清軍至八月底，共攻克十二座城池，大小五十餘戰(zhàn)戰(zhàn)戰(zhàn)皆勝，劫獲人畜近二十萬，就有財(cái)物無數(shù)，這時(shí)大明的勤王軍連續(xù)到來，阿齊格顧慮大同的薛家軍橫插一槓子，於九月一日，攜帶掠獲的二十萬人畜及其大批物資從容出冷口，他們還砍下木頭，寫上“各官免送”字樣扔於路旁，戲虐明朝文武官員。
大批的人畜物資用了四天才全部走出關(guān)外，明軍怯戰(zhàn)怕中清軍誘敵圈套，眼睜睜看著清軍滿載而歸，清軍出關(guān)後，兵部尚書張鳳翼裝模做樣的向崇禎報(bào)告：“斬?cái)橙?jí)”，朝廷言官紛紛上書彈劾張鳳翼，張鳳翼自知必遭重罪，深恨官軍不肯用命，不願(yuàn)入詔獄服大黃麻死於軍營裡。
勤王軍中皆沒有功力，唯有遠(yuǎn)道而來的四川石柱宣撫使秦良玉，崇禎皇帝喜她剿賊累立戰(zhàn)功，又肯數(shù)千遠(yuǎn)道勤王忠心可嘉，當(dāng)下晉封秦良玉一品夫人酬功，並親制詩章作爲(wèi)特別的寵賜
不過阿濟(jì)格也沒有佔(zhàn)到太大的便宜，有道是螳螂捕蟬黃雀在後，早就等在關(guān)外的薛家軍和蒙古軍一擁而上，硬生生從阿濟(jì)格手裡搶人畜物資，一般常識(shí)撤退時(shí)應(yīng)該精兵殿後，阿齊格竟將輜重放在後面，自己率領(lǐng)精銳前行，薛家軍和蒙古軍殺到，阿濟(jì)格眼睜睜看著自己搶來的人畜物資被搶劫一空。
阿濟(jì)格懼怕薛家軍竟不敢回軍作戰(zhàn)，任由薛家軍和蒙古軍滿載人畜物資而歸，阿濟(jì)格只帶得兩成的人畜物資返回盛京，皇太極得知阿濟(jì)格犯了兵家大忌後，將驕傲輕敵的阿齊格狠狠訓(xùn)斥了一通，考慮到是遇上薛家軍，皇太極並沒有處懲阿濟(jì)格，既然搶大明便宜不大，皇太極把貪婪的目光盯在了相鄰的朝鮮國身上。
崇禎皇帝重賞女英雄秦良玉之後，又把目光放在了另一個(gè)勤王將領(lǐng)右副都御史兼湖廣總督兵部侍郎盧象升，於九月二十二日任命盧象升爲(wèi)總督宣大、山西軍務(wù)，盧象升知道總督宣大、山西軍務(wù)除去大同、絳州兩地，根本就是一個(gè)半殘的總督，盧象升要求辭去總督宣大、山西軍務(wù)一職，盧象升要求跟崇禎面談面談，也沒有獲得崇禎皇帝的同意，只是口諭盧象升相機(jī)處置大同、絳州兩地的薛家軍。
盧象升只好垂頭喪氣的去宣府上任，不過薛家軍很給盧象升面子，把搶劫回來的人畜物資送給盧象升處理，這讓盧象升非常意外，懷疑以前朝廷對(duì)薛家軍的政策有誤，盧象升秉公遣送發(fā)還人畜物資，沒有讓京畿的百姓再受一次傷，而宣大、山西地區(qū)的氣氛也和緩許多，薛家軍和盧象升都在打著各自的主意。
這時(shí)大明朝也有一件喜事，就是陝西巡撫孫傳庭在崇禎九年七月，陝西子午谷的黑水峪之戰(zhàn)中打了起義軍中勢力最強(qiáng)的高迎祥部，並俘虜了闖王高迎祥，崇禎得知高迎祥被俘的消息非常高興，命令陝西巡撫孫傳庭將高迎祥押往北京，並舉行了的獻(xiàn)俘儀式，儀式之後闖王高迎祥被凌遲處死。
原來崇禎九年正月，農(nóng)民軍闖王高迎祥、闖將李自成率部東圍廬州，取含山、和州；農(nóng)民軍連營數(shù)十里攻滁州，被右副都御史兼湖廣總督兵部侍郎盧象升率領(lǐng)邊兵總兵祖寬、遊擊羅岱等敗於城東五里橋，農(nóng)民軍戰(zhàn)不利，連營俱潰，北退五十里，被斬一千二百餘級(jí)。
