411年三月，盧循得以收兵來(lái)到廣州番禺城，發(fā)現(xiàn)城頭插的晉兵旗幟，心下大驚。原來(lái)孫處與沈田子早就按劉裕的計(jì)劃乘海道來(lái)到番禺，在大霧之日，敵人不備，潛登上城牆，攻克了城池。接著又分兵平定了嶺表各處賊巢。盧循絕望道“我的賊路到頭了嗎？”言畢捂嘴，自知失言。沈田子帶兵出城迎戰(zhàn)，盧循之衆(zhòng)如喪家之犬，兵剛交接就敗了下來(lái)。盧循被追得急，呼道“田子，當(dāng)初孫公待汝不薄，今日請(qǐng)念及故人情面，放我一馬。”田子怒道“妖賊孫恩使我宗族揹負(fù)賊名，死於鋒刃。你還敢提他？我今日定要取你狗命。”言畢彎弓，一箭射穿盧循臉頰。盧循大懼，使隨從軍士盡皆棄掉一切盔甲輜重與身上攜帶的金銀財(cái)物，輕身逃命。田子軍士因爭(zhēng)搶財(cái)寶而怠慢了追賊，使盧循僥倖逃走。沈田子因失了盧循而大怒，手殺好幾名亂搶財(cái)物的士兵。
盧循南竄至交州，仍有兵士千餘人，他妄想攻下交州再做根據(jù)地。而交州刺史杜慧度早就散盡家財(cái)以賞軍士，做好了擊賊的準(zhǔn)備。盧循乘船來(lái)至龍編，與杜慧度展開(kāi)戰(zhàn)鬥。杜慧度在兩岸佈置的弓箭手夾射敵船並投擲火炬，盧循之船全部起火，兵衆(zhòng)大潰。眼看已無(wú)活路，盧循殺掉妻子和一子一女，然後爲(wèi)其唸咒。念畢問(wèn)諸妾“爾等可願(yuàn)從我而死嗎？我會(huì)念咒渡你們昇仙！”極少數(shù)人願(yuàn)意從死，有一妾更是說(shuō)道“螻蟻尚且貪生，何況是人。請(qǐng)大王饒恕臣妾。”盧循大怒，立即將此妾?dú)⒌簦嵊织偪窨硽⒉活?yuàn)從死者。還沒(méi)有殺完，盧循看追兵臨近，自投水而死。杜慧度令人將盧循父子的屍體打撈上來(lái)後，將其頭顱送至建康。
孟懷玉亦將徐道覆的頭顱送至。劉裕向皇帝說(shuō)道“陛下，臣想帶兩賊之頭前往尋陽(yáng)，爲(wèi)無(wú)忌等諸戰(zhàn)士的亡魂進(jìn)行祭奠。”司馬德宗回道“我同愛(ài)…愛(ài)卿一起前…前去，無(wú)忌忠…忠肝義膽，朕亦很…很是心痛。”
尋陽(yáng)江口，劉裕擺上何無(wú)忌的牌位。千餘將士盡皆縞素，臨江肅立。江風(fēng)悽悽，白幡亂飄，日色無(wú)光，天地黯淡。將士們齊歌曰“操吳戈兮披犀甲，帶長(zhǎng)劍兮挾勁弓。旌蔽日兮敵若雲(yún)，矢交墜兮士爭(zhēng)先。凌餘陣兮躐餘行，擊鳴鼓兮短兵接。天時(shí)懟兮威靈怒，嚴(yán)殺盡兮棄原野。將軍殪兮士兵傷，出不入兮往不反。誠(chéng)既勇兮又以武，終剛強(qiáng)兮不可凌。身既死兮神以靈，子魂魄兮爲(wèi)鬼雄！”歌罷劉裕大哭，將士們亦無(wú)不潸然淚下。劉裕將酒灑在無(wú)忌靈牌前，呼道“無(wú)忌兄，魂兮歸來(lái)！”儀式後，劉裕將盧循與徐道覆的頭顱於何無(wú)忌墓前埋葬。
劉裕威望日甚一日，甚得軍心民心，司馬德宗亦將其視爲(wèi)國(guó)之干城，雖知大權(quán)已落到劉裕手中，但也無(wú)可奈何。此番又立大功，司馬德宗索性又封他做了太尉，掌管一切軍事。這在軍政合一的時(shí)代，可是至高無(wú)上的官爵，一人之下，萬(wàn)人之上。
