不知道過了多久，岡部倫太郎捂著額頭站起來，身體彷彿被撕碎了又重新黏在了一起一樣，劇烈地疼痛刺激著他的大腦。
發生了什麼……對了，實驗！
岡部倫太郎終於想起來，他們是在進行“次元之門”實驗，實驗出了事故！
“真由理？阿虛？牧瀨？水瀨？桶子？雄二？”岡部倫太郎忍著疼痛，大聲呼喚著同伴。周圍是一片漆黑，一點亮光都沒有，他在周圍摸索著，他感覺自己好像還在實驗室，根據記憶，他找到了開關，打開了瞪。
黑暗被驅散，映入眼簾地還是他們的實驗室……並不是想象中的廢墟，安靜地彷彿什麼都沒發生過似的。
難道是做夢？
岡部倫太郎心中納悶，突然，在一個設備的背後，他看到了被設備擋住了的水瀨秋子。水瀨秋子昏迷不醒，他急忙過去，將水瀨秋子扶起來，試探鼻息，還活著！
岡部倫太郎搜索實驗室，除了秋子之外，再沒發現任何人，他也找到了阿虛在最後時候的實驗記錄……
那不是做夢！
可是其他人呢？。m他人究竟去哪了？
“只有你們倆個嗎？其他人呢？”實驗室門口忽然傳來橘敬介的聲音，岡部倫太郎轉身望去，橘敬介的身影一閃已經站在了岡部倫太郎身後，他伸出兩根手指，點在了水瀨秋子額頭，手中散發出柔和的光芒將水瀨秋子籠罩。
岡部倫太郎搖了搖頭，將醒來後發現的一切都告訴給了橘敬介。橘敬介聽後，也將自己身上發生的事情告訴給了岡部倫太郎。
橘敬介甦醒之後發現自己竟然返回了scp總部，同時跟他一起的還有橋田至。橋田至非常倒黴，身上帶著sos的團徽，被發現後直接被關押起來。而橘敬介以“他正好在追捕橋田至”的名義，於是矇混過去。
因爲sos團的原因。橋田至被列爲了最高的機密等級，橘敬介救不了橋田至。於是找了點藉口瞞過總部的詢問之後，他返回自己的轄區，就急忙趕來實驗室，實驗室裡卻只有岡部倫太郎和昏迷的水瀨秋子。
“這麼說，我們成功了？”岡部倫太郎說道，“可是爲什麼只有我們幾個留了下來？”
橘敬介面色凝重地搖搖頭：“不知道，在無法確認他們的存活之前，我不知道是不是隻有我們幾個成功重組。即使成功了，可是我們也不知道他們究竟打開了哪裡的門。究竟被傳送到了哪裡。”
無法確認他們的生存，就無法確認他們這個實驗是否成功。除非，阿虛等人能夠再次回來。或者，再進行一次實驗……
現在他們面臨的問題，其一是尋找阿虛等人究竟在哪，其二是想辦法再進行一次實驗，可是一些實驗設備遭到了嚴重損壞，只有岡部倫太郎一個人，沒辦法撐起這項實驗（水瀨秋子和橘敬介兩人對此都沒什麼瞭解）。其三是救橋田至——而這也幾乎不可能，橘敬介覺得即使是sos團重現，也不可能從scp的總部裡救走人，其四——這裡已經引起了scp的注意。橘敬介已經隱瞞不住了。
光阪已經徹底將自己隱藏了起來，無法再提供保護，即使橘敬介呼喚也呼喚不出來，就如同消失了一樣。
橘敬介將水瀨陽太、椎名真由理、霧島雄二、霧島佳乃、阿虛、牧瀨紅莉棲等人全部用手段加入到了近幾天的一次飛機事故中。造成事故死，儘可能隱瞞她們的真正身份。
水瀨秋子本身跟這件事瓜葛不大，爲了秋子的安全。岡部倫太郎用之前實驗室研究的那個記憶修改道具，修改了水瀨秋子、古河秋生、古河早苗等人的記憶，讓他們徹底忘記了一切，並且給水瀨秋子留下了一個要遠離光阪，去一個偏僻小鎮生活的記憶，在她和名雪的記憶中，水瀨陽太出事故死了。
橋田至的妻子阿萬音由季和女兒橋田鈴羽被抓走，不知所蹤。岡部倫太郎將所有可能會暴露身份的東西，全部藏到了實驗室裡，包括他們的研究和阿虛記錄的那本關於自己失憶的筆記。
作爲橋田至的摯友，岡部倫太郎也被列入了scp的觀察目標，岡部倫太郎用記憶修改道具，修改了自己的記憶，將自己變成了一個因爲妻子去世倍受打擊，而混混度日的頹廢男人，以迷惑scp。
那些關於阿虛、“次元之門”等等的記憶，都被鎖在在了記憶深處，而開啓的密碼，那就是阿虛的臉以及鳳凰院兇真。
藤林杏、藤林椋、阪上智代、川澄舞自然不相信阿虛會死，在她們心中，師傅是無所不能，不可能因爲區區一個墜機就去世。
她們想要尋找真相，不過被橘敬介攔住——藤林杏見過幾次橘敬介，知道這是師傅的朋友。
橘敬介不僅僅禁止他們去尋找真相，還讓她們不要在跟琴美聯繫，不僅是爲了琴美的安全，也爲了她們的安全。
橘敬介不知道哪裡出現了差錯，琴美被列爲scp的重點監控目標。如果藤林杏、藤林椋、阪上智代、川澄舞等人跟琴美的接觸過於密切，說不定就會被scp發現她們的能力。
……
scp虛空監獄，每一個牢房都是一個獨立的空間。
“喂？你們是誰？放我出去吧，我都說了，我什麼都不知道啊，我就是一個肥宅而已。”橋田至精神非常虛弱，百無聊賴地喊著。
“他的精神太頑固了，記憶搜索對他無效。用索魂術或許可以有用，不過他的精神力很弱，很有可能將意識直接湮滅，無法保證能夠搜索到游泳的情報。”三個人出現在了監牢中，旁邊一個人對爲首的人低聲說著。
爲首的人輕輕擺擺手：“不用。”他注視著橋田至，始終笑瞇瞇地：“阿萬音由季，橋田鈴羽，都很可愛啊。”
橋田至身體一抖，哀求道：“我真的什麼都不知道啊，那牌子是我撿來的，覺得好看就留下來了，如果知道那牌子那麼危險，打死我也不敢撿啊。求你們放了我吧，我家裡就那些東西，你們隨便拿，請不要傷害由季和鈴羽。”
那人始終注視著橋田至的瞳孔，忽然，他的身體彷彿一團水似的，發生了變化。
“你見過誰？春日？有希？還是實玖瑠？還是說，他？”
那人的變化停在了阿虛的模樣上，點了點頭：“哦，原來是阿虛啊。”
……
阿虛睜開了眼睛，這是哪？好像……好像要做什麼事情來著？他的手指動了動，手中空空如也，隱約中他感覺自己手裡應該握著什麼人，可是卻怎麼都想不起來。
“提督！”
“提督醒了！”
金剛興奮地撲了上去，阿虛又一次陷入昏迷。
……
琴美一個人待在家裡，哭幹了眼淚，哭的睡著了，可是再也沒有見到爸爸媽媽。
“爸爸，媽媽，你們不要琴美了嗎？琴美很乖的……”
琴美哭著在家裡找來找去，等回過神來的時候，發現自己來到了一個從來沒有見過的地方，在那裡，她找到了一個筆記本，是父母共同的字跡——“穿越者生存手冊”。。