之後農(nóng)民軍屢戰(zhàn)屢敗，從朱龍關(guān)至關(guān)山，積屍埴溝委塹，滁水爲(wèi)不流，農(nóng)民軍失利後，北渡*泗州、徐州，農(nóng)民軍損失慘重，開始分路向河南境內(nèi)潰退，盧象升急速追入河南境內(nèi)圍剿農(nóng)民軍，農(nóng)民軍最後逃入南陽府的內(nèi)鄉(xiāng)、淅川山中，三月中旬，闖王等又紛紛殺回陝西。
盧象升急速追入河南，佈置各軍圍剿，一時(shí)河南境內(nèi)，殺聲震天，血肉橫飛。農(nóng)民軍最後逃入南陽府的內(nèi)鄉(xiāng)、淅川山中，盧象升奈何不得。至此年三月，闖王高迎祥、闖將李自成等又紛紛殺回陝西。
不久建虜皇太極派多羅武英郡王阿濟(jì)格爲(wèi)首領(lǐng)等統(tǒng)八旗兵十萬伐明，明朝大軍的重心轉(zhuǎn)向京畿，右副都御史兼湖廣總督兵部侍郎盧象升也揮師北上勤王，三月由右僉都御史順天府府丞孫傳庭替代剿賊無功的甘學(xué)闊出任了陝西巡撫，崇禎皇帝這回總算啓用了一個(gè)文武全才的秦督。
孫傳庭軍事、經(jīng)濟(jì)都是行家裡手，孫傳庭主持陝西軍務(wù)後，不斷擴(kuò)充自己的軍力和糧餉，在西安周圍屯田二萬餘項(xiàng)，從兩萬多官軍中，選得精銳士卒一萬一千人，稅銀、糧食都有所增加。
闖王高迎祥、闖將李自成逃回陝西后，孫傳庭與洪承疇進(jìn)行了工作分工，洪承疇重點(diǎn)對(duì)付陝北一帶的闖將李自成等部，孫傳庭則重點(diǎn)對(duì)付闖王高迎祥，高迎祥部退入陝南山區(qū)之後，由於這幾年陝西、山西連年遭受旱災(zāi)、蟲災(zāi)，發(fā)生大饑荒。饑民無糧，只得食樹皮、草葉，樹皮、草葉盡，乃人相食，甚有母烹其女以食者，闖王高迎祥在陝南山區(qū)無處覓食，人飢馬乏，爲(wèi)擺脫困境，他決定走小路進(jìn)攻西安，給官軍來一個(gè)突然襲擊。
諳熟兵法的孫傳庭得知闖王高迎祥部突然消失，就猜到高迎祥欲效三國時(shí)蜀國大將魏延之計(jì)從子午谷出奇兵，子午谷是秦嶺六條連接西南的大道中最險(xiǎn)峻的一條，歷史上多次有兵家企圖偷渡，但卻從來沒有人成功過，孫傳庭立刻做出軍事部署，在闖王高迎祥部必經(jīng)之路周至縣黑水峪設(shè)置伏兵，準(zhǔn)備以逸擊勞殲滅闖王高迎祥部。
崇禎九年七月中旬，闖王高迎祥部果然出現(xiàn)在周至黑水峪，進(jìn)入了孫傳庭的包圍圈，雙方展開了四天的激戰(zhàn)，此時(shí)天降大雨，高迎祥部已經(jīng)連續(xù)多日斷糧，人馬處於半飢餓狀態(tài)，在大戰(zhàn)中漸漸招架不住，官軍的包圍圈越來越小。
關(guān)鍵時(shí)刻闖王高迎祥部下乾公雞張二、一斗谷黃龍叛變。混亂中叛徒將高迎祥的部卒和坐騎拉走，高迎祥被官軍包圍無法脫身，只好脫下盔甲藏到草叢裡，官軍搜山將高迎祥生擒活捉。
孫傳庭又乘勝在渭南和咸陽北原打了兩個(gè)大勝仗，一時(shí)間是聲譽(yù)鵲起，威名甚至蓋過了總督洪承疇，高迎祥的敗亡對(duì)民軍起到了震攝的作用，農(nóng)民軍大首領(lǐng)張妙手、蠍子塊向?qū)O傳庭投降，不久蠍子塊復(fù)叛，被孫傳庭安插的武大定殺死，農(nóng)民軍以高迎祥部實(shí)力最強(qiáng)的，蠍子塊人數(shù)最多的，這兩人都死於孫傳庭之手，對(duì)農(nóng)民軍是一個(gè)沉重的打擊。
