不久，轉(zhuǎn)封於蜀，授爲(wèi)柱國、益州刺史，總管二十四州諸軍事。
開皇二年，升任上柱國、西南道行臺(tái)尚書令，原職依舊。
一年多後作罷。
開皇十二年，又任內(nèi)史令、右領(lǐng)軍大將軍。
不久又出京鎮(zhèn)守蜀地。
楊秀有膽氣，容貌魁偉，長髯豐額，多有武藝，很爲(wèi)朝臣所憚服。
皇上常對(duì)獻(xiàn)皇后說：“秀兒肯定沒個(gè)好結(jié)果。
我在世，自當(dāng)沒什麼擔(dān)心的。
到兄弟們那時(shí)，他肯定造反。”兵部侍郎元衡出使到蜀，楊秀與元衡深深地交好，請(qǐng)求給他增派左右。
元衡回京師後，爲(wèi)楊秀請(qǐng)求增加左右，皇上不許可。
大將軍劉噲討伐西爨時(shí)，高祖令上開府楊武通率部跟著前進(jìn)。
楊秀派嬖人萬智光當(dāng)楊武通的行軍司馬。
皇上因楊秀用人不對(duì)，譴責(zé)了他。
高祖對(duì)羣臣們說：“破壞我的法度的，一定是我的子孫吧？如同猛獸，別的東西不能害它，反被毛裡的小蟲所損食。”於是分了楊秀的兵權(quán)。
楊秀漸漸奢侈，違反制度，車馬被服都和皇上一樣。
太子楊勇因受讒言之害被廢黜後，晉王楊廣被立爲(wèi)皇太子，楊秀心裡很不服氣。
楊廣怕楊秀會(huì)成爲(wèi)禍害，偷偷地讓楊素找他的罪過而上讒言害他。
仁壽二年（602），調(diào)楊秀回京師，皇上見了他，不與他說話。
次日，派人責(zé)問他。
楊秀謝罪說：“我承受國恩，出京當(dāng)藩王，不能遵守法令，真是罪該萬死。”皇太子楊廣和諸王都在朝廷上流淚，代楊秀謝罪。
皇上說：“往日秦王浪費(fèi)財(cái)物，我用父道教訓(xùn)他。
現(xiàn)在楊秀禍害百姓，我要用君道處罰他。”於是把他交給司法部門。
開府慶整進(jìn)諫說：“庶民楊勇已被廢黜，秦王已經(jīng)去世了。
陛下的兒子不多了，何必弄到這個(gè)地步？蜀王生性耿直，如今他被重責(zé)，恐怕他會(huì)自殺。”皇上大怒，要割他的舌頭。
因此對(duì)羣臣說：“要把楊秀殺死在大街上，以向百姓道歉。”於是下令楊素、蘇威、牛弘、柳述、趙綽等人給他治罪。
太子楊廣偷偷地作了木偶人，寫上皇上和漢王的姓名，捆上手，用釘釘在心上，然後讓人埋在華山之下，再讓楊素裝模作樣挖出來。
楊廣又以楊秀的口氣作檄文，說：“逆臣賊子，專門玩弄權(quán)柄，陛下表面上當(dāng)皇帝，其實(shí)什麼都不知道。”然後陳述兵甲如何強(qiáng)大，說是要“指期問罪”。
楊廣把這篇“檄文”放在楊秀的文集之中，然後上告高祖。
高祖說：“天下難道有這樣的事嗎？”於是把楊秀廢爲(wèi)庶民，軟禁在內(nèi)侍省，不得與妻子兒女相見，下令只給他兩個(gè)獠婢，供他驅(qū)使。
受牽連的有一百多人。
楊秀既被囚禁，憤懣不已，不知做什麼纔好，於是上表說：“我因爲(wèi)幸運(yùn)，成爲(wèi)皇上的兒子，承蒙父母撫養(yǎng)長大，九歲就得到了榮華富貴，只知富貴享樂，從未憂懼過。
我輕易地放縱我這顆愚笨的心，落到這個(gè)地步，我辜負(fù)父皇山嶽一樣高的大恩，心甘情願(yuàn)地去死。
