當(dāng)五大主力更好，但是能當(dāng)五大主力之首，那就是好上加好了的！
“只要當(dāng)了新一軍，不怕韃子百萬軍”這句話，不知怎麼就流傳了開來。