五省總督洪承疇的運(yùn)氣就比較差，剛剛接手對(duì)付陝北一帶的闖將李自成等部，寧夏鎮(zhèn)士兵，因兵餉無措發(fā)生兵變，飢兵羣起圍攻官署。巡撫右僉都御史王楫因不能措餉，飢兵索餉無著鼓譟而殺之。
兵備副使丁啓睿得都司熊大海之助率軍鎮(zhèn)壓，捕獲爲(wèi)首者七人，立即處斬，兵變才被撫定，丁啓睿敘功保舉熊大海爲(wèi)參將，熊大海與副將羅尚文擊殺農(nóng)民軍整齊王於商洛山中，五月，副將羅尚文擊殺整齊王於商洛山中。五月，熊大海配合賀人龍又於安定大敗李自成部，丁啓睿在熊大海身上得利不少，崇禎十一年冬，陝西巡撫孫傳庭北上勤王，丁啓睿升任右僉都御史，代孫傳庭巡撫陝西。
李自成部在崇禎九年九月在漢中再次失利後，逃入四川、陝西、湖北的崇山峻嶺，李自成收羅高迎祥舊部自稱闖王，至崇禎十一年初才重回陝西。但不久李自成部在潼關(guān)一帶連遭敗績，於此年八月率殘部躲入川、陝、湖廣省交界的山區(qū)，如果不是陝西巡撫孫傳庭北上勤王，估計(jì)李自成難逃孫傳庭的毒手。
闖王高迎祥、闖將李自成一死一敗之後，崇禎皇帝加大了對(duì)張獻(xiàn)忠、聞香教、建文後裔“奉天正義大元帥”部，張獻(xiàn)忠所部遂成爲(wèi)潼關(guān)以東地區(qū)官軍攻擊的主要目標(biāo)，張獻(xiàn)忠所部轉(zhuǎn)戰(zhàn)於湖北、河南、安徽，多次打破官軍圍追堵截，入河南襲破許州，殺掉了左良玉的哥哥遊擊潘可大等人，繳獲物資鉅萬，可是張獻(xiàn)忠獨(dú)木難支，開始跟官軍媾和，準(zhǔn)備用假招安欺騙朝廷。
聞香教雖然有杭州薛家軍的武器支持，可自己控制的汝寧府資源有限，幾年大戰(zhàn)下來，聞香教幾乎無兵可招，這時(shí)徐鴻儒發(fā)現(xiàn)自己被薛家軍當(dāng)了槍使，高迎祥、張獻(xiàn)忠、李自成失利後，河南官軍副將陳永福、參將薛十三、客軍參將薛綜偷襲了聞香教都城商城。
聞香教都城商城被破後，官軍四處殺人放火，中興福烈帝徐鴻儒從皇宮中逃出，被參將薛十三追上一陣混戰(zhàn)，徐鴻儒雖然武功高強(qiáng)，奈何也不是銅筋鐵骨，身中多出刀傷箭傷，被大元帥徐三姐搶走，大將軍徐老七殿後被薛綜部斬爲(wèi)肉泥。
崇禎九年十月十七日，中興福烈帝徐鴻儒傷重?cái)烂笤獛浶烊闶帐暗綒埐坎蛔阋蝗f人，後勤輜重家屬教民幾乎損失怡盡，在潁上被追來的河南副將陳永福一陣廝殺，徐三姐只帶著三千多輕騎逃往中都鳳陽府。
崇禎九年十月，福建參將鄭芝豹得到援軍後，配合浙江、河南官軍圍剿“奉天正義大元帥”所部，三路大軍屬河南方面的薛家軍最爲(wèi)彪悍，薛十三、薛綜和新加入的薛博部，追著“奉天正義大將軍”黃希達(dá)打。
黃希達(dá)雖然擁有四萬軍隊(duì)，可面對(duì)薛十三、薛綜、薛博的八千人馬竟然七戰(zhàn)七敗，四萬人馬剩下不足一萬人，而大本營金華府也被福建官軍攻破，“奉天正義大元帥”白衣書生下落不明，至此黃希達(dá)開始在浙江打游擊，有的黃家子弟也暗中聯(lián)絡(luò)家主黃希聖。
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