朱載坖雖然說既往不咎，但也不能任由這些軍官仍在其位。
九邊之地，從薊鎮開始，一個鎮一個鎮的整頓。而這些軍鎮的武官，也分批調入京中的大明皇家軍事書院學習。
朱載坖自己就是這軍事書院的山長，是採取了後世蔣委員長的故智，而這些軍鎮武官，也成了天子門生。
這些驕兵悍將，在外面坐鎮一方，但到了朱載坖的面前，無論長幼都是大氣也不敢喘一口。老老實實的讀書，用握刀的姿勢握著毛筆寫作業。
敢有一個不聽話的，朱載坖有得是辦法收拾他們。
讀書識字，是朱載坖對這些原有武官最低要求。凡是不能自己寫公文的，一律免費再學，什麼時候學會，什麼時候畢業。
既然讓這些武官讀書識字了，那首要的任務便是忠君愛國的教育。劉教諭如今今非昔比，爲大明皇家格物書院的和皇家航海學院的山長，受朱載坖之命，專門組織人手編寫此類教材。
都是撿選當年的岳飛、郭子儀，以及大明開國的徐達、常遇春等忠君名將事蹟編寫而成。爲此，還專門開設了一門《將德》的課程。顧名思義，就是爲將的職責和義務，保家是如何做，爲國是如何實現，忠於君上是如何必要及其與國家穩定發展的關係。
另外朱載坖也將當初練兵的小冊子取了出來，著沈一貫的活字印刷廠印成書，發到軍事書院充作教材。使天下練兵，都如一體，即使將不知兵，兵不知將，也可即時任命便能出戰。
另外朱載坖下旨，命戚繼光與俞大猷回京述職。
兩人入宮見到朱載坖，只覺得朱載坖雖然年輕，卻不復初見之時的跳脫。朱載坖的一舉一動，在兩人的眼中，都有些高深莫測。之前的關外一戰，已經讓他們兩人知道，朱載坖對於這天下的掌握和了解，遠在他人之上。當然，朱載坖還是那樣，只是他們的感覺已經不同了。
“兩位卿家免禮?！敝燧d坖看著這兩人，“朕知你們二人屢戰於東南倭寇皆有名將之姿，才親自點名，使你們二人鏖戰於關外。如今功成，便可提拔任用。”
俞大猷和戚繼光連忙躬身道：“陛下知遇之恩，我等沒齒難忘?！?
兩人心中同時都想到，果然是這樣，關外一戰的功勞，都是送到他們手中的。
朱載坖點點頭道：“我打算委任你們兩人，作爲大明皇家書院的副山長。將大明皇家書院裡的軍將們，都好好的教一教。這些傢伙，除了掄刀光膀子，只知道在戰陣上瞪著眼亂衝亂撞。勇力雖然也有可取之處，但他們身爲將領，也不能只知道衝鋒在前。我召你們二人回京，就是要教一教他們兵法戰陣?！?
俞大猷本身，年輕時就曾在邊鎮與當年的宣大總督談過兵法戰陣之道，雖然折服了那位宣大總督，卻並沒受到重用。後來在東南抗倭，才展露出帶兵作戰的才能。
而戚繼光則是世襲的衛所指揮，十幾歲就曾與倭寇交過手，其後更是立下‘封候非我意，但願海波平’的誓願。雖然現在才三十歲，但也算是一員征戰的老將。更難得的是，戚繼光勤學好問，肯用心鑽研兵書，是個技術型人才。
以這兩人作爲皇家軍事書院的副山長，才能是足夠用的。
另外，還有巡查薊鎮，發現大批逃兵問題的唐順之，也被朱載坖任命爲兵部侍郎，兼軍鎮巡查使，使之巡察九邊軍鎮。如有再發現問題者，直接向監察司發文即可。
如此一來，北方九邊的軍鎮爲之煥然一新。那些原有的武官都被弄到京中上學，邊鎮的事務便交由京營武官監督整頓。再改變軍制就沒了武官串聯的可能，如此也就沒有大亂子發生。
而且這些邊鎮的衛所，朱載坖也都將軍戶遷出關外，分發土地使其耕種。
有些不適合的耕種的地區，朱載坖則是命其開設礦場，或是辦成作坊?？傊褪亲屗麄兗饶茏允称淞Γ质蛊涑蔂懝と酥械囊粏T。這也爲朱載坖想要將大明由農耕經濟轉變爲商品經濟，創造了一點點前提條件。
不要覺得這麼多人都搞作坊，生產的東西賣不出去。這些衛所裁撤下來老弱並沒想象的那麼多，更多的人是願意去種地的。
這些作坊所生產的貨物，只一個裕成超市便可消化的差不多。
雖然事情看上去就是個改變軍制，但是其中的瑣事多不勝數。楊博帶著兵部官員，在其他各部官員的配合之下，到了年底之時，纔將九邊軍鎮改的差不多。
其中每一鎮精簡下來，不過三萬餘人，九邊加到一起，不到三十萬人。雖然兵員人數大大減少，但是也正在換裝之中，逐漸裝備掣電銃與火炮，使之成爲強兵，這戰力的提升可不是一點半點。
九邊的武官都培訓完畢，朱載坖便又開始整頓大明境內腹地各布政使司的衛所，命其武官入京學習。並派京營武官去各衛所接任，並整頓衛所，交接屯田於地方，並開始移民。
如此大的動作，朱載坖根本就不和朝堂上的衆臣們商議。只是命兵部與戶部相配合，勿使混亂。
這個時候的朱載坖，在朝在野都是威望無兩，有事完全可以一言而決。
但是他自己知道，之所以會這樣，是因爲自己通過納東番島而開海，和九邊軍事勝利和拓地千里，還有實實在在增加的稅收而建立的。
但是現在還不行，這個改變整個社會生產關係和結構的基礎，還沒能打好。若是朱載坖軟弱一些，以大明強大的封建勢力，輕易的便可將之前所付出的努力毀掉。什麼商品經濟，統統都完蛋?；实壑荒茏ъ秾m中，想做點什麼都不會順利。
遠不如現在，朱載坖只負責發佈命令，而下面的臣子都負責執行更有效率。若是出了亂子，將朱載坖的命令弄的錯了，那板子是一定要挨的。
而且朱載坖從頭到尾，都沒有動這些士大夫們的利益，他只是整頓軍務，先將兵權死死抓在手中。這就是一根長長的繩索，等打好了繩結才知道，這是勒在了誰的脖子上。