在劉道規(guī)大敗徐道覆之後，身體染疾。412年四月，因疾解官歸家休養(yǎng)。道規(guī)在荊州七年，善於爲(wèi)治，刑政明理，愛(ài)民如子，甚得百姓愛(ài)戴。離開(kāi)時(shí)，荊州之民相送者綿延數(shù)裡，盡皆垂泣。不想劉道規(guī)歸家後僅三個(gè)月就因病而逝。劉裕極其悲痛，嚎哭久久不絕。多年來(lái)劉道規(guī)爲(wèi)其建立功業(yè)立下了無(wú)數(shù)功勞，失此愛(ài)弟對(duì)他來(lái)說(shuō)如同失去手足，也讓他少了一個(gè)最有力的助手。
如此一來(lái)，荊州位缺，劉裕難得其人。想來(lái)想去，劉毅雖然桑落洲一戰(zhàn)大敗，但以往功勳不可忽視，便讓他做了荊州刺史。桓玄亂時(shí)，劉毅與劉裕共同建義，雖推劉裕爲(wèi)主，因己功高，內(nèi)心不服。劉裕總是柔而順之，然而劉毅卻驕縱日甚，曾說(shuō)道“恨不遇劉邦，項(xiàng)羽，與之逐鹿中原。”劉毅爲(wèi)人嫉賢妒能，看劉裕重用劉穆之，他就時(shí)常在劉裕面前捏造其短，劉裕只是勉強(qiáng)耳聽(tīng)，不入於心。劉敬宣伐蜀失利，劉毅還想讓劉裕以軍法處之以極刑，但劉裕沒(méi)有同意。劉裕威權(quán)日重，朝中政事，多半決於劉裕，皇帝拱手聽(tīng)成而已。這也讓劉毅對(duì)劉裕非常不滿。劉毅昔日追桓玄之功高不亞劉裕，深得民心，民間常並謂之“二劉”。但劉毅自桑落州之?dāng)♂幔饲榇笫В瑑?nèi)心常懷羞憤。這次讓劉毅做荊州刺史，劉裕本想安穩(wěn)其心，卻不料使他產(chǎn)生了除掉劉裕的念頭。
劉毅爲(wèi)人嫉賢妒能，看劉裕重用劉穆之，他就時(shí)常在劉裕面前捏造其短，劉裕只是勉強(qiáng)耳聽(tīng)，不入於心。劉敬宣伐蜀失利，劉毅還想讓劉裕以軍法處之以極刑，但劉裕沒(méi)有同意。劉裕威權(quán)日重，朝中政事，多半決於劉裕，皇帝拱手聽(tīng)成而已。這也讓劉毅對(duì)劉裕非常不滿。劉毅昔日追桓玄之功高不亞劉裕，深得民心，民間常並謂之“二劉”。但劉毅自桑落州之?dāng)♂幔饲榇笫В瑑?nèi)心常懷羞憤。這次讓劉毅做荊州刺史，劉裕本想安穩(wěn)其心，卻不料使他產(chǎn)生了除掉劉裕的念頭。
臨去荊州前，劉毅去京口告別祖墓，劉裕與其相會(huì)。胡藩向劉裕言道“太尉，你認(rèn)爲(wèi)劉毅終能爲(wèi)你之下乎？”劉裕沉默許久，後說(shuō)道“依愛(ài)卿之見(jiàn)當(dāng)如何呢!”“我看他志驕氣傲，不思自省，據(jù)了荊州將更增其不軌之心。公不如因會(huì)除之，以免後患。”劉裕嘆道“唉，劉毅未有大過(guò)，況且與我共有平玄之功，不可自相圖也。”
將走之時(shí)，劉毅由於與毛修之有舊，向劉裕請(qǐng)求讓毛修之做自己的衛(wèi)軍司馬，劉裕答應(yīng)了。來(lái)到江陵後，劉毅隨意變換諸官，升黜無(wú)常，選精兵萬(wàn)餘隨身，暗自打造兵甲器械，臥處奢麗如同皇宮。毛修之表面支持其造反，暗中卻將其不法之事派人上報(bào)給劉裕。