政變發(fā)生時(shí)高祖正在宮內(nèi)的海池上劃船，李世民讓尉遲恭入宮擔(dān)任警衛(wèi)。尉遲恭身披鎧甲，手握長(zhǎng)予，徑直來(lái)到高祖所在的船上。
高祖大驚，問(wèn)道：“今日作亂的人是誰(shuí)？愛(ài)卿到此做什麼？”
尉遲恭回答道：“秦王因爲(wèi)太子和齊王作亂，起兵誅殺了他們。秦王殿下?lián)捏@動(dòng)陛下，故派臣擔(dān)任警衛(wèi)。”
高祖對(duì)裴寂等人說(shuō)：“不料今天竟然會(huì)出現(xiàn)這種事情，你們認(rèn)爲(wèi)應(yīng)當(dāng)怎麼辦呢？”
蕭瑀和陳叔達(dá)說(shuō)：“建成與元吉本來(lái)就沒(méi)有參與舉義兵反抗隋朝的謀略，又沒(méi)有爲(wèi)天下立下功勞。
他們嫉妒秦王功勞大，威望高，便一起策劃奸邪的陰謀。現(xiàn)在，秦王已經(jīng)聲討並誅殺了他們，秦王功蓋宇宙，天下歸心，陛下如果能夠決定立他爲(wèi)太子，將國(guó)家大事委託於他，就不會(huì)再生事端了。”
高祖說(shuō)：“好！這正是我素來(lái)的心願(yuàn)啊。”當(dāng)時(shí)，宿衛(wèi)軍和秦王府的兵馬與東宮和齊王府的親信交戰(zhàn)還沒(méi)有停止，尉遲恭請(qǐng)求高祖頒佈親筆敕令，命令各軍一律接受秦王的處置，高祖聽(tīng)從了他的建議。
天策府司馬宇文士及從東上閣門(mén)出來(lái)宣佈敕令，衆(zhòng)人便這樣安定下來(lái)了。高祖又讓黃門(mén)侍郎裴寂前往東宮開(kāi)導(dǎo)原李建成麾下的諸將士，將士們便都棄職而散。
於是，高祖召世民前來(lái)，撫慰他說(shuō)：“近些日子以來(lái)，我?guī)缀醍a(chǎn)生了投杼的疑惑。”世民跪了下來(lái)，伏在高祖的胸前，號(hào)啕大哭良久。
李建成的兒子安陸王李承道、河?xùn)|王李承德、武安王李承訓(xùn)、汝南王李承明、鉅鹿王李承義，李元吉的兒子樑郡王李承業(yè)、漁陽(yáng)王李承鸞、普安王李承獎(jiǎng)、江夏王李承裕、義陽(yáng)王李承度等幼兒都被殘忍殺害，還在宗室的名冊(cè)上刪除他們的名字。
傳說(shuō)李世民恐懼兄弟的鬼魂前來(lái)索命，於是派尉遲恭與秦瓊擔(dān)任門(mén)前守衛(wèi)，但後來(lái)因兩人年老，無(wú)法長(zhǎng)期擔(dān)任，只好轉(zhuǎn)繪製兩人的畫(huà)像掛在門(mén)口，成爲(wèi)後世門(mén)神的由來(lái)。
原東宮和齊王府的女眷則全部沒(méi)入宮中，後來(lái)成爲(wèi)李世民的後宮組成部分，其中較著名的是原來(lái)李元吉的妻子楊氏，李元吉死後被李世民納爲(wèi)妾，但沒(méi)有正式封號(hào)，宮中呼爲(wèi)“巢剌王妃”，是長(zhǎng)孫皇后去世以後唯一一個(gè)生下子女的嬪妃。
