宦官田令孜因陪同唐僖宗出走蜀地，因而受到恩寵，他逼走都統(tǒng)王鐸，也奏請(qǐng)罷免副都統(tǒng)崔安潛，讓崔安潛轉(zhuǎn)任爲(wèi)東都留守。
田令孜又拉攏身邊的人和大臣們，散發(fā)家中資財(cái)犒賞有功的官軍，實(shí)際上是在暗中鼓動(dòng)宰相及藩鎮(zhèn)上奏推薦他擔(dān)任要職。在衆(zhòng)人的舉薦下，唐僖宗果然任命田令孜爲(wèi)神策十軍兼南牙十二衛(wèi)觀(guān)軍容使，他因此掌握了禁軍的大權(quán)。
罷免了王鐸的都統(tǒng)之職，圍剿農(nóng)民軍的重任就落在李克用的身上。
883年二月十五日，李克用行使行營(yíng)都統(tǒng)之職，率沙陀軍進(jìn)駐到大荔縣西南的乾坑(阬)，與河中軍的王重榮、忠武軍的周岌、易定軍的王處存等軍隊(duì)集結(jié)在此。
朝廷的官軍還不止這些，還有同州的朱溫、邠寧節(jié)度使朱玫、鳳翔行營(yíng)招討使李昌言、延州刺史李孝恭、鄜坊節(jié)度留後東方逵（保大軍）、陝州觀(guān)察使王重盈等軍隊(duì)，也駐紮在長(zhǎng)安四周。
而黃巢的一部分主力軍駐紮在華縣西三十里的樑田陂，與乾坑相距並不遠(yuǎn)，雙方都虎視眈眈，大戰(zhàn)一觸即發(fā)。
兩軍都厲兵秣馬，積極備戰(zhàn)。黃巢也做了部署，他派趙璋、尚讓帶領(lǐng)一支軍駐紮在樑田陂的右邊，王璠、林言帶領(lǐng)一支軍駐紮在樑田陂的左邊，準(zhǔn)備與唐軍決一死戰(zhàn)。
李克用到達(dá)乾坑的第二天（二月十六日），雙方立即展開(kāi)大戰(zhàn)，官軍分成很多營(yíng)，以人數(shù)優(yōu)勢(shì)分割包抄農(nóng)民軍。農(nóng)民軍左衝右突，尋找官軍的薄弱環(huán)節(jié)攻擊，兩軍你來(lái)我往，在混戰(zhàn)中從一個(gè)大戰(zhàn)場(chǎng)形成了很多小戰(zhàn)場(chǎng)，但官軍還是佔(zhàn)了優(yōu)勢(shì)。
這場(chǎng)大戰(zhàn)從中午一直持續(xù)到傍晚，最終，在李克用沙陀騎兵的衝擊下，農(nóng)民軍遭受慘敗，全面潰退，被殺和被俘的農(nóng)民軍達(dá)五萬(wàn)人，雙方軍士的屍體丟棄在三十里長(zhǎng)的道路上。
黃巢並沒(méi)有灰心，隨後，他又派大將王播、黃思鄴、黃揆襲擊華州，華州刺史王遇知道不是對(duì)手，於是棄城逃跑，黃揆等又佔(zhàn)領(lǐng)華州。
華州是長(zhǎng)安的東大門(mén)，地位向來(lái)重要，李克用豈肯放棄。二月二十七日，李克用率軍圍攻華州，黃思鄴、黃揆據(jù)城堅(jiān)守，頑強(qiáng)抵抗，同時(shí)派人向黃巢請(qǐng)求增援。
李克用一方面圍困華州，又分出一支騎兵屯駐在渭水河以北。
這時(shí)的華州，幾乎是黃巢大齊政權(quán)除長(zhǎng)安城之外唯一控制的城鎮(zhèn)，必須要去救。除此之外，而黃巢也不得不思考更遠(yuǎn)的問(wèn)題。
“尚丞相，李賊勢(shì)力強(qiáng)大，我大齊軍隊(duì)常受挫折，現(xiàn)在糧草也缺乏，如此下去，長(zhǎng)安城難以守住啊!”黃巢對(duì)尚讓說(shuō)道。
“陛下，我軍已多次絕處逢生，自古天無(wú)絕人之路，吉人自有天相，我們還有二十餘萬(wàn)軍隊(duì)，需要從長(zhǎng)計(jì)議，就算丟棄長(zhǎng)安，我們也可以另謀他處，官軍的威勢(shì)只是暫時(shí)的。”尚讓回答說(shuō)。
此時(shí)，黃巢的腦海中已經(jīng)在思考來(lái)時(shí)走過(guò)的路了，他決定先下手爲(wèi)強(qiáng)，做最壞的打算。黃巢派遣三萬(wàn)軍隊(duì)南出長(zhǎng)安，先扼守住藍(lán)田這條向南出走的要道，爲(wèi)大齊留一條後路。
三月六日，黃巢決定派尚讓率軍救援華州，尚讓帶領(lǐng)幾萬(wàn)人東進(jìn)華州，剛走到零口鎮(zhèn)（陝西臨潼東），就被李克用、王重榮的聯(lián)軍截住。
道路被堵，尚讓只得指揮軍隊(duì)向官軍發(fā)起衝擊，但官軍早已嚴(yán)陣以待，萬(wàn)箭齊發(fā)，農(nóng)民軍只好後撤，官軍趁勢(shì)反擊。農(nóng)民軍的陣腳已亂，再次大敗，向長(zhǎng)安方向撤退，華州救援失敗。
