《大秦秘史》是一部大男主文，大秦國(guó)先帝與其皇后伉儷情深，先帝不惜代價(jià)廢了後宮，獨(dú)寵皇后。
朝陽(yáng)公主是先帝和先皇后的長(zhǎng)女，大秦尊貴的長(zhǎng)公主，從小被嬌寵，性情活潑任性，從小和太子也就是男主秦君屹學(xué)習(xí)權(quán)謀，還偷溜出宮和將軍學(xué)武，一來(lái)二去倒是和小將軍兩小無(wú)猜。
直到北翼來(lái)犯，西越暗中幫助，先帝御駕親征，戰(zhàn)死沙場(chǎng)，先皇后殉情，小太子登基，邊境戰(zhàn)事未平，朝堂之上派系分明，保皇黨式微，小皇帝又年幼。一時(shí)之間，大秦實(shí)力大退，內(nèi)憂外患。
朝陽(yáng)公主褪去了頑劣，強(qiáng)勢(shì)入了朝堂給幼弟掃平障礙，昔日活潑的長(zhǎng)公主也才十六歲啊，臉上再?zèng)]了笑容。
老將軍戰(zhàn)死，朝中無(wú)可用之將，朝陽(yáng)公主差點(diǎn)掛帥出征，小將軍卻主動(dòng)請(qǐng)纓。
小將軍出征前夕，兩人互訴衷腸，約定局勢(shì)穩(wěn)定就在一起。
小將軍一路北下，北翼節(jié)節(jié)敗退，西越見(jiàn)勢(shì)不妙早就退出戰(zhàn)爭(zhēng)，明哲保身。
小將軍要拿下北翼當(dāng)做聘禮，他的姑娘配得上最好的。
小將軍征戰(zhàn)的這三年朝堂保持著一種微妙的平衡，丞相爲(wèi)首的激進(jìn)派忍不住了，以幼帝的安全威脅朝陽(yáng)公主，朝陽(yáng)公主被迫和親。
可這般女子，恐對(duì)大秦不利，丞相等人合謀要在和親途中殺害朝陽(yáng)。
那日，十九歲的朝陽(yáng)公主和九歲的小皇帝說(shuō)：“小屹，阿姐再也不能護(hù)著你了，要快點(diǎn)成長(zhǎng)起來(lái)啊?！背?yáng)一改往日的嚴(yán)厲，眼裡滿是慈愛(ài)不捨。自此一別，怕是陰陽(yáng)兩隔了，朝陽(yáng)何其聰明，自然明白那羣人不可能讓她活著。
朝陽(yáng)留在宮裡的人僅剩一個(gè)李公公了，從此以後小皇帝就是孤身一人了，丞相想挾天子以令諸侯，把小皇帝架空，小皇帝沒(méi)了阿姐以後迅速成長(zhǎng)，從之前在阿姐身後到獨(dú)當(dāng)一面，他隱忍了九年。
他爲(wèi)阿姐報(bào)了仇，和小將軍一起，小將軍拿下北翼回到大秦聽(tīng)到了什麼，他的姑娘沒(méi)了，那他該怎麼辦，對(duì)了，他要守護(hù)好大秦，幫助小皇帝，爲(wèi)她報(bào)仇。
小將軍一夜白頭，卻愈發(fā)狠厲，沒(méi)了朝陽(yáng)，他不過(guò)行屍走肉。
他們的勝利也離不開(kāi)女主宋硯，宋硯一家忠臣，卻被滿門(mén)抄斬，女扮男裝入朝堂，只爲(wèi)替家人翻案，卻捲入了更大的漩渦，她遇見(jiàn)了更大的陰謀。
再三斟酌，她加入了小皇帝的陣營(yíng)，她知朝堂之上一步錯(cuò)，步步錯(cuò)，丞相雖是她的仇人，但他太過(guò)強(qiáng)大，原本只想翻案，深入朝堂才知難如登天，她賭一次。
小皇帝韜光養(yǎng)晦，麻痹敵人，九年來(lái)端的是不學(xué)無(wú)數(shù)，沉迷女色，甚至爲(wèi)了迷惑敵人出口侮辱阿姐，夜裡卻抱著朝陽(yáng)公主的遺物哭泣。連李公公都騙過(guò)了，李公公恨鐵不成鋼，當(dāng)著衆(zhòng)臣的面都敢打皇帝，大罵昏君，說(shuō)他對(duì)不起朝陽(yáng)公主，小皇帝心如刀割，阿姐，是他害死的啊，他卻因爲(wèi)局勢(shì)連給阿姐下葬都不能。
小將軍在朝堂上到處樹(shù)敵，爲(wèi)其分散戰(zhàn)火。
宋硯則八面玲瓏，與誰(shuí)都交好，收集證據(jù)。
九年後朝堂肅清，丞相下臺(tái)，小皇帝立宋硯爲(wèi)後，happy ending。
朝陽(yáng)公主被追封爲(wèi)秦王，以軍禮下葬。
以國(guó)號(hào)爲(wèi)封號(hào)，無(wú)人有異議，朝陽(yáng)公主她擔(dān)得起，百姓無(wú)不惋惜，小將軍在朝陽(yáng)公主下葬的那天服毒自盡，小皇帝聽(tīng)了此事紅了眼眶，封其爲(wèi)鎮(zhèn)國(guó)將軍，爲(wèi)兩人賜婚合葬。
他的阿姐，本該是世間最幸福的女子啊，本該無(wú)憂無(wú)慮的長(zhǎng)大，然後嫁給深愛(ài)的將軍。
後來(lái)，秦君屹和宋硯生了一對(duì)雙胞胎，兒子取名秦衍，女兒取名秦朝陽(yáng)，希望她能替朝陽(yáng)無(wú)憂無(wú)慮一回。她走的時(shí)候才十九歲啊。
宋硯雖沒(méi)見(jiàn)過(guò)朝陽(yáng)，但她對(duì)這個(gè)未曾謀面的姐姐很是欽佩，沒(méi)有她，也就沒(méi)有如今的大秦。
無(wú)憂公主那是打小被寵到大的，和朝陽(yáng)公主小的時(shí)候一模一樣，和朝陽(yáng)不同的是她一直如此，後來(lái)嫁給了成安侯世子，也是被寵上天，夫妻和睦，一世無(wú)憂。
後來(lái)無(wú)論哪朝哪代，封號(hào)朝陽(yáng)的女子，無(wú)不是對(duì)國(guó)家有巨大貢獻(xiàn)的女子。
秦朝出現(xiàn)了朝陽(yáng)公主和宋硯這麼兩個(gè)奇女子，女性地位上升，女子也可參加科舉考試入朝爲(wèi)官。
宋硯和秦君屹的夫妻情深，朝陽(yáng)公主和小將軍的生死相許，也影響著人們都愛(ài)情觀，自那以後，一夫一妻制流行，婚姻也逐漸不再是父母之命媒妁之言。
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這就是大秦的故事