不料天恩還可讓我有餘漏，到如今這地步，我才知道愚心不可放縱，國法不可觸犯，我捫心問罪，真是來不及改過自新。
我還想分身有術(shù)，竭盡餘生，稍稍報(bào)答一下父母的養(yǎng)育之恩。
但因神靈不保佑，我的福分爵祿完了，夫妻團(tuán)聚，不可能了。
只怕我長辭人間，永歸地府，伏請(qǐng)父皇，賜我憐憫，在我死之前，讓我與我的兒子爪子見上一面。
然後請(qǐng)你賜我一個(gè)墓穴，讓我的屍骨有個(gè)去處。”爪子就是他的愛子。
皇上因此下詔書，數(shù)落他的罪過，說：你從地位上說，是臣又是子；從感情上說，與家又與國相關(guān)。
庸、蜀是重要的地方，我讓你去鎮(zhèn)守。
你卻觸犯綱紀(jì)，心懷惡意，幸禍樂災(zāi)。
你小看皇宮和太子宮，等著這裡發(fā)生災(zāi)禍。
你容納不法之徒，交結(jié)異端分子。
我有什麼不和，你便等著，指望我死了，你就起異心。
皇太子是你的兄長，按長幼順序也當(dāng)立他。
你卻假託妖言，說他不能終其位。
你裝神弄鬼，又說你可惜不能入主東宮。
你自稱骨相不該當(dāng)人臣，品德、功業(yè)應(yīng)當(dāng)皇帝。
你胡說青城出聖人，想用自己當(dāng)其位。
你詐稱益州出現(xiàn)了龍，假託是什麼好兆頭。
你重述“木易”之姓，又修成都的宮室，胡說“禾乃”之名，以當(dāng)“八千”年的皇運(yùn)。
胡編京師有什麼妖異，以證明父親兄長有災(zāi)。
妄造蜀地有什麼吉祥，以說明你有什麼祥瑞。
你哪裡不想我倒楣喲，哪裡不想天下大亂喲？你還建造白玉王廷，又作白羽箭，你的服飾車馬與天子無異，哪裡像有我的樣子？你糾集旁門左道，用符書壓鎮(zhèn)我和漢王。
漢王和你，是親兄弟，你卻畫他的形像，寫上他的姓名，縛手釘心，枷鎖木醜械。
還說要請(qǐng)華山的慈父聖母的神兵九億萬騎，收楊諒的魂魄，閉在華山之下，不讓魂魄散開。
我對(duì)於你，是你的親父親，你卻又說要請(qǐng)西嶽華山的慈父聖母開化楊堅(jiān)夫妻，讓我們回心轉(zhuǎn)意，歡歡喜喜。
你又畫我的形像，縛手撮頭，還說請(qǐng)西嶽神兵收楊堅(jiān)鬼魂。
如此這般，我如今不知道楊諒、楊堅(jiān)是你的什麼人？包藏禍心，圖謀不軌，這是叛逆之臣的罪證。
希望父親遭災(zāi)，以此爲(wèi)幸事，這是賊子的毒心。
懷著非分之想，對(duì)兄長放肆毒心，這是悖弟的行爲(wèi)。
嫉妒小弟，無惡不爲(wèi)，無孔懷之情。
你觸犯國法，到了極點(diǎn)。
你多殺無辜，這是豺狼的暴行。
你剝削百姓，酷虐到了極點(diǎn)。
你只求財(cái)貨，這是市井小民的勾當(dāng)。
你專門侍奉妖邪，這是頑..的本性。
你辜負(fù)了我的重託，是個(gè)不成器的東西。
凡此十罪，滅天理，逆人倫，你都作了，壞到了極點(diǎn)。
你還想免除禍患，長守富貴，怎麼可能呢？後來又讓他與他兒子同處。
煬帝即位後，依舊禁錮他。
宇文化及殺了煬帝后，想立楊秀爲(wèi)皇帝，大夥商議，不同意。
於是殺害了他和他的幾個(gè)兒子。