這也是李世民爲(wèi)部分學(xué)者所詬病的原因，認(rèn)爲(wèi)他霸佔(zhàn)弟媳，有悖倫常。
不過(guò)也有學(xué)者認(rèn)爲(wèi)李唐皇室本就有北方少數(shù)民族血統(tǒng)，較中原漢族更爲(wèi)開(kāi)放，兄納弟媳很正常，他們的思想中混亂的概念較爲(wèi)淡薄。
秦王府諸將領(lǐng)準(zhǔn)備將李建成和李元吉的一百多名親信全部誅殺，並將他們的家產(chǎn)沒(méi)收官府，尉遲恭再三爭(zhēng)辯說(shuō)：“罪孽都是兩個(gè)元兇所犯，而他們已經(jīng)伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，就不是謀求安定的做法了！”
於是諸將領(lǐng)停止了追殺。當(dāng)天，高祖頒佈詔書(shū)赦天下，叛逆的罪名只加給李建成和李元吉二人，對(duì)其餘的黨羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都應(yīng)當(dāng)依照原先頒佈的詔令處理。國(guó)家的各項(xiàng)事務(wù)，都任憑秦王處置。
武德九年（626年）7月5日，高祖立秦王李世民爲(wèi)皇太子，又頒佈詔書(shū)：“從今天起，軍隊(duì)和國(guó)家的各項(xiàng)事務(wù)，無(wú)論大小，全部委託太子處理和決定，然後再報(bào)告給朕。”
盡棄前嫌
政變後的第一天，即武德九年六月初五辛酉日（626年7月3日），馮立和謝叔方都自動(dòng)出來(lái)負(fù)罪。薛萬(wàn)徹躲起來(lái)以後，李世民多次讓人明示他，於是他也出來(lái)了。李世民感慨地說(shuō)：“這些人都能夠忠於自己所事奉的人，是義士啊”！便赦免了他們。
武德九年（626年）7月10日，高祖任命政變功臣宇文士及爲(wèi)太子詹事，長(zhǎng)孫無(wú)忌與杜如晦爲(wèi)左庶子，高士廉與房玄齡爲(wèi)右庶子，尉遲恭爲(wèi)左衛(wèi)率，程知節(jié)爲(wèi)右衛(wèi)率，秦王府舊臣虞世南爲(wèi)中舍人，褚亮爲(wèi)舍人，姚思廉爲(wèi)太子洗馬，論及政變的功勞，以長(zhǎng)孫無(wú)忌和尉遲恭爲(wèi)第一，分別賜絹一萬(wàn)匹。
高祖還特別嘉獎(jiǎng)尉遲恭，慰勞他說(shuō)：“愛(ài)卿對(duì)於國(guó)家來(lái)說(shuō)有安定社稷的功勞。”於是把齊王國(guó)司的金銀布帛器物全部賞賜給了尉遲恭。
玄武門(mén)之變後歸順李世民的魏徵
當(dāng)初，太子洗馬魏徵經(jīng)常勸說(shuō)太子李建成及早除去秦王。建成敗亡後，世民傳召魏徵，問(wèn)道：“你爲(wèi)什麼挑撥我們兄弟的關(guān)係呢？”
大家都爲(wèi)魏徵擔(dān)驚受怕，魏徵卻舉止如常地回答道：“如果已故的太子早些聽(tīng)從我的進(jìn)言，肯定不會(huì)有今天的禍?zhǔn)隆！?
