NERV本部，地底大空洞，金字塔型指揮總部內(nèi)，有一間處於頂層的秘密會議室。這是NERV司令官專用的辦公室。
而此時一位戴著墨鏡，穿著黑色西裝的男性正坐在辦公桌面前，他就是NERV本部的最高司令官碇源渡。
“碇，那個突然出現(xiàn)的年輕人，你真的讓他坐在三號機(jī)上？”
在碇源渡的身邊，是一位頭髮花白的中年人，只見他有些疑惑的看著碇源渡說道，似乎對這位新來的適格者和EVA三號機(jī)頗爲(wèi)懷疑。
“冬月，一切都還是按計劃執(zhí)行，我們不需要驚動SEELE，而且按照我的情報顯示，三號機(jī)本身就有問題，所以纔會送到我們這裡來。那些老頭子們是想試探我們的底細(xì)！就讓那個身份不明的適格者作爲(wèi)犧牲品好了?！表衷炊蓪墒纸徊嬖谏砬?，冷冷的笑著說道。
“一個無辜的犧牲者，不知道這樣的犧牲者還需要多少個，才能完成我們的計劃！”這位被稱爲(wèi)冬月的中年人有些不忍的說道。
“冬月，很快，我們的計劃一定會成功。相信我！”
。。。
同一時間，在鬆代的三號機(jī)啓動實驗場地，大量的指揮車正部署在一座環(huán)形山外部，而即將啓動的三號機(jī)則被部署在環(huán)形山內(nèi)部，這是爲(wèi)了避免可能的危險性。
環(huán)形山周圍厚實的山體可以有效的遮蔽爆炸衝擊波，這樣即使發(fā)生了EVA暴走事件，也可以將自爆的危險限制在一個極爲(wèi)?yīng)M小的範(fàn)圍內(nèi)。
在指揮車上，一位身穿紅色制服的黑髮麗人正在緊緊的盯著屏幕上的數(shù)據(jù)，只見她皺著眉頭看著駕駛艙中的那個黑髮少年，似乎非常不放心的樣子。
“怎麼了，我們的葛城美里少校有什麼擔(dān)憂嗎？”
一位身穿白大褂的中年女性打趣的說道。這位女性留著一頭黃色的中長髮，看起來相當(dāng)精明幹練。不過她似乎和這位黑色長髮的麗人是好友，在她面前說起話來，相當(dāng)放鬆。
“律子，你不覺得奇怪嗎，一名MAGI電腦毫無記錄的駕駛員，一名NERV第二支部唯一的倖存者，這一切看起來似乎也太巧合了。更奇怪的是，他並不是最佳的駕駛員候選者，但是碇司令卻同意讓這位少年進(jìn)行啓動實驗，這可是S2機(jī)關(guān)搭載實驗，萬一再次發(fā)生暴走，那該怎麼辦？難道他們忘了NERV第二支部的前車之鑑嗎？”
“美里，你應(yīng)該明白，碇司令不會無緣無故的制定這位少年駕駛?cè)枡C(jī)的，相信他的判斷吧！”
“哼，你還是跟以前一樣，只會相信那個男人，說的好像世界上其他人都不可信一樣！”美里聽到律子的話，立刻不爽的反駁道。
對於自己好友的反駁，律子只能笑一笑，不再言語。畢竟有很多事情，即使是自己的閨蜜也無從知曉，作爲(wèi)知道碇源渡真正計劃的知情人之一，她只能暗中幫助這個他仰慕的男人，並無條件的相信他。這是律子的悲哀，也是她的母親的悲哀。
有時候，律子都會不禁嘲笑自己，她和她的母親居然都鍾情於這個看似冷酷無情的中年大叔，這是一種詛咒嗎？
就在律子陷入沉思時，三號機(jī)啓動倒計時開始了。
“電源接駁正常！”
“三號機(jī)同步率處於正常狀態(tài)！”
“所有神經(jīng)信號連接正常！”
“三號機(jī)S2機(jī)關(guān)搭載實驗開始啓動！”
“倒計時十秒，準(zhǔn)備切斷外部電源，激活S2機(jī)關(guān)！”
“十九八七。。三二一！S2機(jī)關(guān)啓動！”
就在操作人員按下啓動按鈕後，一道巨大的光芒沖天而起！
恐怖的衝擊波橫掃了整個環(huán)形山，將佈置在周圍的探測器全部摧毀。
