在檜皮鎮的東山上，有一片大森林。
這片森林長得十分茂盛，大樹之間縫隙密集，樹枝互相交錯。一般人是根本無法穿過這片森林的，甚至連進都進不去。
可就在這樣的森林的深處，有一個碩大的湖泊。
在這個湖泊的旁邊，有著一座碩大的研究所。
這個研究所十分碩大，但看起來卻十分樸實。
普普通通的外牆，用水泥製造的巨型房頂，還有那連石板都沒有的小院……說明著這個研究所的貧窮。
但就是一個這樣普普通通的研究所，佔地面積卻十分龐大。
其實，知道內情的人都知道，這座研究所雖然外表看起來十分樸實，但內部卻十分豪華。不僅如此，在這座研究所的內部，還有著許許多多的高科技機器……這一切，似乎在說明這座研究所的科技十分發達。
但是，就這樣一個碩大而又有著高科技的研究所，裡面卻只有一個人。
這個人身體型比較瘦，有著一頭青藍色的頭髮，穿著白色的研究服……這種人無論怎麼看，都不過是一個普普通通的研究員。
但又有誰知道，這個研究員其實是一名失落的學者。他曾經在學術界的地位十分高大，還發表過許許多多精彩的論文。
可是，就這樣的一個學者，竟然被學術界的其他人所鄙視和排斥，不僅僅像大木博士這樣的學術界的高權重的博士反感這名學者，就連那些初入學術界的普通研究員也不給這名學者一個正眼。
“爲什麼？我們都是神奇寶貝的學者，爲什麼你們要排斥我？到底是爲什麼？爲什麼你們從來都否認我的觀點呢？我寫了那麼多精彩的論文，發現了那麼多精彩的現象，可你們爲什麼卻一直是排斥我呢？”
這名學者一開始曾經和那些鄙視和排斥他的人針鋒相對。後來，這名學者厭倦了，他不想再和其他人爭吵了。於是，這名學者開始隱忍了起來。別人指責他，他用笑臉來回應；別人鄙視他，他卻一笑而過；別人排斥他，他卻默默走到了角落裡……
但其實，無論再怎麼隱忍，人終歸是有底線的。當觸破了底線之後，人便會將自己的怨恨爆發出來。
終於到了某一天，這名學者再也無法隱忍下去了！
在一個話題上，這名學者和其他學者爆發出了猛烈地爭吵。爭吵過後，其他的學者們聯手將這名學者轟出了學術界。而這名學者也針鋒相對，當著衆多學者的面，讓自己曾經的論文和記錄，全部撕毀，然後一把火自己曾經的研究所焚燒得乾乾淨淨。
“我一定會將幻影神奇寶貝系統製造出來的！我會證明我的結論是正確的！你們都等著瞧吧！笑到最後的纔是英雄！遲早有一天，我會復仇的！你們所有人復仇！”
在向著其他的學者們嘶吼過後，這名學者憤然地離開了學術界。
隨後，這名學者在城都（cd）地區一邊四處流浪，一邊著手進行自己的研究。
就這樣，這名學者一邊四處流浪，一邊著手進行自己的研究。
這名學者就這樣過了四年。
直到某一天，這名學者來到了檜皮鎮……
在一個偶然的機會中，這名學者在檜皮鎮的東山上的森林旁邊，發現了一條通往森林深處的隱蔽小路。
在穿過這條隱蔽的小路之後，這名學者來到了檜皮鎮中山上的森林的深處。
這名學者來到了森林的深處之後，他頓時被眼前的一幕給驚呆了！
只見這名學者的面前，有一個碩大的湖泊。湖泊的旁邊，有一座碩大的研究所。
不過，這座的研究所看起來已經十分破敗了，似乎是很多年沒有人來過這裡了。
這名學者看著面前的研究所，眼裡不禁露出了一絲狂喜。
太好了，終於可以找到一個安身的地方了！這下子我可以安安心心的做研究了！
推開門進入研究所之後，這名學者再一次被眼前的景象給驚呆了！
只見這個碩大的研究所裡面十分豪華，各式各樣的科技機器整齊的擺放著……
不過，這裡面卻佈滿了灰塵，似乎是很久沒有人來過了一樣。
但這沒有妨礙到這名學者！
這名學者經過一番努力之後，終於成功的將整個研究所給打掃了一遍，而且摸通了這名研究所。
不過，這名學者對這座研究所的過去好奇：這個研究所是用來幹什麼的？它又爲什麼會被拋棄？這裡曾經發生了什麼？
懷著這樣的好奇心，這名學者開始這座研究所研究了起來。
終於在某一天，這名學者無意間在這座研究所裡面找到了一個十分隱蔽的密室！
在這個密室裡面，遺留下來許許多多研究資料。
不過，這些研究資料並不全面，其中有絕大部分似乎是被人爲給銷燬的，不過銷燬的並不徹底。
雖然這些研究資料並不全面，但是裡面的內容卻深深的震驚了這名學者。
雖然在密室裡找到的研究資料並不全面，不過這名學者還是大體弄懂了一小部分。
這座研究所似乎是用來觀察一個被製造出來的神奇寶貝的，只不過後來不知道因爲什麼原因，這座研究所被拋棄了。而那個被製造出來的神奇寶貝的具體情況，這名學者也不過就研究出了一點皮毛。
“有意思！”這名學者看著手裡的資料，不禁微微一笑，“雖然這些資料並不全面，不過對於我要開發的幻影神奇寶貝系統來說，已經算得上是很重要的情報了！”
就這樣，這名學者開始繼續研究自己想要開發的項目……
終於，在幾個月之後，這名學者成功的開發出了幻影神奇寶貝系統。
“雖然開發得並不是很全面。”這名學者看著自己面前的機器，不禁微微一笑，“不過已經足夠了！”
“是時候邀請一下以前的老朋友們前來觀看了吧！”這名學者想到這裡，便拿起了一旁的電話，“希望你們前來觀看的時候，不要我的幻影神奇寶貝系統嚇到！”
……