李世民素來(lái)器重他的才能，便改變了原來(lái)的態(tài)度，對(duì)他以禮相待，引薦他擔(dān)任詹事主薄。李世民還將王圭和韋挺從巂州（治所在今四川西昌）召回，兩人和魏徵一起都擔(dān)任了諫議大夫。
任命政變功臣屈突通爲(wèi)陝東道行臺(tái)左僕射，鎮(zhèn)守洛陽(yáng)。
武德九年（626年）7月31日，以秦王府護(hù)軍秦瓊爲(wèi)左武衛(wèi)大將軍，又以程知節(jié)爲(wèi)右武衛(wèi)大將軍，尉遲恭爲(wèi)右武候大將軍。
武德九年（626年）8月3日，以高士廉爲(wèi)侍中（相當(dāng)於宰相），房玄齡爲(wèi)中書(shū)令（亦相當(dāng)於宰相），蕭瑀爲(wèi)左僕射（亦相當(dāng)於宰相），長(zhǎng)孫無(wú)忌爲(wèi)吏部尚書(shū)，杜如晦爲(wèi)兵部尚書(shū)。
武德九年（626年）8月4日，以宇文士及爲(wèi)中書(shū)令，封德彝爲(wèi)右僕射（亦相當(dāng)於宰相）；又以前天策府兵曹參軍杜淹爲(wèi)御史大夫，前任中書(shū)舍人顏師古、劉林甫爲(wèi)中書(shū)侍郎，左衛(wèi)副率侯君集爲(wèi)左衛(wèi)將軍，左虞候段志玄爲(wèi)驍衛(wèi)將軍，副護(hù)軍薛萬(wàn)徹爲(wèi)右領(lǐng)軍將軍，右內(nèi)副率張公謹(jǐn)爲(wèi)左武候?qū)④姡冶O(jiān)門(mén)率長(zhǎng)孫安業(yè)爲(wèi)右監(jiān)門(mén)將軍，右內(nèi)副率李客師爲(wèi)領(lǐng)左右軍將軍。
至此，李世民集團(tuán)成員和支持李世民的官員控制了國(guó)家的要害部門(mén)和職位，完全掌握了全國(guó)軍政大權(quán)。
太子李建成和齊王李元吉的餘黨流散逃亡到民間，雖然朝廷連續(xù)頒佈赦免令，他們?nèi)匀桓械絻?nèi)心不安，圖謀僥倖獲利的人爭(zhēng)相告發(fā)捕捉他們，以此邀功請(qǐng)賞。諫議大夫王圭將這種情況告訴了太子世民。
武德九年（626年）8月7日，李世民頒佈太子令：“六月四日玄武門(mén)之變以前與東宮和齊王府有牽連的人、六月十七日以前與李瑗謀反 有牽連的人，一概不允許相互告發(fā)，對(duì)違反規(guī)定的人以誣告罪論處。”
武德九年（626年）8月8日，朝廷派遣諫議大夫魏徵安撫崤山以東地區(qū)，允許他見(jiàn)機(jī)行事。 [126] 魏徵來(lái)到磁州的時(shí)候，遇到州縣枷送前任太子千牛李志安、齊王護(hù)軍李思行前往京城。
魏徵說(shuō)：“我奉命出使的時(shí)候，對(duì)原來(lái)的東宮與齊王府的屬官已經(jīng)一概赦免，不予追究。現(xiàn)在又押送李思行等人，那麼誰(shuí)會(huì)不對(duì)赦令產(chǎn)生懷疑呢！雖然朝廷爲(wèi)此派遣了特使，又有誰(shuí)會(huì)相信他呢！我不能夠因顧慮自身遭受嫌疑，便不爲(wèi)國(guó)家考慮。何況我既然被視爲(wèi)國(guó)中才能出衆(zhòng)的人士而受到禮遇，怎敢不以國(guó)中才能出衆(zhòng)人士的本色來(lái)報(bào)答太子呢！”於是，他將李志安等人一律釋放。太子李世民得知此事後甚爲(wèi)高興。
李世民即位後，於貞觀十七年二月廿八戊申日（643年3月23日）下令將宮廷畫(huà)師閻立本所畫(huà)的輔佐他平定天下，安邦治國(guó)的二十四位功臣的畫(huà)像懸掛於宮中凌煙閣之上， 世稱(chēng)這二十四位功臣爲(wèi)“凌煙閣二十四功臣”，其中大部分功臣都參與了“玄武門(mén)之變”的謀劃，在政變前就屬於世民一黨或支持世民一黨，也有如魏徵這樣原太子建成一黨、後來(lái)爲(wèi)太宗所用的能臣。