方圓一公里內(nèi)所有物體都被這恐怖的衝擊波橫掃一空。
看到顯示屏上的藍(lán)色信號，美里下意識的喊道：“藍(lán)色波紋，這不可能，三號機(jī)是使徒！”
轟！
可惜還沒等美里反應(yīng)過來，巨大的衝擊波就掠過了指揮車，而她也眼前一黑，失去了知覺！
而此時在NERV本部內(nèi)，中央電腦MAGI發(fā)出了刺耳的警報聲。
“警報，偵測到藍(lán)色波紋，是使徒，有使徒侵入了第三新東京市範(fàn)圍！”
“立刻調(diào)用周圍的攝像頭，顯示在主屏幕上！”
滴！
隨著屏幕上一陣閃爍，三號機(jī)的形象就出現(xiàn)其上。
“哦！天哪！”
這些坐鎮(zhèn)NERV指揮部的操作人員看到使徒居然是三號機(jī)時，紛紛驚呆了！
在他們的印象中，使徒就是人類的敵人，而EVA是人類製造出來抵抗使徒的武器。兩者應(yīng)該是水與火的關(guān)係，但是現(xiàn)在人類製造的EVA居然成爲(wèi)了使徒，這使得所有工作人員深深的開始懷疑，EVA到底是什麼！
而另外一邊，監(jiān)控人員通過三號機(jī)體內(nèi)的顯示圖像，發(fā)現(xiàn)大量藍(lán)色的特殊物質(zhì)正在快速侵入三號機(jī)內(nèi)部，隨著這些藍(lán)色物質(zhì)侵入，三號機(jī)體內(nèi)的信號監(jiān)控裝置正在逐一失效，這表明三號機(jī)正在快速向使徒化發(fā)展。
這是NERV從未見過的侵蝕型使徒，對方居然附身在EVA三號機(jī)身上，並以極快的速度寄生並掌控了EVA三號機(jī)，將其變爲(wèi)了使徒傀儡，徒留EVA的外殼罷了！
“偵測到駕駛艙處於深度污染區(qū)，監(jiān)控裝置已經(jīng)離線，無法監(jiān)控到駕駛艙內(nèi)部狀況！”
聽到下屬的報告，坐在指揮席上的碇源渡冷酷的說道：“對方已經(jīng)不是EVA三號機(jī)了，現(xiàn)在將其定義爲(wèi)使徒，準(zhǔn)備發(fā)射零號機(jī)，初號機(jī)和二號機(jī)，將其殲滅！”
聽到碇源渡的命令，在場所有的人員心中都有一絲不太舒服。
人類製造的武器變成了人類的敵人，現(xiàn)在還要派出EVA來消滅EVA，他們到底在和什麼東西在作戰(zhàn)！
很快，做好戰(zhàn)鬥準(zhǔn)備的三架EVA機(jī)體就嚴(yán)陣以待的出現(xiàn)在對方必需經(jīng)過的豁口！
而等到三位坐在EVA的駕駛員看到對方使徒的樣子時，一位少年的驚呼聲傳了過來。
“父親，那是EVA，那不是使徒！”
“不，對方已經(jīng)被使徒侵襲，現(xiàn)在MAGI中央電腦將其判定爲(wèi)使徒，你們的任務(wù)就是消滅它！”碇源渡冷冷的回答道！
“可是，可是，上面還有一位駕駛員呢！他是人類?。 边@位名爲(wèi)碇真嗣的少年依然不願意執(zhí)行任務(wù)。
如果說爲(wèi)了人類的生存，讓他去駕駛EVA消滅使徒，他可以說服自己的內(nèi)心。但是要他親手殺死一個人類，還是和他年紀(jì)相仿的少年時，這位心理脆弱的駕駛員根本就下不去手。
“哼！窩囊廢，你就待在一旁吧！讓本小姐來解決對方，無論是使徒還是EVA，只要是本小姐的敵人，統(tǒng)統(tǒng)消滅！”
“不要，明日香！對方機(jī)體上還有一位駕駛員！”聽到明日香的話，碇真嗣立刻想要阻止對方。
可惜性格天生懦弱的他如何能夠阻擋一位天生強(qiáng)勢的少女。
EVA和EVA之間的戰(zhàn)鬥一觸即發(fā)！