李克用很懂兵法，他率軍趁機(jī)到達(dá)長(zhǎng)安東北的要衝——渭橋（西安北郊），這裡距離長(zhǎng)安城已不遠(yuǎn)。官軍的騎兵部署在渭北防守。
樑田陂之戰(zhàn)、零口之戰(zhàn)，是關(guān)係到大齊政權(quán)是否能繼續(xù)在長(zhǎng)安立足的關(guān)鍵性戰(zhàn)役，但都以大齊軍隊(duì)的慘敗而告終。
自此，官軍的優(yōu)勢(shì)更加明顯。李克用爲(wèi)了製造緊張氣氛，還連續(xù)多日在夜間派將領(lǐng)薛志勤、康君立偷偷進(jìn)入長(zhǎng)安城，焚燒農(nóng)民軍的財(cái)物，肆擾農(nóng)民軍的人馬，然後再退出城，使城內(nèi)驚慌恐懼
шшш? т tκa n? c○ 由於農(nóng)民軍救援華州失敗，華州的防守更加困難。三月二十七日，在唐軍的強(qiáng)大攻勢(shì)下，黃鄴爲(wèi)了保存實(shí)力，棄城逃走，華州再次落入唐軍之手。
李克用勝券在握，主動(dòng)發(fā)起進(jìn)攻，他帶領(lǐng)忠武軍的將領(lǐng)龐從、河中軍的將領(lǐng)白志遷等人先行進(jìn)軍，在渭南縣與黃巢的軍隊(duì)展開(kāi)激戰(zhàn)，一天交戰(zhàn)三次，官軍都戰(zhàn)勝了農(nóng)民軍。
很快，義成軍、義武軍等都相繼趕到，官軍主力正在逼近長(zhǎng)安城，黃巢的軍隊(duì)難以有效抵擋，撤離長(zhǎng)安已是必然。
官軍猛烈攻城，城內(nèi)的守軍人心惶惶，防守很難做到嚴(yán)密了。山雨欲來(lái)風(fēng)滿(mǎn)樓，大齊政權(quán)很快將要傾倒。
四月初八，李克用率領(lǐng)軍隊(duì)從光泰門(mén)殺入長(zhǎng)安城，黃巢的軍隊(duì)在城內(nèi)頑強(qiáng)抵抗，隨時(shí)展開(kāi)了巷戰(zhàn)，但大批的官軍一波接著一波向城裡涌入。
官軍很快逼近內(nèi)城，黃巢果斷下令全面撤退，否則將重蹈此前程宗楚被殺的覆轍。臨走前，黃巢要求放火焚燒宮殿，不要把這些留給官軍。
官軍進(jìn)城後燒殺搶掠，長(zhǎng)安城內(nèi)的房屋和百姓所剩無(wú)幾，官軍的兇狠超過(guò)此前農(nóng)民軍對(duì)城內(nèi)百姓的殺戮。
黃巢帶領(lǐng)十五萬(wàn)人退出長(zhǎng)安城，往南撤退，與此前已在藍(lán)田縣扼守的軍隊(duì)會(huì)合，然後進(jìn)入商山。沒(méi)來(lái)得及撤出長(zhǎng)安的家屬都被官軍所殺。
李克用命令各軍展開(kāi)追擊，農(nóng)民軍爲(wèi)了便於撤退，沿途故意丟棄很多珍寶和財(cái)物，官軍爭(zhēng)相拾取，延誤了追擊時(shí)間。農(nóng)民軍一直奔走不停，撤出關(guān)中地區(qū)，按計(jì)劃進(jìn)入河南境內(nèi)。
官軍收復(fù)了長(zhǎng)安，這對(duì)朝廷來(lái)說(shuō)是天大的喜訊，楊復(fù)光馬上派遣使臣到成都向唐僖宗報(bào)捷，朝中百官得知消息，都向皇上祝賀。
唐僖宗想到昔日的逃難經(jīng)歷，得知長(zhǎng)安收復(fù)，禁不住雙眼流淚，馬上請(qǐng)?jiān)紫鄠償M詔，他要賞賜這些打仗的“功臣”。
當(dāng)然，他高興的還有點(diǎn)早，逃難對(duì)他的皇家來(lái)說(shuō)，可能還要繼續(xù)、再繼續(xù)……。
很快，朝廷詔令來(lái)到，由大明宮留守王徽、京畿制置使田從異留守長(zhǎng)安，忠武軍等二萬(wàn)人護(hù)衛(wèi)長(zhǎng)安，其餘各軍隊(duì)各回原鎮(zhèn)。
五月，朝廷加封李克用、朱玫、東方逵同平章事（宰相級(jí)）。升陝州爲(wèi)節(jié)度使，以王重盈擔(dān)任節(jié)度。在延州（延安市）建立保塞軍，以保大軍的行軍司馬、延州刺史李孝恭爲(wèi)節(jié)度使。
當(dāng)時(shí)，李克用只有28歲，在這些主帥中年齡最小，但擊破黃巢、收復(fù)長(zhǎng)安，卻是他的功勞排第一位。由於他的兵力最強(qiáng)，其他諸將都害怕他。但李克用的一支眼睛卻是瞎的，人們背後稱(chēng)呼他爲(wèi)“獨(dú)眼龍”。
崔璆（qiú）曾經(jīng)是朝廷的大臣，但卻投靠了黃巢，並在大齊擔(dān)任宰相級(jí)別的官員。收復(fù)長(zhǎng)安後，朝廷下詔譴責(zé)他：“家貴身顯，卻爲(wèi)黃巢擔(dān)任三年宰相，罪不可赦?！钡蕲G不逃也不躲，就在家等著，最終被賜死在家中。